Discussion:Gène/Archive 1

Liste des termes dérivés

Une liste de termes dérivés du mot gène est apparue dans l'article. Même si elle contient de nombreuses informations, elle est inutilisable en l'état, car les définitions sont incompréhensibles, même pour un biologiste (elles sont justes et techniques, mais le vocabulaire employé est beaucoup, beaucoup trop "jargon de laboratoire"). Si des volontaires peuvent m'aider à wikifier ou à enlever les définitions les moins utiles... Arnaudus 17 nov 2004 à 22:19 (CET)

D'accord sur la nécessité de rendre certaines définitions plus lisibles, mais est-ce une bonne chose de supprimer les définitions très spécialisées alors qu'elles sont justes ? Il y a dans Wikipédia de nombreux passages sur les maths que je ne comprends pas, mais ce n'est pas une raison pour les effacer. Spicalioth 17 nov 2004 à 22:43 (CET)

À mon avis, il y a un tri à faire. Quelque chose comme gène candidat positionnel par cartographie comparée me semble un peu tiré par les cheveux. Ce n'est pas un "type de gène", c'est une phrase, comme si on disait que "route à double sens de couleur bleue avec un terre-plein central planté de buissons verts" était un "type de route"... Arnaudus 18 nov 2004 à 09:47 (CET)

Révert du 02/11/04

J'ai réverté deux modifications de 82.120.66.127 .

La première : retrait du § sur Dawkins et le gène égoïste. Même si c'était maladroit ici, je trouve que c'était justifié. Je n'aime pas quand des informations sont supprimées sans justification.

La deuxième : 82.120.66.127 avait modifié le nombre de gènes humains de 30 000 à 20 000. Or, dans une grande référence assez récente (Lander et al., Nature, 2001 409:860-921), on peut lire There appear to be about 30000-40000 protein-coding genes in the human genome. Je ne compte pas changer le chiffre de 30000 sans discussion préalable, cette référence (article initial sur le séquençage du génome humain) fait foi dans le milieu scientifique.

Arnaudus 2 nov 2004 à 10:12 (CET)

Nouveau révert aujourd'hui. Mêmes raisons : manque de source. Pourquoi 20 000 gènes? Le papier initial annonçant le séquençage du génome en dénombrait 30 000, et ce, après séquençage. Donc dans le doute, sans sources, je réverte. Arnaudus 29 mai 2005 à 19:10 (CEST)

Résumé

Cette discussion commence à me casser les pieds, elle n'est pas constructive. En plus, c'est très dur à suivre, la mise en page est cahotique (cf le revert de R). Je propose un résumé :

Définition de génome

• Nikoo propose : "le génome est l'ensemble des gènes d'un organisme". Arguments :
  • C'est logique (gènes -> génome)
  • Argument d'autorité (je ne suis pas sûr que ça soit recevable dans Wikipédia)

• Arnaudus propose "le génome est l'ensemble de l'ADN d'un organisme". Arguments :
  • C'est la définition proposée dans la page génome
  • C'est la définition qui est utilisée par de nombreux scientifiques : séquençage du génome, plasticité du génome, taille du génome...
  • Une recherche sur Google.fr (génome définition) donne :
    • http://www.genomequebec.com/asp/dirUtilitaires/glossaire.asp?alpha=g&l=f "Ensemble du matériel génétique d’un organisme, y compris ses gènes."
    • http://www.vetofish.com/definition-1185-Génome.html "Ensemble du matériel génétique contenu dans une cellule. Il se présente sous la forme d'une longue molécule, l'ADN, logée dans le noyau de chaque cellule de l'organisme."
    • www.igh.cnrs.fr/perso/isabelle.touitou/cours/p2genome.pdf "Ensemble de l’information génétique d’un organisme.[...] Par extension, le génome se réfère aussi au support physique de cette information génétique, c’est-à-dire la macromolécule d’ADN."
    • Malheureusement, Nikoo définit le terme de matériel génétique en faisant référence aux séquences transcrites (c'est à dire les gènes).
  • Voici la définition proposée dans le livre Génétique et évolution (M. Solignac, P. Périquet, D. Anxolabehère, C. Petit) : Le génome de chaque espèce [...] n'est pas un simple assemblage de fonctions codantes entassées pêle-mêle [...], mais un ensemble de gènes, de séquences régulatrices et de séquences non codantes, [...].. Les quatre auteurs sont des professeurs d'universités française.
  • Je me sens au moins aussi compétent que Nikoo dans ce domaine, si ce n'est que j'ai évité d'indiquer mon activité sur ma page perso. Les remarques du style "j'espère que tu n'es pas biologiste" ou "je crois que tu ne sais pas de quoi tu parles" ont le don de mettre entre parenthèses ma neutralité de point de vue. J'aimerais qu'on parle de faits, de références précises.

Je vais essayer d'être neutre. Je propose que ces deux définitions soient décrites dans la page génome (c'est un autre problème). Quoi qu'il en soit, je pense que dans les autres pages, on devrait utiliser la définition courante.

Gènes et séquences protéiques

On est presque d'accord. Ca devrait bien se passer.

Gènes et caractères

Je (Arnaudus) reproche à Nikoo un manque de rigueur dans le vocabulaire. Par exemple, "Un gène code pour un caractère" -> "un gène code pour une protéine", ou "un gène détermine un caractère". "un gène code pour un ARNt" -> "un gène est transcrit en ARNt", la transcription n'est pas un décodage, et une séquence codante n'est pas la même chose qu'une séquence transcrite. Les mots ont des significations, on a le droit de les changer, mais il faut expliquer pourquoi. Code != information, par exemple. Sinon, pourquoi existerait-il deux mots? J'attends de Nikoo qu'il définisse les termes qu'il emploie, afin de pouvoir déterminer si nous sommes en désaccord sur le fond ou sur la forme. Par la même occasion, on avancera sur les articles allèle, caractère, déterminisme génétique, génotype, phénotype. Pareil, pour toute définition différente, on cite une source (et pas "c'est comme ça que tout le monde dit").

Par ailleurs, nous avons un vrai problème de fond sur gène <-> caractère. La relation 1-1 proposée par Nikoo me semble une approximation "de tous les jours" quand on fait de la génétique formelle, mais elle est insoutenable, du constat même qu'il existe un nombre fini de gènes et un nombre infini de caractères (les maths sont loin, mais je crois bien qu'il est impossible d'avoir une bijection entre un ensemble fini et un ensemble infini). Arnaudus 20 fév 2004 à 19:04 (CET)

PS : Nous ne sommes pas spécialement pressés, et on peut se relire. STP Nikoo, comme tu dois penser que je suis un peu bouché (ce n'est peut-être pas faux), peux-tu éviter les phrases comme Et j'en passe et des pires. Un caractère/phénotype moléculaire, codé parfois directement par un gène, reste un caractère qui est parfois critique, malgré l'échelle de distance dans laquelle il s'exprime.? J'ai du mal à compiler...

Nikoo Bon, je m'excuse. Mais c fini. Je ne participerai plus à Wikipedia. Cela fait deux soirs entiers que je passe, comme toi peut-être, à batailler. J'ai autre chose à faire. Je trouve seulement dommage que l'on soit borné à ce point (c'est toi même qui le dit). Certains diront que je laisse vite tomber. Non, c juste que il y a plein d'autres choses à faire, c aussi simple. Discuter sur la forme d'un article, c normal et nécessaire. Discuter sur le contenu entre spécialistes c tout à fait recommandé. Mais batailler avec quelqu'un qui, non seulement ne comprends pas ni le pb, ni les explications (pourtant claires, argumentées, en un francais clair et intelligible), mais qui en plus vous dit que vous avez tort sur le sujet, c un petit peu pousser. Enfin...ce n'est pas grave, il y a pire. Bientôt, les connaissances ne seront plus établies que par des laboratoires américains, et là, vous n'aurez plus de pb de "définition" :)

Personnellement, je fais de la science (c a d établir des connaissances) comme bcp de chercheurs et apprentis chercheurs pendant près de 40 à 60 heures par semaine. Je pense avoir un tout petit peu de crédit dans mes propos. Et il ne me viendrait pas ou très peu à l'esprit de contredire un spécialiste d'un domaine particulier quand je n'en suis pas un moi-même et quand bien même je me serais documenté sur le sujet (je ne dis pas que c interdit, mais juste que c fatiguant).

Par ailleurs, bcp d'explications supplémentaires, essayant encore une fois d'éclaicir des concepts que tu essaies de manipuler sans les comprendre vraiment, étaient données dans la modification de cette page de discussion que j'ai réalisé hier soir, mais qui a été effacer. J'ai eu un pb lors de ma rédaction hier soir, mais j'avais eu la bonne idée de faire un copier-coller régulier de ce que j'écrivais, donc j'ai simplement collé ce que j'avais sauvegardé, faisant malheureusement disparaitre la mise en page. Je pensais que tu aurais pu repérer ce qui était dit par toi ou moi. Je n'ai malheureusement pas sauvegarder ce fichier texte lors de sa fermeture. Je n'ai donc ni la possibilité, ni l'envie d'ailleurs, de tout réintégrer ta cette page-ci.

Personnellement, je connais, maîtrise, et comprends les concepts de biologie auquels je désirais participer sur wikipédia. Donc je garde ça pour moi, et ceux qui veulent savoir quelque chose iront sur google, sur les articles que VOUS écrirez ou auront la bonne idée d'aller discuter avec un spécialiste (juste un indice : pas les livres, ils sont bcp trop en retard sur l'état actuel des connaissances).

Voilà, ce fut une bonne expérience. Bonne continuation.

Définition de génome

Controverse : la phrase Le génome est l'ensemble du matériel génétique d'un individu ou d'une espèce me (Arnaudus) semble fausse, mais est systématiquement ajoutée par Nikoo. On va essayer de discuter ici au lieu de le faire par historique interposé. Mes arguments :

• Le terme "génome" représente l'ensemble du matériel génétique de l'individu. C'est à mon avis une définition courante, cf. la page génome : Le génome est l'ensemble du matériel génétique d'un individu ou d'une espèce. Les gènes ne constituent qu'une partie du génome. Je n'ai jamais entendu d'autre définition, mais ce n'est pas impossible qu'elle existe.
• Par conséquent, j'estime que L'ensemble des gènes d'un individu constitue son génome est fausse, et je propose de remplacer par Les gènes d'un individu constituent une partie de son génome, ou par une forme équivalente.

Arnaudus 18 fév 2004 à 20:18 (CET)

Nikoo Salut, bon je suis fou car j'ai écris un truc pdt 20 min qui c effacé ! Donc je reprends.

Je suis désolé mais ton idée est fausse. En effet, génome comme protéome, désigne un ensemble d'unités semblables. Ainsi, protéome désigne l'ensemble des protéines d'un organisme, génome l'ensemble des gènes d'un organisme. Le "matériel" GENEtique représente l'ensemble de l'information, portée par les gènes, requise pour l'élaboration (d'où l'utilisation du mot "matériel") d'un organisme.

Premier papier qui me tombe sous la main (je ment pas, le premier) : It is tempting to think of genomes as aggregates of genes. Although this description is quite fair for prokaryotes and viruses, it is woefully inappropriate for eukaryotes. In most eukaryotes, genes are in a clear minority, with most of the DNA devoted to nongenic, largely unconstrained, often repetitive DNA. Petrov, Theor. Pop. Biol. 2002, 61, pp 531-544. On va discuter de la définition de génome avec Dimitri Petrov? Moi, je veux bien, hein... Arnaudus

Je suis parfaitement d'accord : protéines -> protéome, transcrits -> transcriptome. Malheureusement, pour des raisons historiques, pour génome, ça ne marche pas. C'est comme ça, c'est pas logique, mais c'est pas de ma faute. On peut citer plusieurs définitions si tu veux, je suis pas contre, mais asséner comme ça des vérités qui ne sont pas consensuelles, ça me surprend un peu...

En fait, en disant "Les gènes ne constituent qu'une partie du génome", tu fais une confusion avec le fait que l'ADN d'un organisme contient à la fois des séquences "codantes" et "non codantes". Ainsi, chez les organismes supérieurs, comme l'humain, les gènes ne représente qui petite partie de la totalité de l'ADN d'une cellule :

[(~30 kb par gène x 30000 gènes chez l'humain) / (3.4 milliards de pb au total)] x 100 = 26 %

Donc les gènes ne représentent certes que 26 % de l'ADN humain total.

Chez la levure (organisme modèle que j'étudie) par exemple, ce pourcentage passe à plus de 90 %.

Mais le mot GENome ne désigne pas l'ADN total ; il désigne l'ensemble des gènes d'un organisme et donc l'ensemble de son "matériel" GENEtique.

C'est quoi que tu appelles le matériel génétique? C'est bien l'ADN, non? On a des problèmes de définitions, tu peux citer tes sources? Pour toi, un gène, c'est une séquence codante? Transcrite? Dans ce cas, génome = transcriptome? Si ce n'est que le codant, les ARNt ne sont pas des gènes? Et les éléments transposables en sont? Ils sont pourtant transcrits et traduits, cependant, tu ne les comptes pas dans ton calcul. Il faut donc des définitions. Ta définition du terme "génome" est tout à fait opérationnelle, il existe beaucoup de cas où ce n'est pas celle qui est retenue (voir ci-dessus). Quand tu parles de "plasticité du génome", tu ne parles que des gènes? Quand tu parles de "taille du génome", tu ne parles que des gènes? Quand tu parles de "séquençage du génome", tu ne parles que des gènes? Assurément non. Alors d'accord, le terme de "génome" est mal employé, mais c'est comme ça qu'il l'est, et pour se faire comprendre, il faut bien utiliser les mêmes mots que les autres pour désigner les mêmes choses. Arnaudus 19 fév 2004 à 10:04 (CET)

Gènes et séquences protéiques

La phrase La protéine produite, définie par l'enchaînement des acides aminés qui la constitue, est ainsi déterminée en grande partie par la séquence du gène., me gène également. Pourquoi en grande partie? Qu'est-ce qui, dans l'enchaînement des acides aminés d'une protéine, ne provient pas de l'information génétique du gène correspondant? Bien sûr, la séquence nucléotidique peut être modifiée (épissage, modifications post-transcriptionnelles), mais ces modifications ne rajoutent pas d'information. Je trouve donc ce passage discutable. Arnaudus 18 fév 2004 à 20:18 (CET)

Nikoo Encore désolé. Tu donnes toi-même la réponse à ton problème.

"Bien sûr, la séquence nucléotidique peut être modifiée (épissage, modifications post-transcriptionnelles)"

La protéine produite finale dépend également de modifications post-transcritionnelle.

"mais ces modifications ne rajoutent pas d'information" C'est faux.

Un épissage non réalisé, l'absence d'ajout d'une coiffe ou d'une queue poly(A) (je parle des eucaryotes), entraine un défaut d'export et de traduction de l'ARNm et donc l'absence de production de la proteine ; ainsi, ces processus apporte une information supplémentaire à l'ARNm qui est une info de "controle qualité" essentielle (cette info est constituée par ailleurs des protéines participant à ces diverses modifications, qui sont restées accrochées à l'ARNm).

Par ailleurs, les modifications post-transcriptionnelles ne sont pas les seules modifications.

Les modifications post-traDUCTIONNELLES sont, elles, courantes et modifient parfois complètement la protéine et ces modifications ne sont pourtant pas portées par le gène de cette protéine. Exemples :

- phosphorylation/déphosphorylation (là, ya tellement à dire sur le role dans l'activité biologique) - la glycosylation des Immunoglobulines (ou anticorps) est essentielle à leur activité. - l'ajout de lipides (ancres GPI, isoprénylation, géranylation, farnésylation) à certaines protéines, et sur certains acides aminés seulement, est essentiel au ciblage membranaire (membrane plasmique ou autre) (cas des protéines G, de certains récepteurs). - Le clivage par des protéases spécifiques : exemple cascade du complément (cf. immunologie), l'activation de l'insuline, et j'en passe. - l'ubiquitinylation, qui sert au ciblage vers la dégradation, entre autre.

Et là, ce n'est qu'une infime partie de ce que l'on pourrait citer.

Donc ces modif sont certes mineures quant à la modification de la protéine (quoique l'ajout d'un lipide, ce n'est pas rien), mais elles constituent de l'information qui n'est pas contenue explicitement dans le gène ; celui-ci indique certes, au travers de la séquence en acides aminés, qu'une modification est à faire, mais c la modif elle-même qui contient l'info supplémentaire (ciblage, activation de la protéine, etc...).

Donc (ouf...) c'est pour celà que j'ai mis "en grande partie" car c vrai. Le gène code en grande partie, voire en majeure partie la protéine. Mais une seule phosphorylation ou son absence peut faire que la protéine est active ou non !

Velà.

Je pense que là, on va pouvoir se mettre d'accord. Il faudrait simplement apporter un peu plus de précisions à la phrase.

• ADN -> ARNm : pas de modification
• ARNm -> ARNm maturé : épissage, modifs post transcriptionnelles, etc.
• ARNm -> protéine : rares modifs (décalage du cadre de lecture, par ex.)
• protéine immature -> protéine mature : modifications post traductionnelles.

J'essaye de revoir ce passage ce soir (là, pas trop le temps). Arnaudus 19 fév 2004 à 10:11 (CET)

Gènes et caractères

Décidément, beaucoup à discuter.

Aujourd'hui, un gène est défini comme une portion d'acide désoxyribonucléique (ADN) qui, par l'enchaînement des nucléotides qui le constituent, code pour un caractère donné, tant au niveau microscopique (moléculaire ou cellulaire), qu'au niveau macroscopique (organe ou organisme)

Je ne comprends pas la signification de code pour un caractère donné. Le terme de coder a une signification bien précise, et on ne peut pas dire qu'un gène code un caractère : un gène peut coder pour une protéine, par exemple, dans ce cas, la protéine est un caractère? Quand un gène est transcrit en ARNt ou ARNr, il ne code pas, il n'y a absolument pas de décodage, comme dans le cas d'une protéine. Par conséquent, on ne peut pas dire qu'un gène est quelque chose de codant. Je ne comprends pas non plus l'idée de niveau. A ma connaissance, un gène peut être traduit en protéine via un ARN messager, ou donner un ARNt ou ARNr après modification. En tout cas, tout ça reste moléculaire. On ne peut pas confondre les gènes d'un individu, c'est à dire son génotype, et leur expression morphologique ou physiologique, issue de leurs interactions entre eux et avec l'environnement (phénotype). Un caractère est un trait observable au niveau moléculaire, cellulaire ou macroscopique, mais ça, c'est le phénotype, et ça ne concerne les gènes que de très loin. Je ne vois pas pourquoi ça devrait apparaître dans la définition du gène, et surtout pas de manière si ambigüe. En tout cas, la correspondance gène <-> caractère est une hérésie, et il faut éviter toute formulation qui pourrait ne pas être claire à ce sujet. Arnaudus 18 fév 2004 à 20:30 (CET)

Nikoo Effectivement, je suis pas là de dormir...LOL On reste cool... Partons de ça. - Un gène peut coder pour une protéine- On dit "coder" à cause de l'Histoire. L'enchainement des bases dans l'ADN (A, T, G, C) est apparu comme quelque chose de très peu varié, sans grand intérêt. CAGAAATGTCTCAAGAACAG (c vrai que cela ne signifie rien pour nous, humains).

Mmmmhh... Je me concentre... Saccharomyces cerevisiae... mmmmhhh... protéine nucléaire... mmmhhh... qui reconnaît les ARN polyA! Pas si dur que ça pour les humains! :-) Arnaudus

Et pourtant, une fois transcrit en ARNm, et lu par le ribosome, ce dernier est capable de construire une protéine.

Donc nous = incapables de comprendre, alors que le ribosome, lui, oui. Donc le ribosome est capable de "décoder" l'information contenue dans l'enchainement des nucléotides de l'ARNm (donc de l'ADN). Il "décode" une chose que nous considérons comme "codée" (l'ARN donc l'ADN) puisque nous sommes incapables de la lire (c le propre des messages codés, des mots de passe, etc...et une succession de CAGAAATGTCTCAAGAACAG est bien un message codé, à moins que tu y captes quelque chose... ;) ) (pour info, c un bout de la protéine sur laquelle je travaille...).

Donc un gène contient bien de l'information codée, donc il code pour cette info.

"Quand un gène est transcrit en ARNt ou ARNr, il ne code pas, il n'y a absolument pas de décodage, comme dans le cas d'une protéine."

Euh...c faux : le passage de l'ADN à l'ARN inclu notamment une lecture et un remplacement des T par des U. Il y a donc bien une interprétation de ce qui est présenté (l'ADN) pour donner l'ARN. Il y a bien décodage. Par ailleurs, les ARNt, les ARNr, les sn ARN, les sno ARN, etc... portent une information : celle d'être incorporés dans des structures protéiques pour que ces dernières soient actives biologiquement (cette information est bien contenu dans la séquence, mais aussi dans la structure 2 D et/ou 3D de ces ARN).

Bien sûr! Je n'ai jamais dit que les ARN n'apportaient pas d'information! J'ai dit qu'ils ne codaient pour rien. Le remplacement des T par des U n'a rien d'un décodage, il ne faut pas être de mauvaise foi! C'est une recopie parfaite de la séquence nucléotidique, de toutes manières, les A, G et C de l'ARN ne sont pas les mêmes que ceux de l'ADN, sans pour autant que tu considères ça comme un décodage. Le terme de code génétique ne s'applique qu'aux gènes destinés à être traduits. Si tu connais des exemples contraires, de source sérieuse évidemment, je suis prêt à revoir ma position. Arnaudus 19 fév 2004 à 13:33 (CET)

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code pour un caractère donné Je ne comprends pas non plus l'idée de 'niveau En tout cas, tout ça reste moléculaire. On ne peut pas confondre les gènes d'un individu, c'est à dire son génotype, et leur expression morphologique ou physiologique, issue de leurs interactions entre eux et avec l'environnement (phénotype). Un caractère est un trait observable au niveau moléculaire, cellulaire ou macroscopique, mais ça, c'est le phénotype, et ça ne concerne les gènes que de très loin.

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Je réponds d'un bloc à tout cela.

Quand tu dis on ne peut pas confondre les gènes d'un individu et leur expression morphologique ou physio, c certes un peu vrai.

Non, ce n'est pas "un peu vrai". La distinction entre le phénotype et le génotype est fondamentale en génétique formelle, elle est enseignée dès la classe de Terminale. Sans cette distinction, on ne fait pas de génétique. Arnaudus

Cpdt, il est d'usage de réaliser ce raccourci car la MAJORITE, voire la quasi totalité, des gènes découverts depuis Mendel résultent d'une étude phénotype->gène.

Ah. Tu vois, moi, je n'utilise pas ce raccourci, je ne suis donc pas dans l'usage? Le raccourci commun, c'est génotype -> phénotype, ce n'est pas gène-> phénotype! Dans l'autre sens, ça ne marche pas : phénotype -> plusieurs génotypes possibles. Arnaudus

Actuellement, nous sommes entrés dans une phase de génétique dite inverse, où la puissance de l'informatique nous permet de connaitre la séquence de l'ADN des organismes sans en connaitre la fonction. Mais ce n'est que très récent. Par ailleurs, tous les gènes sont nommés en fonction du phénotype qu'ils engendrent (même si les ricains s'amusent de temps en temps avec des noms comme Sonic, etc...).

Tu étudies le gène "NAB2". Il décrit quel phénotype? Tu es sûr(e) qu'il ne décrit pas plutôt la fonction de la protéine correspondante? (nuclear polyadenylated RNA-binding)? Arnaudus

Quand tu dis :

"En tout cas, tout ça reste moléculaire." "Un caractère est un trait observable au niveau moléculaire, cellulaire ou macroscopique, mais ça, c'est le phénotype, et ça ne concerne les gènes que de très loin."

Je considère cela comme très grave, et j'espère que tu n'es pas biologiste. Que le phénotype/caractère soit moléculaire, cellulaire, etc... IL RESTE ESSENTIEL et reste un caractère.

Tu ne peux pas dire "ça ne concerne les gènes que de très loin." et "En tout cas, tout ça reste moléculaire."

Regarde les gens qui ont la mutation "Ras Val12" (changement d'un unique acide aminé par un autre, c à dire un problème qui se passe à une échelle de l'ordre de l'angstroems au niveau de la protéine, soit 0.01 nm soit 1/100000000000 mètres). Cette mutation (changement d'acide aminé) entraine des cancers mortels, incurables. Ainsi, tu vas très bien, et puis un jour tes cellules déraillent. Tu vas très bien, tu as un visage souriant. Mais tes cellules déconnent, et tu meures en ayant (ou pas) une belle tête. Donc le caractère moléculaire n'est pas à négliger.

Les malades de la mucovicidose, qui, pareil, ont des mutations de quelques acides aminés dans un canal protéique qui permet de réguler les flux d'ions aux niveaux de la membrane pulmonaire : ces gens passent leur vie (trop courte) à cracher leurs poumons, à ne pas pouvoir respirer, et tout ça parce que leur gène possèdent 2 ou 3 mutations (je t'épargne l'échelle).

Et j'en passe et des pires. Un caractère/phénotype moléculaire, codé parfois directement par un gène, reste un caractère qui est parfois critique, malgré l'échelle de distance dans laquelle il s'exprime.

OK, mea culpa, je me suis mal exprimé, je reprends donc à 0.

J'entends par caractère quelque chose d'observable, quel que soit le niveau. Un caractère peut être la couleur des yeux (observation macroscopique) ou l'activité d'une enzyme (microscopique). Ca ne change pas le problème. L'état de ce caractère chez un individu donné est appelé le phénotype. Par exemple, si le caractère est couleur des yeux, l'état de ce caractère peut être bleu chez un individu, marron chez un autre, etc. Le phénotype d'un individu résulte d'une interaction complexe entre l'environnement et le génotype de cet individu. Le génotype est la combinaison d'allèles, pour un ou plusieurs gènes, portée par l'individu en question. Est-ce qu'on est d'accord sur les définitions?

J'ai l'impression que notre mésentente vient du flou de la définition de gène. Dis-le moi si je me trompe, mais je pense que tu dis ce que j'exprimerais par "L'état d'un caractère (par exemple, être atteint ou non par une maladie génétique) dépend directement de la combinaison des allèles d'un individu", ce qui est vrai. Là, on parle d'allèles, pas de gènes. Entre un individu atteint d'une maladie génétique et toi ou moi, nous avons les mêmes gènes, mais pas les mêmes allèles. Un gène, c'est une notion plus virtuelle qu'un allèle. On ne pourra jamais séquencer un gène, on ne séquencera jamais que des allèles. P. H. Gouyon et d'autres auteurs dont le nom m'échappe ont défini ça dans le bouquin "Les avatars du gène". Un gène est une abstraction, dont l'avatar (=incarnation matérielle) est l'allèle. Si j'en juge à ce que je connais, c'est le sens le plus courant associé au mot "gène". Bien sûr, on fait parfois des excès de langage (ex : le gène qui donne la maladie...), mais on devrait dire en fait "l'allèle qui donne la maladie". Est-ce que ces définitions sont celles que tu utilises habituellement? Si non, c'est certainement pour ça que nous avons du mal à nous comprendre...

Donc oui, un gène code pour un caractère, peu importe l'échelle à laquelle s'exprime ce caractère, il reste très important voire critique, et donc le lien gène -> caractère reste valable.

Et actuellement, avec la génétique inverse (c a dire le séquençage massif des génome, dont celui de l'humain) on est en plein dedans puisqu'on séquence et on cherche à savoir pour quoi code un gène repéré dans la masse d'inforamtion que constitue l'ADN d'un organisme.

Je ne veux pas être taquin, mais tu viens d'utiliser le mot "génome" conformément à ma définition :-)

"gène->protéine/ARN -> caractère (maladies moléculaires notamment)"

Bien sûr, tu as des maladies qui résultent de la conjonction de plusieurs caractères moléculaires : exemple, il a été montré que pour qu'une cellule devienne génératrice de tumeurs (et donc éventuellement de cancers), il faut l'accumulation d'un certains nombre de caractères moléculaires (défaut dans une voie de signalisation, comme le problème Ras Val12, défaut dans le maintien de la longueur des télomères, défaut dans les mécanisme de réparation de l'ADN, etc...).

Donc là, c la conjonction de tous ces caractères moléculaires (résultants de mutations dans plusieurs gènes) qui conduit au caractère : "j'ai une vilaine mine parce que je couve un cancer...".

La couleur des yeux = un caractère macroscopique, qui résulte de l'expression de centaines de caractères microscopiques (acteurs de la transcription, de la traduction, acteurs protéique du métabolisme, etc...). Mais dans tous les cas, tu peux descendre dans les échelles jusqu'à 1 gène -> 1 caractère.

J'ai vraiment du mal à comprendre le passage "gènes -> caractères". Prenons un gène, je ne sais pas, par exemple un gène qui code pour une sous-unité de la DNA polymerase. Selon le principe du "1 gène -> 1 caractère", ce gène devrait "entraîner" un caractère? Lequel? Je pense qu'on ne doit pas être d'accord sur les définitions, autrement, je ne vois pas.

En fait, mais je veux pas parler à ta place, je pense que tu veux dire "un état des gènes -> un état des caractères", autrement dit, "un génotype -> un phénotype". Bien entendu, je suis parfaitement d'accord avec ça.

Je soupçonne aussi que tu sous-entends la notion de déterminisme génétique. En fait, c'est une notion qui me semble complexe, beaucoup plus que ce qu'on pourrait penser. Par exemple, on pourrait se demander "combien de gènes interviennent dans le déterminisme du caractère "couleur de l'oeil"". Mais cette question, étrangement, doit être reposée : "combien de gènes interviennent dans la variation du caractère "couleur de l'oeil"". Sinon, on ne peut pas y répondre ! Sans ATPase, pas d'organisme, sans organisme, pas d'oeil, sans oeil, pas de couleur de l'oeil! Des milliers de gènes sont nécessaires à l'existence d'un caractère. Il faut donc se demander quels gènes sont susceptibles de faire varier la couleur de l'oeil. Mais la relation 1-1 que tu suggères me semble très étrange. L'état d'un gène va influencer de nombreux caractères, à tous les niveaux. D'ailleurs, le nombre de gènes est limité, alors que le nombre de caractères ne l'est pas : on peut regarder la couleur d'un oeil, sa forme, sa taille, le rapport entre la taille de la pupille et de la rétine, la couleur du blanc de l'oeil, la réfraction de la rétine, l'indice de réfraction du cristallin, bref, autant de caractères que l'on a d'idées. Tu parlais tout à l'heure de la mucoviscidose. Si on regarde le caractère "forme de la sous-unité je-ne-sais-pas-quoi du canal ionique", on va voir que l'état du gène en question va influencer l'état du caractère. Si on mesure l'activité du canal (c'est un autre caractère), on va aussi voir une influence. Si on mesure le taux de secrétion de l'épithélium des poumons, idem. Pareil pour l'espérance de vie. Certainement aussi la même chose sur la vitesse de la croissance, voire le taux de suicide (c'est un caractère quand on étudie certaines maladies neurologiques). Bon, tout ça pour dire que l'état d'un gène va influencer beaucoup de caractères.

Et inversement, ça ne fonctionne pas non plus. C'est évident pour les caractères multifactoriels, qui représentent tout de même les caractères les plus intéressants en médecine, en agronomie, etc. Mais c'est aussi le cas pour de nombreux autres caractères, même moléculaires : une enzyme peut être active ou non parce que l'individu porte des allèles codant pour une protéine non fonctionnelle, ou parce que l'activateur du gène codant pour l'enzyme ne fonctionne pas, ou parce que l'activateur de l'activateur ne fonctionne pas, etc. Toute expression d'une unique protéine dépend de nombreux autres gènes.

Par contre, il existe effectivement un caractère protéine->protéine : c'est le phénomène des prions.

Réécriture from scratch

J'ai modifié l'article sur les gènes pour le rendre plus homogène et plus précis. Certains paragraphes m'ont cependant semblé, disons, très flous, voire inexacts. Je les ai donc supprimés, mais je les recopie ici :

La correspondance non équivoque entre une séquence de l'ADN et la synthèse d'une protéine d'une part, et d'autre part la correspondance entre la présence de cette protéine et un caractère visible (couleur des yeux), reste un cas assez rare d'organisation de l'ADN.

L'analogie avec un "code" est d'ailleurs impropre car on a découvert dans les années 1960 (travaux de François Jacob et François Gros notamment) que la synthèse d'une protéine n'est pas toujours le fait d'un gène unique, et qu'un gène ne correspond pas toujours à la synthèse d'une et d'une seule protéine. De plus, des facteurs externes à la cellule interviennent également dans le processus de synthèse.

Nikoo Je suis d'accord avec les suppressions :

du paragraphe "la correspondance...." : n'apporte rien. du paragraphe "l'analogie...." : c un cas particulier.

Mais peut être réinséré justement par son caractère particulier pour montrer la complexité du vivant. En fait, ce n'est pas que "synthèse des protéines n'est pas toujours le fait d'un gène unique". C'est que certains objets, que l'on considéraient comme étant une seule protéine (ex: l'ATP synthase mitochondriale, le ribosome, etc...) sont en fait des complexes multiprotéiques codés par plusieurs gènes (ben oui, puisque chaque sous-unité du complexe étant codée par un gène).

Donc ça n'enlève en rien que un gène-> une protéine. Bon évidemment, il y a pleins de cas particuliers, avec certains virus notamment, qui synthétisent des polyprotéines à partir d'un seul gène et qu'ils clivent par la suite, mais tout ceci peut-être mis dans un encart de cas particuliers intéressant.

Mhhh... 1 gène (pas tous, pas les ARNt ou ARNr par exemple) -> 1 chaîne polypeptidique... Après, plusieurs chaînes peuvent s'assembler pour former une protéine (c'est la structure quaternaire). L'hémoglobine est une protéine, elle est portant formée de 2x2 chaînes polypeptidiques. D'autres chaînes sont trop courtes pour être appelées "protéines" et sont appelées "peptides", comme l'insuline. On a donc un gène, celui de l'insuline, qui code pour une chaine d'acides aminés qui n'est pas une protéine. La simplification 1 gène -> 1 protéine ne fonctionne donc pas dans tous les cas. Arnaudus 19 fév 2004 à 23:36 (CET)

Velà.

Tout ça pour dire que ce serait bien si tu laissais le fond (et souvent la forme) de ce que j'ai mis dans l'article sur lequel nous sommes en train de discuter. Mais je suis toujours ouvert à tes remarques/critiques/suggestions/questions de bio.

Ke viva Linux.