Phylogénomique

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La phylogénomique[1] désigne la rencontre de deux champs de recherche : la phylogénie et la génomique[2]. Ce terme est employé dans plusieurs contextes différents mais désigne toujours une catégorie d'analyse impliquant des données génomique et de l'inférence évolutive, en particulier la reconstruction phylogénétique.

La phylogénomique sert la prédiction des fonctions de gènes basée sur leur histoire évolutive dans l'arbre phylogénétique. C'est sous cette forme que le terme a été employé pour la première fois[3],[4]. Elle conjecture la reconstruction phylogénétique par combinaison d'un grand nombre de gènes ou de génomes complets[5],[6],[7] et opère la fusion des données issues de l'analyse des génomes et de la reconstruction phylogénétique[8],[9].

Notes et références[modifier | modifier le code]

  1. Le terme a été créé par Jonathan A. Eisen en 1997.
  2. Overview of the First Phylogenomics Conference
  3. Eisen J.A, Kaiser D, Myers RL. 1997. Gastrogenomic delights: a movable feast. Nat. Med. 3(10):1076-8. PMID 9334711
  4. Eisen J.A. 1998. Phylogenomics: improving functional predictions for uncharacterized genes by evolutionary analysis. Genome Res. 8(3):163-7. PMID 9521918
  5. Delsuc F, Brinkmann H, Philippe H.Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life. Nat Rev Genet. 2005 6(5):361-75.
  6. Philippe H, Snell EA, Bapteste E, Lopez P, Holland PW, Casane D. Mol Biol Evol. 2004 Sep;21(9):1740-52. Phylogenomics of eukaryotes: impact of missing data on large alignments.
  7. Jeffroy O, Brinkmann H, Delsuc F, Philippe H. Phylogenomics: the beginning of incongruence? Trends Genet. 2006 Apr;22(4):225-31. PMID 16490279
  8. Eisen JA, Fraser CM. Phylogenomics: intersection of evolution and genomics. Science. 2003 Jun 13;300(5626):1706-7. PMID 12805538
  9. Eisen JA, Hanawalt PC. A phylogenomic study of DNA repair genes, proteins, and processes. Mutat Res. 1999 Dec 7;435(3):171-213. PMID 10606811