Microbiote

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Escherichia coli, l'une des espèces bactériennes sous-dominantes du microbiote intestinal

Le microbiote est l'ensemble des micro organismes (bactéries, levures, champignons, virus) vivant dans un environnement spécifique (appelé microbiome). Par exemple, le microbiote intestinal, anciennement appelé flore intestinale, constitue l'ensemble des micro organismes vivant dans l'intestin soit environ 100 000 milliards, soit au moins dix fois plus que le nombre moyen de cellules de l'organisme. Cependant, une étude plus récente, toujours en cours de révision par les pairs, estime plutôt le microbiome intestinal à environ 39 000 milliards de bactéries et celui des cellules du corps humain moyen à environ 30 000 milliards. Ainsi, le ratio se rapprocherait plutôt du 1:1 plutôt que du 10:1 ou 100:1 accepté depuis les années 1970[1]. Au même titre que le microbiote intestinal (et plus généralement du microbiote de l'organisme humain), il existe également un microbiote du sol et de l’océan.

Candida albicans est l'un des nombreux champignons qui peut naturellement se développer dans l'intestin, contribuant à la digestion, mais pathogène s'il se surdéveloppe ou colonise d'autres organes
Toute croissance anormale de cet organisme (Clostridium difficile) est nuisible, voire fatale pour l'hôte

Le génome du microbiote se dénomme métagénome. Un animal ou un végétal dont le microbiote est contrôlé puisqu'il est étudié dans un environnement sans bactéries dit gnotobiotique (gnotos, « connu », biota, « biote »)[2]. La science qui les étudie est la gnobiologie[3].

La théorie hologénomique de l'évolution (en) postule que les forces évolutives agissent sur l'holobionte (animal ou plante associé à leurs microorganismes) et que le devenir évolutif des symbiotes est lié à celui de l'hôte.

Les techniques de biologie moderne utilisent l'approche métagénomique pour étudier les micro-organismes composant le microbiote dans un environnement donné.

Microbiote intestinal[modifier | modifier le code]

Microbiote cutané[modifier | modifier le code]

Article détaillé : microbiote cutané humain.

Microbiote vaginal[modifier | modifier le code]

Article détaillé : microbiote vaginal humain.

Le microbiote vaginal, ou flore vaginale, est l'ensemble des micro-organismes qui se trouvent dans le vagin. Ils permettent de limiter les infections en créant une compétition avec les germes pathogènes. Il est constitué en majorité de bactéries appartenant au genre Lactobacillus. Le microbiote vaginal est normalement très stable, essentiellement composée de 4 genres de bactéries de types lactobacilles[4].

Le bacille de Döderlein en est l'un des principaux constituants[5].

La réduction du pH par la production d'acide lactique assure un rôle anti-pathogène (barrière physique, production de substances microbicides). On retrouve aussi une minorité de bactérie anaérobies telles que Gardnerella vaginalis ou Candida albicans qui, lorsqu’elles prolifèrent de façon anormale, sont responsables d'infections vaginales : un changement de la composition du microbiote vaginal peut être associé à une vaginose.

Notes et références[modifier | modifier le code]

  1. (en) Ron Sender, Shai Fuchs et Ron Milo, « Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body », bioRxiv,‎ , p. 036103 (DOI 10.1101/036103, lire en ligne)
  2. Éditions Larousse, « Définitions : gnotobiotique - Dictionnaire de français Larousse », sur www.larousse.fr (consulté le 1er mars 2016)
  3. (en)Page sur la gnobiologie (en anglais)
  4. (en) Ravel J. et al. « Vaginal microbiome of reproductive-age women » Proc Natl Acad Sci U S A. 2011; 108(Suppl 1):4680–7. PMID 20534435
  5. JP Lepargneur JP et V Rousseau. « Rôle protecteur de la flore de Doderlein [Protective role of the Doderleïn flora »] J Gynecol Obstet Biol Reprod (Paris) 2002 ;31(5):485-94. PMID 12379833

Voir aussi[modifier | modifier le code]

Bibliographie[modifier | modifier le code]

  • (en) Craig L. Maynard, Charles O. Elson, Robin D. Hatton et Casey T. Weaver, « Reciprocal interactions of the intestinal microbiota and immune system », Nature 2012, vol. 489, pp. 231-241. PMID 22972296
  • (en) Valentina Tremaroli et Fredrik Bäckhed, « Functional interactions between the gut microbiota and host metabolism », Nature 2012, vol. 489, pp. 242-249. PMID 22972297
  • Patrice Debré, L'Homme microbiotique, Odile Jacob,‎ (ISBN 978-2738133373, lire en ligne)

Articles connexes[modifier | modifier le code]

Liens externes[modifier | modifier le code]