Discussion utilisateur:BernZ

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YanikB 1 décembre 2015 à 12:24 (CET)

Discussion par rapport à certaine de vos modifications sur la systématique[modifier le code]

Bonjour, Je me permet de m’adresser à vous car d’autres utilisateurs et moi-même (Xwyvern, Tait Sanders, MSpondyle, Djigr, Naldo-Crocoduck, Nicobola, Lardizabalaceae, Fatapatate) avons constaté que vous avez modifié beaucoup d’articles sur la biologie évolutive en y intégrant principalement le point de vue de la systématique évolutionniste. La systématique évolutionniste est aujourd’hui minoritaire au sein de la communauté des biologistes de l’évolution, et si celle-ci a sa place dans l’histoire des idées de la discipline, et dans certaines parties sur les controverses, il nous semble qu’intégrer ce point de vue de manière aussi importante (et de manière à suggérer qu’il s’agit du point de vue dominant dans la communauté scientifique) dans des articles wikipédia contrevient à la neutralité ( neutralité du point de vue ). Ainsi il est possible que vous voyiez un certain nombre de modifications sur des articles que vous aviez auparavant modifié (principalement changement de “holophylie” par “monophylie”, voir aussi la page de discussions Cladistique). Pour finir, l’utilisation importante et quasi mono-dominante de l’ouvrage “Aubert D. (2017). Classer le vivant. Les perspectives de la systématique évolutionniste moderne. Ellipses.” dans vos citations nous mènent à nous questionner sur la possibilité que vous soyez l’auteur de cet ouvrage. Il nous semble injustifié que cet ouvrage prenne tant de poids dans la bibliographie des articles en question compte tenu du peu d’impact à ce jour dudit ouvrage à l’échelle de la communauté scientifique (inter)nationale, en comparaison de nombreuses d’autres sources bien plus acceptées. En espérant que nos échanges seront constructifs. Nicobola (discuter) 5 mai 2018 à 22:13 (CEST)

Je rentabilise mes achats voilà tout, et il est dur de trouver des références francophones récentes sur le sujet. Mais si la neutralité de point de vue vous intéresse autant que moi nous n'aurons pas de difficultés à nous entendre. Je n'ai jamais suggéré que la systématique évolutionniste était dominante par exemple (ou alors vous voudrez bien m'indiquer où...). Pour les modifications nous verrons bien au fur et à mesure. Vous parlez d' « histoire » comme si ces gens étaient enterrés, c'est bien surprenant pour un ouvrage en français aussi récent et des articles en anglais qui sortent toujours régulièrement par exemple là. BernZ (discuter) 6 mai 2018 à 14:35 (CEST)
EDIT: Bonne nouvelle ! On fabrique encore des thésards évolutionnistes en France ! (voir p. 151) Mais n'allez pas croire que je m'appelle Didier Bert... BernZ (discuter) 6 mai 2018 à 16:11 (CEST)

Cette formule :[modifier le code]

Selon la définition que l'on donne des dinosaures, les oiseaux descendent de ces derniers (dinosaures paraphylétiques, voir systématique évolutionniste) ou bien font partie de ces derniers (dinosaures holophylétiques, voir cladisme) est la plus concise et la meilleure que j'aie lue pour présenter la différence. Je pense qu'il serait éclairant que je la plagie dans d'autres articles !  ;-) Merci, --Amélie Pataud (discuter) 22 juillet 2016 à 17:24 (CEST)

Sondage[modifier le code]

Bonjour BernZ,

D'où sors-tu que « Cymbella a fait sondage fantastique à son travail » ? Ce petit sondage n'a rien de fantastique : j'ai consulté un catalogue et une dizaine de chercheurs francophones ont donné un avis, par ailleurs la précision « à son travail » est une déduction que je préfère ne pas voir mentionnée dans la discussion.

Merci de bien vouloir rectifier Clin d'œil. Cordialement, Cymbella (discuter chez moi) - 9 août 2017 à 08:42 (CEST)

PS Quand tu modifies un article, voudrais-tu donner un commentaire de diff qui permettrait de voir rapidement ce que tu as modifié ? Merci.

OK pas de problème je vais rectifier. Bon d'accord "fantastique" c'est peut-être exagéré mais je trouve ça très bien que tu l'aies fait. Et je vais essayer de faire plus de commentaires. Clin d'œil BernZ (discuter) 9 août 2017 à 09:09 (CEST)

Analyse automatique de vos créations[modifier le code]

Bonjour.

Je suis Phe-bot, un robot dressé par Phe. Je fais l'analyse quotidienne de tous les articles créés deux jours plus tôt afin de détecter les articles en impasse et les articles sans catégorie.

Un article en impasse est un article qui ne contient aucun lien interne. Pour plus de détails sur les liens internes, vous pouvez consulter cette page.

Les catégories permettent une classification des articles. Pour plus de détails sur les catégories, vous pouvez consulter cette page.

Ajouter des liens ou des catégories n'est pas obligatoire, bien sûr, mais cela augmente fortement l'accessibilité à votre article et donc ses chances d'être lu et d'être amélioré par d'autres contributeurs.

Pour tout renseignement, n'hésitez pas à passer voir mon dresseur. De même, si vous constatez que mon analyse est erronée, merci de le lui indiquer.

Si vous ne souhaitez plus recevoir mes messages, vous pouvez ajouter « * [[Utilisateur:BernZ]] » en bas de cette page. Phe-bot (discuter) 12 août 2017 à 13:34 (CEST)

neutralisation de clade[modifier le code]

Merci d'enrichir la discussion dans Discussion:Clade Wer reitet so spät? (discuter) 5 novembre 2017 à 01:57 (CET)

Analyse du 8 décembre 2017[modifier le code]

Phe-bot (discuter) 8 décembre 2017 à 18:37 (CET)

Histoire évolutive des oiseaux[modifier le code]

Bonjour BernZ. Je ne suis pas du tout un spécialiste de la phylogénie, mais tout de même je suis ça d'assez près. Crois-tu vraiment qu'en 2018 on doive encore arborer un point de vue « neutre » concernant l'appartenance des oiseaux au clade des dinosaures ? Qui plus est en citant une réf de 1996, avec tous les fossiles découverts depuis ? Cordialement, Ariel (discuter) 19 février 2018 à 18:36 (CET)

Bonjour, tu confonds phylogénie et classification. Il n’est pas aujourd’hui contestable que les oiseaux soient issus des dinosaures, en effet. Ce qui est contestable c’est que le sens du mot dinosaure soit changé pour inclure les oiseaux dans sa définition. BernZ (discuter) 19 février 2018 à 22:12 (CET)
Non, le paragraphe contesté dit :

« Il a existé plusieurs théories quant à l'apparition des oiseaux. La plus communément admise fait des oiseaux les descendants de petits dinosaures théropodes. Une autre les présente comme descendants de reptiles du Permien, les Thecodontia (taxon paraphylétique). L'antithèse la plus sérieuse est une différenciation très précoce des oiseaux, les excluant de la lignée des dinosaures (soutenue par Feduccia par exemple[1]). »

Il ne s'agit donc pas de classification mais bien de phylogénie, et je ne pense pas que l'antithèse citée soit encore considérée comme sérieuse, sauf erreur. — Ariel (discuter) 20 février 2018 à 08:25 (CET)
Ah pardon, autant pour moi, je pensais que tu me parlais d'autre chose. Ce n'est pas moi qui ait ajouté cette référence, mais je pense que l'intérêt de ce paragraphe est essentiellement historique. Je te laisse reformuler si tu trouves que ce n'est pas assez clair. BernZ (discuter) 20 février 2018 à 11:26 (CET)
OK, je mets ça sur ma to-do list. — Ariel (discuter) 20 février 2018 à 11:33 (CET)
  1. Hou L. et al. (1996), Early adaptative radiation of birds : Evidence from fossils from Northeastern China, Science, Vol 274, 1164-1167

Différence holophylétique/Monophylétique[modifier le code]

Bonjour BernZ, Concernant la page des reptiles, je ne comprends pas pourquoi ne pas remplacer la définition "holophylétique" du groupe par "monophylétique". Ce dernier mot ne porte pas à confusion vu le contexte de la phrase: "les reptiles ne sont pas un groupe incluant tous les descendants d'un ancêtre commun exclusif. De plus le mot "monophylétique" est bien plus courant, et le lien "holophylétique" redirige de toute façon vers la page Monophylisme. Bien cordialement, Vloizeau. — Le message qui précède, non signé, a été déposé par Vloizeau (discuter), le 21 février 2018 à 20:18 (CET).

Je pourrais te poser la même question. Tu dis « pourquoi ne pas remplacer » et moi je pourrais dire « pourquoi remplacer ». Des sources récentes, en français comme en anglais, utilisent « holophylétique ». Et si on est obligés de redéfinir « monophylétique » à chaque fois qu'on l'emploie c'est bien que le terme porte à confusion. Et dans le contexte particulier de l'herpétologie, il y a eu des débats pour savoir si Reptilia, Ambiphia, ou certains de leurs sous-groupes comme les amphisbènes ou les hadrosaures, étaient mono- ou di-phylétique. La conclusion a souvent été que ces groupes étaient bien monophylétiques, conclusion qu'on ne comprendrait plus si on changeait le sens de ce mot. BernZ (discuter) 21 février 2018 à 21:42 (CET)

Phénétique[modifier le code]

Bjr. Peux-tu m'expliquer la différence entre phénétique, phénétique numérique et taxonomie numérique car dans les bouquins que je lis (notamment Guide critique de l'évolution de Lecointre), ils ne font pas de distinction. R.R. Sokal & P.H.A. Sneath qui sont les promoteurs de cette discipline précisent-ils cette distinction ? J'en profite pour te demander en quoi les arbres à bulle et de parenté ne sont pas de la phylogénie vraie est une affirmation non neutre de Lecointre. Cela voudrait dire que la systématique actuelle ne privilégie pas la classification phylogénétique ? Cdlt, Salsero35 29 mars 2018 à 12:02 (CEST)

Bonjour, il y a toujours eu un certain flou entourant la terminologie en systématique, pas mal d'auteurs mettent dans le même sac tout ce qui n'appartient pas à leur propre courant d'idées, et beaucoup semblent n'en avoir rien à faire de travailler de manière rigoureuse... La caractéristique de la taxonomie numérique est comme son nom l'indique d'utiliser des calculs numériques pour produire des arbres. Si on utilise des calculs de distances c'est de la phénétique numérique, si on utilise des calculs de parcimonie (avec ou sans pondération) c'est de la cladistique numérique. Par exemple Farris, issu du courant de la taxonomie numérique, a été l'un des principaux tenant de l'approche numérique de la cladistique. Lecointre appartient au courant pattern cladism (puissant à Paris au MNHN, mais à peu près insignifiant partout ailleurs en France et dans le monde), un courant opposé à celui de Farris qui est du process cladism, et même si aujourd'hui Lecointre fabrique ses arbres avec les algorithmes de Farris, l'héritage de la taxonomie numérique est difficile à assumer (pas assez purement cladiste). Quand on sait ça, on comprends quels genres de déformations on peut lire par-ci par-là. La phénétique numérique elle-même peut être utilisée pour produire des phénogrammes en essayant de respecter l'ultramétrie des distances calculées (algorithme de type UPGMA), ou bien des phylogrammes en essayant de respecter l'additivité des distances (algorithme de type neighbour-joining). Donc on peut faire de la reconstruction phylogénétique en utilisant des techniques de phénéticien, mais on n'est pas intéressé pour en faire si on est phénéticiste. Sokal et Sneath changent de position entre les deux éditions de leur livre, ils sont d'abord plutôt phénéticistes puis plutôt phénéticiens.
Pour l'autre point que tu soulèves, justement les arbres à bulles sont des arbres phylogénétiques (c'est une généalogie) alors que les cladogrammes ou arbres de parenté n'en sont pas (ce ne sont pas des généalogies). Hennig dans son livre de 1966 distingue très clairement les deux, phylogenetic tree versus phylogenetic diagram. Là encore il y a des déformations de la part de Lecointre car il veut qualifier ses propres conceptions de phylogénétiques et les conceptions des autres comme non phylogénétiques, mais ce n'est pas comme ça que ça marche. Tout est mélangé dans l'article en question. J'espère t'avoir éclairé, si tu veux lire un livre en français récent mais qui aborde un point de vue opposé à Lecointre il y a "Classer le Vivant" de Aubert. BernZ (discuter) 29 mars 2018 à 12:32 (CEST)
Pardon d'insister vu que tu maîtrises le sujet mieux que moi, mais je n'ai tjrs pas compris. La cladistique numérique est une branche de la cladistique qui s'inspire de la méthodologie de la phénétique. Si je te suis, la taxonomie numérique est une branche de la phénétique, mais quelles sont alors ses autres branches ? Ce n'est pas parce que la méthodologie de la phénétique appliquée à des données moléculaires sont utilisées en reconstruction phylogénétique que cela devient une nouvelle branche de la phénétique (de la phylophénétique Clin d'œil ?). Quant à Lecointre, je pensais qu'il faisait autorité en la matière, mais effectivement après une recherche google, son « néocladisme » est en effet minoritaire. Dont acte. Salsero35 29 mars 2018 à 13:39 (CEST)
Pour simplifier, la taxonomie numérique se divise en au moins quatre branches = phénétique numérique (Sneath, Sokal) + cladistique numérique (Farris, Goloboff, Swofford) + phylogénétique statistique (Felsenstein) + (clado)patristique numérique (Ashlock, Stuessy). La phénétique traditionnelle à la Cuvier ou la cladistique traditionnelle à la Hennig ne font ni l'une ni l'autre partie de la taxonomie numérique. Numérique ça veut juste dire que la méthode est mathématisée, de manière suffisamment lourde pour qu'un algorithme informatique soit nécessaire pour l'exploiter. Mais comme tu l'as remarqué l'adjectif est aussi idéologiquement connoté dans les guéguerres entre écoles de taxonomie. Ça n'a par contre rien à voir avec le type de données, morphologiques ou moléculaires, on peut très bien utiliser des matrices morphologiques pour faire n'importe quel type de représentations : des phylogrammes, des phénogrammes, des cladogrammes, des chronogrammes, des patrogrammes, des arbres à bulles, des dahlgrenogrammes, etc. etc. J'espère que ça s'éclaircit ? ^^ BernZ (discuter) 29 mars 2018 à 15:41 (CEST)
Oui c'est plus clair car c'est plus complexe Clin d'œil. Ce n'est pas la phénétique qui a plusieurs branches mais la taxonomie numérique. Quant à cette idéologie, elle est inhérente au principe même de classification évolutionniste qui repose sur des critères subjectifs, même si les systématiciens s'en défendent. Si j'ai bien compris, la phénétique a voulu se défaire de cette subjectivité mais reste très artificielle vu que la similitude n’est pas forcément corrélée à la parenté. Salsero35 29 mars 2018 à 17:34 (CEST)
Oui c’est un peu ça l’idée, déplacer le problème pour ne plus le voir plutôt que d’accepter une certaine part nécessaire d’artificialité, mais ce n’est que mon point de vue. BernZ (discuter) 29 mars 2018 à 19:14 (CEST)