Discussion Projet:Biologie/Taxobot/Discussions traitées

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Archivage des discussions traitées.

Wikidata ?[modifier le code]

Coucou @Hexasoft ! Une idée : exploiter Wikidata ! Surtout avec GBIF qui te donne déjà le lien. Tu pourras ainsi récupérer pas mal de données sur Wikidata : commons, Wikispecies, tout un tas d’ID d’autres sites… et dans l’idéal, si tu pouvais compléter les ID manquants des sites manquants sur Wikidata, ce serait super et utile pour tous les projets Wikipédia autrelangophones ! Émoticône sourire TED 19 avril 2021 à 23:58 (CEST)[répondre]

@TED : oui, j'y pense et j'ai dans les plans d'aller collecter ces données.
Ceci dit ça ne m'aidera pas : je dois de toute façon faire un outil de collecte pour chaque "source" (CITES, UICN, …).
En effet WD peut ne pas être renseigné, ou l'info peut être fausse. Et dans tous les cas je dois aller récupérer les infos à afficher à la source (par ex. pour U. fimbriatus CITES n'a pas la même date que les autres). Hexasoft (discuter) 20 avril 2021 à 08:56 (CEST)[répondre]

Bonjour Hexasoft et TED Émoticône, le problème de wikidata est aussi de très souvent mélanger les homonymes (des noms du même genre avec le même épithète spécifique, mais des auteurs et dates différents, qui désignent en fait des espèces différentes). Par exemple Daucus glaber.--74laprune (discuter) 20 avril 2021 à 09:49 (CEST)[répondre]

Questions/Remarques[modifier le code]

Bonjour Hexasoft Émoticône, en lisant Utilisateur:Hexasoft/Taxobot/Exemples, quelques questions/remarques me viennent :

  • les espaces autour des « | » et avant les « }} » ont-ils une utilité ? Si ce n'est pas le cas, je pense qu'ils peuvent être supprimés puisqu'ils alourdissent inutilement la page ;
  • je trouve qu'ajouter le bandeau ébauche est inutile : tout le monde voit bien que l'article est une ébauche, pas besoin de le signaler avec un bandeau démesuré par rapport à la taille de l'article, et puis ce n'est pas ça qui encourage à développer les articles ;
  • as-tu l'intention d'ajouter un RI ? (je n'en doute pas mais on sais jamais).

En tout cas c'est vraiment génial ce que tu fais, bien à toi,--74laprune (discuter) 20 avril 2021 à 09:49 (CEST)[répondre]

Hello 74laprune,
  • pour les espaces c'est une question de goût Émoticône sourire. Moi je préfère quand c'est « aéré », je trouve que c'est plus lisible Émoticône. C'est d'ailleurs comme ça que j'édite !
  • le bandeau d'ébauche ça fait partie des recommandations d'édition, même si je doute aussi de son utilisé. Ceci dit personne n'est obligé de le copier ! Ce code n'est pas destiné à créer des articles mais à fournir des éléments pour aider un humain à créer des articles.
  • j'y réfléchi. C'est ceci dit compliqué, car il faut penser à beaucoup de cas de figure. Ça sera sans doute minimaliste. Je veux surtout avancer sur les choses pour lesquels les programmes sont meilleurs que les humains : récupérer les modèles type liens externes par exemple (c'est fastidieux d'aller chercher le taxon sur chaque site)

A+ Hexasoft (discuter) 20 avril 2021 à 10:24 (CEST)[répondre]

Merci Hexasoft Émoticône.
  • mais cela ne ralentit-il pas le chargement des pages ?
  • et pourquoi pas pour créer des articles ? Beaucoup de contributeurs créent des articles à l'état d'ébauches telles qu'un bot le ferait aussi bien, voire mieux, et plus efficacement c'est sûr.
  • pour le RI, un simple ''Blibli blublu'' est une [[espèce]] de ''Classe'' de la [[Famille (biologie)|famille]] des ''Bloblo'' et du [[Genre (biologie)|genre]] ''Blibli''. devrait suffire non ?
Bien à toi,--74laprune (discuter) 20 avril 2021 à 11:26 (CEST)[répondre]
  • pas vraiment, non. L'exemple que je donne fait actuellement un peu plus de 900 octets. On pourrait gagner ~50 octets sans les espaces. À titre de comparaison les icônes des portails font plus de 3000 octets, une image standard de taxobox se compte en centaine de milliers d'octets, plus tous les logos, menus, javascript, etc. qui se chargent autour du contenu : en proportion au est au delà du négligeable Émoticône
  • pour la création automatique il m'est arrivé de le faire, mais toujours sur demande et contrôle d'une personne. En effet derrière il faut un humain pour vérifier, relier, corriger si besoin, etc. Il y a eu par le passé des créations "sauvages" par bot, et ça a occupé certains biologistes ici des mois (y compris avec l'aide de mes bots) pour repasser derrière et mettre les choses au propre !
  • yep. C'est juste qu'il faut ajuster un peu (selon le rang du taxon), et qu'il faut vérifier aussi les liens (pages d'homonymie par exemple, ça arrive). Hexasoft (discuter) 20 avril 2021 à 11:37 (CEST)[répondre]

Bonjour Hexasoft Émoticône cela commence à avoir de la gueule Émoticône ! J'ai quelques nouvelles légères remarques :

  • il faudrait mettre un lien interne à [[espèce]] et [[Genre (biologie)|genre]] ;
  • est-il possible d'ajouter la date pour {{Bioref|GBIF|(date)|ref}} ? par ailleurs le afficher= est inutile ;
  • il me semble qu'il manque les | pour {{Autres projets ;
  • il me paraît intéressant d'ajouter des liens internes sur les synonymes (pour les genres uniquement !) ;
  • le portail se met avant la catégorie non ?

Bien à toi--74laprune (discuter) 21 avril 2021 à 18:49 (CEST)[répondre]

Notification Hexasoft : j'ai testé l'outil, ça marche du tonnerre ÉmoticôneÉmoticôneÉmoticône! Je n'ai pour l'instant pas de remarques d'amélioration à part celles formulées ci-dessus.--74laprune (discuter) 22 avril 2021 à 10:56 (CEST)[répondre]
Notification 74laprune : je vais regarder pour les remarques ci-dessus. La plupart sont simples à faire.
Là je bosse surtout sur ITIS : il fonctionne pour les liens externes, mais je voudrais ajouter une autre classification en plus de GBIF (ça fait plus « riche » Émoticône). Hexasoft (discuter) 22 avril 2021 à 11:02 (CEST)[répondre]

Notification Hexasoft : oui c'est bien d'avoir plusieurs choix de classification. Par contre côté liste de taxons, ITIS est vraiment à la ramasse. Deux nouvelles remarques après création du genre : 1. le bot créée un lien externe pour ReptileDB y compris pour les genres qui ne sont pas du tout des reptiles : cela peut-il être détecté par le bot ? 2. un peu plus difficile Émoticône : ajouter {{auteur| pour l'auteur et mettre la date comme suit [[date en science|date]]. Est-ce que c'est faisable ? Rien ne presse bien-sûr--74laprune (discuter) 22 avril 2021 à 12:02 (CEST)[répondre]

Pour le 1 je vais regarder. Sans doute que j'ai zappé un test. Pour le 2 c'est possible. Par contre c'est "compliqué", en ce sens que ça marche pas tout le temps correctement. Il faut déjà détecter les "ex." , "var.", "ssp." et autres éléments qui ne sont pas des auteurs (mais j'ai la liste, donc ça va), mais surtout certains noms ont des particules, et c'est difficile de deviner qu'il s'agit d'un seul nom (exemples : "A.de Vos", "A.E.van Wyk", etc.). Hexasoft (discuter) 22 avril 2021 à 12:12 (CEST)[répondre]

@Hexasoft pas grave si tu n'y arrive pas, c'est un petit luxe en plus Émoticône sourire. Une petite question : j'ai créé un nouvel article après que tu as indiqué que tu avais corrigé quelques bugs (merci !), mais ils sont toujours là ? je viens de lire « Note : une demande "traitée" peut ne pas encore être à jour sur l'URL d'accès »(Smiley oups)--74laprune (discuter) 22 avril 2021 à 14:37 (CEST)[répondre]

Bandeaux d'ébauche[modifier le code]

Suggestion à ignorer si hors de propos : Tant qu'à s'appuyer ces bandeaux, ne voudrais-tu pas les personnaliser ? Exemple :

« Cette ébauche concernant la botanique a été créée à l'aide du Taxobot. N'hésitez pas à la relire et à la compléter. »

Avec catégorisation auto pour la maintenance et pour le suivi de l'utilisation de l'outil ? Cordialement, — Tricholome et par saint Georges ! 22 avril 2021 à 13:40 (CEST)[répondre]

@Tricholome je n'y vois aucun inconvénient, mais pour moi les bandeaux ébauche ne servent à rien de toute façon--74laprune (discuter) 22 avril 2021 à 14:39 (CEST)[répondre]
Assez d'accord avec toi, 74laprune, ce serait donc une manière de les rendre un tout petit peu plus utiles, en encourageant à l'utilisation de l'outil et en indiquant clairement « j'ai créé cet article de façon automatique » aux autres contributeurs. Bien à toi, — Tricholome et par saint Georges ! 22 avril 2021 à 14:49 (CEST)[répondre]

C'est vrai--74laprune (discuter) 22 avril 2021 à 14:56 (CEST)[répondre]

En fait c'est pas réalisable (en tout cas facilement) : les bandeaux d'ébauches sont centralisés. Il faudrait donc créer de nouveaux types d'ébauche à appeler. Mais, par ailleurs, il faudrait en créer spécialisés pour chaque domaine (botanique + botanique/Taxobot ; herpétologie + herpétologie/Taxobox ; etc.). Ça me semble trop lourd pour un gain faible. Hexasoft (discuter) 25 avril 2021 à 20:12 (CEST)[répondre]

@TED et @74laprune j'ai une première version WEB disponible. Voir les fonctionnalités pour le moment. Si vous êtes intéressés pour faire des tests sur quelques taxons que vous connaissez bien, dites-le moi : je ne veux pas publier publiquement l'URL d'accès, mais je peux la faire suivre à quelques personne par mail. Hexasoft (discuter) 21 avril 2021 à 16:59 (CEST)[répondre]

Note pour ceux qui passeraient ici : je propose à TED et 74laprune car ce sont eux qui ont interagit ici. Mais si d'autres biologistes sont intéressés, n'hésitez-pas. Hexasoft (discuter) 21 avril 2021 à 17:00 (CEST)[répondre]

Notification Hexasoft : ça m'intéresse d'essayer--74laprune (discuter) 21 avril 2021 à 18:51 (CEST)[répondre]

Notification 74laprune : je t'ai envoyé un mail. Note : merci de ne pas partager l'adresse pour le moment, c'est encore en développement (entre autre il faudra que je remette quelques couches coté sécurité). Hexasoft (discuter) 21 avril 2021 à 19:42 (CEST)[répondre]

Merci Hexasoft Émoticône, j'ai bien reçu ton mail, et je ne transmets l'adresse à personne--74laprune (discuter) 22 avril 2021 à 10:06 (CEST)[répondre]

Salut Hexasoft Bonjour, ça m'intéresserait aussi de tester, si ça ne te dérange pas. Évidemment, je ne transmettrai à personne Émoticône. — Tricholome et par saint Georges ! 22 avril 2021 à 13:30 (CEST)[répondre]
Merci Hexasoft Émoticône. Je trouve ça super. J'ai créé Heptaptera et ça marche assez bien je toruve, même si les spécialistes auront certainement à y redire. Quelques petites remarques en vrac (ignore si c'est déjà en cours ou idiot) :
  • ajouter directement le paramètre botanique (vu qu'il y a le portail) à {{ébauche}} ?
  • GBIF n'est peut-être pas idéal en botanique (j'en sais rien), mais il a ajouté une espèce classée sous un genre synonyme, normal ?
  • pas de date, alors qu'elle est dans la source.
  • peut-être que les parenthèses du « s » de « synonyme(s) » est superflu ? Garder le pluriel et les contributeurs corrigeront la version finale de l'article si vraiment il n'y en a qu'un (rare…)
  • possible de proposer directement l'image de wikidata pour la taxobox, quand elle existe ? Ou il vaut mieux pas ?
  • C'est volontaire d'avoir omis la Catégorie:Genre de plantes (nom scientifique) ?
Merci et bravo pour ton travail. — Tricholome et par saint Georges ! 22 avril 2021 à 19:14 (CEST)[répondre]
@Tricholome :
  • il faut que je regarde : il n'y a pas adéquation entre tous les "règnes" et toutes les ébauches
  • je vais voir. En plus je dois pouvoir faire le compte, donc mettre le (s) si besoin
  • je travaille sur la récupération d'images. Mais c'est complexe… Il faut être sûr de ce qu'on trouve. En tout cas c'est pas encore fait (et non : wikidata n'est pas une source pour wikipédia. Il y a des grosses conneries, des différences de classifications… Donc c'est pas évident).
  • pour cette catégorie : oui je peux l'ajouter. Il faut que je regarde pour que ça marche pas qu'avec les plantes.
A+ Hexasoft (discuter) 22 avril 2021 à 23:24 (CEST)[répondre]
Good copy @Hexasoft. Je vois que la liste s'allonge ci-dessous, alors je vous laisse travailler. Émoticône Merci encore, — Tricholome et par saint Georges ! 23 avril 2021 à 09:01 (CEST)[répondre]

@Hexasoft : Whaou ! C’est déjà super ! Et je sais que cela va être de mieux en mieux ! J’en ai des étoiles plein les yeux !

J’ai fait des tests avec la Patate douce Miam ! :

Je vais mettre ci-dessous mes suggestions de points à améliorer. J’ai fait un test rapide ce matin, mais je n’avais pas le temps d’écrire ici, et je vois que plusieurs problèmes ont déjà été réglés ! Émoticône sourire TED 23 avril 2021 à 03:22 (CEST)[répondre]

Je me permets de notifier @Givet qui sera sûrement intéressé par le développement de cet outil, et qui a sûrement des exemples en zoologie, et une meilleure connaissance que moi des sites de références en zoologie et des modèles de bioref en zoologie. Émoticône sourire Cela permettra de diversifier les exemples, et @Hexasoft se sentira moins seul avec tous les botanistes qui rodent déjà sur cette page ! Émoticône TED 1 mai 2021 à 01:02 (CEST)[répondre]

Bonjour TED et Hexasoft Émoticône, merci TED d'avoir pensé à moi Émoticône sourire. Eh oui, je suis prêt à faire des tests. J'utilise WBR de Liné1 depuis des lustres et suis un peu déçu de voir qu'il en a arrêté la maintenance (mais c'est la vie !!!). Alors j'attends avec impatience ce nouvel outil. Hexasoft, si tu peux me l'envoyer par mail... D'avance merci. Bonne journée à tous les deux. Amicalement Émoticône sourire Givet (discuter) 1 mai 2021 à 09:02 (CEST)[répondre]
@Givet : je t'ai envoyé le mail. N'hésite-pas à regarder la page des fonctionnalités (Utilisateur:Hexasoft/Taxobot). Il y a aussi les bugs/demandes en cours plus bas (et éventuellement les demandes déjà traitées : Discussion utilisateur:Hexasoft/Taxobot/Traités). A+ Hexasoft (discuter) 1 mai 2021 à 11:53 (CEST)[répondre]
Mail bien reçu ! Merci beaucoup Émoticône sourire, je vais regarder ça et pas de souci je garde pour moi l'adresse Émoticône. À bientôt. Émoticône sourire Givet (discuter) 1 mai 2021 à 17:24 (CEST)[répondre]
Bonjour @Hexasoft, je veux bien tester ton logiciel également si c'est possible. Merci ! Lucastristan (discuter) 14 mai 2021 à 10:40 (CEST)[répondre]

Suggestion[modifier le code]

Bonjour Hexasoft Émoticône ! J'ai pensé cette nuit que ce serait super de récupérer les données de la base de données mondiale de l'OEPP [1]. Elle fournit les noms français d'un très grand nombre des taxons enregistrés. Ces noms pourraient être insérés en gras par le bot dans le RI par la formule passe-partout « en français » (qui évite de devoir accorder le genre) ''Blibli blublu'', en français '''Bulbla1''', '''Blubla2''', '''etc.'''{{Bioref|OEPP|23 avril 2021|ref}}, est une [[espèce]] de ''Classe'' de la [[Famille (biologie)|famille]] des ''Bloblo'' et du [[Genre (biologie)|genre]] ''Blibli''.. Nous avons là beaucoup à gagner. Penses-tu que c'est faisable ? Bien à toi,--74laprune (discuter) 23 avril 2021 à 10:06 (CEST)[répondre]

Je vais déjà intégrer OEPP comme lien externe et source de noms pour la section « noms en français ». Après il y a plusieurs sources qui fournissent des noms en français. Il faut donc traiter ça correctement pour éviter les doublons, sourcer, etc. On verra ensuite sur les formulations. Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 12:36 (CEST)[répondre]
@74laprune : en fait il n'y a pas de modèle OEPP. Il faudra d'abord en créer un. Hexasoft (discuter) 1 mai 2021 à 15:17 (CEST)[répondre]

@Hexasoft, oui, c'est exactement ce que je suggère ici Sourire diabolique--74laprune (discuter) 1 mai 2021 à 15:22 (CEST)[répondre]

J'ai créé le support de OEPP dans Taxobot : lien externe et source pour les noms en français (si présent).
Je n'ai par contre pas encore créé le modèle {{OEPP}} correspondant. Hexasoft (discuter) 1 mai 2021 à 16:17 (CEST)[répondre]
Maintenant le modèle {{OEPP}} est créé. Hexasoft (discuter) 1 mai 2021 à 17:02 (CEST)[répondre]

Question IPNI[modifier le code]

Notification TED, 74laprune et Tricholome : question pratique → je regardais le site de l'IPNI et je ne vois pas comment distinguer les synonymes. Pour reprendre l'exemple Ferula perdica on a ça. On a 4 réponses. L'une correspond à un sous-taxon, mais pour les 3 autres je ne vois rien permettant de distinguer le bon grain de l'ivraie… Si ça peut vous aider voici les données brutes retournées : .
Perso je ne vois rien qui permette de décider que c'est « F. perdica Willd. » qu'il faut choisir plutôt que « F. perdica Sims » ou « F. perdica Bunge ». Si vous voyez un élément dites-le moi. Hexasoft (discuter) 25 avril 2021 à 21:37 (CEST)[répondre]

@Hexasoft : IPNI ne donne pas les synonymes, mais recense tous les noms publiés, et s’ils sont bien publiés en accord avec les règles du Code, ou non (dans ce cas, ce sont des nom. inval., nom. superfl., nom. illeg., ou autres raisons), sans regarder quel est le nom courant du taxon et quels sont les synonymes. Pour les synonymes, il faut regarder l’autre site de Kew : WCVP qui recense les noms courants et les synonymes (et qui devrait remplacer à terme WCSP si j’ai bien compris). Les données de WCVP sont aussi intégrées dans POWO. TED 25 avril 2021 à 22:44 (CEST)[répondre]
@TED : alors je peux difficilement fournir des liens externes IPNI ! Soit je retourne une liste de tous les noms "valides" soit je me retrouve à faire une comparaison avec le nom scientifique, à partir d'une autre source, ce qui n'est pas très propre (déjà comparer des textes c'est toujours hasardeux, il peut y avoir des différences d'encodage (par exemple sur les accents) ou de formatage, sans compter qu'utiliser une source pour piocher dans une autre source c'est pas très cohérent). Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 09:33 (CEST)[répondre]

Notification Hexasoft : ce qui est vachement pratique, c'est que l'id est exactement le même pour la WCVP, POWO et l'IPNI ! Il suffit donc de regarder quel est le nom correct sur WCVP, et ensuite de copier-coller 3 fois le lien en changeant juste le titre du modèle. On fait d'une pierre trois coups !--74laprune (discuter) 26 avril 2021 à 11:28 (CEST)[répondre]

Ok 74laprune. Alors question subsidiaire : auquel des 3 je fais appel pour trouver le "bon" identifiant ? Émoticône sourire. Après effectivement si j'ai le bon d'un coté je peux sans problème regrouper la génération des 3 modèles. Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 12:11 (CEST)[répondre]

Notification Hexasoft : à la check-list (c'est son rôle) : WCVP. Bien à toi,--74laprune (discuter) 26 avril 2021 à 12:14 (CEST)[répondre]

Got it! La recherche sur WCVP est pour le coup assez propre et simple (coté informatique) et sur cet exemple je retrouve bien le code souhaité. Je vais donc pouvoir mettre en place ces 3 liens externes. Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 13:08 (CEST)[répondre]

@Hexasoft génial ! ÉmoticôneÉmoticône--74laprune (discuter) 26 avril 2021 à 14:07 (CEST) @Hexasoft à propos de refs taxo, que penses-tu d'établir une liste de demandes de liens externes à traiter par le bot, différente de la liste ci-dessous ? Pour faciliter les demandes de la part d'utilisateurs spécialisés sur certains taxon par exemple.--74laprune (discuter) 26 avril 2021 à 14:31 (CEST)[répondre]

Hmmm… Ça me semble pas forcément utile : je compte mettre en place la gestion de tous les modèles existants (qui sont d'ailleurs tous référencés ici : Catégorie:Modèle de biologie créant un lien externe). Pas spécialement besoin de gérer des demandes Émoticône sourire. Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 14:40 (CEST)[répondre]

Super objectif @HexasoftÉmoticône ! mais j'ai pensé que certains utilisateurs du bot (dont moi-même en l'occurrence Émoticône) souhaiteraient que ton bot gère certains liens externes en priorité ?--74laprune (discuter) 26 avril 2021 à 15:39 (CEST)[répondre]

Ben si ya une demande elle peut aller ci-dessous, en « fonctionnalité » Émoticône sourire.
À noter toutefois qu'il va falloir faire du tri dans ces modèles. Certains modèles ne marchent plus (les ARKive par exemple). D'autres pointent sur des sites qui sont plus ou moins obsolètes (plus mis à jour, etc.). D'autres enfin ne peuvent être générés par un programme car il est impossible (ou très difficile) de traiter les données retournées. Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 16:03 (CEST)[répondre]

@Hexasoft oui, et des nouveaux à créer Sourire diabolique : EPPO, Base de données des plantes d'Afrique, VASCAN, The Euro+Med PlantBase pour ce qui est des plantes. Mais c'est noté, si j'ai une demande, je la formule ci-dessous. Amicalement,--74laprune (discuter) 26 avril 2021 à 16:39 (CEST)[répondre]

@74laprune : question pratique : est-ce que Melastoma candidum et/ou Melastoma septemnervium sont valides pour WCVP et consort ? Pour ITIS c'est le second, pour GBIF visiblement il accepte le premier, mais mon code me dit que WCVP considère les deux comme "invalides". J'ai peut-être tout bêtement un bug dans la détection des synonymes. Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 22:29 (CEST) note : demain et sans doute après-demain je suis pas présent[répondre]
@Hexasoft et @74laprune : WCVP indique surtout « Review Status: In review »… Toutes les familles n’ont pas encore été revues dans WCVP. C’est en cours, mais cela prendra du temps.
Sinon, pour les sites externes intéressants à traiter en priorité pour les plantes : WFO/The Plant List, pour les algues : AlgaeBase, et pour les champignons : MycoBank (et Index Fungorum qui a normalement les mêmes ID que MycoBank). Émoticône sourire TED 26 avril 2021 à 23:28 (CEST)[répondre]

Notification Hexasoft : selon la WCVP, les noms Melastoma candidum [2] et Melastoma septemnervium [3] sont tous deux synonymes de Melastoma malabathricum subsp. malabathricum. Notification TED : je pense qu'il n'y a pas besoin d'ajouter ThePlantList, ils disent eux-même sur leurs site de ne plus les utiliser mais d'utiliser WFO. Amicalement,--74laprune (discuter) 27 avril 2021 à 08:45 (CEST)[répondre]

@74laprune : ok. Donc le résultat est bon → pour WCVP les deux ne sont pas « accepted ». Tout va bien Émoticône sourire Hexasoft (discuter) 27 avril 2021 à 18:01 (CEST)[répondre]

Fonctionnalité[modifier le code]

Notification TED, 74laprune et Tricholome : une petite nouveauté, mais qui je pense peut être très utile : l'affichage est en deux parties. À gauche c'est le wikicode généré. Et à droite une colonne présentant des liens vers les ressources trouvées.
Pour le moment ça ne gère que catégorie commons, page commons et page species (je vais augmenter les trucs gérés, pour avoir à terme wikidata mais aussi un lien pour chaque modèle de lien externe).
L'idée c'est qu'avant même d'éditer il soit possible d'aller consulter les pages tièrces (par ex. aller chercher des photos sur commons en un clic, aller consulter la page UICN directement, etc.).

Il me semble que ça peut aider / accélérer le traitement. Hexasoft (discuter) 28 avril 2021 à 18:47 (CEST)[répondre]

Voir par exemple Uroplatus fimbriatus (où je sais qu'il y a pas mal de liens). Hexasoft (discuter) 28 avril 2021 à 19:17 (CEST)[répondre]
J'ai étendu les liens gérés, et ajouté les « liens classification » (lien vers chaque entrée de la classification supérieure : ça permet de voir les articles, voir ceux qui manquent, éventuellement de détecter les homonymies). Hexasoft (discuter) 28 avril 2021 à 22:44 (CEST)[répondre]
@Hexasoft : je prévisualise toujours avant de publier (sauf rare oubli), et je vérifie alors les liens, et récupère les images sur commons s’il y en a, mais c’est tout de même une super idée qui permettra de peut-être gagner du temps ! (il faudra que je change mes habitudes) NB : les 3 liens vers les sites de Kew indiquent WCVP au lieu de POWO, WCVP et IPNI. TED 29 avril 2021 à 01:43 (CEST)[répondre]
Testée et approuvée. Très pratique d'aller pêcher l'image de la taxo sans prévisualisation Émoticône. — Tricholome et par saint Georges ! 29 avril 2021 à 09:51 (CEST)[répondre]
J'ai aussi ajouté wikidata maintenant. Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 10:58 (CEST)[répondre]

@Hexasoft : POWO, WCVP et IPNI semblent avoir disparu des liens en colonne de droite… Pleure TED 30 avril 2021 à 02:44 (CEST)[répondre]

@TED : effectivement. C'est lié à la demande 39. J'ai modifié le module WCVP pour gérer des listes de refs, mais j'ai oublié la partie qui gère les liens sur le coté. C'est corrigé. Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 09:48 (CEST)[répondre]

@TED : tu as il me semble une relative habitude de wikidata, donc question pour toi (mais d'autres peuvent répondre).
Comment chercher un taxon sur wikidata ? Je sais trouver quel élément WD correspond à un article existant, mais − en général − on n'utilise pas un outil comme WBR ou Taxobot sur un article qui existe déjà ! Le risque d'une recherche c'est de tomber sur un homonyme (par ex. chercher "Venus" − le genre de mollusque − est toujours compliqué vu le nombre de réponses qui n'ont rien à voir). Hexasoft (discuter) 28 avril 2021 à 20:26 (CEST)[répondre]

@Hexasoft : je suis nul en recherche sur Wikidata, et c’est une question pour @VIGNERON ou @Totodu74. TED 29 avril 2021 à 01:35 (CEST)[répondre]
@Hexasoft et @TED si tu parles d'une recherche avec le moteur de recherche classique, il est possible d'ajouter une indication pour filtrer les éléments avec (ou sans) une déclaration spécifique. Par exemple Venus haswbstatement:P31=Q16521 donne tout les taxons avec Venus ou Venus haswbstatement:P105=Q34740 donne tout les genres avec Venus.
Sinon, c'est beaucoup plus complexe mais pour faire ce genre de recherche déjà un peu avancée, le mieux c'est de le faire en langage SPARQL sur [4].
Cdlt, Vigneron * discut. 29 avril 2021 à 09:10 (CEST)[répondre]
@Vigneron : ok, merci. Je m'en suis sorti avec SPARQL. Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 10:58 (CEST)[répondre]
Salut Hexa, je ne suis pas très actif sur WP ces temps-ci et encore moins dans les discussions, mais j'espère que tu vas bien et je suis bien content de voir que tu reprends, avec des différences bien sûr, le bâton de pèlerin de Liné1. Je voulais juste apporter une précision à ce stade : le « statement:P31=Q16521 » ne suffit pas, il ne concerne que les « instance of: Q16521 (« taxon ») » (Q16521), or certains taxons sont renseignés comme « instance of: Q310890 (« taxon monotypique ») » et d'autres encore comme « instance of: Q23038290 (« taxon fossile ») ». Comme les supporters de la double catégorisation sur WP:fr, des gros malins de là-bas n'ont toujours pas compris que les croisements de concepts a priori sont une débilité infâme pour la saisie de données. Sourire diabolique
Bref, en SPARQL, ça peut donner par exemple :
{?taxon wdt:P31 wd:Q16521 } UNION {?taxon wdt:P31 wd:Q310890} UNION {?taxon wdt:P31 wd:Q23038290} .
Amicalement, Totodu74 (devesar…) 29 avril 2021 à 12:23 (CEST)[répondre]
Hello Totodu74 : de mon coté ça va pas mal (même si les journées manquent d'heures…). J'espère que toi aussi.
J'utilise actuellement la requête SELECT ?item WHERE { ?item wdt:P31 wd:Q16521 ; wdt:P225 "nom-du-taxon-que-je-cherche" . }. Il faudrait donc que j'ajoute les UNION. Mais comment ?
SELECT ?item WHERE { { ?item wdt:P31 wd:Q310890} UNION {?item wdt:P31 wd:Q23038290} UNION {?taxon wdt:P31 wd:Q310890} ; wdt:P225 "nom-du-taxon-que-je-cherche" . } ? (je ne suis pas habitué à ce langage). A+ Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 12:33 (CEST)[répondre]
@Hexasoft Ah oui alors, les journées de 24 heures, quelle invention idiote ! Émoticône Je ne suis pas non plus très habitué à ce langage, je bricole à partir de requêtes empruntées à gauche et à droite. Tu pourras trouver des cas sur d:User:Totodu74/Useful queries. Je crois que la solution que tu proposes est correcte (il faut juste mettre ?item trois fois, pour le troisième tu as laissé ?taxon comme dans mon exemple, mais tu auras compris que tu nommes cet objet de la façon que tu préfères). ++ Totodu74 (devesar…) 30 avril 2021 à 09:41 (CEST)[répondre]

Question taxons de rang inférieur[modifier le code]

Notification TED, 74laprune et Tricholome : : une autre question à la cantonade Émoticône sourire
Actuellement lorsque le taxon a des taxons de rang inférieur j'affiche une section titrée « Liste des taxons de rang inférieur » puis une phrase du type « Liste des RANG-DES-SOUS-TAXONS selon BIOREF-ASSOCIÉ : ».
Mais ça suppose que tous les taxons de rang inférieur ont le même rang ! En pratique je prends le rang du premier de la liste des sous-taxons pour l'affichage (par ex. "sous-espèces"). Mais est-il possible que ça retourne une liste avec des rangs différents ? Par exemple pour une espèce de plante une liste qui mélange ssp., formes, cultivars ou autres ?
Comme vous avez plus l'habitude des plantes que moi vous aurez peut-être des exemples en tête.

Sinon au pire je peux changer la formule (« Liste des taxons de rang intérieur » sans préciser le rang), mais si possible je préfère donner le max d'infos disponibles. Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 19:42 (CEST)[répondre]

@Hexasoft : tu peux faire un test avec Malus pumila qui a des variétés et des formes dans GBIF. 🍎 TED 1 mai 2021 à 00:56 (CEST)[répondre]
Il y a aussi Prunus cerasus 🍒 ou Prunus persica 🍑 qui ont des variétés et des formes, et Pyrus communis 🍐 ou Fragaria vesca 🍓 qui ont des sous-espèces, des variétés et des formes ! (et cela fait 5 fruits pour la journée ! Émoticône) TED 1 mai 2021 à 01:14 (CEST)[répondre]

C'est exact @Hexasoft, par exemple sur Epilobium tetragonum le bot a mis liste des sous-espèces alors qu'il y a aussi des variétés--74laprune (discuter) 1 mai 2021 à 10:42 (CEST)[répondre]

Classification[modifier le code]

Bonjour Hexasoft Émoticône (bonjour aussi @TED et @Tricholome !). Je pense à une chose, je ne sais pas si c'est faisable, mais ça permettrait pas mal de trucs. Ce serait, sur la page d’accueil du Taxobot, d'avoir un rapide questionnaire, qui commence par ESPÈCE / GENRE / AUTRE, puis par sélectionner le règne, et idéalement pouvoir affiner encore un peu. Cela éviterait au bot d'identifier le rang du taxon, et cela permmetrai ainsi d'avoir plus de précisions (dans le RI, les phrases de la section Systématique, d'affiner les catégories, par ex: Espèce d'insectes (nom scientifique) au lieu de Animal (nom scientifique)). Également, le bot pourrait donner une classification par défaut en fonction du groupe taxonomique. Et si jamais l'utilisateur ne sait pas, ce serait toujours GBIF par défaut. Voir mon brouillon sûrement incomplet mais qui donne un aperçu des issues du questionnaire. D'autres classifications sont aussi sûrement à ajouter. Amicalement,--74laprune (discuter) 11 mai 2021 à 16:03 (CEST)[répondre]

@74laprune : il faut savoir que − pour ce qui est de la partie classification − connaître le rang (par exemple) n'aide pas. Que ce soit sur ITIS ou GBIF la recherche se fait sur le nom scientifique.
Le règne pourrait servir sur les rares cas de taxons ayant le même nom dans les deux domaines différents (d'ailleurs si quelqu'un a un exemple… j'en avais mais je ne les retrouve plus : ça permettrait de voir comment se comporte le code actuel).
Pour le choix de la classification c'est un peu compliqué. Si je prends par ex. ReptileDB (que je connais bien) ce n'est pas tout à fait une classification : seules les espèces sont vraiment traitées (nom, auteur, syn., etc.). Les rangs au dessus n'ont pas d'info (en dehors de leurs relations parent/enfant) et la classification s'arrête à l'ordre (de mémoire).
Donc pour le moment je prends mon temps coté classification : il y en a deux qui marchent, je verrai plus tard le reste.
Par contre je pourrai utiliser le domaine (que j'obtiens avec la classification) pour ne pas tester les sources d'infos non concernées (pour un animal inutile d'aller demander à MycoBank s'il a des infos par exemple Émoticône).
Ça ne change pas les résultats mais ça permet d'aller plus vite (ne pas tester pour rien) et donc d'obtenir un résultat plus rapidement. Hexasoft (discuter) 11 mai 2021 à 17:23 (CEST)[répondre]
J'ai mis une matrice là : Utilisateur:Hexasoft/Taxobot#Matrice_des_liens_externes_/_chartes. À compléter afin de pouvoir affiner les traitements.
Hexasoft (discuter) 11 mai 2021 à 18:00 (CEST)[répondre]
OK, Merci Hexasoft Émoticône. Voici des exemples d'homonymies de genres : Culcita, Garnieria, Ludia, Trimenia, Bissetia. Mais à terme (rien ne presse bien entendu), sera-t-il possible que le bot fournisse la meilleure classification par défaut en fonction du groupe taxonomique, en suivant les bases de données spécialisées (par ex MycoBank par défaut pour les champignons) ?--74laprune (discuter) 11 mai 2021 à 18:38 (CEST)[répondre]
Sur le dernier point ça dépend. S'il y a une classification préférentielle associée et qu'elle est implémentée pourquoi pas. Mais techniquement c'est déjà possible en choisissant la classification (si on sait laquelle utiliser).
Si on ne fait pas de choix spécifique ça voudrait dire utiliser la classification par défaut puis relancer en utilisant celle spécialisée.
Ça peut se faire, mais ça impose que 1. la classification par défaut soit capable d'identifier tous les taxons (pour savoir à quoi ils correspondent, et qu'ils existent dans cette classification) 2. qu'il y ait une méthode sure pour identifier le « groupe » concerné (par exemple c'est quoi un "poisson" ? Et même si on dit c'est classe des Chondrichtyens + super-classe des Ostéichtyens + Agnathes il faut que la classification utilisée initialement utilise ces mêmes taxons aux mêmes rangs − oui, selon la classification certains mêmes taxons n'ont pas le même rang…) 3. bien sûr qu'un module pour la meilleure classification associée soit codé. Hexasoft (discuter) 11 mai 2021 à 19:16 (CEST)[répondre]
@74laprune : merci d'avoir complété. Je vais être peu présent pour ce long week-end, et c'est le moment pour moi de refaire du propre dans le code, donc les ajouts vont se ralentir.
Le problème de faire du code par « incrément » c'est qu'on monte des choses de travers et au bout d'un moment il faut soit étayer soit refaire Émoticône. Je vais donc reprendre les parties de code dupliquées, reporter des changements qui n'avaient pas été reportés sur des modules plus anciens, etc.
Au passage l'idée après ça c'est de publier le code, de façon à ce que chacun puisse faire tourner le code chez lui, sans forcément passer par l'interface que j'ai mis en place.
Sur le fond du code le but est de rendre chaque module plus indépendant pour améliorer la modularité (éventuellement si d'autres programmeurs veulent participer), et aussi de rendre plus propre le code central (celui qui appelle tous les modules) parce que lui il ressemble beaucoup à un empilement de code à la va-comme-je-te-pousse Émoticône. Hexasoft (discuter) 11 mai 2021 à 21:42 (CEST)[répondre]
OK @Hexasoft, je te suis à fond, de toute façon je ne comprends pas tout dans ce que tu me racontes Émoticône. En tout cas merci encore et bravo Émoticône pour ce que tu fais--74laprune (discuter) 11 mai 2021 à 21:56 (CEST)[répondre]

Gestion des homonymies[modifier le code]

Bonjour @Hexasoft, cette question a surement déjà été posée mais je ne trouve pas la réponse.

Comment faire pour utiliser le Taxobot lorsqu'il y a homonymie ? J'ai voulu créer la page du genre de coléoptères Xylophilus (famille des Aderidae) - parce qu'il y a deux genres chez les coléos qui portent ce nom - ... et il m'a créé le code pour le genre de bactérie (déjà existant) !

C'est une des limites du bot qui ne peut pas être résolue ou j'ai raté quelque chose ?

Merci ! Lucastristan (discuter) 15 mai 2021 à 18:00 (CEST)[répondre]

@Lucastristan : oui, j'ai justement besoin d'exemples de ce type. Pour le moment la classification sélectionne le « premier » valide qu'elle trouve (et si aucun valide le premier synonyme). Mais dans le cas d'homonymes « réels » (c-à-d plusieurs taxons valides avec le même nom) il n'y a actuellement pas de solution, non.
C'est prévu, mais c'est pas encore là (soit en permettant d'indiquer un "règne" ou similaire, soit en détectant la présence de plusieurs réponses et en demandant lequel choisir). Hexasoft (discuter) 16 mai 2021 à 18:58 (CEST)[répondre]
@Hexasoft : D'accord, merci pour ta réponse ! Lucastristan (discuter) 29 mai 2021 à 12:35 (CEST)[répondre]

Hello Notification 74laprune, TED, Lucastristan, Givet et Tricholome :
juste pour info je stoppe un moment la prise en charge des bugs/demandes/etc. : d'une part je suis un peu surchargé en ce moment, et d'autre part je bosse sur la refonte du code.
La plupart des modifications n'ont pas d'impact pour vous : il s'agit de remettre à plat divers mécanismes du code pour que celui-ci soit plus propre, plus facilement évolutif, etc.
Mais j'en profite aussi pour mettre en place la gestion des "domaines" pour les différents modules (module = gestion d'une source, par ex. UICN ; GBIF ; FishBase…). Il s'agit pour chaque module de la liste des domaines ou sous-domaines qu'il gère. Ce qui va permettre plusieurs choses :

  • ne pas appeler des modules qui ne traitent pas du domaine concerné
  • pouvoir déterminer automatiquement la classification la plus adapté au domaine
  • permettre à l'utilisateur de sélectionner le domaine de recherche (ce qui implique les deux du dessus)
  • permettre d'affiner le domaine (si non précisé) lorsque le module utilisé pour la classification a trouvé quelque chose
  • permettre de trier entre d'éventuels homonymes de domaines différents

Mais il reste encore du travail Émoticône sourire. Hexasoft (discuter) 21 mai 2021 à 18:14 (CEST)[répondre]

Hello Notification 74laprune, TED, Lucastristan, Givet et Tricholome :
juste un petit point en passant. La refonte avance (lentement, j'ai encore pas mal de boulot de « fin d'année » sur les bras) : le module de classification GBIF est de nouveau fonctionnel, ainsi que les modules de données CITES, UICN et ReptileDB. Je vais continuer d'intégrer les modules déjà existants pour arriver à un logiciel équivalent à ce qui est actuellement disponible, afin de pouvoir faire la bascule entre l'ancien et le nouveau.
Ensuite je vais pouvoir m'attaquer aux demandes en cours Émoticône. Étant donné le calendrier, il est probable qu'il n'y ait pas de nouvelles fonctionnalités avant la rentrée.
Pour ceux qui en ont la possibilité, je vais probablement poser les sources du programme quelque part, pour que ceux qui peuvent puissent l'utiliser sur leur machine. Hexasoft (discuter) 7 juillet 2021 à 10:33 (CEST)[répondre]
Bonjour Hexasoft. Merci pour ce point d'étape et... bon courage Émoticône sourire. Amicalement Givet (discuter) 7 juillet 2021 à 17:12 (CEST)[répondre]
Notification 74laprune, TED, Lucastristan, Givet et Tricholome :
je cherche des cobayes pour l'utilisation de Taxobot en ligne de commande. Si éventuellement quelqu'un sous linux veut tester ça me va (mais étant sous linux c'est pas le plus vital), mais surtout si quelqu'un sous windows veut bien prendre un peu de temps pour voir comment faire et que je puisse rédiger une doc !
Je pense laisser tomber la version WEB : c'était pratique pour faire tester au début, mais c'est quand même lourd à gérer, et ça impose de maintenir un serveur web (qui tourne chez moi, et qui sert déjà a plein d'autres choses).
À noter que coté sources je suis « à niveau » : j'ai reporté tout ce qui se trouvait dans l'ancien code dans le nouveau, plus quelques nouveaux trucs. Hexasoft (discuter) 14 juillet 2021 à 14:04 (CEST)[répondre]
Salut Hexasoft Bonjour. Merci beaucoup pour ton travail. Si tu ne trouves pas de meilleure candidature, j'aide volontiers. Mais bon, je suis pas très doué en la matière, tu l'auras déjà compris. À bon entendeur ÉmoticôneTricholome et par saint Georges ! 14 juillet 2021 à 16:16 (CEST)[répondre]
Ok Tricholome Émoticône sourire. Je te contacte par mail (ça sera plus facile). Je vais tester demain sur un PC windows du boulot avant de t'embêter Émoticône. Hexasoft (discuter) 14 juillet 2021 à 16:27 (CEST)[répondre]

Test avec Windows 10[modifier le code]

Bonjour Hexasoft Émoticône Comment fait-on pour tester ce Taxobot ? Je ne suis pas certaine d'avoir compris les explications techniques Émoticône. Est-ce très compliqué comparé à WBR ? Sinon, je suis partante. -- Amicalement, Salix [Converser] 30 août 2021 à 11:14 (CEST)[répondre]

Hello Salix,
as-tu regardé la section Utilisateur:Hexasoft/Taxobot#Code_et_installation ? Il y a un début de documentation sur l'installation de l'outil. N'hésite-pas à me dire si tu as besoin d'aide.
Pour la comparaison à WBR l'utilisation en ligne de commande (la seule active actuellement) est très similaire. Par contre il n'y a pas actuellement d'interface graphique comme pour WBR, et le seul moyen d'en avoir une est de passer par un serveur web (ce qui pour le coup est plus complexe à installer pour un non-informaticien). A+ Hexasoft (discuter) 30 août 2021 à 14:09 (CEST)[répondre]
Merci Hexasoft. J'étais déjà arrivée sur cette page, mais ne vois pas du tout ce qu'il faut faire ensuite Pleure. -- Amicalement, Salix [Converser] 30 août 2021 à 14:13 (CEST)[répondre]
PS. Je suis sous Windows 10.
@Salix :as-tu vu la partie Portage sur Windows que LD a créé il y a peu ? Peux-tu me dire ce que tu as fait jusqu'à présent ? Hexasoft (discuter) 30 août 2021 à 14:24 (CEST)[répondre]
Notification Hexasoft J'ai vu cela aussi, mais pas compris quoi faire. -- Amicalement, Salix [Converser] 30 août 2021 à 20:44 (CEST)[répondre]
Pas de soucis Salix : peux-tu juste dire où tu en es pour qu'on te guide ?
Est-ce que tu as récupéré le code du programme ? Est-ce que tu l'as extrait quelque part ? Est-ce que tu as essayé d'installé PHP ? Hexasoft (discuter) 30 août 2021 à 22:15 (CEST)[répondre]
Notification Hexasoft Stade zéro, hélas.-- Amicalement, Salix [Converser] 31 août 2021 à 10:54 (CEST)[répondre]
@Salix : ok Émoticône
Première étape : récupérer le code du programme. Regarde Utilisateur:Hexasoft/Taxobot#Généralités. Ça va te permettre de télécharger un fichier ZIP avec tout le code. Il faut ensuite l'extraire dans un répertoire à ta convenance.
Deuxième étape : installer PHP. Pour cela suivre les instructions de Utilisateur:Hexasoft/Taxobot#Portage_sur_Windows. Pour le coup je suis moins en mesure de t'aider sur cet aspect, mais tu dois pouvoir obtenir un précieux secours de LD qui a testé et écris cette section.
Troisième étape : utiliser le programme Émoticône Hexasoft (discuter) 31 août 2021 à 12:53 (CEST)[répondre]
Notification Hexasoft Etape n°1 cette fois franchie, grâce à tes encouragements Émoticône sourire. Par contre au secours pour la 2e Notification LD ! Sur quels liens faut-il cliquer exactement ici et  ? -- Amicalement, Salix [Converser] 31 août 2021 à 13:28 (CEST)[répondre]
Bonjour Salix Émoticône pour PHP, a priori ce lien; pour les composants, il faut cliquer sur ce lien. BàT, LD m'écrire 31 août 2021 à 17:10 (CEST)[répondre]
Désolée Notification Hexasoft et LD, mais je suis encore bloquée Émoticône. J'ai téléchargé et extrait les 3 trucs dans mon dossier "téléchargements" (ne sachant dans quel répertoire il est préférable de les mettre). J'ai aussi trouvé où modifier le path en ajoutant ;C:\Users\Salix\Downloads\taxobot-main, mais je n'arrive pas exécuter quoi que ce soit. -- Amicalement, Salix [Converser] 1 septembre 2021 à 15:02 (CEST)[répondre]
@Salix, pas de problème ; il faut que ton PATH renvoie vers ton répertoire qui contient PHP, càd par défaut C:\PHP ou C:\php (apparement tu l'as mis dans Downloads mais je te conseille de le mettre sur C: directement, pour le retrouver facilement et ne pas le supp. par erreur). Une seconde clé de ton repertoire, pour les composants, est censé existé vers C:\Users\Toto\AppData\Roaming\Composer\vendor\bin.
Une fois que ce sera fait, essaye "php -v" dans ton invite de commande, si ça marche, tu peux utiliser le script Émoticône : "cd C:\Users\Salix\Downloads\taxobot-main" puis "php taxobot.php -taxon "apis mellifera" Émoticône sourire LD m'écrire 1 septembre 2021 à 18:12 (CEST)[répondre]
Merci LD. J'ai déplacé PHP, mais quand je veux installer les composants on me propose d'« ajouter ce PHP au path » (j'ai coché la case), mais ensuite cela affiche « The PHP exe file you specified did not run correctly: C:\PHP\php.exe ». Que faire ? -- Amicalement, Salix [Converser] 1 septembre 2021 à 23:06 (CEST)[répondre]
Ce que je te recommanderais, c'est de désinstaller php/composants (aussi bien dans tes programmes triés par date récente, que les setup dans ton répertoire Downloads) et de suivre ce tutoriel que j'ai trouvé sur YouTube : lien. Il est très court (-5mns) et bien expliqué. En espérant que cela t'aide, BàT, LD m'écrire 1 septembre 2021 à 23:15 (CEST)[répondre]
Merci Notification LD et Hexasoft. On se rapproche du but ! Tout va bien, php est reconnu Émoticône sourire. Reste la dernière étape : cd C:\Users\Salix\Downloads\taxobot-main ça passe, mais ensuite j'obtiens, avec php taxobot.php -taxon "apis mellifera" = "fatal error" ou php -taxon Fenestellidium = "could not open..."Pleure. -- Amicalement, Salix [Converser] 2 septembre 2021 à 19:30 (CEST)[répondre]

Eurêka ! ça marche ! Cela m'aura pris quand même 8 mois pour trouver (bon, pas à plein temps quand même, hein). Etant sur Windows, j'avais en effet suivi scrupuleusement tous les conseils donnés dans la section Portage sur Windows, mais à chaque fois cela achoppait à partir de cd C:\Users\Toto\taxobot-main Émoticône . Et pour cause ! Nulle part dans cette section il n'est dit qu'il faut télécharger le code du taxobot et l'extraire dans C:\Users\Toto pour utiliser cette commande Gnii2, c'était tout bête ! Alors stp Hexasoft, ajoute une petite ligne à ce sujet pour les Émoticône comme moi fait ✔️. -- Amicalement, Salix [Converser] 22 février 2022 à 21:26 (CET)[répondre]

PS. : Ensuite j'ai tout bêtement sélectionné tout le contenu du panneau de commande et copié/collé ensuite le tout dans le bloc note, puis fait le tri. En revanche, je n'ai pas compris le coup du fichier « .txt » dont on parle dans l'aide. Introuvable... -- Amicalement, Salix [Converser] 22 février 2022 à 22:04 (CET)[répondre]
PS.bis : Comment doit-on faire pour une espèce ? Quand je mets par exemple php taxobot.php -taxon Cichorium intybus, Taxobot me sort le code pour le genre Cichorium seulement Euh ?. -- Amicalement, Salix [Converser] 23 février 2022 à 10:01 (CET)[répondre]

Bonjour Salix Émoticône, il faut mettre le nom entre guillemets : php taxobot.php -taxon "Cichorium intybus". Amicalement,--74laprune (discuter) 23 février 2022 à 10:26 (CET)[répondre]

Merci 74laprune ! Du coup, j'ai ajouté quelques lignes au mode d'emploi pour Windows, à l'intention des novices comme moi, à propos de l'extraction du code de Taxobot et des guillemets. Corrigez si ce n'est pas cela. -- Amicalement, Salix [Converser] 23 février 2022 à 11:50 (CET)[répondre]

Salut,

J'ai testé, cela fonctionne sous Windows 10. Par contre, je suis relativement profane sous PHP et je ne vois pas comment exécuter le script tout en ayant le rendu sous une interface web en local. Peut-être que ce n'est pas encore possible ou que quelqu'un aura l'astuce.

Très beau travail et projet. Coincoinci Hexasoft Émoticône. Amitiés, LD m'écrire 29 août 2021 à 17:21 (CEST)[répondre]

Hello LD. Merci pour ton test, et pour ton ajout d'un bout de documentation associé ! Comme je n'ai pas windows (enfin, j'ai un vieux windows 7 dans un coin, mais pas relié au réseau, en plus − ce qui est plus prudent vu qu'il n'y a plus de mises à jour).
Pour le rendu WEB effectivement : j'ai refondu tout le code au début de l'été (meilleure structuration des modules, etc.) mais je n'ai pas porté le code permettant d'avoir un affichage WEB. Cette partie est donc absente du code.
Je n'étais pas certain en fait de remettre cette fonctionnalité : au départ je l'avais mis pour pouvoir faire tester aux gens, depuis mes serveurs. Mais − comme tout vieil informaticien qui a grandi sous unix/linux j'ai toujours préféré la ligne de commande et je n'utilise que ça Émoticône.
Disons qu'avoir un logiciel qui nécessite d'installer PHP c'est pas la mer à boire. Avoir un logiciel pour lequel il faut installer et configurer un serveur WEB local ça me semble plus chaud.
Mais si tu penses que ça peut avoir du succès je peux regarder pour remettre tout ça. Il faut dire que je suis rentré il y a pas longtemps, et je suis malade comme un chien (presque 39°C de fièvre depuis plusieurs jours), donc j'ai pas trop la tête à me remettre dans le code ! Il va falloir aussi que je commence à faire des numéros de versions et que je nettoie la liste des fonctionnalités. A+ Hexasoft (discuter) 29 août 2021 à 18:44 (CEST)[répondre]
Merci Hexasoft Émoticône pour ta réponse.
D'abord, prends soin de toi et repose toi Émoticône, il n'y a pas d'urgence.
Pour une interface web sous Windows, XAMPP permet globalement de gérer tout ça. Il suffit simplement de l'installer puis de déplacer ton script dans un de ses répertoires, c.à.d par défaut C:\xampp\htdocs (plus précisément on devrait obtenir C:\xampp\htdocs\taxobot-main) puis de se connecter sur https://localhost (enfin sur https://localhost/taxobot-main si le dossier a été déplacé) et accéder à ce qui permettrait un rendu web. A priori, c'est plus facile d'accès que de changer son PATH Sourire diabolique
A bientôt, LD m'écrire 29 août 2021 à 18:55 (CEST)[répondre]
@LD : j'ai poussé une nouvelle version de Taxobot. Elle contient la partie WEB (même si c'est fait à la hache).
Pour tester, il suffit de copier l'intégralité du code dans un répertoire WEB de ton choix. Pour le moment il n'y a pas le formulaire permettant de construire la requête, mais tu peux faire un appel direct à taxobot.php. Les paramètres sont les mêmes qu'en ligne de commande. Exemple : http://localhost/Taxobot/taxobot.php?taxon=Uroplatus. N'hésite-pas à me faire des retours.
Il faudra que je fasse la partie pour générer la requête (qui aura comme nom index.php, bien sûr) : ce n'est pas compliqué, mais il faut que je branche ça avec certaines des données pour présenter des select et autres présentant les bonnes infos. A+ Hexasoft (discuter) 30 août 2021 à 18:56 (CEST)[répondre]
Salut Hexasoft Bonjour
Pour commencer : prends soin de toi ! Émoticône ; et sinon, tout fonctionne parfaitement. Rien à redire, bravo et merci.
Pour les requêtes, ce n'est pas urgent (àmha) vu qu'on peut appeler les paramètres.
Il faut seulement noter pour les profones du code WEB que pour les taxons composés, c'est-à-dire avec une espace, il faut écrire :
?taxon=Baorisa+hieroglyphica et non pas ?taxon="Baorisa hieroglyphica" vu qu'on écrit -taxon "Baorisa hieroglyphica" en ligne de commande.
Hormis ce genre de précisions, bien à toi, LD m'écrire 31 août 2021 à 01:57 (CEST)[répondre]
Hello LD : juste pour te dire que la version actuelle fourni maintenant un index.php permettant de générer la requête à partir d'une interface web. Hexasoft (discuter) 28 septembre 2021 à 19:05 (CEST)[répondre]

Demande d'accès[modifier le code]

Salut Hexasoft, serait-il possible d'avoir accès à l'URL pour utiliser l'outil ? Tu peux utiliser mon gmail perso, TMTC comme disent les vieux jeunes. Merci déjà ! Émoticône Totodu74 (devesar…) 28 septembre 2021 à 13:57 (CEST)[répondre]

Erreur curl_init()[modifier le code]

Bonjour @Hexasoft. J'ai voulu installer Taxobot sur un autre PC. J'ai procédé de la même façon que sur le mien. Et là j'ai un plantage incompréhensible pour moi. Voici ce que je lance ;
php taxobot.php -classification algaebase -taxon Pinnulariaceae > d:\ZBotanique\Pinnulariaceae.txt
et voici l'erreur obtenue:
Fatal error: Uncaught Error: Call to undefined function curl_init()
in C:\taxobot-main\outils.php:40
Stack trace:
#0 C:\taxobot-main\modules\mod_algaebase.php(88): get_data('https://www.alg...')
#1 C:\taxobot-main\modules\mod_algaebase.php(355): alg_apikey()
#2 C:\taxobot-main\taxobot.php(287): m_algaebase_infos(Array, true)
#3 {main}
thrown in C:\taxobot-main\outils.php on line 40
Help ! Gerardgiraud (discuter) 19 mai 2022 à 07:06 (CEST)[répondre]

Hello @Gerardgiraud : ça signifie que tu n'as pas l'extension CURL pour ton PHP.
Je vois que c'est sous Windows, je mets @LD dans la boucle, mais tu peux suivre à mon avis ce qu'il disait à Salix dans la section Discussion_utilisateur:Hexasoft/Taxobot#Test_avec_Windows_10. A+ Hexasoft (discuter) 19 mai 2022 à 09:39 (CEST)[répondre]
Hello, @Gerardgiraud : en suivant Utilisateur:Hexasoft/Taxobot/Installation Windows 10 et 11 (WSL), cela devrait fonctionner. Avec l'autre méthode, Utilisateur:Hexasoft/Taxobot/Installation_Windows, il doit manquer les composants. D'un autre côté, mod_algaebase.php contient encore une erreur non résolue. Émoticône
Si tu as procédé avec la seconde méthode, vérifie dans ton php.ini que tu as bien ;extension=php_curl.dll, si ce n'est pas le cas, ajoute-le (ou retire le commentaire qui empêche que cette ligne soit lue). Si tu passes par Wamp, il faut cocher php_curl dans PHP extensions.
Si tout cela te semble toujours incompréhensible, dis-moi comment tu as installé et j'essayerais d'être moins jargoneux Émoticône LD (d) 19 mai 2022 à 18:15 (CEST)[répondre]
Hello @LD. Je me suis remis à l'œuvre sur mon PC récalcitrant. J'ai installé Unbuntu pour Windows. Mais la commande
sudo apt-get install -y git php php-curl php-json php-xml php-bz2 php-zip php-yaml php-mbstring php-readline
censée m'installer tous les composants, plante en erreur « E: Unable to locate package php-zip » or j'ai déjà installé PHP ou plutôt copié sur le disque C: (+ modifié variable PATH). J'ai ensuite découvert que je n'ai pas de php.ini dans mon répertoire php mais php.ini-development et php.ini-production. Je patauge un peu (beaucoup) quoi Émoticône. Gerardgiraud (discuter) 21 mai 2022 à 07:20 (CEST)[répondre]
J'ajoute que, j'avoue très humblement faire un sacré mélange en ce qui revient à Linux et ce qui revient à Windows et comment tous ces éléments « Lindows / Winnux » sont censés dialoguer entre eux. Gerardgiraud (discuter) 21 mai 2022 à 07:33 (CEST)[répondre]
@Gerardgiraud : c'est curieux, parce que de mon coté j'ai plusieurs versions de Ubuntu (entre ma machine et celles que j'administre au travail) et le package existe bien.
Tu peux éventuellement tester en enlevant php-zip de la commande (je ne sais plus si je l'utilise encore dans mes modules, passé un moment j'en avais besoin mais il me semble que ce n'est plus le cas). J'aurai tendance à dire que ce message indique plus un problème de repository qu'autre chose. Tu as bien fait sudo apt-get update avant ? Est-ce que c'est une installation pré-existante de WSL ? Si c'est une ancienne installation il est possible que ce soit une vieille version de Ubuntu et qu'elle ne soit plus supportée (et donc que les serveurs de packages ne contiennent plus les packages correspondant). Hexasoft (discuter) 21 mai 2022 à 13:32 (CEST)[répondre]
Euh @Hexasoft, j'avais oublié sudo apt-get update. Après quoi "sudo apt-get install... " s'est, cette fois, bien déroulé. Puis, sous WSL j'ai pu lancer taxobot avec succès. Mais pourquoi diable dois-je exécuter taxobot :
  • dans la console WSL de Linux sur mon PC-2 ? (mon plantage était sous MsDos de ce PC)
  • sous la console MsDos de Windows 10 sur le PC-1
Les deux PC sont pourtant tous les deux sous Windows 10. Gerardgiraud (discuter) 21 mai 2022 à 14:42 (CEST)[répondre]
Parce que ce sont deux types d'installations différentes. Dans un cas tu as PHP dans ton windows. Dans l'autre cas tu as PHP dans un environnement "linux", via un logiciel intermédiaire (WSL). Ce dernier est un peu comme une machine virtuelle : c'est un système "autonome". Hexasoft (discuter) 21 mai 2022 à 14:57 (CEST)[répondre]
Merci @Hexasoft. Ce soir je me coucherai moins idiot. Gerardgiraud (discuter) 21 mai 2022 à 17:00 (CEST)[répondre]

Pour les noobs[modifier le code]

Salut Hexasoft, et merci pour ce travail très utile ! Cependant je suis un noob en informatique, et les histoires de PHP m'ont rapidement égaré. Serait-il possible d'avoir un tuto de téléchargement simple et clair pour les nuls ? Voire dans l'idéal un pack zippé avec tous les composants dedans. Désolé de mon incompétence, et merci à toi ! FredD (discuter) 2 avril 2022 à 10:47 (CEST)[répondre]

Hello @FredD : je vais voir. Le truc c'est que j'utilise pas windows, donc il faut que je trouve quelqu'un pour le faire Émoticône Hexasoft (discuter) 2 avril 2022 à 13:17 (CEST)[répondre]
C'est ce que j'avais compris... Émoticône Mais nous, les noobs, on est tous sous Windows ! Merci pour ton aide, FredD (discuter) 2 avril 2022 à 13:19 (CEST)[répondre]
Mon collègue de bureau est spécialiste windows. Je verrai avec lui cette semaine s'il peut faire quelque chose. Hexasoft (discuter) 2 avril 2022 à 13:34 (CEST)[répondre]
@FredD : question pratique → es-tu sous windows 10 (ou 11) ? Hexasoft (discuter) 4 avril 2022 à 17:06 (CEST)[répondre]
Pour préciser : j'ai peut-être un truc pas trop mal, mais ça marche qu'à partir de W10, d'où la question ! Hexasoft (discuter) 4 avril 2022 à 21:41 (CEST)[répondre]

Classifications[modifier le code]

Hello,

Pourquoi le GBIF, qui n'est pas une autorité taxonomique, est placé en classification de référence ? Les taxobox que cela produit sont très pauvres et surtout rarement à jour. Alors bien sûr, ITIS n'est pas à jour non plus, mais c'est légèrement mieux. Et dans l'idéal, il faudrait les bases scientifiques comme WoRMS, AlgaeBase, FishBase, MSW etc. - mais j'ai bien compris que c'était plus compliqué. Sinon de mémoire parmi les bases qui ne sont pas des autorités BioLib sortait des choses plutôt satisfaisantes (en tout cas pour les groupes sur lesquels je contribue). Merci pour le travail en tout cas et bien à toi, FredD (discuter) 5 avril 2022 à 21:59 (CEST)[répondre]

Hello FredD,
alors je ne sais pas si GBIF est une autorité ou pas, mais clairement sur les reptiles (mon dada) il est à jour à partir de ReptileDB (la référence du domaine). Et, surtout, il a une vraie API ce qui permet de récupérer des informations formatée, identifiables, etc.
Et comme c'est 1. la première que j'ai développé et 2. celle qui couvre un maximum de domaines (à peu près tout le vivant pour autant que je sache) elle est capable de répondre pour quasiment tout.
Pour ITIS, et toujours sur les reptiles, ITIS a au moins 5 à 10 ans de retard… Et surtout leur site semble fonctionner quand il veut (j'ai une fois sur deux des erreurs d'accès à leurs données).
Pour les autres bases je m'y mettrait quand j'aurai du temps, en fonction de leur facilité d'accès aux données. C'est bien sûr prévu, mais c'est comme tout, les journées n'ont que 24 heures Émoticône.
A+ Hexasoft (discuter) 5 avril 2022 à 22:23 (CEST)[répondre]
Merci pour ta réponse ! C'est donc que c'est la plus "pratique"... Bon, je te laisse développer tout ça, et en attendant je continue de recopier WoRMS à la main ! A bientôt, FredD (discuter) 5 avril 2022 à 22:53 (CEST)[répondre]
@FredD : puisqu'on parlait de WoRMS et que tu sembles connaître, j'ai besoin d'infos sur leurs données.
Déjà le statut : "accepted" semble correspondre logiquement à un statut "normal". Quels sont les autres statuts et comment faut-il les traiter ? Si je compare avec d'autres sources on a des statuts qui veulent dire "nan, ça n'existe pas, laisse tomber", d'autres qui veulent dire "ça mon gars c'est un synonyme, faut regarder là plutôt", etc. Bref, j'ai besoin d'une carte des statuts pour savoir comment traiter les différentes entrées.
Dans l'absolu ça serait intéressant pour moi d'avoir des exemples de taxons qui ont diverses informations (un pas valide, un qui est un synonyme…), mais aussi pour ce qui est des données annexes. Par exemple il semble y avoir des données de répartition, des noms vernaculaires (il me faudrait des exemples avec des noms en français), etc.
Éventuellement d'autres données que je ne connais pas (j'ai vu qu'il y avait des données sur l'environnement − « marine, brackish, fresh, terrestrial » mais ça franchement c'est difficilement exploitable automatiquement) mais qui pourraient être intégrées. Par exemple Taxobot gère la notion de basyonyme/protonyme, si l'info est disponible. Hexasoft (discuter) 5 avril 2022 à 23:05 (CEST)[répondre]
Re. Le statut est essentiellement "accepted"/"unaccepted", sur la base des critères de l'ICZN. Par exemple, si on prend l'étoile de mer Goniaster tesselatus, elle est couramment "accepted" comme « Goniaster tessellatus (Lamarck, 1816) ». Mais elle a aussi 17 synonymes : si on va par exemple sur Astrogonium dubium Perrier, 1869, son statut est « unaccepted (Synonym according to Sladen (1889)) => Accepted Name = Goniaster tessellatus (Lamarck, 1816) ». Ça permet de ne faire ressortir que les noms acceptés et pas les synonymes obsolètes dans les listes, tout en ayant des renvois automatiques depuis ces synonymes. J'ignore s'il existe beaucoup d'autres statuts (je sais qu'il y a des "temporary names", par exemple), mais c'est essentiellement ça. Si tu veux, pose-moi par mail et en anglais toutes les questions qui te turlupinent, et je ferai remonter. Quant aux données, WoRMS signale généralement la publi source de la description, ce qui est utile (avec un lien direct vers le pdf quand on a du bol), mais tout ce qui ne relève pas strictement de la taxonomie est encore à l'état d'essai, automatisé et non-surveillé, et les données de répartition par exemple sont essentiellement bidon et ne valent guère mieux que celle du GBIF (GBIF qui signale par exemple l'ours blanc de la Normandie au Texas). Bien à toi, FredD (discuter) 5 avril 2022 à 23:16 (CEST)[répondre]
Hello FredD,
j'ai ajouté la classification WoRMS dans la dernière version de Taxobot. Tu peux voir un exemple de résultat ici.
À tester, c'est du brut de décoffrage. Cf les fonctionnalités ici.
Pour forcer cette classification il faut ajouter "-classification wrms" sur la ligne de commande. Il faut bien penser à faire le "git pull" pour mettre à jour ta version.
Si tu rencontres des bugs n'hésite-pas à ouvrir des bugs à la suite des autres (à la fin de Discussion_utilisateur:Hexasoft/Taxobot#Bugs_/_modifications).
A+ Hexasoft (discuter) 6 avril 2022 à 19:32 (CEST)[répondre]
Wow c'est allé vite, merci Hexasoft ! Et le résultat a l'air assez joli. Il galère encore un peu avec les taxons très récents (pour Luminacea [super-ordre d'oursins érigé en 2022] il me dit : Liste des taxons de rang inférieur = "Liste des [aucun rang remonté]" avec deux "* ''[[]]''") mais pour des taxons plus classiques ça devrait le faire. Merci ! FredD (discuter) 6 avril 2022 à 22:51 (CEST)[répondre]
Ok FredD,
je vais regarder ça. Par contre prends l'habitude pour ce type de cas ouvrir un "Demande NN" (dans la liste des « Bugs / modifications »). Ça permet un tracé des problèmes et des résolutions, en dehors des discussions ponctuelles.
Pour ce problème précis je vais regarder. Il est possible qu'il n'existe pas encore d'entrées (ou incomplètes) sur ces rangs inférieurs. Ou qu'ils ne soient pas (encore) valides. Quoi qu'il en soit Taxobot devrait prendre en compte ce cas de figure, ne serait-ce que pour remplacer ce texte peu informatif par un message disant (en gros) « désolé il y a des données mais incomplètes/invalides, faites votre boulot d'humain » Émoticône.
Et ça a été plus vite que prévu parce que déjà j'avais un peu de temps à y consacrer et que surtout j'avais en fait déjà fait des trucs préparatoires pour WoRMS même si je ne l'avais pas exploité jusqu'à présent.
A+ Hexasoft (discuter) 6 avril 2022 à 23:09 (CEST)[répondre]
Note : je vois plein d'erreurs dans le code. Il semble effectivement manquer d'infos essentielles lors de la requête sur ce taxon. Je vais regarder pour voir si la faute vient de WoRMS (qui donne des infos partielles) ou de mon programme (qui ne prend pas en compte des cas de figure légitimes). Quoi qu'il en soit Taxobot devrait a minima détecter qu'il y a un problème et l'annoncer (donc corrections à faire). Hexasoft (discuter) 7 avril 2022 à 00:06 (CEST)[répondre]
@FredD : tu saurais quel rang correpond à « Subterclass » ? Visiblement c'est entre l'infra-classe et le super-ordre, mais on n'a rien de tel chez nous. Nos taxobox ne sont pas faites pour avoir des rangs inconnus. Soit on laisse en l'état pour le rédacteur, soit on supprime de la sortie, soit on "arrondi" au rang le plus proche. Ça n'est pas très satisfaisant de supprimer (encore moins d'arrondir), mais en laissant ça n'aide pas beaucoup le rédacteur ! Il y a d'autres trucs que je dois corriger, mais je regarde problème par problème Émoticône sourire. Hexasoft (discuter) 7 avril 2022 à 13:56 (CEST)[répondre]
Hmmm… En fait on peut aussi tout simplement créer le rang chez nous (même si c'est une redirection vers le plus proche). Ça permettrait d'ajouter le rang dans les outils taxobox, et donc de l'avoir correctement référencé.
Par contre si tu connais WoRMS tu peux peut-être obtenir la liste des rangs qu'ils utilisent ? En tout cas les rangs qu'on n'aurait pas chez nous. Histoire d'éviter des surprises dans le futur. Hexasoft (discuter) 7 avril 2022 à 16:01 (CEST)[répondre]
Yop. Oui, "subter" c'est un équivalent de "sous-sous" et effectivement ça n'existe pas encore dans nos taxobox mais mériterait sans doute d'être créé. Pour WoRMS, j'attends d'avoir épuisé tes questions pour faire remonter un mail unique avec tout d'un coup, ça fera plus sérieux. N'oublie pas de les lister, donc ! :) FredD (discuter) 7 avril 2022 à 17:13 (CEST)[répondre]
@FredD : en attendant j'ai corrigé quelques problèmes. 1. la gestion des sous-taxons semble fonctionner maintenant 2. taxobot ne gérait pas les dates 2000+ correctement (pour l'ajout de [[2022 en science|2022]] par ex.) 3. prise en compte de la présence de "et al." dans les noms d'auteurs (remplacé par le modèle idoine).
Pour le subter je veux bien créer l'entrée pour les taxobox mais il me faudrait le nom français de ce truc.
Pour mes questions :
  • liste des rangs utilisés chez eux (par exemple le "subter" que je ne connaissait pas)
  • liste des statuts ("accepted", etc.) et (si pas évident) ce qu'ils signifient
Ça me semble tout, le reste semble résolu.
N'hésite-pas à tester sur des taxons variés afin de valider que ça marche dans tous les cas (rangs variés, synonymes, etc.). Hexasoft (discuter) 7 avril 2022 à 18:23 (CEST)[répondre]
Remarque : faunaeur semble déconner (leur site semble ne pas répondre). Comme ITIS chez moi d'ailleurs. Il est possible de désactiver des modules qui posent problèmes (ou que tu sais inutile) en ajoutant (par exemple) "-off itis,faunaeur". Ça permet de gagner du temps, surtout quand des sites ne répondent pas (il faut attendre le timeout). Hexasoft (discuter) 7 avril 2022 à 18:24 (CEST)[répondre]

Taxon des Graptolithina[modifier le code]

Hello @Hexasoft. Pardonne moi de te déranger car je te sais surbooké. Peut-être néanmoins pourras-tu répondre à cette question. J'ai lancé Taxobot pour "traiter" la classe fossile des Graptolithina. En l'absence de précision sur la base de classification Taxobot plante, et je constate en effet que Gbif ne détaille pas ce taxon. Mais j'ai beau forcer d'autres bases via "-classification coi" ou biolib, Taxobot ne veut rien savoir. Pourtant il y a bien des informations sur ce taxon dans ces 2 bases, voir : COI ou BioLib. Je n'ai pas essayé de relancer avec d'autres bases. Gerardgiraud (discuter) 11 décembre 2022 à 09:59 (CET)[répondre]

Hello Gerardgiraud : pas de soucis Émoticône sourire
Alors il faut savoir que taxobot dispose de deux types de modules : tous traitent les données (tout ou partie) issues d'une source, et certains peuvent gérer la partie classification (mais pas les autres, donc).
Typiquement le module Biolib ne fait pas de classification, donc si tu utilises -classification biolib tu as un message d'erreur disant « Le module 'biolib' n'existe pas où ne gère pas la classification. ». Idem pour COI (« Le module 'coi' n'existe pas où ne gère pas la classification. »).
Tu peux voir la liste des modules avec l'option -liste : ceux supportant la classification ont « oui » dans la deuxième colonne (après le nom du module) et sont tous affichés au début de la liste (actuellement gbif, itis, mycobank, wrms, algaebase).
En l'état actuel il faut trouver une classification qui soit supportée par taxobot (dans les 5 actuellement présentes). Sinon taxobot ne pourra pas grand chose pour toi, désolé !
Au besoin je peux « étendre » les fonctionnalités d'un module pour qu'il gère la classification. Mais c'est un travail en général assez lourd (beaucoup plus que de fournir des infos basiques sur un taxon comme le lien externe voire quelques infos style noms en français ou répartition) : il faut donc que ça en vaille le coup. Il faut donc que la classification ait un minimum de reconnaissance en tant que classification, et qu'elle fournisse a minima toutes les infos nécessaires pour la base d'un article WP : rangs supérieurs, taxon (nom, auteur, date), sous-taxons.
Si tu penses que c'est le cas dis-le moi : je mettrai sur ma TODO-liste la classification en question (à préciser) histoire de voir si c'est réalisable (certains sites sont tellement pourris coté données qu'il est parfois très difficile de les extraire automatiquement).
A+ Hexasoft (discuter) 11 décembre 2022 à 17:54 (CET) (note : la fièvre est tombé, mais je suis coincé à la maison à cause covid, donc un poil disponible ce début de semaine Émoticône)[répondre]
Merci de ta réponse @Hexasoft. Dans les 5 classifications supportées il me restait un dernier espoir itis mais ça plante tout pareil. A priori, la classification BioLib (pour Graptolithina) semble répondre à ton second groupe de critères (rangs supérieurs, taxons nom + auteur + date, sous-taxons). Mais je ne sais en évaluer la notoriété en tant que classification. Gerardgiraud (discuter) 11 décembre 2022 à 19:41 (CET)[répondre]
@Gerardgiraud : pour cette question le mieux est de la poser sur la café des biologistes. Mais j'ai un doute pour ma part car BioLib est « […] a non-commercial educational project intended to be used both by experts and general public. Its content can be expanded by user contributions » : tout le monde peut faire des contributions (en s'enregistrant) qui sont ensuite validées par des « admins » mais sans que − à première vue − on sache qui sont ces admins (des biologistes ? spécialistes de chaque domaine concerné ?).
Une remarque en passant : j'ai l'impression qu'ITIS est « à la peine ». J'ai eu très régulièrement des problèmes d'accès à leur site, et ils sont en (très grand) retard sur certains domaines (par ex. chez les geckos Uroplatus sameiti est considéré comme une espèce depuis 2008 − enfin, 1 ou 2 ans après 2008 − et n'existe toujours pas chez ITIS, et c'est un exemple parmi une foule chez les reptiles − je parle des reptiles parce que c'est mon domaine, mais ça ne doit pas être le seul je pense). A+ Hexasoft (discuter) 12 décembre 2022 à 10:48 (CET)[répondre]
A réfléchir donc. Je vais sans doute ouvrir une discussion à ce sujet sur le café... Gerardgiraud (discuter) 12 décembre 2022 à 14:05 (CET)[répondre]

Sortie sous forme d'array()[modifier le code]

Bonjour Hexasoft Émoticône, tout marchait bien hier et aujourd'hui Taxobot me retourne un résultat sous forme d'array. Exemple en lançant « php taxobot.php -taxon "Uroplatus fimbriatus" » :

array(11) {
  ["taxon"]=>
  array(3) {
    ["nom"]=>
    string(20) "Uroplatus fimbriatus"
    ["auteur"]=>
    string(17) "(Schneider, 1797)"
    ["rang"]=>
    string(7) "espèce"
  }
  ["classification"]=>
  string(4) "GBIF"
  ["domaine"]=>
  string(1) "*"
  ["liens"]=>
  array(14) {

Qu'en penses-tu ? J'ai lancé Ubuntu puis tapé « cd taxobot » puis « git pull » comme demandé puis « php taxobot.php -taxon "Uroplatus fimbriatus" ». Et, pour info, je n'ai jamais eu à entrer un mot de passe contrairement à ce que tu nous indiques. Merci pour tes éclaircissements. Bonne soirée. Amicalement Émoticône sourire Givet (discuter) 14 janvier 2023 à 17:11 (CET)[répondre]

@Givet : argl ! J'avais fait ça pour récupérer justement un exemple d'array, et j'ai par erreur fait un commit du code de debug avec un autre truc ! C'est maintenant corrigé, désolé pour le bazar !
Pour le mot de passe où est-ce que j'en parle ? Pour faire un git pull sur un dépôt public il n'y en a pas besoin, effectivement. Dis-moi où c'est que je corrige le cas échéant. A+ Hexasoft (discuter) 14 janvier 2023 à 18:12 (CET)[répondre]
Émoticône, ça marche !!! Merci beaucoup. Dès lors je me dis que la mise à jour de ton bot se fait sans rien demander, super ! Et pour l'histoire du mot de passe c'est ici (plusieurs fois il me semble). Encore merci Émoticône sourire Givet (discuter) 14 janvier 2023 à 18:18 (CET)[répondre]
Ah ! Peut-être que l'installation ne demande plus de créer un utilisateur − et son mot de passe (quand je l'avais fait c'était le cas).
Il faudra que je re-teste pour voir ce qu'il en est. Pas grave du moment que ça marche, ceci dit Émoticône sourire
Pour la mise à jour oui, chaque fois que tu fais git pull il récupère la dernière version disponible sur GitHub. C'est plus pratique je trouve que de devoir télécharger puis extraire une archive. A+ Hexasoft (discuter) 14 janvier 2023 à 19:34 (CET)[répondre]

Taxobot et MSW[modifier le code]

Bonjour Hexasoft Émoticône sourire, juste pour te dire que je viens de taper ceci et ai reçu cela :

root@xxxxx:~/taxobot# php taxobot.php -taxon "Saccopteryx canescens" -classification msw
Le module 'msw' n'existe pas où ne gère pas la classification.

Logs :
Initial: taxon=Saccopteryx canescens ; classification=msw ; domaine=*
Appel via ligne de commande
Modules possibles (pour domaine '*') : gbif, itis, mycobank, wrms, algaebase, coi, adw, biolib, cites, col, ebird, eflora, eol, externe, faunaeur, fin, fishbase, gisd, grin, ifpni, inpn, irmng, mdd, msw, ncbi, oepp, photoark, reptiledb, taxonomicon, telametro, tpdb, tropicos, uicn, wcvp, wfo
Classification sélectionnée : msw

Or « msw » est bien dans la liste des modules possibles. J'ai fait une boulette ? Merci pour tes commentaires. Givet (discuter) 23 janvier 2023 à 09:53 (CET)[répondre]

Hello Givet,
oui MSW est dans la liste des modules possibles. Mais Émoticône sourire : chaque module peut gérer (ou pas) diverses choses. Quand tu fais php ./taxobot.php -liste tu as la liste des modules, et après le nom une série d'informations. La première est oui/non selon si le module supporte la classification, la deuxième si le module supporte de générer des liens externes, la dernière le ou les "domaines" que supporte le module (par ex. mycobank ne supporte que "champignon", ebird que "oiseau" − ce qui en pratique revient à "animal").
Dans le cas de MSW l'info est : msw : non oui animal, donc "non" (ne supporte pas la classification) ; "oui" (supporte les liens externes) ; "animal" (n'est appelé que si la classification a déterminé que ça relevait du domaine "animal").
MSW ne peut être utilisé pour la classification via taxobot. L'un des points à considérer est de savoir si le site en question est considéré comme étant une source (certains sites disent par exemple clairement qu'ils ne font pas "autorité" : l'UICN typiquement ne prétend pas avoir une classification "officielle"). L'autre point est que développer la partie classification est souvent beaucoup plus complexe : il faut donc que ça en vaille le coup (en terme de "validité" et d'utilisation) et que ce soit faisable (certains sites sont quasi-impossible à exploiter proprement).
A+ Hexasoft (discuter) 23 janvier 2023 à 11:22 (CET)[répondre]
Merci Hexasoft Émoticône sourire. Oui, tout ça me semble limpide et tout à fait compréhensible. Bref il me reste beaucoup à apprendre de Taxobot... mais pas que Émoticône. Encore Merci Émoticône sourire. Givet (discuter) 23 janvier 2023 à 14:19 (CET)[répondre]

Sur les Chrysanthemodiscaceae et les Chrysanthemodiscales[modifier le code]

Hello @Hexasoft. Je viens de détecter ce qui semble être une anomalie de Taxobot. En effet, la famille des Chrysanthemodiscaceae n'existant pas sur AlgaeBASE, j'ai lancé taxobot comme suit :

Famille des Chrysanthemodiscaceae
php taxobot.php -article -classification wrms -taxon Chrysanthemodiscaceae > d:\ZTaxobot-resultats\Chrysanthemodiscaceae.txt
Or la classification étant différente du taxon supérieur (l'ordre), j'ai relancé comme suit les Chrysanthemodiscales, en tentant de "forcer" Taxobot à utiliser la classification "WoRMS":
Ordre des Chrysanthemodiscales
php taxobot.php -article -classification wrms -taxon Chrysanthemodiscales >d:\ZTaxobot-resultats\Chrysanthemodiscales.txt
et là le résultat est surprenant car, bien qu'ayant demandé la classifisation WoRMS, j'obtiens la classification AlgaeBASE non demandée, et j'ai donc repris la Taxobox "à la main" pour garder la cohérence entre l'Ordre et la Famille. Qu'en penses-tu ? Oh, c'est une situation assez rare, donc pas la peine non plus de passer trop de temps sur ce cas très particulier. Merci. Gerardgiraud (discuter) 23 juin 2022 à 13:30 (CEST)[répondre]
@Gerardgiraud : désolé, j'avais zappé ça. J'ai regardé et effectivement il retourne une classification selon mycoBank, ce qui est très étrange.
Je vais regarder. Hexasoft (discuter) 19 février 2023 à 20:59 (CET)[répondre]
Alors c'est normalement réglé. Un bug dans le module AlgaeBase, et d'ailleurs il apparaît qu'il y a des choses non terminées dans ce module, il va falloir que je m'y replonge. En attendant ce problème spécifique est corrigé. A+ Hexasoft (discuter) 19 février 2023 à 21:53 (CET)[répondre]

Gestion des auteurs[modifier le code]

Hello Notification Givet, Abalg, FredD, LD, 74laprune et Gerardgiraud :
je notifie les "actifs" autour de Taxobot (il faudra que je fasse une section des « gens intéressés » pour avoir une liste de personnes à notifier) sur le sujet de la zone "auteurs" de la taxobox.

J'ai un code qui n'est pas encore en production qui commence à faire des choses pas trop mal. Voici la description, et quelques interrogations / trucs à ajuster pour discussion.

Fonctionnement général[modifier le code]

Il s'agit d'un nouveau code de découpage de la zone "auteurs" retournée par le module de classification utilisé. Il est normalement plus « malin » que l'actuel utilisé par taxobot, en faisant un meilleur découpage des différentes parties. Il gère aussi mieux la mise en forme des "séparateurs" spéciaux (ex, in, emend…).

Résolution des auteurs en botanique[modifier le code]

Si le "domaine" au sens taxobox est "végétal" ou "champignon" le code exploite la Liste des abréviations d'auteur en taxinomie végétale : si le nom correspond exactement à une entrée il l'utilise. Si ça n'a pas marché il tente d'enlever les espaces et refait le même test (car visiblement MycoBank ne respecte pas l'absence s'espace dans les abréviations).

Exemple (zone auteur fictive) : (L.) ex A.Cunn., Pauquy and B.L.Burtt et al., 1752 devient (L.) ex A.Cunn., Pauquy & B.L.Burtt et al., 1752

Résolution des auteurs en zoologie[modifier le code]

Si le domaine est autre le code exploite la Liste de zoologistes. Il commence par chercher tous les noms qui correspondent, puis il utilise la date de publication et les dates liées à chaque auteur pour faire un tri.
Le code se contente de faire une liste de suggestion, étant donné qu'il est très difficile dans les cas généraux d'être certain du résultat (trop d'homonymes, risque d'homonymes non présents dans la liste, dates floues…).

Pour le moment je réfléchi à comment présenter ces suggestions de façon la plus utile pour l'utilisateur.

Exemple :

  • (Duméril & Bibron, 1836) devient (?Duméril & ?Bibron, 1836) et en suggestion il indique Duméril → André Marie Constant Duméril et Bibron → Gabriel Bibron
  • Glaw, Kosuch, Henkel, Sound & Böhme, 2006 devient ?Glaw, ?Kosuch, ?Henkel, ?Sound & ?Böhme, 2006 et il indique Glaw→Frank Glaw ; Kosuch→Joachim Kosuch ; Henkel→Friedrich Wilhelm Henkel ; Sound→Peter Sound ; Böhme→Wolfgang Böhme

Sur ces exemples il n'y a qu'une réponse pour chaque auteur (et en l'occurrence ce sont les bons).

Discussions, questions, etc.[modifier le code]

J'ai plusieurs questions ou incertitudes :

  • quels sont les domaines concernés par le code botanique et le code zoologique ? Par exemple j'ai le sentiment qu'il vaudrait mieux ne rien faire pour le domaine "virus" qui est quand même assez à part. Actuellement je n'ai mis que "végétal" et "champignon" dans botanique, et tout le reste dans zoologie.
Effectivement ce sont les domaines végétal et champignon. Il y aurait aussi les algues, mais bon, actuellement l'identification correcte de la charte algue n'est pas satisfaisante (cf. Discussion_utilisateur:Hexasoft/Taxobot/Traités#Demande 91 Marronnier)--74laprune (discuter) 21 janvier 2023 à 21:00 (CET)[répondre]
  • pour la zoologie les dates ne sont pas toujours connues. Quand naissance/mort est connu j'utilise naissance+15 − mort comme bornes. Quand on n'a que naissance ou mort j'utilise un écart de 60 ans comme durée de carrière pour trouver l'autre borne. Quand je n'ai qu'un "fl." j'utilise ±10 ans autour de la date. C'est assez arbitraire, bien sûr. Des avis, suggestions à ce sujet ?
OK pour moi--74laprune (discuter) 21 janvier 2023 à 21:00 (CET)[répondre]
  • pensez-vous qu'il serait possible de prévoir un champ "cet auteur tu peux l'utiliser quand ça correspond, on sait qu'il n'y a pas d'homonyme" ? Un grand nombre de très anciens naturalistes sont assez connus et avec des noms assez "à la con" pour qu'il n'y ait aucun doute (Linnaeus par ex. et plein d'autres). Sauf que ça fait un gros boulot d'aller cocher l'info dans mon fichier (~12000 auteurs coté zoologie).
On pourrait dans l'excel construit par @Givet retenir les noms de familles portés par un seul auteur ?--74laprune (discuter) 21 janvier 2023 à 21:00 (CET)[répondre]
  • vous avez des suggestions sur comment présenter dans le résultat les suggestions d'auteurs ?

A+ Hexasoft (discuter) 21 janvier 2023 à 19:19 (CET)[répondre]

Notification Hexasoft : c'est génial !!!Émoticône Pour les noms en botanique, peut-être faudrait-il mettre à jour la Liste des abréviations d'auteur en taxinomie végétale à partir du site de l'IPNI ? J'ai répondu à ce à quoi je pouvais répondre directement après tes questions. NB1 : je vois ton message car la page est dans ma liste de suivi, mais je n'ai pas reçu de notif, et peut être que les autres non plus. NB2 : il y a aussi @NicolasMachiavel qui utilise régulièrement l'outil. Amicalement--74laprune (discuter) 21 janvier 2023 à 21:00 (CET)[répondre]
Notification Givet, Abalg, FredD, LD, 74laprune, Gerardgiraud et NicolasMachiavel : re-test de notification + quelques nouveautés.
Je viens de pousser une version contenant le nouveau mode de gestion des auteurs.
Il y a une nouvelle option : -auteurs. Par défaut elle vaut "s" (pour standard), c'est le mode actuel. Si on utilise -auteurs n on utilise le nouveau code tel que décrit ci-dessus. Si on utilise -auteurs n1 on utilise le nouveau code avec une variante : s'il n'y a qu'une seule suggestion (cas zoologistes) elle est utilisée.
C'est pour permettre les tests.
74laprune : yep, il faudra que je regarde pour étendre la liste des abréviations.
À noter que ma liste de zoologiste ne contient pas les entrées utilisant {{lien}} et non un wikilien direct (environ 250 entrées sur les 12000). Il faudra que je les ajoute. Hexasoft (discuter) 21 janvier 2023 à 22:36 (CET)[répondre]
Anecdote amusante : 60 ans c'est pas assez Émoticône sourire. Je viens de tomber sur Böhme qui est dans un taxon décrit alors qu'il avait 62 ans. Aucune règle automatique ne prendra jamais en compte tous les cas possibles réels… Hexasoft (discuter) 21 janvier 2023 à 22:55 (CET)[répondre]
Je dois certainement avoir le cerveau lent @Hexasoft, @Givet, @Abalg, @FredD, @LD, @74laprune, @Gerardgiraud et @NicolasMachiavel mais je n'ai pas compris ce dernier message au sujet des auteurs. Un petit exemple serait le bienvenu. Gerardgiraud (discuter) 21 janvier 2023 à 23:02 (CET)[répondre]
@Hexasoft, @Abalg, @FredD, @LD, @74laprune, @Gerardgiraud et @NicolasMachiavel n'oublions pas que des créations sont déclarées post-morten, je ne vois pas trop l'intérêt de mettre une borne en âge maxi. Pour les auteurs avec {{lien}}, j'en ai 4 000 en magasin qui n'ont pas de wikilien direct. Hexasoft, je te fais suivre le fichier que j'utilise dans la foulée, après tu en feras bien ce que tu veux... Givet (discuter) 22 janvier 2023 à 08:53 (CET)[répondre]
@Givet : reçu ! Je vais regarder pour ajouter tout ça (il faut que je fasse un traitement particulier pour les {{lien}}). Pour les post-mortem ok, mais l'idée c'est d'éviter de proposer un Brown né en 1785 pour une publication dans les années 2000 ! Hexasoft (discuter) 22 janvier 2023 à 10:46 (CET)[répondre]

Pour les suggestions d'auteurs pour le moment j'ai ajouté ça à la fin des logs (tout le texte que sort taxobot après l'article et les liens où il décrit l'activité des différents modules). Ça ressemble à ça :

Suggestions d'auteurs (abréviation, lien, date naissance, activité vers, date mort) :
Glaw → [[Frank Glaw]] (1966,-,-)
Kosuch → [[Joachim Kosuch]] (1966,-,-)
Henkel → [[Friedrich Wilhelm Henkel]] (1955,-,-)
Sound → [[Peter Sound]] (-,2006,-)
Böhme → [[Wolfgang Böhme]] (1944,-,-)

Bien sûr le cas échéant il peut y avoir plusieurs fois le même nom lorsqu'il y a plusieurs candidats.

A+ Hexasoft (discuter) 22 janvier 2023 à 10:54 (CET)[répondre]

pour les post-morten tu pourrais opter pour Date mort + 10 ans, au-delà ça devient de moins en moins probable. Givet (discuter) 22 janvier 2023 à 11:12 (CET)[répondre]
J'ai fait ça !
Autres questions :
A+ Hexasoft (discuter) 22 janvier 2023 à 14:06 (CET)[répondre]

Correctifs souhaités[modifier le code]

Désolé Hexasoft, je me permets d'ajouter ce nouveau paragraphe permettant de remonter d'éventuels "problèmes" liés à cette fonctionnalité. Givet (discuter) 18 février 2023 à 08:57 (CET)[répondre]

  • remplacer [[Johann Baptist Georg Wolfgang Fresenius|Fresen.]] par [[Georg Fresenius|Fresen.]]
@Givet : fait ! Hexasoft (discuter) 18 février 2023 à 21:46 (CET)[répondre]

Liste des personnes intéressées[modifier le code]

Notification 74laprune, Givet, Gerardgiraud, GF38storic, Salix, Lucastristan, Tricholome et Totodu74 : je fais une notification « large » pour ceux qui ont interagit ici.

C'est pour vous informer de cette section : Utilisateur:Hexasoft/Taxobot#Utilisateurs_de_Taxobot

Ceux qui le souhaitent peuvent y ajouter leur nom. Cette liste sera utilisée lorsqu'il y aura des informations générales, importantes, à faire passer à propos de Taxobot.

J'en profite pour vous faire passer une information importante Émoticône sourire : le module de classification MycoBank est cassé. Et c'est la faute de MycoBank : pour une raison inconnue ils ne fournissent plus l'information de rang associée aux taxons. Ce qui empêche (forcément) la classification de fonctionner. J'ai ajouté un message en ce sens dans le module mycobank, en le laissant toutefois tel qu'il est. On verra ce qu'il en est.

A+ Hexasoft (discuter) 16 février 2023 à 18:06 (CET)[répondre]

J'ajoute @TED, @LD, @FredD et @Abalg en regardant dans les archives, et @NicolasMachiavel, @Gomphide, @Othrod, @Laszlo et @J. N. Squire qui l'ont utilisé aussi.--74laprune (discuter) 16 février 2023 à 21:29 (CET)[répondre]
Bonjour à toutes et à tous, après avoir contacté MycoBank, ces derniers ont remis en place le champ "Rank" mais, pour autant, ce n'est pas suffisant pour réparer le "bug" avec Taxobot. Toutefois le message est différent avec une répétition des lignes suivantes :
PHP Warning: Undefined array key 0 in /root/taxobot/modules/mod_mycobank.php on line 523
PHP Warning: Trying to access array offset on value of type null in /root/taxobot/modules/mod_mycobank.php on line 523
Hexasoft si ça peut t'aider... Bon courage. Givet (discuter) 17 février 2023 à 10:54 (CET)[répondre]
@Givet : effectivement ils ont remis l'enregistrement "rank" dans les données (ils ont expliqué ce qui c'était passé ?). Mais ils l'ont remis à un endroit différent… Pas grave, j'ai modifié la récupération du rang et ça refonctionne (version corrigée à jour dans le github). A+ Hexasoft (discuter) 17 février 2023 à 11:20 (CET)[répondre]
Super ! Non ils n'ont pas donné d'explications, notant simplement « It is now back to the proper section ». Givet (discuter) 17 février 2023 à 11:30 (CET)[répondre]

Demande d'une fonctionnalité[modifier le code]

Bonjour @Hexasoft Et d'abord merci pour TaxoBot ( qu'il soit loué!!!) qui est vraiment magique. Serait-il possible d'ajouter une fonctionnalité à l'option article ( dont je me sers ) de manière à ce que le squelette de réponse reprenne les recommandations du projet zoologie ? Par exemple articlez ajouterait les sections ( vides ) "Écologie et comportement" et "<rang du taxon> l'humain" ? Bien sûr cette option est périphérique dans l'usage de l'outil , mais serait pratique dans les traductions en créant d'emblée le bon plan .

Une petite question , j'utilise TaxoBot en ligne de commande sur mon windows avec Ubuntu en émulation. Sur cette configuration, ( windows 11 ) est il possible d'accéder à la version HTML plutôt que la ligne de commande , où doit on être sous Linux? Bien cordialement GoldenFork (discuter) 2 mars 2023 à 09:49 (CET)[répondre]

Hello GoldenFork,
alors pour la deuxième question je doute que ce soit possible : pour avoir une version HTML il faut un serveur WEB local. Je présume qu'il est possible d'installer et de lancer un serveur Apache dans l'émulation Windows11, mais j'ignore comment, et surtout je ne sais pas s'il y a accès à l'interface graphique. Je n'utilise pas Windows donc je ne suis pas le mieux placé pour répondre. Peut-être demander à LD qui a écrit une bonne partie de la doc Windows.
Pour la première question je peux regarder ça. Il faut déjà déterminer le domaine (le plan-type n'est pas tout à fait le même selon qu'il s'agit d'un champignon, d'un animal, etc.).
Ensuite il faut savoir que certaines sections ne sont générées que s'il y a du contenu (par exemple la section répartition n'est affichée que si des données ont été remontées).
A+ Hexasoft (discuter) 2 mars 2023 à 09:59 (CET)[répondre]
Hello @Hexasoft
Pour la deuxième question , je m'en doutais un peu, de toute façon la ligne de commande me va très bien.
Pour le deuxième point, concernant la répartiton: je crois qu'elle est juste issue de ITIS , d'après ce que j'ai compris, et qu'actuellement elle est indisponible . Pourtant le squelette apparaît avec les sections vides , ce qui est parfait pour mon usage:
/taxobot$ php taxobot.php -article -taxon "Melangyna viridiceps" -off itis
{{ébauche|zoologie}}
{{Taxobox début | animal | ''Melangyna viridiceps'' | <!-- insérez une image --> | <!-- légende si image --> | classification=GBIF }}
{{Taxobox | embranchement | Arthropoda }}
{{Taxobox | classe | Insecta }}
{{Taxobox | ordre | Diptera }}
{{Taxobox | famille | Syrphidae }}
{{Taxobox | genre | Melangyna }}
{{Taxobox taxon | animal | espèce | Melangyna viridiceps | ({{auteur|[[Macquart]]}}, [[1847 en science|1847]]) }}
{{Taxobox fin}}
'''''Melangyna viridiceps''''' est une [[espèce]] de la [[Famille (biologie)|famille]] des [[Syrphidae]].
== Description ==
{{Section vide ou incomplète}}
== Distribution ==
{{Section vide ou incomplète}}
== Systématique ==
etc...
Peux tu me dire où se fait la prise en compte de l'option "article" ? j'ai été développeur il y a très très longtemps, peut être que je peux regarder pour comprendre le fonctionnement ?
A+ GoldenFork (discuter) 2 mars 2023 à 11:17 (CET)[répondre]
Hello GoldenFork,
l'option -article se contente de désactiver l'affichage d'un certain nombre de choses (les logs, les liens directs).
La création de sections vides (lorsqu'il n'y a pas de contenu) plutôt que de ne rien afficher du tout relève de chaque fonction de rendu. En gros j'avais laissé les sections qu'on peut considérer comme "toujours présentes" (ou qui devraient toujours l'être) comme typiquement la description ou la répartition, et les autres ne sont pas affichées du tout (par exemple la section "étymologie" puisque certains articles ne peuvent légitimement pas avoir cette section, l'info n'étant pas disponible).
Je peux ajouter une option -plan qui force l'affichage de toutes les sections comme sections vides, mais je pense que la plupart des rédacteurs préfèrent ajouter les sections à partir des infos qu'ils trouvent plutôt que de devoir effacer des sections pour lesquelles ils n'ont pas d'info.
Je regarderai ça cette semaine. A+ Hexasoft (discuter) 2 mars 2023 à 13:23 (CET)[répondre]
Note : techniquement le rendu est effectué dans rendu.php, et les options sont gérées dans configuration.php. Hexasoft (discuter) 2 mars 2023 à 13:23 (CET)[répondre]
Merci @Hexasoft !!!!
Si c'est pas trop compliqué ce serait super sympa , si ça n'efface pas les sections remplies.
En tout cas, c'est vraiment un bel outil. As-tu déjà à un endroit la description des bases attaquées ? Je peux faire de la rétrodoc dessus si ça t'intéresse.
A voir qunad tu auras le temps. A+ GoldenFork (discuter) 2 mars 2023 à 13:46 (CET)[répondre]
@GoldenFork : tu as normalement la liste de toutes les bases dans Utilisateur:Hexasoft/Taxobot (la partie "classification" qui regroupe les bases qui sont utilisable pour générer la classification du taxon, et la partie "liens externes" qui sont toutes les bases gérées pour − a minima − générer un lien externe, parfois plus [par exemple plusieurs fournissent le cas échéant des noms en français]).
Remarque annexe : en utilisant l'option -article tu n'as plus les logs de fonctionnement. C'est pas vital mais s'il y a eu des problèmes − par exemple des problèmes de connexion − c'est là que c'est indiqué, ce qui permet parfois de voir qu'il faudrait relancer un peu plus tard pour avoir des données complètes. A+ Hexasoft (discuter) 2 mars 2023 à 13:51 (CET)[répondre]
@GoldenFork : j'ai ajouté l'option -plan qui force l'affichage des sections même vides (en tout cas de celles qui n'était pas affiché si vides, puisque certaines l'étaient déjà).
Par contre je n'ai pas intégré toutes les sections possibles. En effet une bonne partie des sections en question sont trop spécifiques pour la quasi-totalité des articles (par exemple à la louche plus de 90% des articles n'ont pas et n'auront jamais de section "XXXX et l'Homme") et leur place dépend de toute façon trop du choix de l'organisation des sections. Après tout l'article-type n'est qu'une inspiration, pas un modèle à calquer partout !
Au passage j'ai ajouté la vérification des paramètres : jusqu'à maintenant on pouvait mettre une option inconnue, le programme l'ignorait. C'est un problème si quelqu'un fait une faute de frappe sur une option → l'option qu'il voulait n'est pas active et il ne le sait pas.
A+ Hexasoft (discuter) 2 mars 2023 à 18:57 (CET)[répondre]
Merci @Hexasoft
L'essayer c'est l'adopter. GoldenFork (discuter) 2 mars 2023 à 20:31 (CET)[répondre]
Bonjour @GoldenFork & @Hexasoft :
Pour la création d'un serveur local, cela rejoint cette discussion : index.php rend la manipulation beaucoup plus simple :
  1. Installer XAMPP (ou une app similaire) par exemple vers C:\xampp\
  2. Télécharger le code source de taxobot à partir de cette url
  3. Déplacer taxobot-main (après l'avoir dézippé/décompressé : conversion de taxobot-main.zip en dossier) dans C:\xampp\htdocs : on a donc le chemin C:\xampp\htdocs\taxobot-main
  4. Ouvrir l'app XAMPP puis dans la ligne « Apache », cliquer sur « Start »
  5. Se connecter à http://localhost/taxobot-main/
  6. On peut donc avoir, par exemple, http://localhost/taxobot-main/taxobot.php?classification=gbif&domaine=*&taxon=Papilio+lorquinianus&seuil-colonnes=-2&liens-synonymes=oui&suivre-synonymes=oui
XAMPP est compatible avec Windows (sauf XP et 2003) et Mac OS X Snow Leopard ou ultérieur. Elle demande pas particulièrement de configuration. En soi, Linux peut être dispensable.
L'émulation est plus complexe que cette dernière solution, et comporte plus de risque de mauvaises manipulations irrémédiables (via l'édition du registre ou du PATH) ou de bugs divers liées à l'installation ; je vais donc transférer cette « documentation » dans Utilisateur:Hexasoft/Taxobot#Code et installation.
Si tu penses que c'est une bonne idée, @Hexasoft, je peux essayer de regarder pour aller vers plus de maniabilité du côté utilisateur : par exemple, que tous les paramètres permis par Taxobot (en cmd) soient des paramètres configurables par l'utilisateur de manière dynamique ($POST, cookies ou paramètres exportables/importables). LD (d) 3 mars 2023 à 22:38 (CET)[répondre]
@LD : aucun soucis pour moi. En tant que « informaticien de la vieille école » je reste sur la ligne de commande Émoticône sourire J'avais surtout créé la version WEB pour permettre à d'autres de tester Taxobot au début à partir de mes propres serveurs, comme un service, quoi. Je l'ai gardé dans le code mais effectivement je ne l'ai pas fait évolué, et par exemple je n'ai pas ajouté ou testé via ce canal les ajouts (paramètres entre autre) récents.
Si tu as un compte GitHub je peux t'ajouter sur le projet si tu veux. Sinon tu peux passer par moi (par mail, par exemple) pour des modifs. A+ Hexasoft (discuter) 4 mars 2023 à 08:11 (CET)[répondre]

Version 1.0.23[modifier le code]

Salut @Hexasoft,

J'ai créé une branche pour la version 1.0.23.

Elle restructure l'architecture du projet (pas vraiment MVC/flux mais s'en inspire un peu) et apporte 9 commits pour corriger les chemins, tout en proposant une manière d'assurer un meilleure portage (utiliser DIRECTORY_SEPARATOR / join / dirname / __dir__). Il y a peut-être de meilleures méthodes. J'ai supprimé README.txt comme tu l'as proposé.

Pour la version web (index.php / taxobot.php), je m'y suis pas trop penché, mais j'ai créé l'héritage depuis /assets/, ce qui permettra de faire évoluer indépendamment les scripts dans le futur.

A priori, c'est fonctionnel mais on peut revoir cette proposition (d'où une branche ^^).

Une fois merged, il me semble que seul README.md devra être mis à jour.

Seul hic, je n'ai pas trop d'infos sur la version web hébergée (gestion via FTP ? .htaccess existant ? redirections depuis le nom de domaine ? à publiciter dans readme ? etc.). En privé si tu préfères. Émoticône LD (d) 16 mars 2023 à 21:54 (CET)[répondre]

Hello LD,
je regarderai tout ça mais je suis un peu charrette jusqu'à la semaine prochaine (chargé au boulot, du monde ce week-end, deux compositions en cours, et je surveille un de mes bots qui corrige des modèles…).
En tout cas merci pour le boulot !
Pour la partie WEB en fait… il n'y a pas de mise à jour Émoticône sourire. Au départ j'avais hébergé ça sur un de mes serveurs WEB chez moi, pour que d'autres puissent tester, mais je n'ai jamais communiqué l'URL de façon publique et la version qui y tourne date de… longtemps ! Faudra que je fasse une mise à jour, mais de toute façon depuis qu'il y a des docs pour l'installer sur windows et linux (et même mac, même si je n'ai pas eu de retours) je compte bien que les gens laissent mes serveurs tranquilles Émoticône
A+ Hexasoft (discuter) 16 mars 2023 à 22:13 (CET)[répondre]
Hello @LD,
j'ai pas encore eu vraiment le temps de me pencher sur tout ça : j'ai pas trop de temps ces dernières semaines et en plus je me fais un week-end de 4 jours demain soir Émoticône
Juste pour te dire que j'ai constaté un bug et je n'arrive pas pour le moment à voir d'où il vient : quand je mets l'option -article taxobot reste bloqué sur la partie classification. Je suis certain que ça n'était pas le cas avant. Et la même commande sans -article fonctionne très bien. En plus cette option n'influence normalement que le rendu, donc c'est un peu curieux.
Bref je vais creuser ça mais c'est histoire que tu sois au courant (en fait je pense que personne n'utilise cette option, mais c'est pas la question Émoticône sourire. A+ Hexasoft (discuter) 29 mars 2023 à 19:02 (CEST)[répondre]
Salut, pas de souci @Hexasoft
Pour l'option -article, je crois ne m'en être jamais servie mais je vais aussi jeter un coup d'oeil puisque si cela est apparu dans les dernières versions, je ne l'ai pas non plus corriger dans la version proposée Émoticône
Profite bien de ton long weekend ! LD (d) 29 mars 2023 à 19:10 (CEST)[répondre]
Hmmm LD, en fait là j'ai relancé de chez moi et ça le fait plus… Et pourtant j'ai pas modifié de code ni fait un git pull. Un rayon cosmique sans doute, mais c'est curieux, ça me l'a fait plusieurs fois à chaque fois que j'avais cette option et jamais quand je ne l'avais pas !
Pour l'option en question je l'utilise quand taxobot est utilisé par un de mes bots : je n'ai besoin que du modèle d'article, pas des logs et autres. Désolé pour le dérangement (Smiley oups) Hexasoft (discuter) 29 mars 2023 à 19:56 (CEST)[répondre]
Figure-toi que je n'ai pas perdu mon temps Hexasoft, j'ai trouvé autre chose qui me semble pouvoir être amélioré Sourire diabolique
Les outils chargent cURL sans vérifier que le composant est bien installé ; j'y vois une solution comme :
1) vérifier au sommet de outils.php :
$if (!extension_loaded('curl')) {
  throw new Exception('L\'extension cURL n\'est pas installé');
} else {
  $use_curl = true;
}
2) Pour chaque fonction avec curl :
function get_data($url, $header=false, $follow=true) {
   global $use_curl;

    if (!$use_curl) {
        // La fonction get_data ne sera pas exécutée car cURL est indisponible
        return false;
    }
    // Code de la fonction get_data
}
C'est assez mineur mais ça permettrait de mieux renseigner une erreur d'installation. Par exemple, ensuite travailler avec PHP_OS pour indiquer le meilleur moyen de remédier au problème par OS porté.
Quelque chose comme if (strtoupper(substr(PHP_OS, 0, 3)) === 'WIN') { echo // lien de téléchargement du composant ou documentation } elseif (PHP_OS === 'Darwin') { // MacOS } // etc. }
LD (d) 29 mars 2023 à 20:27 (CEST)[répondre]
Bonne idée ! Après on peut tester aussi les autres modules nécessaires (je sais plus lesquels…) ?
Par contre quel intérêt de tester ça dans les appels ? Vu que ça aura déclenché une exception dès le lancement ?
Mais d'accord pour mettre un lien ou une mini-doc selon le truc qui manque ! A+ Hexasoft (discuter) 29 mars 2023 à 22:44 (CEST)[répondre]
Il y avait plus simple/conventionnel que ma solution dans outils.php, Hexasoft.
J'ai créé une autre branche (car je n'ai pas pu mettre dans 1.0.23 Émoticône) : référence.
L'idée reste la même, sauf qu'au lieu d'avoir une erreur incompréhensible (sauf pour les habitués et développeurs), cela génère ce que j'ai proposé.
Pour un Windows 64 bits où cURL manque, on passerait de :
PHP Fatal error:  Uncaught Error: Call to undefined function curl_init() in C:~\taxobot\outils.php:46
Stack trace:
#0 C:~\taxobot\modules\mod_gbif.php(297): get_data('https://api.gbi...')
#1 C:~\taxobot\taxobot.php(300): m_gbif_infos(Array, true)
#2 {main}
  thrown in C:~\taxobot\outils.php on line 46
A ça :
------------
Taxobot n'a pas pu s'éxecuter car une ou plusieurs extensions (dépendances) sont manquantes ou mal configurées.
Les extensions manquantes sont : CURL.

Suivez les instructions ou téléchargez les dépendances manquantes depuis les sites officiels :
CURL : https://curl.haxx.se/download.html

Sous Windows, nous recommandons d'utiliser GetComposer : https://getcomposer.org/

L'installation manuelle requiert de connaître votre système d'exploitation.
Il semble que vous utilisez Windows (64-bit).
Après vérification, installez les dépendances manquantes.
Pour la version web, sous Ubuntu ou Windows (les autres OS je ne sais pas), XAAMP installe Curl par défaut et il est normalement activé dans php.ini. Si la configuration est mauvaise, alors cela ne se règlera pas via dependencies.php (qui vise l'installation du manquant) mais en modifiant php.ini (ce que la documentation d'installation peut dire). LD (d) 30 mars 2023 à 02:46 (CEST)[répondre]
J'ai je pense trouvé pourquoi j'ai eu un "bug" : en fait il n'y a pas de bug, mais un taxon problématique !
Le taxon c'est Cephalopoda, et j'ai arrêté taxobot alors qu'il avait récupéré… 2400 sous-taxons ! (il continuait encore). Pas étonnant que ça semblait planté. Je pense qu'il y a un problème coté GBIF sur ce taxon, je ne pense pas qu'il y ait tant de taxons de rang inférieur.
Il faudra que je regarde. Hexasoft (discuter) 30 mars 2023 à 11:01 (CEST)[répondre]
ocean.si.edu : « There are many more species of fossil cephalopods (17,000) than living ones (about 800) and some of the most important groups in the past have no living descendants. »
S'il les récupère, ce n'est pas étonnant. J'ai lancé une commande sur Staphylinidae (~70.000 espèces selon gbif, 2600 espèces pour itis), ça tourne depuis 30 minutes.
Je me dis qu'il faudrait éviter gbif pour les familles ou rangs supérieurs trop larges Émoticône LD (d) 30 mars 2023 à 14:45 (CEST)[répondre]
Arrivé au bout, il m'en a listé ~4.300 Émoticône LD (d) 30 mars 2023 à 14:58 (CEST)[répondre]
Je suis en train de mettre la possibilité de limiter les listes de sous-taxons et de synonymes (avec insertion d'une phrase indiquant que ça a été coupé et l'option correspondante le cas échéant).
Je vais mettre "désactivé" par défaut. À voir si c'est une bonne idée de mettre une limite par défaut. Hexasoft (discuter) 30 mars 2023 à 15:11 (CEST)[répondre]

Vers Wikipédia:[modifier le code]

Salut @Hexasoft,

Puisque le projet continue de grandir, je me dis qu'on pourrait le déplacer dans Wikipédia:Taxobot pour « gagner en visibilité ». Bien à toi, LD (d) 22 août 2023 à 21:27 (CEST)[répondre]

Hello LD (oui, je suis de retour Émoticône). Ne devrait-on pas (si tous sont d'accord) le déplacer plutôt dans une sous-page du projet ou portail biologie ? A+ Hexasoft (discuter) 7 octobre 2023 à 20:11 (CEST)[répondre]
Hello & bon retour parmi nous !
On peut faire un mixte : Wikipédia:Taxobot qui redirige vers une sous-page du projet. Au moins ce sera plus simple à mémoriser et à retrouver Émoticône sourire LD (d) 7 octobre 2023 à 21:52 (CEST)[répondre]
@LD : j'ai déjà redirigé Wikipédia:Taxobot vers Utilisateur:Hexasoft/Taxobot‎. Devons-nous mettre ça sur le portail ? (et mettre à jour la redirection) A+ Hexasoft (discuter) 9 octobre 2023 à 22:03 (CEST)[répondre]