Indice de fixation

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L'indice de fixation (FST), aussi appelé indice de différenciation, est un indice permettant de mesurer la différenciation des populations à partir du polymorphisme génétique. En général il est calculé à partir de SNP ou de microsatellites.

Estimation[modifier | modifier le code]

Selon Hudson et al. (1992), on peut utiliser l’estimateur suivant pour calculer la  :

Distance génétiques[modifier | modifier le code]

Calculées à partir de marqueurs génétiques classiques[modifier | modifier le code]

Dans leur étude The History and Geography of Human Genes (1994), Cavalli-Sforza, Menozzi et Piazza ont calculé les distances génétiques entre 42 populations à l'aide de 120 marqueurs génétiques classiques. La table ci-dessous montrent les résultats pour quelques populations [1]  :

Fst (Cavalli 1994) Africain de l'Ouest Berbère Indien Iranien Proche Orientaux Japonais Basque Lappon Sarde Danois Anglais Grecque Italien
Africain de l'Ouest 0 1642 1748 1796 1454 2252 1299 1689 2062 1459 1487 1356 1794
Berbère 1642 0 497 408 263 1707 392 736 619 313 273 429 315
Indien 1748 497 0 154 229 718 418 459 449 293 280 272 261
Iranien 1796 408 154 0 158 1059 285 423 314 179 197 70 133
Proche-oriental 1454 263 229 158 0 1056 246 423 329 238 236 129 208
Japonais 2252 1707 718 1059 1056 0 1481 947 1558 1176 1244 1175 1145
Basque 1299 392 418 285 246 1481 0 629 348 184 119 231 141
Lappon 1689 736 459 423 423 947 629 0 667 334 404 308 339
Sarde 2062 619 449 314 329 1558 348 667 0 348 340 190 221
Danois 1459 313 293 179 238 1176 184 334 348 0 21 191 72
Anglais 1487 273 280 197 236 1244 119 404 340 21 0 204 51
Grecque 1356 429 272 70 129 1175 231 308 190 191 204 0 77
Italien 1794 315 261 133 208 1145 141 339 221 72 51 77 0

Calculées à partir de SNPs[modifier | modifier le code]

Distances génétiques autosomales inter-continentales calculées à partir de SNP[2]
Europe (Nord-Américains) Afrique sub-saharienne (Yoruba) Asie de l'est (Chinois)
Europe (Nord-Américains) 0.1530 0.1100
Afrique sub-saharienne (Yoruba) 0.1530 0.1900
Asie de l'est (Chinois) 0.1100 0.1900
Distances génétiques autosomales intra-européennes et méditerranéennes calculées à partir de SNP[2],[3],[4]
Italiens Palestiniens Suédois Finlandais Espagnols Allemands Russes Français Grecs
Italiens 0.0064 0.0064-0.0090 0.0130-0.0230 0.0010-0.0050 0.0029-0.0080 0.0088-0.0120 0.0030-0.0050 0.0000
Palestiniens 0.0064 0.0191 0.0101 0.0136 0.0202 0.0057
Suédois 0.0064-0.0090 0.0191 0.0050-0.0110 0.0040-0055 0.0007-0.0010 0.0030-0.0036 0.0020 0.0084
Finlandais 0.0130-0.0230 0.0050-0.0110 0.0110-0.0170 0.0060-0.0130 0.0060-0.0120 0.0080-0.0150
Espagnols 0.0010-0.0050 0.0101 0.0040-0055 0.0110-0.0170 0.0015-0.0030 0.0070-0.0079 0.0010 0.0035
Allemands 0.0029-0.0080 0.0136 0.0007-0.0010 0.0060-0.0130 0.0015-0.0030 0.0030-0.0037 0.0010 0.0039
Russes 0.0088-0.0120 0.0202 0.0030-0.0036 0.0060-0.0120 0.0070-0.0079 0.0030-0.0037 0.0050 0.0108
Français 0.0030-0.0050 0.0020 0.0080-0.0150 0.0010 0.0010 0.0050
Grecs 0.0000 0.0057 0.0084 0.0035 0.0039 0.0108

Programmes permettant de calculer les FST[modifier | modifier le code]

Bibliographie[modifier | modifier le code]

Notes[modifier | modifier le code]

  1. Luigi Luca Cavalli-Sforza, Paolo Menozzi, Alberto Piazza, The History and Geography of Human Genes, Princeton University Press, 1994, p.75
  2. a et b Nelis et al. 2009, Genetic Structure of Europeans: A View from the North–East
  3. C.Tian et al. 2009, European Population Genetic Substructure: Further Definition of Ancestry Informative Markers for Distinguishing among Diverse European Ethnic Groups
  4. Deux valeurs séparées par un tiret signifient respectivement les distances minimales et maximales observées entre deux populations. Par exemple la distance 0.0130-0.0230 entre Finlandais et Italiens varie en fonction des régions de ces deux pays. La distance maximale observée (0.0230) étant entre le sud de l'Italie et le nord de la Finlande (Kuusamo) et la distance minimale (0.0130) entre le nord de l'Italie et le sud de la Finlande (Helsinki).
  5. (en) Nicholas G. Crawford, « smogd: software for the measurement of genetic diversity », Molecular Ecology Resources, vol. 10, no 3,‎ , p. 556–557 (PMID 21565057, DOI 10.1111/j.1755-0998.2009.02801.x)