Maladie à coronavirus 2019

Covid-19

Maladie à coronavirus 2019 (Covid-19)

Données clés

Causes	SARS-CoV-2
Transmission	Transmission aéroportée (d), contamination par les sécrétions respiratoires (d), transmission par contact (d), transmission directe (d), transmission par surface contaminée (d) et infection de l’œil (d) (?)
Incubation min	2 j
Incubation max	14 j ou 27 j
Symptômes	Fièvre, toux sèche, dyspnée, anosmie

Traitement

Diagnostic	PCR sur prélèvement gorge, nez, poumon et scanner du poumon
Différentiel	Infection virale à H5N1, H7N9, grippe et toutes infections pulmonaires bactériennes et virales y compris MERS, SRAS et tuberculose
Traitement	Traitement symptomatique, antiviral, oxygénothérapie normobare, immunothérapie, thérapie par immunoglobulines, immunosuppresseur, sérum immun et traitement de la Covid-19
Spécialité	Infectiologie, pneumologie, virologie, épidémiologie et médecine d'urgence

Épidémiologie

Mortalité	2,5 % des personnes déclarées atteintes [réf. nécessaire]

Classification et ressources externes

CIM-10	U07.1 et U07.2
OMIM	301051
DiseasesDB	60833
MedlinePlus	007768
eMedicine	2500114
MeSH	D000086382

Mise en garde médicale

La maladie à coronavirus de 2019 ou Covid-19 (acronyme anglais signifiant coronavirus disease 2019) est une maladie infectieuse émergente causée par une souche de coronavirus appelée SARS-CoV-2, contagieuse avec transmission interhumaine via des gouttelettes respiratoires ou en touchant des surfaces contaminées puis en touchant son visage. Les symptômes les plus fréquents sont la fièvre, la toux et la gêne respiratoire mais elle peut provoquer une détresse respiratoire aigüe pouvant entraîner la mort du patient. Le lavage très fréquent des mains, la limitation des contacts inter-humains notamment avec les personnes fragiles, ainsi que le port d'un masque médical permettent de limiter très fortement la transmission du virus.

Cette maladie est apparue en novembre 2019 à Wuhan, en Chine centrale. L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré que cette épidémie était une urgence de santé publique de portée internationale (USPPI) le 30 janvier 2020 et une pandémie de la Covid19 le 11 mars 2020. Elle se propage ensuite en Corée du Sud, au Japon, en Iran et en Europe.

Parmi ses principales conséquences, des mesures nationales sévères de confinement ont été prises d'abord en Chine dès janvier 2020, puis dans de nombreux autres pays en mars (Italie, Espagne, France, Suisse, Belgique, Canada etc.). Ces mesures ont provoqué des annulations en série de rassemblements et des fermetures de frontières, un brusque ralentissement de l'économie mondiale et un krach boursier le 12 mars 2020.

Historique de la découverte de la maladie

Le premier cas rapporté est un patient de 55 ans tombé malade le 17 novembre 2019 en Chine, selon le South China Morning Post. Le 15 décembre, le nombre de cas était de 27, et le 20 décembre de 60, incluant plusieurs personnes qui, travaillant au marché de gros de fruits de mer de Huanan, sont hospitalisées à l'hôpital de Huanan pour pneumopathie. À ce stade, il n'est pas certain que la contamination se fasse d'homme à homme, les malades ayant pu être contaminés par une source animale commune.

Le 21 décembre, le kit diagnostic ciblant 22 germes pathogènes respiratoires (18 virus et 4 bactéries) donnant un résultat négatif, les médecins réalisent à ce stade qu'ils sont en présence d'un nouvel agent pathogène respiratoire.

Le 31 décembre 2019, l'OMS est informée de l'existence de cas de pneumonie d'origine inconnue dans le Wuhan. Le 7 janvier, les autorités chinoises signalent une soixantaine de victimes, et isolent un nouveau type de coronavirus : le SARS-CoV-2 (deuxième coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère), à l'origine de cette maladie à coronavirus 2019, ou Covid-19. Le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) aux États-Unis communiquent le 6 janvier 2020 sur les risques d’une épidémie, l'Organisation Mondiale de la Santé fait de même le 9 janvier.

Le 21 janvier 2020, l'Organisation Mondiale de la Santé émet son premier rapport journalier sur ce qui allait devenir une pandémie. Le 23, l'OMS indique que la maladie est clairement transmissible entre humains. Le 24, l'OMS indique que le mode de transmission de la maladie est très probablement celui des autres coronavirus : gouttelettes éjectées (par postillons, lors de toux ou d'éternuements), contacts directs ou via des objets contaminés.

Le 26 janvier, Ma Xiaowei (en), dirigeant la Commission nationale de la Santé (CNS) de Chine, indique que ce nouveau virus a une période d’incubation pouvant aller jusqu’à deux semaines, et surtout que la contagion est possible durant la période d’incubation. De ce fait, s'il ne fait pas l'objet d'une politique de détection systématique et précoce, il est susceptible de se répandre avec une croissance exponentielle.

Le 30 janvier, l'OMS déclare que cette épidémie constitue une urgence sanitaire internationale.

Certains évoquent la « maladie X » (nom donné en 2018 par l'OMS à une maladie susceptible de causer un danger international).

Le 17 février, les experts chinois confirment l'efficacité de la chloroquine dans la lutte contre l'infection virale.

Le 27 février, l'OMS publie un guide sur les mesures préventives destinées à freiner l'épidémie.

Cause : Coronavirus SARS-CoV-2

Le coronavirus SARS-CoV-2 génère la maladie infectieuse Covid-19.

Pénétration dans l'organisme

Les virus infectent généralement les cellules en y entrant via une endocytose médiée par un récepteur auquel chaque virus doit d'abord se lier. Le récepteur utilisé par le SARS-CoV-2 est une protéine de surface cellulaire : l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2), la même que pour le SARS-CoV. L'ACE2 est une enzyme de conversion des récepteurs cellulaires de l'angiotensine II. Elle est présente sur les « cellules épithéliales alvéolaires AT2 » situées dans les alvéoles pulmonaires, mais aussi dans l'œsophage (dans les cellules épithéliales supérieures et stratifiées), dans les entérocytes absorbants de l'iléon et du côlon et dans le pancréas (de légères pancréatites sont d'ailleurs observés, via analyses d'amylase et de lipase et via l'imagerie médicale, chez les malades légèrement ou sévèrement atteints par la Covid-19). Les « cellules à AT2 » sont connues pour être sujettes aux infections virales.

L'une des protéines régulant l'endocytose est la kinase 1, associée à AP2 (AAK1). Ceci en fait une cible thérapeutique : des antiviraux pourraient modifier son fonctionnement, et ainsi protéger de l'infection.

Le virus pourrait s'introduire dans le liquide cérébrospinal des contaminés.

Répartition dans l'organisme

La répartition du virus dans l'organisme n'est pas encore précisément connue (mars 2020). Elle pourrait varier selon les souches virales.

Selon une synthèse basée sur 1 070 échantillons prélevés à l'hôpital en Chine en janvier-février 2020 et publiée le 11 mars 2020, les taux positifs les plus élevés ont été trouvés dans les lavages bronchoalvéolaires (14 cas sur 15 ; soit 93 %). Venaient ensuite les expectorations (72 cas sur 104 ; 72 %), les écouvillons nasaux (5 cas sur 8 ; 63 %), la biopsie par fibrobronchoscopie (6 cas sur 13 ; 46 %), le pharynx (126 cas sur 398 ; 32 %), les matières fécales (44 cas sur 153 ; 29 %) et enfin dans le sang (3 cas sur 307 ; 1 %). Dans aucun cas le virus n'a été retrouvé dans l'urine, mais les auteurs notent qu'un SARS-CoV-2 infectieux a été trouvé dans les selles de deux patients sans diarrhées.

Dangerosité comparative

Le taux de reproduction de base est le nombre moyen d'individus qu'une personne infectieuse peut infecter, tant qu'elle est contagieuse.

Le temps de génération est le délai qui sépare l'apparition des signes cliniques d'une personne infectée et l'apparition des signes cliniques des ou de la personne qu'elle a infectée.

Virus	Maladie	Transmission respiratoire	Taux de reproduction de base	Taux de mortalité pour 1000	Temps de génération (jours)	Contagion avant l'apparition des symptômes
SARS-CoV-2	Covid-19	Oui	Entre 3 et 4	Entre 10 et 30	> 3	Oui
Alphainfluenzavirus Betainfluenzavirus Gammainfluenzavirus	grippe	Oui	1,4	1	> 3	Oui
SARS-CoV	SRAS	Oui	Supérieure à 2	94	> 3	Non (trois jours après la toux)
MERS-CoV	SRMO	Oui	Inférieure à 1	344	> 3
Morbillivirus (measles virus)	rougeole	Oui	12	1	> 3	Non mais signes très légers

Bien entendu, l'existence d'une vaccination efficace réduit considérablement l'impact d'un virus dangereux.

Transmission

La première étude (portant sur les 425 premiers cas) dans The New England Journal of Medicine, montre que la transmission inter-humaine date au moins de la mi-décembre 2019.

Pour éviter une trop grande proxémie, une distance supérieure à un mètre semble généralement suffisante pour se protéger, par précaution 2 m, voire plus, sont parfois proposés ou imposés. Le 10 mars 2020, la presse relate une étude chinoise qui porterait cette distance à 4,50 m en milieu clos (bus par exemple)^{[réf. nécessaire]}. En présence d'aérosols et non de gouttelettes, le masque FFP2 est efficace.

Contagiosité

La contagiosité du SARS-Cov-2 serait notamment due à sa capacité à être clivé par la furine (protéine présente dans de nombreux tissus), ce qui n'était pas le cas des deux autres coronavirus hautement pathogènes pour l'humain.

Durée de la période d'excrétion virale

Cette période correspond au temps durant lequel un malade est potentiellement contagieux.

Mi-mars 2020, on manque de données concernant les porteurs asymptomatiques et/ou non-hospitalisés, mais chez les patients hospitalisés, la durée médiane d'excrétion virale était de 20 jours environ chez les survivants, et le SARS-CoV-2 était détectable jusqu'à la mort chez tous les non-survivants. Il est probable que ces patients sont ceux qui excrètent le plus de virus, et le plus longtemps. La durée la plus longue d'excrétion virale observée parmi près de 200 cas étudiés a été (parmi les survivants) de 37 jours.

Cette excrétion, plus précoce et plus longue qu'attendue, est à prendre en compte dans les modélisations épidémiologiques. Elle confirme la nécessité d'isoler les patients infectés et de rechercher des antiviraux plus efficaces.

Chez les enfants

Ils ne présentent souvent que des symptômes bénins (ou aucun symptôme) mais excrètent le virus et peuvent être alors contagieux. De plus l'excrétion virale dans les selles persiste même après la disparition du virus dans les excrétions nasales ou dans les écouvillonages de la gorge, avec des écarts constatés de 8 à 20 jours. Ce fait évoque des mécanismes différents de ceux constatés chez les adultes.

Taux de contagion

Selon de premiers travaux de recherche, le taux de reproduction de base (noté R₀) qui est un indice de contagiosité se situerait entre 2,2 et 3,5. Il est de 2,2 (intervalle de confiance 95 %, de 1,4 à 3,9) sur les 425 premiers cas confirmés.
Une revue de la littérature publiée entre le 1^er janvier 2020 et le 7 février 2020 indique une médiane du taux de reproduction de base (R₀) à 2,79.

Ce taux pourrait varier selon les souches émergentes du virus ou avec une baisse de virulence (classique chez le virus en cas de pandémie)

Taux d’attaque secondaire

Ce taux décrit le nombre de foyers secondaires apparaissant à partir d'un foyer primaire. Il indique la facilité d'une infection à se propager dans un lieu clos (foyer...). Une publication du 27 février dans le Lancet, estime ce taux d'attaque secondaire à 35 %.

Transmission en phase d'incubation

Elle est prouvée par des tests faits systématiquement chez des sujets ayant eu un contact avec un cas « index ». A été ainsi mis en évidence :

• la présence du SARS-CoV-2 dans des frottis nasopharyngés au moyen de la technique de PCR quantitative par transcriptase inverse (qRT-PCR) ;
  Une étude de la charge virale des écouvillons nasaux et de la gorge obtenus auprès des 17 patients symptomatiques en fonction du jour d'apparition de tout symptôme est publiée le 19 février ;
• une charge virale élevée (environ 100 000 000 de copies (du virus) par millilitre de crachat).

Transmission durant la maladie

• Des charges virales plus élevées sont détectées peu après l'apparition des symptômes, avec des valeurs plus fortes dans le nez que dans la gorge. Le schéma d'excrétion virale par les malades symptomatiques semble plus proche de celui des sujets grippés que de celui observé chez les patients infectés par le SARS-CoV.

Voies de transmission interhumaine

Estimation du nombre de cas de Covid-19 à Wuhan en fonction du taux de reproduction de base (R0).

Au 14 mars les modalités précises de transmission sont encore mal cernées. Certaines personnes infectées n'ont pas transmis le virus, tandis que d'autres l'ont transmis à plusieurs personnes.

Plusieurs voies de transmission semblent coexister :

• la voie respiratoire directe : C'est la plus commune. Elle se fait via l'inhalation de gouttelettes respiratoires expulsées par le nez ou par la bouche d'une personne infectée^{[réf. nécessaire]} ;
• par contact avec une surface ou un objet infecté : Les doigts qui se sont contaminés sur une surface, s'ils sont ensuite portés à la bouche, près des narines ou sur l'œil, peuvent être vecteurs du virus. Les virus du SRAS et du MERS pouvaient rester infectieux sur des surfaces lisses et certains objets (dits fomites) : ceci est aussi démontré depuis février 2020 pour le SARS-CoV-2. Mi-mars, on estime qu'à l'intérieur d'une pièce, un coronavirus reste infectieux 9 jours sur des substrats lisses non-poreux, sauf sur le cuivre ou les métaux à base de cuivre (laiton, bronze) qui sont naturellement biocides. La demie-vie du HCoV-19 (temps nécessaire pour que la moitié des virus soient inactivés) est d'environ 13 heures sur de l'inox et 16 heures sur du polypropylène ;
• par des virus aérosolisés : une transmission par aérosols a été suggérée par l'OMS et confirmée (le virus pouvant alors rester infectieux 2 à 3 h dans l'air, sans doute plus si l'hygrométrie est très élevée) ;
• par des particules ou gouttelettes fécales ou des personnes se lavant mal les mains après être passées aux toilettes. Ceci a d'abord été suggéré en février par deux laboratoires d'État chinois puis confirmé dans JAMA le 12 mars 2020, ce qui est cohérent avec le fait que le récepteur de surface utilisé par le virus pour pénétrer dans une cellule est aussi présent dans les entérocytes de l'iléon et dans les colonocytes du tube digestif ;
• par des eaux usées (en cas de fuites…) : lors de la pandémie de SRAS 2002-2003, une flambée majeure de SARS-CoV a concerné 321 personnes infectées dans un même immeuble de grande hauteur, au même moment, à Hong Kong. La conduite d'eau usée qui descendait à l'extérieur à proximité d'une rangée verticale de climatiseurs et de fenêtres a été jugée responsable de cette brutale contagion.

Transmission par des sujets asymptomatiques

Elle existe ; et leur charge virale est similaire à celle des patients symptomatiques. On le sait grâce au test RT-PCR (réaction en chaîne par polymérase en transcription inverse) qui peut détecter à la fois la Covid-19 symptomatique et asymptomatique et les autorités chinoises l'ont confirmé dès le 26 janvier 2020.

Cependant mi-mars 2020, la part réelle des asymptomatiques parmi les malades reste inconnue. On sait néanmoins que :

• des transmissions précoces ont été signalées ;
• en Chine pour les cas avérés (testés par RT-PCR), 1 % environ étaient asymptomatiques (ni fièvre, ni toux sèche ni fatigue), chiffre sous-estimé car n'ont été testés que des cas suspects ;
• en Allemagne, 2 malades asymptomatiques ont été détectés par RT-PCR parmi 114 voyageurs (1,8 %) venant de Wuhan, alors que tous avaient réussi le dépistage basé sur les symptômes ;
• des Japonais évacués du foyer chinois initial ont été diagnostiqués infectés malgré un test RT-PCR initialement négatif. Un homme d’une cinquantaine d’années (qui avait pris le 1^er vol d’évacuation de Wuhan le 29 janvier 2020) a même été testé négatif à deux reprises avant de finalement se montrer atteint au 3^e test (12 jours plus tard), et ce après qu'il soit resté isolé depuis son retour ;
• parmi les passagers du bateau de croisière Diamond Princess testés par PCR, beaucoup étaient porteurs asymptomatiques ; et le nombre de passagers testés positifs a ensuite continué à augmenter . Faute d’un nombre suffisant de lits d’isolement à terre, les malades peu symptomatiques ont été traités à bord. Selon Bwire & Paulo (2020), faute de plans de gestion transnationaux clairs pour le traitement, l'isolement, la quarantaine et l'évacuation des passagers de navires de croisière, ceux-ci « peuvent être le maillon faible » de la lutte contre une telle épidémie (l’Oasis of the Seas embarque jusqu'à 6 296 passagers dans 2 706 cabines) ;
• même très gravement atteints, quelques malades n’ont pas de fièvre (sur 138 patients hospitalisés à Wuhan 98,6 % avaient de la fièvre mais 2 patients (1,4 %), en unité de soins non intensifs, n’en avaient pas ;
• les jeunes et les enfants semblent plus souvent asymptomatiques ou peu symptomatiques ; leur rôle dans la contagion pourrait avoir été sous-estimé, d'autant qu'il y a proportionnellement peu d'enfants en Chine (début mars 2020, dans le monde, 300 millions d'enfants ne se sont pas rendus dans les écoles, ce qui serait alors une mesure utile).

Ces éléments confèrent à la Covid-19 un potentiel pandémique élevé. La détection et l'isolement précoce des cas asymptomatiques pourrait donc être utile mais implique de modifier les stratégies de gestion de la pandémie ;

• les sujets asymptomatiques capables de transmettre des virus sont courants dans les autres infections à coronavirus.
• une étude sur 24 personnes sans signes cliniques mais hospitalisées car ayant un RT-PCR positif montre que seuls 20 % présenteront des signes cliniques, 70 % présenteront des anomalies pulmonaires au CT-SCAN. Les 30 % restants n'auront ni signe clinique ni anomalie pulmonaire. Ces sept cas étaient plus jeunes que les autres avec une médiane d'âge de 14 ans. La médiane de temps entre le premier test positif et la disparition du virus est de dix jours mais avec un maximum de 21 jours. Aucun n'eut de forme sévère. Des contacts des porteurs asymptomatiques ont développé des formes sévères.
• un article (5 mars 2020) confirme l'existence de porteur asymptomatique ayant infecté cinq personnes quatre jours avant l'apparition des premiers symptômes chez lui et qui a été positive à son retour en Chine quatre jours après. Un des patients contaminés est resté positif au test RT-PCR avec une charge virale élevée dans les expectorations ce qui suscite des inquiétudes concernant une excrétion prolongée de SARS-CoV-2 après la récupération. Pourtant, la viabilité du SARS-CoV-2 détecté sur RT-PCR chez ce patient reste à prouver au moyen d'une culture virale.

Survie du virus hors de l'organisme

Elle a dans un premier temps été estimée comprise entre trois heures (en milieu sec) et trois jours (en milieu humide), mais comme pour la plupart des virus, elle varie beaucoup selon les conditions de température et d'humidité, de lumière (les UV solaires le détruisent), et selon le type de surface sur laquelle le virus ou les gouttelettes en contenant se sont déposés.

En février on estimait que le pouvoir infectieux du virus disparaissait en quelques heures. On notait cependant que la Covid-19 se montrait bien plus contagieuse que le SRAS et encore bien plus que le MERS, surtout pour le personnel soignant, surexposé, et ce malgré les masques chirurgicaux souvent.

Une étude américaine récente (10 mars 2020, parue dans le NEJM) a mesuré le temps de 'survie' des virus SARS-Cov-2 et du SARS-Cov ; 1) en aérosol (en suspension sèche dans l'air, c'est-à-dire hors de gouttelettes) et 2) sur 4 types de surfaces :

Virus	En suspension dans l'air	Sur une surface de cuivre	Sur une surface de carton	Sur une surface d'inox	Sur une surface de polypropylène
SARS	Encore très présent après 3 heures.	Les virus infectieux ont disparu en 8 heures.	Les virus infectieux ont disparu en 8 heures.	Encore détectable à faible concentration après 48 heures.	Encore détectable à faible concentration après 72 heures.
SARS-Cov-2	Encore très présent après 3 heures.	Les virus infectieux ont disparu en 4 heures.	Les virus infectieux ont disparu en 24 heures.	Encore détectable à faible concentration après 72 heures.	Encore détectable à faible concentration après 72 heures.

Important : trois heures est la durée maximale testée ci-dessus pour les aérosols (virus en suspension dans l'air) ;
3 heures après l'aérosolisation, le taux de SARS-CoV-2 viables était encore très significatif (le titre infectieux n'était passé que de 103,5 à 102,7 CID50/mL). Il en allait de même pour le SARS-CoV-1 qui en 3 heures passait de 104,3 à 103,5 TCID50/mL.

Cependant, il faut noter que ces deux études ont vocation d'abord à « prévenir le milieu hospitalier et les chercheurs qui manipulent le virus en laboratoire — qui sont en contact étroit avec les agents infectieux — sur différentes surfaces, pour minimiser les risques de contamination et d'infections nosocomiales ». Les quantités de virus et leur charge virale utilisées pour ces tests en laboratoire ne reflètent absolument pas la réalité. L'étude américaine précise d'ailleurs que le virus résiste moins de 5 minutes en dessous de 10 000 particules (contre 100 millions de copies pour test). Il faut donc relativiser ces chiffres inutilement inquiétants.

Transmission humain-animal

Un cas de transmission de l'humain vers l'animal semble documenté à Hong Kong. Il s'agit d'un poméranien testé faiblement positif après que son propriétaire a développé une Covid-19. Selon le ministère de l'Agriculture, des Pêches et de la Conservation de Hong Kong, les experts pensaient unanimement que ce chien avait « un faible niveau d'infection et qu'il s'agirait probablement d'un cas de transmission d'humain à animal ». Des experts médicaux, dont de l'OMS, enquêtent pour déterminer si le chien a été directement infecté ou s'il s'agit d'une contamination acquise via un objet porteur du virus. Pour l'OMS, il n'y avait pas encore de preuve que des animaux, comme les chiens ou les chats, puissent être infectés par ce coronavirus. Les autorités locales recommandent cependant de ne plus embrasser les animaux de compagnie.

Saisonnalité

Une étude chinoise sur la température et le taux d'humidité dans la transmission du virus conclut que celle-ci semble peu influencée par ces paramètres.

La cheffe du Service de virologie du CHU de Caen, Astrid Vabret, rappelle que l'épidémie de SRAS s'est produite de novembre 2002 à juillet 2003, puis de septembre 2003 à mai 2004. De l'automne au printemps, voire à l'été, donc. Et « on ne sait pas quel a été le rôle de la saisonnalité sur le SRAS ». Certes, « les virus sont tués par les hautes températures, mais on parle là de plus de 56 °C », insiste la virologue. « Si l'organisme d'un humain atteint cette température-là, s'il ne peut pas se refroidir, lui aussi meurt. C'est déjà compliqué de survivre à 43 °C ».

Le directeur de l'Institut de santé globale au sein de la faculté de médecine de l'Université de Genève, Antoine Flahault, estime que, « sous les latitudes tempérées, les virus respiratoires, comme ceux de la grippe ou les coronavirus, sont sensibles aux saisons et l'hiver est leur saison de prédilection ».

Aviation

Le trafic aérien a fortement contribué à la rapidité de propagation de la Covid-19.

Incubation

Durée d'incubation, estimée, pour 3 types de coronavirus, par différentes études (boîtes à moustaches) :
Bleu : SARS-CoV-2 ; rose : SARS-CoV ; vert : MERS-CoV
Médiane = point noir ; Intervalle interquartile = encadré ; la longueur des « moustaches » valant 1,5 fois l’écart interquartile.
D'après les 1^res données disponibles pour le SARS-CoV-2 (à confirmer donc...)

La période d'incubation de la Covid-19 serait d'environ cinq jours, le plus souvent comprise entre trois et sept jours. Exceptionnellement, pour un peu plus de 1 % des cas, le temps d'incubation dépasse quatorze jours et très exceptionnellement pourrait durer jusqu'à 24 jours.
Quatorze jours est donc considéré comme un bon délai de sécurité pour savoir si une personne est symptomatiquement infectée, et pour éviter qu'elle ne contamine d'autres gens hors de sa zone de confinement.

Historiquement, fin janvier, l'OMS, en se basant notamment sur les observations anciennes faites sur le MERS, a estimé la durée d'incubation à en moyenne cinq jours (entre deux et dix jours). On savait aussi déjà qu'« on peut être contagieux avant que les signes cliniques soient là », voire sans symptômes, comme avec la grippe ; et « que les cas secondaires sont de plus en plus fréquents ».

Le 6 février 2020, une étude chinoise supervisée par Zhong Nanshan (médecin ayant découvert le SRAS en 2003), menée sur près de 1 100 patients conclut à une incubation de 0 à 24 jours, avec une durée médiane de trois jours.

Le 10 mars, une étude internationale estime l'incubation à 5,1 jours en moyenne, et que 97,5 % des personnes seront malades 11,5 jours après le contact infectieux. Même si dans 101 cas sur 10 000 (99^e percentile), les 14 jours sont dépassés, les auteurs principaux, le docteur Lauer et Ms. Grantz, jugent qu'il n'y a pas lieu de remettre en cause la durée de 14 jours de quarantaine.

Symptômes et manifestations cliniques

Symptômes et manifestations observés.

En février 2020, les signes cliniques sont, selon le British Medical Journal, en fonction de leur fréquence :

• Signes cliniques principaux :
  • la fièvre (sauf chez l'enfant) chez 83 à 98 % des patients,
  • la toux, le plus souvent sèche, chez 59 à 82 % des patients,
  • la dyspnée (gène respiratoire) chez 31 à 55 % des patients.
• Signes secondaires :
  • la fatigue chez 44 à 69 % des patients,
  • les douleurs musculaires chez 11 à 44 % des patients,
  • des maux de gorge chez 5 à 17 % des patients,
  • des crachats chez 26 à 28 % des patients,
  • une anosmie (perte totale de l'odorat),
  • une perte d'appétit chez 40 % des patients.
• Autres signes (retrouvés dans moins de 10 % des cas) :
  • céphalée chez 6 à 8 % des patients
  • vertiges chez 9 % des patients,
  • crachats sanglants chez 5 % des patients,
  • douleurs de poitrine chez 2 à 5 % des patients,
  • écoulement nasal chez 4 % à 5 % des patients,
  • gastro-intestinaux (douleur ou diarrhée) chez 1 à 10 % des patients.

Il peut ne pas y avoir toujours de fièvre et elle n'est pas toujours le premier signe de la maladie (elle peut apparaître après la toux). Sur une étude de 1 099 cas publiée le 28 février dans le NEJM, seules 44 % des personnes étaient fébriles à leur admission, d'autres sont devenues fébriles après leur admission, et 11 % des cas n'ont pas été fiévreux (ici une fièvre est définie comme une température supérieure à 37,5 °C à l'aisselle).

La diarrhée ou des douleurs abdominales apparaissent un ou deux jours avant les troubles respiratoires dans 10 % des cas dans une étude sur 138 patients dans le JAMA publiée le 7 février 2020.

Les critères de gravité sont : une fréquence respiratoire supérieure à 30 par minute, une saturation en oxygène au repos inférieure à 93 % (SaO₂), un rapport pression en oxygène sur concentration en oxygène inférieur à 300 mm de mercure (PaO₂/FiO₂).

Les principales complications sont une détresse respiratoire aiguë dans 30 % des cas, une myocardite dans 10 % des cas et une surinfection bactérienne dans 10 % des cas.

Formes critiques

Chez 52 personnes hospitalisées en unité de soins intensifs, la fièvre était le symptôme le plus fréquent, associée à la pneumonie à SARS-CoV-2, mais tous les patients n'avaient pas de fièvre. Chez six d'entre eux (11,5 %), la fièvre ne fut détectée que deux à huit jours plus tard, et non durant les débuts de la maladie.

Le retard de la manifestation fiévreuse empêche l'identification précoce des patients infectés par le SARS-CoV-2 — s'ils sont asymptomatiques, et complique l'identification des cas suspects.

Facteurs de risque de mortalité

Ils ont été mis à jour le 9 mars 2020 par une étude rétrospective des facteurs de risques chez 191 patients dont 137 ont guéri et 54 sont morts à l’hôpital. Les facteur de risques de mortalité sont :

• une comorbidité (présente dans 48 % des cas) : il s’agit d’hypertension le plus souvent (30 % des comorbidités), devant le diabète (19 %) et les maladies coronariennes (8 %) ;
• un âge avancé ;
• un score SOFA (Sequential Organ Failure Assessment) élevé, c’est-à-dire un risque élevé de défaillances d'organes ;
• un taux de D-dimère supérieur à 1 μg/L lors de l’admission.

Ces informations aideront les cliniciens à mieux identifier, et précocement, les patients à risque.

Pronostic

Avertissements :

1. Deux indicateurs sont à ne pas confondre : taux de létalité (ratio décès sur infections avérées, c'est-à-dire proportion de malades confirmés décédant de la maladie), et taux de mortalité (proportion de décès dans une population entière).
2. Ces calculs restent incertains tant que l'épidémie est en évolution, d'une part car estimer le nombre réel de malades asymptomatiques (nombre sous-estimé) et de morts par le virus est à ce jour impossible. Le nombre de guérisons et de décès, et donc le vrai taux de létalité, ne seront connus qu'après la fin de l'épidémie. Le nombre des malades symptomatiques est certainement sous-estimé, ce qui biaise le calcul des taux (comme ce fut aussi le cas lors des épidémies précédentes de SRAS ou MERS) ; ces taux sont donc indicatifs et provisoires.

Taux de létalité de l'épidémie de coronavirus de 2019-2020

• Au 27 janvier 2020, le taux de létalité provisoire calculé par l'OMS d'après les chiffres fournis par les différents pays, était de 3 % environ (80 décès sur 2 800 infections). Cette valeur provisoire est bien plus faible que ceux des épidémies de SARS-CoV en 2002-2003 (9,6 %) et de MERS-CoV en 2009 (34,4 %) mais néanmoins beaucoup plus élevée que la plupart des virus grippaux touchant les humains.
• Au 11 février 2020, le taux de létalité recalculé par le CDC chinois (« Chinese Center for Disease Control and Prevention » ) sur près de 45 000 cas confirmés, était de 2,3 %, restant bien plus élevé que celui des grippes saisonnières typiques ; il est supérieur à celui de la pandémie grippale de 1957 (0,6 %) qui fit entre 1 et 4 millions de morts, et même à celui de la pandémie de grippe espagnole (1918) (2 %).
• Au 28 février 2020, sur la base du nombre de pneumonies hospitalisées confirmées, une étude chinoise portant sur les 421 premiers cas donne un taux de létalité d'environ 2 %, suggérant des conséquences proches de celles d'une épidémie de grippe saisonnière sévère, ou d'une grippe pandémique modérée (comme celles de 1957 et 1968), plutôt que de celles d'une épidémie type SARS ou MERS.

Taux de létalité en fonction de l'âge. Le groupe des plus de 65 ans est beaucoup plus vulnérable au SARS-CoV-2 que les jeunes.

Taux de létalité en fonction des pathologies existantes

Source : Centre chinois pour le contrôle et la prévention des maladies. Données au 11 Février

HTA	Diabète	Maladies cardiovasculaires	Maladies respiratoires	Cancer
6%	7,3%	10,5%	6,3%	5,6%

L'hypertension semble être le facteur de risque le plus important dans une étude du 24 mars . Les coronavirus SARS et SARS-Cov-2 utilise le récepteur ACE2 pour entrer dans l'épithélium respiratoire. Plusieurs hypothèses sont avancées soit la perturbation du fonctionnement des ACE2 par un traitement anti-hypertenseur ciblant les récepteurs ou les enzymes impliquées dans le fonctionnement de ces récepteurs. Un autre mécanisme évoqué est la sur expression des ACE2 chez les patient atteints d'hypertension ou de diabète. Ce même mécanisme pourrait être à l'origine de l'effet délétère de ibuprofène sur la maladie.

Sexe

La surmortalité de cette infection chez l'homme par rapport à la femme pourrait s'expliquer par des phénomènes hormonales , les œstrogènes et progestérone stimulent l'immunité innée et acquise et de nombreux gènes régulant l’immunité se trouve sur le chromosome X.

Diagnostic

Au début de l’épidémie, des critères avaient été définis pour réaliser les tests diagnostiques. Au 6 mars 2020, devant la diffusion mondiale du virus et l’apparition de plusieurs foyers importants, ces critères sont devenus de plus en plus obsolètes. Le fait de revenir d'un séjour dans une région infectée est suffisant pour justifier une recherche par RT-PCR et/ou la réalisation d'un CT scan des poumons si un patient présente les signes décrits ci-dessus.

Les CDC définissent un « contact étroit » comme le fait d'être à moins de deux mètres d'un malade suspecté ou confirmé ou dans une pièce ou une zone de soins pendant une période prolongée sans équipement de protection individuelle ou exposé directement aux sécrétions d'une personne infectée par le SARS-CoV-2.

Le diagnostic repose sur la mise en évidence du virus par la technologie RT-P.C.R (amplification génique après transcription inverse) sur des frottis nasopharyngés. Cependant, ce diagnostic n'est pas à la portée de tous les systèmes de santé, et il n'existe pas de diagnostic sérologique à l'heure actuelle.

La spécificité de ce test est de 100 % mais on ignore sa sensibilité. L'existence de faux négatifs est connue. La RT-PCR a été largement déployée en virologie diagnostique et a donné peu de résultats faussement positifs. Les valeurs prédictives positive et négative ne sont pas actuellement connues avec précision, car, pour les calculer il faut avoir le chiffre exact de l'incidence et de la prévalence de la maladie. Le 22 janvier 2020, le ministère français des Solidarités et de la Santé annonce qu'un test diagnostic développé par le centre national de référence des virus respiratoires, à savoir l'Institut Pasteur, est disponible en France.

En raison du temps nécessaire pour faire un RT-PCR et du nombre limité d'appareils ainsi que de la capacité de ces appareils, des scores de diagnostic rapide sont publiés en se basant sur l'âge, le sexe, la température, les images radiologiques, et le rapport neutrophile sur lymphocyte.

Biologie

Les signes biologiques les plus importants car semblant en rapport avec la gravité de la maladie sont :

• lymphopénie (inférieure à 1 500 lymphocytes par ml) retrouvés dans 83 % des cas ; une lymphocytopénie est très souvent présente chez des patients en état critique. La lymphocytopénie est une caractéristique importante des patients gravement malades infectés par le SARS-CoV, car une invasion ciblée des lymphocytes par des particules virales du SARS-CoV endommage la composante cytoplasmique du lymphocyte et provoque sa destruction. La lymphocytopénie était également courante chez les patients gravement malades infectés par le MERS, qui est le résultat de l'apoptose des lymphocytes. Il semblerait que la gravité de la lymphocytopénie reflète la gravité de l'infection par le SARS-CoV-2 ;
• thrombopénie (inférieure à 150 000 plaquettes par ml) dans 36 % des cas ;
• leucopénie (inférieure à 1 500 leucocytes par ml) retrouvés dans 33 % des cas.

Les autres anomalies évaluent le retentissement de l'infection virale sur les différents organes (cœur, rein, foie) : on peut retrouver une cytolyse hépatique modérée (transaminase légèrement augmentées) ; le taux de procalcitonine est normal ; les lactates déshydrogénases et la créatines kinases peuvent être augmentés.

Une aggravation de la maladie se traduit par l'aggravation de la lymphopénie avec aggravation de la leucocytose.

La présence d'une charge virale sanguine (assez fréquente lors de maladies à coronavirus) semblerait être un facteur de gravité. Elle invite aussi à une bonne gestion des dons de sang faits pour les transfusions .

Réponse sérologique

Une première étude s'intéresse à la présence des anticorps IgG et IgM. La recherche des IgG et IgM est beaucoup plus simple et rapide que le RT-PCR. Elle permettrait de rattraper les faux positifs (par pollution d'ARN dans le laboratoire) et les faux négatifs (mauvais prélèvement) mais le faible nombre de cas ne permet pas de conclure définitivement.

Une autre étude sur 173 patients montre la réaction sérologique à l'infection à SARS-CoV-2 : le taux de séroconversion (passage de l'absence d'anticorps spécifique à la présence d'anticorps spécifiques) pour les anticorps IgG et IgM étaient de 93,1 % (161/173) 82,7 % (143/173) avaient des IgM sans IgG et 64,7 % (112/173) des IgG sans IgM; La séroconversion est apparue séquentiellement pour anticorps IgG et IgM, IgM puis IgG, avec un temps médian respectivement de onze, douze et quatorze jours. Moins de 40 % de patients avaient des anticorps les sept premiers jours de la maladie puis ce pourcentage a rapidement augmenté à 100,0 %, 94,3 % et 79,8 % pour IgG et IgM, IgM et IgG respectivement quinze jours après le début de la maladie. En revanche, le taux positif du RT-PCR est passé de 66,7 % (58/87) dans les échantillons prélevés avant le 7^e jour à 45,5 % (25/55) entre J15 et J39. La combinaison de la détection d’ARN et d’anticorps a amélioré la sensibilité du diagnostic (p <0,001), même en phase précoce (première semaine).

Une étude remarque que les IgG apparaissent un ou deux jours seulement après les IgM soit de façon beaucoup plus rapide qu’habituellement.

Un titre anticorps IgG et IgM élevé serait indépendamment associé à une gravité de la maladie.

Marqueurs biologiques pronostiques

Interleukine

Des indicateurs d'inflammation ont été recherchés chez des patients légers, graves et critiques, pour discriminer rapidement ceux dont la pneumopathie pourrait évoluer vers une forme sévère ou mortelle. Les critères associés à la gravité de la maladie étaient l'âge, le récepteur de l'interleukine-2, de l'interleukine-6, de l'interleukine-8, de l'interleukine-10, le facteur de nécrose tumorale α , la protéine C-réactive, la ferroprotéine, la procalcitonine, la numération des globules blancs, la numération des lymphocytes, la numération des neutrophiles et la numération des éosinophiles, avec en conclusion un risque maximal pour les plus de 67 ans, avec un taux d'interleukine-2 supérieure à 793.5 U/mL, de CRP supérieure à 30.7 ng/mL, de ferroprotéine supérieure à 2252μg/L, une leucocytose supérieure à 95 × 10⁸ /L ou un nombre de neutrophiles dépassant 7 305 × 10⁶ /L.

Un niveau élevé d'IL-6 à l'admission serait associé à une manifestation clinique sévère.
La diminution de l'IL-6 semble indiquer l'efficacité du traitement, tandis que son augmentation indique une progression de la maladie. L'évolution du niveau d'IL-6 est donc un marqueur utile pour la surveillance de la maladie chez les patients atteints de Covid-19 sévère.

Une étude montre une présence de l'ARN viral dans le sang et que la charge virale est directement corrélée avec le taux sanguin d'interleukine 6, ce qui fait de cette molécule un marqueur pronostique important. Le taux de CRP semble être en rapport avec une réaction inflammatoire inappropriée du foie.

Lymphocyte

Une étude semble montrer que le taux de lymphocytes est un moyen efficace et un indicateur fiable pour la classification et le pronostic de la maladie : durant le passage d'une forme bénigne vers une forme grave, le taux de lymphocyte sanguin diminue et reste bas. Au moment où l'état du malade s’améliore, le taux de lymphocyte sanguin remonte vers des taux normaux. Les patients ayant moins de 5 % de lymphocytes par rapport aux normes, avaient souvent un mauvais pronostic. Une autre étude confirme l'existence d'une corrélation élevée entre le taux des lymphocytes sanguins et la progression de la maladie. Pour les auteurs de cette étude, le lymphocyte est la cellule clé de la pathologie du SARS-Cov-2.

D-dimère

L'augmentation des D-dimères est un signe de gravité ainsi que l'augmentation de la créatinémie. Ce marqueur est aussi retrouvé dans cette publication qui a été étudié les facteurs de risque chez les patients décédés de Covid-19 pour un taux supérieur à 1 microgramme par ml.

Charge virale

La persistance d'un excrétion virale par l'épithélium nasale est aussi un facteur de risque. Toutes les personnes dans une étude comprenant 171 personnes admises en USI avec 53 décès ont gardé une charge virale jusqu'à la fin.

Imagerie médicale

Comme le fait remarquer le professeur Christine Jenkins, responsable de la Fondation australienne des maladies pulmonaires et expert en pneumologie, la particularité des pneumopathies virales est leur propension à atteindre tout le poumon alors que les pneumopathies bactériennes ont souvent localisées à un lobe pulmonaire. La pneumopathie virale à SARS-Cov-2 atteint très rapidement ensemble des 2 poumons

La pneumopathie évolue via quatre stades au CT-scan :

1. stade précoce (jusqu'aux quatre premiers jours) ; avec opacités en verre dépoli (GGO) comme principale anomalie pulmonaire, mais n'apparaissant que chez certains patients. Ces opacités sont alors sous-pleurales, touchant le lobe inférieur des poumons. Elles sont à ce stade plus souvent unilatérales ;
2. stade progressif (cinq à huit jours) ; les GGO deviennent bilatérales et multilobaires et des bandes opaques en inter-lobaire apparaissent ;
3. stade maximum (dix à treize jours) ; les GGO diminuent d'intensité mais l'intensité des bandes inter-lobaires augmente ;
4. stade de résorption (≥14 jours) ; résolution minimum des opacités, seules subsistent les bandes inter-lobaires. Chez les patients se rétablissant d'une pneumonie au SARS-Cov-2 (sans détresse respiratoire sévère au cours de l'évolution de la maladie), les anomalies pulmonaires au scanner thoracique ont montré la plus grande gravité environ dix jours après l'apparition initiale des symptômes.

Généralement, plus la maladie avance, plus les opacités linéaires, un motif de pavage fou » et/ou un signe de « halo inversé sont présents sur l’image.

Chez les sujets asymptomatiques ou encore symptomatiques (c'est-à-dire à un stade infraclinique) le scanner (tomodensitométrie ou TDM) montre néanmoins des changements précoces dans les poumons (opacités en verre dépoli unilatérales). Le scanner peut donc contribuer au dépistage (avec un test RT-PCR) en cas d'antécédents de voyage ou de contact étroit avec un sujet infecté, il aiderait à dépister la petite part de patients dont les résultats de RT-PCR sont des faux-négatifs, mais c'est un outil cher, et peu disponible ou absent dans de nombreuses régions du monde.

Nouvelles technologies

Prise en charge et diagnostic par télémédecine

La télémédecine a montré son intérêt dans plusieurs situations de crises sanitaires. La télémédecine pourrait permettre de trier les cas nécessitants une hospitalisation et pour les autres une surveillance à domicile 24h/24. Le recueil des données associées avec un programme d'intelligence artificiel permet de trier et d'évaluer le risque. En cas hospitalisation, l'équipe médicale peut isoler et prendre en charge le patient de façon plus rapide, protégeant aussi les autres patients attendant dans le service des urgences.

Diagnostic par intelligence artificielle

Une étude scientifique semble confirmer l'intérêt d'utiliser des logiciels d'IA pour les CT scan pulmonaires en triant de façon très rapide les malades nécessitant une hospitalisation.

Diagnostic différentiel

L'utilisation d'un kit permettant de détecter plusieurs agents pathogènes responsables des maladies respiratoires a révélé un taux élevé d'infections par le virus de la grippe, représentant 28,5 % de tous les cas suspects d'infection par le SARS-CoV-2.

Clinique	Examens
Syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS)
Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Les symptômes gastro-intestinaux et les symptômes des voies respiratoires supérieures semblent être moins fréquents pour la Covid-19.	Réaction en chaîne par polymérase après transcription inverse positive (RT-PCR) à l'ARN viral du MERS-CoV.
Syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS)
Plus aucun cas depuis 2004. Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Les symptômes gastro-intestinaux et les symptômes des voies respiratoires supérieures semblent être moins fréquents pour la Covid-19.	RT-PCR positive à l'ARN viral du SARS-CoV.
Grippe
Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Pas de différenciation clinique entre la COVID-19 et la grippe.	RT-PCR positive à l'ARN viral du virus de l'influenza A ou B.
Pneumonie communautaire
Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Pas de différenciation clinique entre la Covid-19 et les infections des voies respiratoires d'origine communautaire.	Test sanguin ou sur crachats de positive pour l'organisme responsable par PCR ou culture.
Rhume
Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Pas de différenciation clinique entre la Covid-19 et les infections des voies respiratoires d'origine communautaire. Écoulement nasal et mal de gorge moins fréquent dans le rhume.	RT-PCR : positive pour le virus causal ou négative pour l'ARN viral du SARS-CoV-2.
Grippe aviaire à H7N9
Maladie endémique en Chine. Malade suspect vivant dans les régions où cette maladie est endémique. Contact avec des oiseaux infectés.	RT-PCR : positive pour l'ARN du H7.
Grippe aviaire à H5N1
Malade suspect vivant dans les régions où cette maladie est endémique. Contact avec des oiseaux infectés.	RT-PCR : positive pour l'ARN du H5-N1.
Autres infections pulmonaires virales ou bactériennes
Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Pas de différenciation clinique entre la Covid-19 et les infections des voies respiratoires d'origine communautaire. Penser à l'adénovirus ou au mycoplasme dans les sujets vivants en groupe (par exemple école ou camps militaires).	Test sanguin ou sur crachats de positive pour l'organisme responsable par PCR ou culture.
Tuberculose pulmonaire
Personne vivant en zone d'endémisme, en particulier chez les patients immunodéprimés. L'histoire clinique est généralement plus longue. La présence de sueurs nocturnes et de perte de poids sont des éléments cliniques très discriminants.	Opacités fibro nodulaires dans les lobes supérieurs avec ou sans cavitation à la radiographie pulmonaire. Bactéries acido-résistantes sur culture ou à l'examen direct de crachat. Tests moléculaires : positifs pour Mycoplasma tuberculosis.

Critères de guérison

Les critères de guérison selon la Commission chinoise de la santé sont :

• température normale durant plus de trois jours ;
• disparition des symptômes respiratoires ;
• amélioration nette des images de tomodensitométrie thoracique ;
• deux résultats consécutifs du test RT-PCR négatifs, séparés par au moins un jour.

Classification de la maladie

La classification de la gravité de la Covid-19 est très importante. Lors du déclenchement d'une épidémie les ressources médicales sont relativement rares. Une classification en optimise l’utilisation permettant de limiter le sur-traitement ou le sous-traitement. Le guide du Centre national de contrôle des maladies chinois classe la maladie principalement sur des critères radiologiques en 4 types. Une étude suggère d'utiliser le taux de lymphocytes pour classer la maladie.

Traitement

Les malades légers (environ 80 % des cas) n'ont pas besoin d'hospitalisation ; ils doivent rester chez eux, et porter un masque chirurgical en présence d'autres personnes. Le traitement est symptomatique : antalgiques et/ou antipyrétiques, typiquement le paracétamol (en cas de forte fièvre et sans dépasser la dose de 60 mg/kg/jour et de 3 g/jour). En France, le ministère de la santé recommande de ne pas prendre de médicaments anti-inflammatoires non stéroïdiens comme l'ibuprofène (Advil, Nurofen, etc.) qui pourraient être un facteur d’aggravation de la Covid-19 ou de toute autre virose respiratoire.

L’hospitalisation ne concerne que les formes sévères et critiques, c'est-à-dire caractérisées par la dyspnée, une fréquence respiratoire supérieure à 30 par minute, une saturation en oxygène sanguin inférieure à 93 %, une pression partielle d'oxygène artériel par rapport au rapport d'oxygène inspiré inférieure à 300, et une infiltration pulmonaire supérieure à 50 % en 24 à 48 heures. Aux États-Unis, les intensivistes et les pneumologues ont compilé les recommandations de traitement de divers organismes dans une ressource gratuite, le Livre Internet des Soins Intensifs.

Les traitements sont essentiellement des soins de soutien : ventilation non invasive, ventilation mécanique ou oxygénation par membrane extra-corporelle. La prescription d'antiviraux est très variable selon les équipes : elle est de 90 % dans une étude faite parmi les premiers patients chinois, alors que parmi les 68 premiers patients hospitalisés au Royaume-Uni, un seul a reçu des antiviraux (en raison de la présence du virus influenza A qui était recherché systématiquement dans le cadre du diagnostic différentiel). Aucun n'a reçu de corticoïde.

Il n'y a pas de médicament efficace reconnu scientifiquement par l'OMS à la fin mars 2020, malgré plus de 200 essais cliniques enregistrés rien qu'en Chine.
Les agents putatifs comprennent des antiviraux comme la griffithsine, un inhibiteur de la protéine de pointe ; des analogues nucléosidiques comme le remdésivir et la ribavirine ; des inhibiteurs de protéase comme la combinaison lopinavir/ritonavir ; des agents immunomodulateurs et autres agents ciblés sur l'hôte tels que l'interféron, la chloroquine et les immunoglobulines.

Antiviraux

Il n'existe aucun traitement de fond, les seuls traitements existants sont symptomatiques. Aucun traitement antiviral spécifique n'existe à ce jour. Les patients traités en Chine reçoivent comme antiviraux de l'oseltamivir, du ganciclovir, du lopinavir et du ritonavir.

Selon l'OMS, des tentatives de repositionnement d'antiviraux existants pourraient être effectuées.

Recherche sur les médicaments

En utilisant l'apprentissage automatique, une équipe scientifique publie le 4 février 2020 dans le Lancet une étude sur les antiviraux possibles. L'un des six médicaments de liaison AAK1 de haute affinité est le baricitinib, inhibant la cycline G, un autre régulateur de l'endocytose. La concentration plasmatique de baricitinib à la dose thérapeutique (sous forme de 2 mg ou de 4 mg une fois par jour) est suffisante pour inhiber l'AAK1.

Le 29 janvier 2020, des chercheurs australiens du Peter Doherty Institute for Infection and Immunity (Melbourne) réussissent pour la première fois, sous la responsabilité du D^r Julian Druce, à créer un nouveau coronavirus à partir d'un échantillon prélevé sur un patient infecté. C'est une étape majeure dans la mise au point d'un traitement. Ils partagent ce virus avec les laboratoires du monde entier, les autorités chinoises ne l'ayant pas fait.

Piste de la chloroquine

Un repositionnement constituant une première piste est celui d'une molécule initialement antipaludique, la chloroquine, dont l'effet anticoronaviral avait déjà été démontré sur le SRAS. Le 19 février, une lettre parue dans la revue BioScience Trends indique que des études cliniques chinoises ont montré une efficacité apparente du phosphate de chloroquine dans le traitement du virus. Ces données sont cependant encore limitées notamment en raison de la petite taille de l'échantillon statistique (100 patients). Un consensus d'experts chinois recommande le 20 février d'inclure le phosphate de chloroquine dans les recommandations de prise en charge des patients sans contre-indication à la chloroquine, à raison de 500 mg deux fois par jour pendant dix jours pour les patients diagnostiqués comme des cas légers, modérés et sévères de maladie. Cependant les effets secondaires de la chloroquine à haute dose sont sérieux, avec le risque d'une intoxication aiguë avec problèmes cardiaques ou respiratoires potentiellement mortels, sachant que la dose recommandée par les chercheurs chinois se rapproche du seuil de risque.

Le 25 février, le professeur Didier Raoult recommande la chloroquine et l'azithromycine pour les patients porteurs du virus, prédisant même une « fin de partie » pour le virus. Sa déclaration est vivement critiquée par des médecins et scientifiques français sur les réseaux sociaux pour son manque de pondération vis-à-vis de la limitation des données cliniques et des risques liés à la prise de chloroquine. L'Inserm tempère également et rappelle qu'aucune prise de médicament quel qu'il soit n'est anodine, et qu'il ne faut pas se faire prescrire la molécule pour l’utiliser en automédication. Le 17 mars, le journal Les Échos titre : « On sait guérir la maladie ». Cet emballement médiatique ne doit pas faire oublier que l'essai clinique du professeur Raoult se base sur un échantillon de 24 personnes, sans double aveugle et groupe placebo, et sans description de l'état clinique des patients. Le 19 mars 2020, Donald Trump annonce des « résultats préliminaires très très encourageants » quant à l'utilisation de la chloroquine comme traitement du virus . Le 19 mars 2020, le ministère de la Santé du Maroc réquisitionne à Sanofi l'ensemble de ses stocks de ses médicaments Nivaquine et Plaquenil, dont le principe actif est l'hydroxychloroquine, pour traiter ses malades de la Covid-19.

Le 23 mars, un test clinique nommé Discovery est mené sur 3200 patients à travers 7 pays européens.

Anticorps monoclonaux

Le tocilizumab, l'un des immunosuppresseurs déconseillés par la France, et principalement utilisé pour le traitement de la polyarthrite rhumatoïde, a été inclus dans les directives de traitement par la Commission nationale de la santé de la Chine après une étude positive de l'Université de sciences et technologie de Chine. Il subit des tests dans cinq hôpitaux en Italie chez les personnes atteintes d'une forme grave de la maladie. Il a pour objectif de prévenir une complication potentiellement mortelle de la maladie, le choc cytokinique pouvant conduire à un syndrome de défaillance multiviscérale chez les patients présentant des taux sanguins élevés d'indicateurs de réaction inflammatoire.

Corticothérapie dans le syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA)

L'usage de la corticothérapie dans le SDRA est un sujet de controverse. Le SDRA est en partie causé par les réponses immunitaires de l'hôte. Les corticostéroïdes permettent de diminuer l'inflammation pulmonaire excessive et néfaste mais, par contre, ils inhibent également la réponse immunitaire bénéfique qui permet au patient d'éliminer les agents pathogènes.

Faisant suite à plusieurs publications traitant de l'utilisation des corticoïdes dans le syndrome de détresse respiratoire aiguë, une méta-analyse parue dans le Lancet le 7 février 2020 présente la synthèse de l'utilisation des corticostéroïdes dans le SRAS, le MERS, les infections respiratoires à virus syncytial et les SDRA quelle qu'en soit la cause. Elle conclut qu'aucune donnée clinique ne montre de bénéfice en faveur de l’utilisation des corticoïdes dans tout SDRA, dont celui consécutif au coronavirus. Des médecins chinois critiquent la méthodologie de cette étude et rappellent que des études prospectives de l'usage des corticoïdes dans les SDRA à H1N1, les corticoïdes avaient réduit la mortalité. La corticothérapie est donc une arme à double tranchant et ils soulignent l'importance de bien évaluer le rapport bénéfice sur risque doit être soigneusement pris en compte : utilisation chez des malades en situation critique, utilisation chez des malades déjà en hypoxie par une maladie chronique ; la posologie doit être faible à modérée (≤ 0,5 à 1 mg/kg par jour de méthylprednisolone ou équivalent) et la durée du traitement doit être courte (au plus sept jours).

Typologie des malades

Le 24 février 2020, une étude du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies paraît dans le New England Journal of Medecine sur 72 314 cas enregistrés jusqu'au 11 février.

Distribution de l'âge de 44 672 cas confirmés (février 2020)

Âge	Contamination	(en % de cas)	Décès	(en % de cas)
Supérieur ou égal à 80 ans	1 408 cas	3 %	208	15 %
70-79 ans	3 918 cas	9 %	312	8 %
30-69 ans	34 762 cas	78 %	503	1,3 %
20-29 ans	3 619 cas	8 %
10-19 ans	549 cas	1 %
Inférieur à 10 ans	416 cas	1 %	0	0 %
Nombre total	44 672	100 %	1 023	2,3 %

Distribution des formes cliniques de 44 615 cas confirmés (février 2020)

	Nombre	(en ℅ de cas)	Décès	(en ℅ de cas)
Moyenne	36 160 cas	81 %	0	0 %
Grave	6 168 cas	14 %	0	0 %
Critique	2 087 cas	5 %	1 023	49 %

Bien que la Covid-19 semble être plus transmissible que le SRAS et le MERS, et de nombreuses estimations du taux de reproduction de base de Covid-19 (R₀) ont déjà été publiées, il est encore trop tôt pour développer une estimation précise de R₀ ou pour évaluer la dynamique de la transmission, selon les auteurs de cette étude.

Typologie par groupe sanguin

Une étude récente (preprint du 16 mars 2020) réalisée en Chine sur différents hôpitaux (Wuhan, Schengzen) semble montrer que les personnes de groupe sanguin A présentent un risque plus élevé que les autres groupes, tandis que les personnes de groupe O présentent un risque moins élevé que les autres groupes. Dans cette étude la répartition des patients de groupe B et AB atteints de la Covid-19 est la même que dans un échantillon sain de population.

Cette étude a été mise en relation avec une autre sur le SARS-CoV de 2001-2002 par France Inter, ayant prouvé in vitro cette corrélation sur le virus cousin du SARS-CoV-2 à l'origine de la Covid-19. Une confirmation biologique et épidémiologique de cette information pourrait être utilisée pour les situations de crise médicale aigüe (conditions où les ressources manquent gravement) pour réduire la transmission du virus, par exemple de patient à soignant.

Covid-19 et grossesse

Le SRAS pendant la grossesse était associé à une incidence élevée de complications maternelles et fœtales telles que fausse couche spontanée, accouchement prématuré, retard de croissance intra-utérine, ventilation mécanique assistée, admission en USI, insuffisance rénale et coagulation intra-vasculaire disséminée.

Une infection périnatale par le SARS-CoV-2 peut être acquise auprès de l'entourage, des soignants (éventuellement de manière nosocomiale) ou via la mère (transmission verticale in utero ? ou post-naissance).

Comme pour le SARS-CoV et le MERS-CoV la transmission materno-fœtale du SARS-CoV-2 n’a jamais pu à ce jour être démontrée : parmi les six coronavirus connus pour communément infecter l'Homme (229E, OC43, NL63, HKU1, SARS-CoV et MERS-CoV) seuls quatre (229E, OC43, NL63 et HKU1) peuvent être transmis verticalement via le placenta, et ils sont tous bénins (simple rhume).

Retentissement de l'infection sur la grossesse

La chaîne publique CCTV a annoncé le 5 février 2020 qu'un nouveau-né de 30 heures avait été testé positif après l'accouchement d'une femme qui avait été testée positive ce qui laisse envisager que le virus pourrait passer la barrière placentaire.

Une étude publiée le 12 février 2020 dans The Lancet sur neuf femmes enceintes présentant une pneumonie Covid-19 contractée au dernier trimestre de la grossesse est plutôt rassurante. Le tableau clinique de la pneumonie Covid-19 était identique chez les personnes non enceintes. Six patientes ont reçu des anti-viraux. Elles ont toutes accouché par césarienne d'indication obstétricale (pré-éclampsie, utérus cicatriciel, etc.).

Une nouvelle étude du 13 mars confirme cette impression sur 16 femmes enceintes confirmées et 18 cas suspects tout en soulignant qu'elles ont des signes radiologiques type de la maladie, les manifestations cliniques sont moins importantes que chez les femmes non enceintes.

Nouveau-né

Dans une étude chinoise du 12 février 2020 publiée dans The Lancet et réalisée sur 9 femmes enceintes contaminées, tous les enfants nés étaient en bonne santé. Le sang fœtal, le liquide amniotique, des prélèvements au niveau de la gorge du nouveau-né et du lait maternel ont été effectués sur six des neuf patientes. Tous les résultats d'analyse étaient négatifs pour le SARS-CoV-2. Deux cas n'ont pu être prélevés car la césarienne a été effectuée la nuit. Le dernier cas n'a pas été prélevé car le résultat (positif) du test maternel SARS-CoV-2 n'est parvenu qu'après la césarienne. Selon les chercheurs, le cas positif du 5 février 2020 serait dû à une contamination maternelle post-naissance.

Une autre publication de mars 2020 ne retrouve pas de transmission materno-fœtale.

Une autre étude chinoise, publiée en février 2020 dans la revue Translational Pediatrics, est moins rassurante et concerne dix nouveaux-nés de Wuhan, issus de neuf mères infectées ayant présenté des symptômes avant l'accouchement dans quatre cas, le jour même dans deux cas et après l'accouchement dans trois cas. Huit bébés étaient des garçons et deux des filles ; quatre sont nés à terme et six prématurément ; deux étaient petits pour leur l'âge gestationnel (SGA) et un était macrosome ; six avaient un score PCIS (Pediatric Critical Illness Score) inférieur à 90. Six ont présenté un essoufflement comme 1er symptôme, mais deux ont d’abord eu de la fièvre. Deux ont présenté une thrombocytopénie avec fonction hépatique anormale ; un avait une fréquence cardiaque rapide, un vomissait et un a fait un pneumothorax ; cinq nouveau-nés ont guéri, un est mort et quatre sont restés hospitalisés dans un état stable. Cette étude ne donne aucune explication sur le décès du nouveau-né. Seuls des prélèvements nasaux ont été faits. Ils étaient tous négatifs.

Dans l'étude du 13 mars citée plus haut, il n' y a pas de différence significatives chez les nouveaux-nés des cas confirmés ou suspects par rapport à un groupe témoin de 121 cas notamment au niveau du score d'Apgar à la naissance.

Une autre étude datée du 24 mars sur 33 nouveaux-nés confirme que le pronostic généralement bon des enfants nés de mère PCR positif . Mais 3 des 33 enfants présentent une pneumopathie typique du Covid-19 survenant entre 2 et 4 jours après la naissance tous nés par césarienne. Les prélèvements anaux et de la gorge étaient positifs au SAS-Cov-2. Aucune recherche de SARS-Cov-2 n'a été faite dans le sang du cordon ou le liquide amniotique. Le seul enfant ayant nécessité une prise en charge en soin intensif avait une hémoculture positive à Enterobacter . Aucun enfant est décédé. Les auteurs de l'étude conclut que la transmission du virus s'est produite après la naissance.

Prévention

Le virus est sensible à tous les désinfectants habituels.

La prévention vise essentiellement à éviter la contagion en suspendant tout contact proche avec une personne infectée confirmée et en limitant très fortement les autres contacts. Ceci passe notamment par l'instauration de mesures-barrières comme la distanciation sociale, l'arrêt des embrassades et des échanges manuels, le lavage fréquent des mains, l'utilisation de mouchoirs jetables ou encore, la pratique de tousser dans son coude pour éviter la production d'aérosols, la désinfection des surfaces potentiellement contaminées telles que des poignées de portes, boutons d'ascenseurs, etc.

Il est vivement conseillé aux personnes présentant un état grippal de surveiller leur température. L'ingestion de viande ou d'œuf mal cuits est déconseillée.

Le Centre for Mathematical Modelling of Infectious Diseases (en) de la London School of Hygiene and Tropical Medicine publie une étude le 6 février 2020 montrant que les détecteurs thermiques des aéroports détectent moins de 40 % des personnes infectées.

Port du masque

Masque chirurgical

Le masque chirurgical est conçu pour retenir les germes sortant des poumons de la personne qui le porte : il est porté par un chirurgien (d'où le qualificatif de ce masque) pour éviter surtout d'infecter son patient opéré. Les pays où le port de masque est généralisé à toute la population semblent mieux résister^{[source insuffisante]}.

En France, à la fin janvier 2020, selon Agnès Buzyn, alors ministre française de la Santé, le port de masque chirurgical n'avait pas d'intérêt préventif : la probabilité de croiser (hors de Chine) un porteur du coronavirus était alors extrêmement faible^[pas clair]. À la même époque, le D^r Éric d'Ortenzio, épidémiologiste et coordinateur scientifique à l'Institut national de la santé et de la recherche médicale, confirme de nouveau l'inutilité de porter un tel masque pour la population. Cependant l'épidémie a ensuite explosé en France. .

Masque FFP2

Le masque de protection respiratoire individuelle (de type FFP2) est équipé d'un filtre et empêche les germes de pénétrer dans l'organisme. Son efficacité dure de trois à huit heures. Ce masque est beaucoup plus adapté aux personnels de santé lors de leurs soins aux personnes infectées.

Pandémie

Le 11 mars 2020, le directeur général de l'OMS annonce qu'il s'agit d'une pandémie. C'est la première fois qu'une pandémie est causée par un coronavirus.

La maladie se propage dans tous les continents et les populations de nombreux pays sont touchés (doublement de la population touchée de l'ordre de 3 à 4 jours, parfois 2 jours). En même temps, la Chine et certains pays asiatiques sont parvenus à endiguer la progression.

Voir aussi

Bibliographie

• Philippe Sansonetti, « Covid-19, chronique d’une émergence annoncée », La Vie des idées,‎ 19 mars 2020 (lire en ligne, consulté le 21 mars 2020)
• Pascal Marichalar, « Savoir et prévoir : Première chronologie de l’émergence du Covid-19 », La Vie des idées,‎ 25 mars 2020 (lire en ligne, consulté le 25 mars 2020)

Articles connexes

• Épidémie
• Maladie à déclaration obligatoire
• Maladie infectieuse émergente
• Betacoronavirus
• Pandémie
• Santé publique
• Syndrome inflammatoire de reconstitution immune