Les gemmes sont des minéraux remarquables, notamment par leur durabilité ; brutes, polies ou taillées, elles font l'objet d'un commerce important. Elles sont étudiées en gemmologie et, bien sûr, il y a des recoupements avec la minéralogie.
Les roches sont des matériaux solides ou liquides constitutifs de la croûte terrestre ou de celle des planètes. Elles sont composées de minéraux et sont étudiées en détails par la pétrographie. Celle-ci se distingue de la pétrologie, discipline mettant l'accent sur les phénomènes de genèse, mise en place et altération des roches décrites statiquement par ailleurs.
Les minéraux présentant de beaux cristaux, certaines roches, ainsi que les fossiles bien conservés (qui ne sont pas traités ici, mais en paléontologie), sont appréciés des collectionneurs.
Une radiolarite est une roche sédimentaire à grains fins peu visible à l'œil nu, présentant une alternance de bancs foncés/ bancs clairs. C'est la source d'une partie des jaspes. Elle est composée essentiellement de coques siliceuses de radiolaire, protozoaire planctonique actinopode vivant dans les mers chaudes. La couleur rouge est due à la présence de fer ferrique Fe3+. Parfois le fer est sous forme ferreuse Fe2+, ce qui donne à la roche une couleur verte.
Pour former de la radiolarite, les coques de radiolaire doivent être préservées. Si l'on observe une courbe représentant la dissolution de la silice en fonction de la profondeur, on s'aperçoit que le taux de dissolution est très élevé à la surface alors qu'il est quasi nul en profondeur. Or les radiolaires vivent dans la couche d'eau superficielle des océans et leurs coques devraient être dissoutes à leur mort. Puisque certaines coques ne sont pas dissoutes, il existe au moins un mécanisme les protégeant de la dissolution lors de leur passage dans la couche superficielle : les radiolaires font partie des réseaux trophiques. Lorsqu'un prédateur mange un radiolaire, il rejette la coque dans ses pelotes fécales. La coque emprisonnée dans la matière organique des pelotes n'est plus en contact avec l'eau de mer et ne peut être dissoute. Ensuite, la coque rejoint les couches d'eau plus profondes où il n'y a plus de dissolution, les traverse et tombe sur le fond de l'océan où elle va sédimenter.
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