Eugene Myers

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Eugene Wimberly « Gene » Myers Jr., né le à Boise (Idaho)[1], est un informaticien américain, connu pour ses travaux en bio-informatique. Il est l'un des créateurs du programme Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) de séquençage de l'ADN et il a contribué d'autres algorithmes importants dans le cadre du projet génome humain et d'autres projets de séquençage de génomes importants.

Biographie

Myers fait des études de mathématiques au California Institute of Technology avec un bachelor et à l'université du Colorado à Boulder, où il obtient un Ph. D. en 1981 sous la direction d'Andrzej Ehrenfeucht (A Depth-First Characterization of k-Connectivity and Its Application to Connectivity Testing)[2]. Pendant ses études il travaille aussi aux laboratoires Bell et au National Center for Atmospheric Research à Boulder.

À partir de 1981 et pendant 17 ans, Myers est professeur assistant à l'université de l'Arizona, où il travaille sur des algorithmes de comparaison de séquences d'ADN. De 1999 à 2002, il est vice-président pour la recherche en informatique de Celera Genomics à Rockville (Maryland) qui a été créé l'année précédente, et de 2003 à 2005 il est professeur d'informatique et de biologie moléculaire à l'université de Californie à Berkeley. Il est ensuite directeur d'un groupe de recherche au Janelia Farm Research Campus (en) du Howard Hughes Medical Institute (HHMI) dans le Comté de Loudoun en Virginie.

Myers est depuis 2012 l'un des directeurs de l'Institut Max-Planck de biologie cellulaire moléculaire et génétique (MPI-CBG)[3]; à partir de 2017 et pour deux ans, Myers devient Managing Director du MPI-CBG[3]. Il dirige également, depuis sa venue à Dresde sur la chaire Klaus-Tschira de l’université en 2012, le centre de biologie des systèmes (CSBD) créé par le MPI-CBG et le Max-Planck-Institut für Physik komplexer Systeme (MPI-PKS) en 2010 en coopération avec la fondation Klaus Tschira et l'université technique de Dresde [4],[5].

Travaux scientifiques

Myers développe, avec ses coauteurs, vers la fin des années 1980 le programme BLAST pour l'analyse de séquences[6]. Leur article fait partie des travaux les plus cités des années 1990[7], le programme BLAST continue à être toujours utilisé pour comparer les séquences d'ADN dans les séquences accessibles dans les grandes bases de données.

Chez Celera Genomics Myers a participé au développement d'algorithmes dans le shotgun sequencing (en) de recomposition des 3 milliards de paires base du génome humain à partir de petites parties et ont ainsi permis l'achèvement du projet bien plus tôt que prévu. Des résultats similaires ont aussi été obtenus, dans le cadre de la recherche publique, par son ancien collègue David Haussler de Colorado à l'université de Californie à Santa Cruz, de Eric Lander au MIT et d'autres[8],.

Myers a également participé au projet de séquençage du génome de la Drosophile dirigé par Gerald Rubin (en), le directeur du Janelia Research Campus, et de celui de la souris. Dans les années 2005–2012 il a travaillé, comme directeur de groupe au Janelia Research Campus à un projet qui permet d'analyse les photos microscopiques de cerveaux de souris et de mouches d'un point de vue neuro-anatomique.

Avec Udi Manber (en), Myers développe la structure de données de tableau des suffixes[9]. Myers est aussi l'auteur de l’algorithme diff de GNU[10],[11],[12],[13].

Distinctions et affiliations

Depuis 2006, Gene Myers est membre de l'Académie allemande des sciences Leopoldina[14] ; depuis 2016 il est membre de l'Organisation européenne de biologie moléculaire.

Annexes

Bibliographie

  • (de) Elke Maier, « Quellcode des Lebens », MaxPlanckForschung, vol. 4,‎ , p. 56-63 (lire en ligne, consulté le ).
  • Neil C. Jones et Pavel Pevzner, An introduction to bioinformatics algorithms, MIT Press, .

Notes et références

  1. ↑ Jones et Pevzner 2004, Biographie aux pages 333 et suiv..
  2. ↑ (en) « Eugene Wimberly Myers, Jr. », sur le site du Mathematics Genealogy Project.
  3. ↑ a et b « directoire du MPI-CBG »
  4. ↑ Zentrum für Systembiologie.
  5. ↑ Center for System Biology Dresden opens Max-Planck-Gesellschaft.
  6. ↑ Stephen F. Altschul, Warren Gish, Webb Miller, Eugene W. Myers et David J. Lipman, « Basic local alignment search tool », J. Mol. Biol., vol. 215,‎ , p. 403-410 (lire en ligne, consulté le ).
  7. ↑ Google indique 74123 citations.
  8. ↑ Jones et Pevzner 2004, Historique aux pages 333 et suiv..
  9. ↑ Udi Manber et Gene Myers, « Suffix Arrays: A New Method for On-Line String Searches », SIAM Journal on Computing, vol. 22, no 5,‎ , p. 935–948 (ISSN 0097-5397, DOI 10.1137/0222058).
  10. ↑ GNU diff Overview.
  11. ↑ (en) Eugene W. Myers, « An O(ND) Difference Algorithm and its Variations », Algorithmica, vol. 1,‎ , p. 251-266 (DOI 10.1007/BF01840446).
  12. ↑ (en) Webb Miller et Eugene W. Myers, « A File Comparison Program », Software—Practice and Experience, vol. 15,‎ , p. 1025–1040 (DOI 10.1002/spe.4380151102).
  13. ↑ L'algorithme a été découvert et décrit indépendamment par (en) Esko Ukkonen, « Algorithms for Approximate String Matching », Information and Control, vol. 64,‎ , p. 100–118 (DOI 10.1016/S0019-9958(85)80046-2).
  14. ↑ Eugene W. Myers sur Leopoldina.

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