Liste d'espèces protéobacteriennes dont le génome est séquencé

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Cette liste d'espèces protéobacteriennes dont le génome est séquencé (qui peut ne pas être à jour) présente une liste d'espèces de Proteobacteria dont le génome a été séquencé. La plupart de ces séquences ont été publiées dans des bases de données biologiques de séquences, et se trouvent en général dans la base de données publique INSDB (pour International Nucleotide Sequence Database Collaboration, en anglais), laquelle peut être consultée sur internet[1]. Les génomes ci-dessous annotés comme « non publiés » n'ont pas été publiés dans une publication scientifique à comité de lecture (mais sont généralement disponibles dans une base de données).

Delta-Epsilonproteobacteria[modifier | modifier le code]

Espèces deltaprotéobactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C Proteobacteria delta-epsilon 5,013,479 4,346 Non publié[1]
Bdellovibrio bacteriovorus HD100 Proteobacteria delta-epsilon 3,782,950 3,583 [2]
Campylobacter jejuni NCTC11168 Proteobacteria delta-epsilon 1,641,481 1,643 [3]
Campylobacter jejuni RM1221 Proteobacteria delta-epsilon 1,777,831 1,838 [4]
Desulfotalea psychrophila LSv54 Proteobacteria delta-epsilon 3,523,383 3,118 Non publié[1]
Desulfovibrio desulfuricans G20 Proteobacteria delta-epsilon 3,730,232 3,775 Non publié[1]
Desulfovibrio vulgaris Hildenborough Proteobacteria delta-epsilon 3,570,858 3,379 [5]
Geobacter metallireducens GS15 Proteobacteria delta-epsilon 3,997,420 3,519 Non publié[1]
Geobacter sulfurreducens PCA Proteobacteria delta-epsilon 3,814,139 3,447 [6]
Helicobacter hepaticus ATCC51449 Proteobacteria delta-epsilon 1,799,146 1,875 [7]
Helicobacter pylori 26695 Proteobacteria delta-epsilon 1,667,867 1,566 [8]
Helicobacter pylori HPAG1 Proteobacteria delta-epsilon 1,596,366 1,536 Non publié[1]
Helicobacter pylori J99 Proteobacteria delta-epsilon 1,643,831 1,491 [9]
Lawsonia intracellularis PHEMN1-00 Proteobacteria delta-epsilon 1,719,014 1,344 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria delta-epsilon 39,794 24 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria delta-epsilon 194,553 104 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria delta-epsilon 1,457,619 1,187 Non publié[1]
Myxococcus xanthus DK1622 Proteobacteria delta-epsilon 9,139,763 7,331 Non publié[1]
Pelobacter carbinolicus DSM2380 Proteobacteria delta-epsilon 3,665,893 3,119 Non publié[1]
Syntrophus aciditrophicus SB Proteobacteria delta-epsilon 3,179,300 3,168 Non publié[1]
Thiomicrospira denitrificans ATCC33889 Proteobacteria delta-epsilon 2,201,561 2,097 Non publié[1]
Wolinella succino DSMZ1740 Proteobacteria delta-epsilon 2,110,355 2,044 [10]


Alphaproteobacteria[modifier | modifier le code]

Espèces alphaprotéobactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Agrobacterium tumefaciens C58 Proteobacteria Alphaproteobacteria 2,841,581 2,722 [11]
Anaplasma marginale StMaries Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,197,687 949 [12]
Anaplasma phagocytophilum HZ Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,471,282 1,264 [13]
Bartonella henselae Houston-1 Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,931,047 1,612 [14]
Bartonella quintana Toulouse Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,581,384 1,308 [14]
Bradyrhizobium japonicum USDA110 Proteobacteria Alphaproteobacteria 9,105,828 8,317 [15]
Brucella abortus 2308 (chromosome I) Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,156,948 1,164 [16]
2308 (chromosome II) Proteobacteria Alphaproteobacteria 2,121,359 2,186 [16]
Brucella abortus 9-941 (chromosome I) Proteobacteria Alphaproteobacteria 2,124,241 2,030 [17]
9-941 (chromosome II) Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,162,204 1,055 [17]
Brucella melitensis 16M (chromosome I) Proteobacteria Alphaproteobacteria 2,117,144 2,059 [18]
16M (chromosome II) Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,177,787 1,139 [18]
Brucella suis 1330 (chromosome I) Proteobacteria Alphaproteobacteria 2,107,794 2,123 [19]
1330 (chromosome II) Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,207,381 1,150 [19]
Caulobacter crescentus CB15 Proteobacteria Alphaproteobacteria 4,016,947 3,737 [20]
Ehrlichia canis Jake Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,315,030 925 Non publié[1]
Ehrlichia chaffeensis Arkansas Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,176,248 1,105 [13]
Ehrlichia ruminantium Gardel Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,499,920 950 Non publié[1]
Ehrlichia ruminantium Welgevonden Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,512,977 958 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,516,355 920 [21]
Erythrobacter litoralis HTCC2594 Proteobacteria Alphaproteobacteria 3,052,398 3,011 Non publié[1]
Gluconobacter oxydans 621H Proteobacteria Alphaproteobacteria 2,702,173 2,432 [22]
Jannaschia species CCS1 Proteobacteria Alphaproteobacteria 4,317,977 4,212 Non publié[1]
Magnetospirillum magneticum AMB1 Proteobacteria Alphaproteobacteria 4,967,148 4,559 [23]
Mesorhizobium loti MAFF303099 Proteobacteria Alphaproteobacteria 7,036,071 6,752 [24]
Neorickettsia sennetsu Miyayama Proteobacteria Alphaproteobacteria 859,006 932 [13]
Nitrobacter hamburgensis X14 Proteobacteria Alphaproteobacteria 4,406,967 3,804 Non publié[1]
Nitrobacter winogradskyi Nb255 Proteobacteria Alphaproteobacteria 3,402,093 3,122 Non publié[1]
Novosphingobium aromaticivorans DSM12444 Proteobacteria Alphaproteobacteria 3,561,584 3,324 Non publié[1]
Pelagibacter ubique HTCC1062 Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,308,759 1,354 [25]
Rhizobium etli CFN42 Proteobacteria Alphaproteobacteria 4,381,608 4,067 [26]
Rhizobium leguminosarum viciae3841 Proteobacteria Alphaproteobacteria 7,751,309 4,746 Non publié[1]
Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 Proteobacteria Alphaproteobacteria 3,188,609 3,022 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Alphaproteobacteria 943,016 835 Non publié[1]
Rhodopseudomonas palustris BisB5 Proteobacteria Alphaproteobacteria 4,892,717 4,397 Non publié[1]
Rhodopseudomonas palustris CGA009 Proteobacteria Alphaproteobacteria 5,459,213 4,833 [27]
Rhodopseudomonas palustris HaA2 Proteobacteria Alphaproteobacteria 5,331,656 4,683 Non publié[1]
Rhodospirillum rubrum ATCC11170 Proteobacteria Alphaproteobacteria 4,352,825 3,791 Non publié[1]
Rickettsia bellii RML369-C Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,522,076 1,429 Non publié[1]
Rickettsia conorii Malish7 Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,268,755 1,374 [28]
Rickettsia felis URRWXCal2 Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,485,148 1,400 [29]
Rickettsia prowazekii Madrid-E Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,111,523 834 [30]
Rickettsia typhi Wilmington Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,111,496 838 [31]
Rhodopseudomonas palustris BisB18 Proteobacteria Alphaproteobacteria 5,513,844 4,886 Non publié[1]
Silicibacter pomeroyi DSS3 Proteobacteria Alphaproteobacteria 4,109,442 3,810 [32]
Silicibacter species TM1040 Proteobacteria Alphaproteobacteria 3,200,938 3,030 Non publié[1]
Sinorhizobium meliloti Rm1021 Alphaproteobacteria 3,654,135 3,341 [33]
Sphingopyxis alaskensis RB2256 Proteobacteria Alphaproteobacteria 3,345,170 3,165 Non publié[1]
Wolbachia endosymbiont TRS Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,080,084 805 [34]
Wolbachia pipientis wMel Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,267,782 1,195 [35]
Zymomonas mobilis ZM4 Proteobacteria Alphaproteobacteria 2,056,416 1,998 [36]

Betaproteobacteria[modifier | modifier le code]

Espèces bétaprotéobactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Azoarcus sp. EbN1 Proteobacteria Betaproteobacteria 4,296,230 4,128 [37]
Bordetella bronchiseptica RB50 Proteobacteria Betaproteobacteria 5,339,179 5,006 Non publié[1]
Bordetella parapertussis 12822 Proteobacteria Betaproteobacteria 4,773,551 4,402 Non publié[1]
Bordetella pertussis TohamaI Proteobacteria Betaproteobacteria 4,086,189 3,806 Non publié[1]
Burkholderia cenocepacia AU1054 Proteobacteria Betaproteobacteria 3,294,563 2,965 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 2,788,459 2,472 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 1,196,094 1,040 Non publié[1]
Burkholderia mallei ATCC23344 Proteobacteria Betaproteobacteria 3,510,148 2,996 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 2,325,379 2,029 [38]
Burkholderia pseudomallei 1710b Proteobacteria Betaproteobacteria 4,126,292 3,736 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 3,181,762 2,611 Non publié[1]
Burkholderia pseudomallei K96243 (chromosome I) Proteobacteria Betaproteobacteria 4,074,542 3,460 [39]
K96243 (chromosome II) Proteobacteria Betaproteobacteria 3,173,005 2,395 [39]
Burkholderia species 383 Proteobacteria Betaproteobacteria 3,694,126 3,334 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 3,587,082 3,174 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 1,395,069 1,209 Non publié[1]
Burkholderia thailandensis E264 Proteobacteria Betaproteobacteria 3,809,201 3,276 [40]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 2,914,771 2,358 [40]
Burkholderia xenovorans LB400 Proteobacteria Betaproteobacteria 4,895,836 4,430 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 3,363,523 2,960 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 1,471,779 1,312 Non publié[1]
Chromobacterium violaceum ATCC12472 Proteobacteria Betaproteobacteria 4,751,080 4,407 [41]
Dechloromonas aromatica RCB Proteobacteria Betaproteobacteria 4,501,104 4,171 Non publié[1]
Methylobacillus flagellatus KT Proteobacteria Betaproteobacteria 2,971,517 2,753 Non publié[1]
Neisseria gonorrhoeae FA1090 Proteobacteria Betaproteobacteria 2,153,922 2,002 Non publié[1]
Neisseria meningitidis A Proteobacteria Betaproteobacteria 2,184,406 2,121 [42]
Neisseria meningitidis B Proteobacteria Betaproteobacteria 2,272,360 2,063 [43]
Nitrosomonas europaea Schmidt Proteobacteria Betaproteobacteria 2,812,094 2,574 [44]
Nitrosospira multiformis ATCC25196 Proteobacteria Betaproteobacteria 3,184,243 2,757 Non publié[1]
Polaromonas species JS666 Proteobacteria Betaproteobacteria 5,200,264 4,817 Non publié[1]
Ralstonia eutropha JMP134 Proteobacteria Betaproteobacteria 3,806,533 3,439 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 2,726,152 2,407 Non publié[1]
Ralstonia metallidurans CH34 Proteobacteria Betaproteobacteria 3,928,089 3,601 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 2,580,084 2,313 Non publié[1]
Ralstonia solanacearum GMI1000 Proteobacteria Betaproteobacteria 3,716,413 3,441 [45]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 2,094,509 1,679 [45]
Rhodoferax ferrireducens DSM15236 Proteobacteria Betaproteobacteria 4,712,337 4,170 Non publié[1]
Thiobacillus denitrificans ATCC25259 Proteobacteria Betaproteobacteria 2,909,809 2,827 Non publié[1]

Gammaproteobacteria[modifier | modifier le code]

Espèces gammaprotéobactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Acinetobacter sp. ADP1 Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,598,621 3,325 [46]
Baumannia cicadellinicola Hc Proteobacteria Gammaproteobacteria 686,194 595 Non publié[1]
Blochmannia floridanus Strain Proteobacteria Gammaproteobacteria 705,557 589 [47]
Blochmannia pennsylvanicus bpEN Proteobacteria Gammaproteobacteria 791,654 610 [48]
Buchnera aphidicola APS Proteobacteria Gammaproteobacteria 640,681 564 [49]
Buchnera aphidicola B Proteobacteria Gammaproteobacteria 615,980 504 [50]
Buchnera aphidicola Sg Proteobacteria Gammaproteobacteria 641,454 545 [51]
Carsonella ruddii PV Proteobacteria Gammaproteobacteria 159,662 182 [52]
Chromohalobacter salexigens DSM3043 Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,696,649 3,298 Non publié[1]
Colwellia psychrerythraea 34H Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,373,180 4,910 Non publié[1]
Coxiella burnetii RSA493 Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,995,281 2,016 [53]
Erwinia carotovora SCRI1043 Gammaproteobacteria 5,064,019 4,492 Non publié[1]
Escherichia coli 536 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,938,920 4,685 Non publié[1]
Escherichia coli CFT073 Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,231,428 5,379 [54]
Escherichia coli K-12 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,639,675 4,331 [55]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,646,332 4,337 [56]
Escherichia coli O157:H7 Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,528,445 5,349 [57]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,498,450 5,361 [58]
Escherichia coli UTI89 Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,065,741 5,066 Non publié[1]
Francisella tularensis LVS Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,895,994 1,967 Non publié[1]
Francisella tularensis SCHUS4 Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,892,819 1,804 [59]
Haemophilus ducreyi 3500HP Gammaproteobacteria 1,698,955 1,717 Non publié[1]
Haemophilus influenzae 86-028NP Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,913,428 1,792 [60]
Haemophilus influenzae Rd Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,830,138 1,709 [61]
Hahella chejuensis KCTC2396 Proteobacteria Gammaproteobacteria 7,215,267 6,782 [62]
Idiomarina loihiensis L2TR Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,839,318 2,628 [63]
Legionella pneumophila Lens Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,345,687 2,947 [64]
Legionella pneumophila Paris Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,503,610 3,082 [64]
Legionella pneumophila Philadelphia1 Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,397,754 2,942 Non publié[1]
Mannheimia succiniciproducens MBEL55E Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,314,078 2,384 Non publié[1]
Methylococcus capsulatus Bath Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,304,561 2,960 [65]
Nitrosococcus oceani ATCC19707 Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,481,691 2,976 Non publié[1]
Pasteurella multocida Pm70 Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,257,487 2,014 [66]
Photobacterium profundum SS9 Gammaproteobacteria 4,085,304 3,416 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,237,943 1,997 Non publié[1]
Photorhabdus luminescens laumondiiTTO1 Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,688,987 4,905 Non publié[1]
Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125 Gammaproteobacteria 3,214,944 2,941 [67]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Gammaproteobacteria 635,328 546 [67]
Pseudomonas aeruginosa PAO1 Proteobacteria Gammaproteobacteria 6,264,403 5,566 [68]
Pseudomonas entomophila L48 Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,888,780 5,168 Non publié[1]
Pseudomonas fluorescens Pf-5 Proteobacteria Gammaproteobacteria 7,074,893 6,137 [69]
Pseudomonas fluorescens PfO-1 Proteobacteria Gammaproteobacteria 6,438,405 5,736 Non publié[1]
Pseudomonas putida KT2440 Proteobacteria Gammaproteobacteria 6,181,863 5,350 [70]
Pseudomonas syringae B728a Proteobacteria Gammaproteobacteria 6,093,698 5,136 [71]
Pseudomonas syringae DC3000 Proteobacteria Gammaproteobacteria 6,397,126 5,470 [72]
Pseudomonas syringae phaseolicola1448A Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,928,787 4,983 Non publié[1]
Psychrobacter arcticum 273-4 Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,650,701 2,147 Non publié[1]
Psychrobacter cryohalolentis K5 Proteobacteria Gammaproteobacteria 41,221 44 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,059,876 2,467 Non publié[1]
Saccharophagus degradans Feb-40 Gammaproteobacteria 5,057,531 4,008 Non publié[1]
Salmonella enterica ATCC9150 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,585,229 4,093 [73]
Salmonella enterica SCB67 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,755,700 4,445 [74]
Salmonella enterica Ty2 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,791,961 4,323 [75]
Salmonella enterica typhiCT18 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,809,037 4,600 [76]
Salmonella typhimurium LT2 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,857,432 4,452 [77]
Shewanella denitrificans OS217 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,545,906 3,754 Non publié[1]
Shewanella oneidensis MR1 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,969,803 4,630 [78]
Shigella boydii Sb227 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,519,823 4,142 [79]
Shigella dysenteriae Sd197 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,369,232 4,277 [79]
Shigella flexneri 2457T Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,599,354 4,073 [80]
Shigella flexneri 2a301 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,607,203 4,436 [81]
Shigella sonnei Ss046 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,825,265 4,224 [79]
Sodalis glossinidius morsitans Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,171,146 2,432 [82]
Thiomicrospira crunogena XCL2 Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,427,734 2,192 Non publié[1]
Vibrio cholerae N16961 (chromosome I) Gammaproteobacteria 2,961,149 2,736 [83]
N16961 (chromosome II) Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,072,315 1,092 [83]
Vibrio fischeri ES114 (chromosome I) Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,906,179 2,575 [84]
ES114 (chromosome II) Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,332,022 1,172 [84]
Vibrio parahaemolyticus RIMD2210633 (chromosome I) Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,288,558 3,080 [85]
RIMD2210633 (chromosome II) Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,877,212 1,752 [85]
Vibrio vulnificus CMCP6 (chromosome I) Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,281,944 2,973 [86]
CMCP6 (chromosome II) Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,844,853 1,565 [86]
Vibrio vulnificus YJ016 (chromosome I) Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,354,505 3,262 [87]
YJ016 (chromosome II) Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,857,073 1,697 [87]
Wigglesworthia glossinidia Strain Proteobacteria Gammaproteobacteria 697,724 611 [88]
Xanthomonas axonopodis citri306 Gammaproteobacteria 5,175,554 4,312 [89]
Xanthomonas campestris 8004 Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,148,708 4,273 [90]
Xanthomonas campestris 8510 Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,178,466 4,487 [91]
Xanthomonas campestris ATCC33913 Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,076,188 4,181 [89]
Xanthomonas oryzae KACC10331 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,941,439 4,637 [92]
Xanthomonas oryzae MAFF311018 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,940,217 4,372 Non publié[1]
Xylella fastidiosa 9a5c Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,679,306 2,766 [93]
Xylella fastidiosa Temecula1 Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,519,802 2,034 [94]
Yersinia pestis Antiqua Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,702,289 4,167 [95]
Yersinia pestis CO-92BiovarOrientalis Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,653,728 4,008 [96]
Yersinia pestis KIM Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,600,755 4,090 [97]
Yersinia pestis Mediaevalis Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,595,065 3,895 [98]
Yersinia pseudotuberculosis IP32953 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,744,671 3,974 [99]

Notes et références[modifier | modifier le code]

(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « List of sequenced bacterial genomes » (voir la liste des auteurs).
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Annexes[modifier | modifier le code]

Articles connexes[modifier | modifier le code]

Liens externes[modifier | modifier le code]

Bibliographie[modifier | modifier le code]