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Le système universitaire au Japon est le dernier échelon du système éducatif japonais. L'accès à celui-ci se fait à l'issu d'une scolarité dans le secondaire, et est conditionné par des examens d'entrée dont la sélectivité varie en fonction du prestige de l'université. Il compte des universités nationales, gérées par l'état, des universités publiques, gérées par des collectivités locales, et des université privées. Si ces dernières comptent un plus grand nombre d'étudiants de premier cycle, les universités nationales dominent dans les activités de recherche en scolarisant la majorité des étudiants de second et troisième cycle. Ce système commence à émerger dans la seconde moitié du XIXe siècle, influencé par le modèle occidental, et héritant de la tradition académique des rangaku. Les premiers établissement sont ouverts à l'initiative de l'État et de particuliers comme Fukuzawa Yukichi, et dynamisés par le recours à des Conseillers étrangers. Le système est restructuré après guerre, ce qui entraine une démocratisation de celui-ci, et un essor important des établissements privés. L'accueil d'étudiant étrangers se développe à partir des années 1980, et dans les années 2010 fait l'objet de programmes particuliers comme Global 30 pour favoriser son essor.
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