Modèle:Infobox Protéine/Caractéristiques espèces/Documentation

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Ceci est la page de documentation de Modèle:Infobox Protéine/Caractéristiques espèces [modifier] [purger].

Cette sous-page contient les instructions et les catégories de son modèle d'origine et elle n'est pas destinée à être visualisée directement.

Ce modèle respecte les conventions des Infobox V2.

Les infobox version 2 améliorent l’aspect, la simplicité et la flexibilité des infobox de Wikipédia. L’intérêt est d’harmoniser l’apparence par des feuilles de style en cascade, des pictogrammes thématiques, une simplification du code ainsi que la possibilité de généricité qui consiste à fusionner plusieurs modèles en un seul ; autrement dit, utiliser le moins de ressources possible et obtenir un produit harmonisé.

Ce modèle permet la mise en place d'une infoboîte modulaire sur les pages consacrées à une protéine ou à une enzyme particulière. Il est à utiliser conjointement avec {{Infobox Protéine}}, ces deux modèles devant être encadrés par {{Infobox/Début}} et {{Infobox/Fin}}.

Syntaxe[modifier le code]

Les champs à compléter pour cette infoboîte sont les suivants : 

{{Infobox/Début}}
{{Infobox Protéine
 | nom                 = 
  [...]
}}
{{Infobox Protéine/Caractéristiques espèces
 | nom espèce          = 
 | chromosome          = 
 | bras                = 
 | bande               = 
 | fin_de_locus        = 
 | localisation        = 
 | point isoélectrique = 
 | masse_en_daltons    = 
 | nbre_de_residus     = 
 | AltSymbols          = 
 | mise_en_boite       = 
 | DrugBank            = 
 | EntrezGene          = 
 | HGNCid              = 
 | OMIM                = 
 | UniProt             = 
 | RefSeq_ARNm         = {{RefSeq|}}
 | RefSeq_prot         = {{RefSeq|}}
 | Ensembl             = 
 | PDB_liste           = {{PDB2|}}
 | symbole             = 
 | hugo                = 
}}
{{Infobox/Fin}}

Paramètres[modifier le code]

Cette infoboîte permet d'indiquer les données générales d'une protéine. Les données relatives à une sous-unité ou à un peptide exprimé à partir d'un gène précis chez une espèce données sont à indiquer à l'aide de l'infoboîte « Infobox Protéine/Caractéristiques espèces ».

Paramètres du modèle

ParamètreDescriptionTypeÉtat
Nom de l'espècenom espèce

Espèce biologique telle que spécifiée pour ce peptide sur UniProt.

Exemple
Homo sapiens
Chaînefacultatif
Chromosomechromosome

Chromosome si l'espèce est Homo sapiens

Chaînefacultatif
Brasbras

Bras chromosomique p ou q si l'espèce est Homo sapiens

Chaînefacultatif
Bandebande

Bande cytogénétique si l'espèce est Homo sapiens

Chaînefacultatif
Fin de locusfin_de_locus

Fin du locus si l'espèce est Homo sapiens

Chaînefacultatif
Chromosome et locuschromosome et locus

Chromosome et locus sans lien à la base NCBI pour les espèces autres que Homo sapiens.

Chaînefacultatif
Localisationlocalisation

Localisation intracellulaire

Chaînefacultatif
Point isoélectriquepoint isoélectrique

Point isoélectrique.

Chaînefacultatif
Masse en daltonsmasse_en_daltons

Masse moléculaire en daltons.

Nombrefacultatif
Nombre de résidusnbre_de_residus

Nombre de résidus d'acides aminés du peptide natif exprimé à partir du gène, c'est-à-dire avant modifications post-traductionnelles.

Nombrefacultatif
Symboles alternatifsAltSymbols

Symboles alternatifs.

Chaînefacultatif
N° ECNomenclature_EC

Numéro EC de l'activité enzymatique portée par la chaîne polypeptidique codée par ce gène. Si plusieurs activités enzymatiques existent pour cet unique peptide, les numéros EC doivent être concaténés avec le signe « + ».

Exemple
4.2.1.17+1.1.1.35
Chaînefacultatif
DrugBankDrugBank

Code DrugBank.

Exemple
DB00030
Chaînefacultatif
Mise en boîtemise_en_boite

Écrire « oui » si l'on souhaite placer les paramètres suivants dans une boîte déroulante. Cela peut être indispensable lorsque les données sont très nombreuses (c'est notamment le cas des structures PDB, mais aussi des liens RefSeq), afin de les masquer par défaut dans l'affichage de l'infoboîte, et de ne les afficher qu'à la demande, voire de les masquer complètement sur les terminaux mobiles.

Chaînefacultatif
EntrezGeneEntrezGene

Identifiant du peptide sur la base de donnée Entrez.

Chaînefacultatif
HUGOHGNCid

Identifiant du peptide sur la base de données HUGO de l'Human Genome Organisation.

Chaînefacultatif
OMIMOMIM

Identifiant du peptide sur la base de données OMIM.

Chaînefacultatif
UniProtUniProt

Identifiant du peptide sur la base de données UniProt

Chaînefacultatif
RefSeqRefSeq

(obsolète car ambigu) Identifiant sur la base de données Reference Sequence.

Chaînefacultatif
RefSeq_ARNmRefSeq_ARNm

Identifiants des séquences de référence de l'ARN messager transcrit à partir du gène. Ces identifiants sont à indiquer à l'aide du modèle {{RefSeq|}}, qui génère le lien correspondant vers la base RefSeq.

Chaînefacultatif
RefSeq_protRefSeq_prot

Identifiants des séquences de référence des peptides traduits à partir du gène. Ces identifiants sont à indiquer à l'aide du modèle {{RefSeq|}}, qui génère le lien correspondant vers la base RefSeq.

Chaînefacultatif
EnsemblEnsembl

Identifiant du peptide sur la base Ensembl.

Chaînefacultatif
PDBPDB

(obsolète) Identifiant d'une structure PDB représentant le peptide. Ce paramètre ne permet d'indiquer qu'une seule référence, ce qui est très insuffisant, la plupart des peptides dont la structure tridimensionnelle a été résolue ayant de nombreuses entrées PDB.

Chaînefacultatif
Liste PDBPDB_liste

Liste de structures PDB entrées à l'aide du modèle {{PDB2|}}. Ces structures peuvent être très nombreuses (plusieurs dizaines, voire centaines), auquel cas il est préférable de les placer en boîte déroulante.

Chaînefacultatif
Symbolesymbole

Symbole du gène pour affichage de liens complémentaires.

Chaînefacultatif
HUGOhugo

Identifiant HUGO pour affichage de liens complémentaires.

Chaînefacultatif
N° CASCAS_number

Numéro CAS de la protéine ou de l'enzyme

Chaînefacultatif
N° CAS supplémentaireCAS_supplemental

Complément au n° CAS.

Chaînefacultatif
Poids moléculairepoids moléculaire

(obsolète) Poids moléculaire.

Chaînefacultatif
Préfix ATCATC_prefix

(obsolète) Préfixe ATC.

Chaînefacultatif
Suffixe ATCATC_suffix

(obsolète) Suffixe ATC.

Chaînefacultatif
Supplément ATCATC_supplemental

(obsolète) Complément ATC.

Chaînefacultatif

Exemple[modifier le code]

Protéine trifonctionnelle mitochondriale
Caractéristiques générales
Nom approuvé Hydroxyacyl-CoA déshydrogénase / 3-Cétoacyl-CoA thiolase / Énoyl-CoA hydratase (protéine trifonctionnelle)
Symbole MTP
N° EC 4.2.1.17+1.1.1.35+2.3.1.16
Gène HADHA – Sous-unités α
Homo sapiens
Locus 2p23.3
Masse moléculaire 83 000 Da[1]
Nombre de résidus 763 acides aminés[1]
N° EC 4.2.1.17+1.1.1.35
Entrez 3030
HUGO 4801
OMIM 600890
UniProt P40939
RefSeq (ARNm) NM_000182.4
RefSeq (protéine) NP_000173.2
Ensembl ENSG00000084754

GENATLAS • GeneTests • GoPubmed • HCOP • H-InvDB • Treefam • Vega

Liens accessibles depuis GeneCards et HUGO.
Gène HADHB – Sous-unités β
Homo sapiens
Locus 2p23.3
Masse moléculaire 51 294 Da[1]
Nombre de résidus 474 acides aminés[1]
N° EC 2.3.1.16
Liens accessibles depuis GeneCards et HUGO. 
 
{{Infobox/Début}}
{{Infobox Protéine
 | nom                 = Protéine trifonctionnelle mitochondriale
 | nom approuvé        = Hydroxyacyl-CoA déshydrogénase / 3-Cétoacyl-CoA thiolase / Énoyl-CoA hydratase (protéine trifonctionnelle)
 | image               = 
 | image-taille        = 
 | légende             = 
 | symbole             = MTP
 | synonymes           = 
 | fonction            = 
 | distribution        = 
 | N°_EC               = 4.2.1.17+1.1.1.35+2.3.1.16
 | DrugBank            = 
 | ATC_liste           = {{ATC|}}
 | PDB_liste           = {{PDB2|}}
}}
{{Infobox/Sous-titre
 | Gène ''HADHA'' – Sous-unités α
}}
{{Infobox Protéine/Caractéristiques espèces
 | nom espèce          = Homo sapiens
 | chromosome          = 2
 | bras                = p
 | bande               = 23.3
 | fin_de_locus        = 
 | localisation        = 
 | point isoélectrique = 
 | masse_en_daltons    = 83000
 | nbre_de_residus     = 763
 | AltSymbols          = 
 | Nomenclature_EC     = 4.2.1.17+1.1.1.35
 | mise_en_boite       = 
 | DrugBank            = 
 | EntrezGene          = 3030
 | HGNCid              = 4801
 | OMIM                = 600890
 | UniProt             = P40939
 | RefSeq_ARNm         = {{RefSeq|NM_000182.4}}
 | RefSeq_prot         = {{RefSeq|NP_000173.2}}
 | Ensembl             = ENSG00000084754
 | PDB_liste           = {{PDB2|}}
 | symbole             = HADHA
 | hugo                = 4801
}}
{{Infobox/Sous-titre
 | Gène ''HADHB'' – Sous-unités β
}}
{{Infobox Protéine/Caractéristiques espèces
 | nom espèce          = Homo sapiens
 | chromosome          = 2
 | bras                = p
 | bande               = 23.3
 | fin_de_locus        = 
 | localisation        = 
 | point isoélectrique = 
 | masse_en_daltons    = 51294
 | nbre_de_residus     = 474
 | AltSymbols          = 
 | Nomenclature_EC     = 2.3.1.16
 | mise_en_boite       = oui
 | DrugBank            = 
 | EntrezGene          = 3032
 | HGNCid              = 4803
 | OMIM                = 143450
 | UniProt             = P55084
 | RefSeq_ARNm         = {{RefSeq|NM_000183.2}}, {{RefSeq|NM_001281512.1}}, {{RefSeq|NM_001281513.1}}, {{RefSeq|XM_011532803.1}}, {{RefSeq|XM_011532804.1}}
 | RefSeq_prot         = {{RefSeq|NP_000174.1}}, {{RefSeq|NP_001268441.1}}, {{RefSeq|NP_001268442.1}}, {{RefSeq|XP_011531105.1}}, {{RefSeq|XP_011531106.1}}
 | Ensembl             = ENSG00000138029
 | PDB_liste           = {{PDB2|}}
 | symbole             = HADHB
 | hugo                = 4803
}}
{{Infobox/Fin}}

Voir aussi[modifier le code]


  1. ↑ a b c et d Les valeurs de la masse et du nombre de résidus indiquées ici sont celles du précurseur protéique issu de la traduction du gène, avant modifications post-traductionnelles, et peuvent différer significativement des valeurs correspondantes pour la protéine fonctionnelle.
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