Corynebacterium
| Domaine | Bacteria |
|---|---|
| Règne | Bacillati |
| Phylum | Actinomycetota |
| Classe | Actinomycetes |
| Ordre | Mycobacteriales |
| Famille | Corynebacteriaceae |
- Turicella Funke et al. 1994
- Caseobacter Crombach 1978
- Bacterionema Gilmour et al. 1961
Corynebacterium (en français les Corynébactéries) est un genre de bacilles Gram positif de la famille des Corynebacteriaceae. Il comporte plusieurs espèces pathogènes au premier rang desquelles C. diphtheriae, espèce type du genre et agent infectieux principalement responsable de la diphtérie.
Ces bactéries sont très répandues dans l'environnement (air, sol, eau douce), chez l'animal (volailles, poissons) et l'être humain où elles abondent dans le microbiote cutané et dans certaines muqueuses.
Taxonomie
[modifier | modifier le code]La description du genre Corynebacterium est ancienne puisqu'il apparaît pour la première fois dans un atlas médical publié par K.B. Lehmann (en) et R.O. Neumann (en) en 1896[1]. Il fait partie des taxons admis dans la liste de validation publiée en 1980 par l'ICSB (ancêtre de l'ICSP) dans l'IJSB (ancêtre de l'IJSEM)[2].
En 2010, K.A. Bernard et al. proposent d'en amender la description pour y intégrer l'utilisation du citrate comme unique source de carbone par certaines souches[3]. En 2018, I. Baek et al. s'appuient sur la phylogénétique moléculaire pour démontrer que l'espèce Turicella otitidis est en réalité une Corynébactérie, faisant à nouveau de Corynebacterium l'unique genre de la famille des Corynebacteriaceae[4]. La même année, ces conclusions sont reprises dans une vaste étude de I. Nouioui et al. consacrée à la taxonomie du phylum Actinomycetota (anc. Actinobacteria)[5].
Caractéristiques bactériologiques
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Le genre Corynebacterium est décrit dans les ouvrages de référence tels que le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology[6] ou The Prokaryotes[7].
Morphologie
[modifier | modifier le code]Les Corynébactéries ont généralement l'aspect de bacilles rectilignes ou légèrement incurvés, courts ou de longueur moyenne, aux extrémités effilées[6]. Elles sont immobiles (en) et non sporulées. Certaines espèces présentent des formes particulières : bacilles elliptiques ou ovoïdes, dilatés à l'une ou aux deux extrémités (typique de C. diphtheriae), fins avec une série de renflements successifs (C. sundsvallense), voire même en « manche de fouet » (C. matruchotii).
Ces bactéries sont de forme irrégulière, en général de forme renflée à une extrémité (en massue). Leur mode de groupement particulier (en V, N, L ou en idéogrammes, en palissades) témoigne de leur division par fission binaire inégale. De plus, ils possèdent des granulations métachromatiques mises en évidence par la coloration d'Albert (absence de coloration).
Structure de la paroi
[modifier | modifier le code]Les Corynébactéries sont munies d'une paroi complexe, épaisse, riche en acides gras à longues chaînes, qui les rapproche des Mycobactéries.
Caractères biochimiques
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En 2014, toutes les espèces de Corynébactéries connues possèdent une catalase et la plupart sont dépourvues d'oxydase, à quelques exceptions près (par ex. C. doosanense, C. maris et C. nuruki)[7]. La plupart des espèces sont
Ils possèdent une catalase et sont, pour la plupart, aéro-anaérobies facultatifs. Certaines espèces sont anaérobies strictes, notamment C. acnes (Propionibacterium acnes) et C. minutissimum. L'identification s'effectue par les méthodes habituelles (API Coryne, Vitek2, spectrométrie de masse).
Leur paroi contient de l'acide méso-diaminopimélique (méso-DAP) comme acide aminé de jonction dans son peptidoglycane[réf. nécessaire]. Les principaux glucides présents dans la paroi sont l'arabinose et le galactose[réf. nécessaire]. Les acides gras cellulaires sont majoritairement les suivants : 18,1 ; 16 et 18,0[réf. nécessaire]. Leur GC% est compris entre 51 et 63.
Culture
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Les Corynebacterium sont peu exigeants : ils sont cultivés sur milieu ordinaire et certaines espèces préférentiellement sur gélose au sang, donnant des colonies de type R sans relief. Certaines espèces sont lipophiles (elles nécessitent des lipides pour leur croissance).
En microbiologie clinique, deux types de milieux de culture sont utilisés pour isoler les Corynébactéries du « complexe Corynebacterium diphtheriae » responsables de la diphtérie[8] :
- les prélèvements, toujours polymicrobiens puisqu'ils proviennent de sites muqueux et cutanés non stériles, doivent être inoculés sur des milieux sélectifs au tellurite de potassium (en) conçus à cet effet : gélose Hoyle, gélose Tinsdale ou CTBA ;
- un milieu enrichi non sélectif tel que le milieu Loeffler peut leur être associé pour favoriser la croissance des Corynébactéries et l'expression par C. diphtheriae du phénotype typique utile au diagnostic.
Comparaison avec les genres voisins
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Pathogénicité
[modifier | modifier le code]Diphtérie et complexe Corynebacterium diphtheriae
[modifier | modifier le code]Le « complexe Corynebacterium diphtheriae » regroupe les espèces du genre Corynebacterium susceptibles de produire la toxine diphtérique et donc de présenter la pathogénicité caractéristique de la diphtérie humaine : il s'agit classiquement de C. diphtheriae, C. pseudotuberculosis et C. ulcerans[9], encore citées comme les trois seules espèces toxinogènes du genre dans la deuxième édition du Bergey's Manual of Systematic Bacteriology en 2012[6]. Néanmoins la présence du gène tox, qui conditionne la possibilité pour une Corynébactérie de produire la toxine, a été démontrée chez des espèces plus récemment décrites[10],[11] telles que C. belfantii[12], C. rouxii[13], C. silvaticum[14] et C. ramonii[15].
En France, un Centre National de Référence (CNR) hébergé par l'Institut Pasteur assure les missions d'expertise, de conseil, de surveillance épidémiologique et le cas échéant d'alerte aux autorités de santé publique en rapport avec ces Corynébactéries[16].
Autres formes de pathogénicité
[modifier | modifier le code]De nombreuses espèces de Corynébactéries pathogènes pour l'être humain peuvent provoquer des infections sans rapport avec la diphtérie[17]. Une revue bibliographique publiée en 2012 a répertorié un double spectre d'espèces « fréquemment » isolées (au sens de plus de 10 occurrences dans la littérature) et de manifestations cliniques[18]. Il en ressort que les bactéries impliquées appartiennent aussi bien au complexe diphteriae qu'à d'autres espèces (C. afermentans, C. amycolatum, C. jeikeium, C. macginleyi, C. minutisimum, C. pseudodiphtheriticum, C. striatum, C. urealyticum, C. xerosis etc.) et qu'elles sont principalement responsables de bactériémies, d'abcès, de dermohypodermites, mais aussi plus rarement d'endocardites infectieuses, de méningites, de péritonites, d'adénites etc.
En tant que représentants du microbiote cutané humain normal, les Corynébactéries sont naturellement susceptibles de souiller les hémocultures si la ponction veineuse n'est pas effectuée dans de parfaites conditions d'asepsie. Leur isolement dans ce type de prélèvements doit donc amener à discuter au cas par cas leur pathogénicité réelle, en tenant compte de l'espèce identifiée et du contexte clinique précis[19],[20].
Deux présentations dermatologiques spécifiques sont imputables à des Corynébactéries :
- l'érythrasma, une dermatose des plis causée par C. minutissimum ;
- la trichobactériose, dermatose de la peau pileuse due à différentes espèces de Corynébactéries dont C. flavescens.
Listes d'espèces
[modifier | modifier le code]Espèces reclassées (synonymes) Selon la LPSN (26 novembre 2022)[21] les espèces suivantes ont été reclassées au sein du genre Corynebacterium :
D'autres espèces ont été reclassées vers le genre Clavibacter (fam. Microbacteriaceae) :
D'autres espèces encore ont été reclassées vers le genre Curtobacterium (fam. Microbacteriaceae) :
D'autres encore, vers le genre Rathayibacter (fam. Microbacteriaceae) :
D'autres encore, vers le genre Rhodococcus (fam. Nocardiaceae) :
D'autres espèces, enfin, ont été reclassées dans des genres divers :
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Notes et références
[modifier | modifier le code]- ↑ Lehman KB & Neumann RO. Lehmann's Medicin, Handatlanten, Band X (Atlas und Grundriss der Bakteriologie und Lehrbuch der speziellen bakteriologischen Diagnostik. Theil II: Text). München : J.F. Lehmann (ed.), 1896, p. 350. Accès libre (ouvrage en allemand).
- ↑ Skerman VBD et al. « Approved Lists of Bacterial Names » Int J Syst Bacteriol. 1980;30(1):225-420 DOI 10.1099/00207713-30-1-225
- ↑ Bernard KA et al. « Assignment of Brevibacterium stationis (ZoBell and Upham 1944) Breed 1953 to the genus Corynebacterium, as Corynebacterium stationis comb. nov., and emended description of the genus Corynebacterium to include isolates that can alkalinize citrate » Int J Syst Evol Microbiol. 2010;60(4):874–879 . DOI 10.1099/ijs.0.012641-0
- ↑ Baek I et al. « Phylogeny trumps chemotaxonomy: a case study involving Turicella otitidis » Front Microbiol. 2018;30(9):834. DOI 10.3389/fmicb.2018.00834
- ↑ Nouioui I et al. « Genome-based taxonomic classification of the phylum Actinobacteria » Front Microbiol. 2018;22(9):2007 DOI 10.3389/fmicb.2018.02007
- Bernard KA & Funke G « Genus I. Corynebacterium » in: Goodfellow M et al. (eds.) Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 5, part A (The Actinobacteria). New York : Springer, 2nd ed, 2012, p. 245. (ISBN 978-0-387-68233-4)
- Tauch A & Sandbote J « 12 The Family Corynebacteriaceae » in: Rosenberg E et al. The Prokaryotes: Actinobacteria. Berlin : Springer, 4th ed, 2014, p. 239 (ISBN 978-3-642-30139-1) DOI 10.1007/978-3-642-30138-4_187
- ↑ World Health Organization. WHO laboratory manual for the diagnosis of diphtheria and other related infections. Genève : OMS, 2022. (ISBN 978-92-4-003805-9) Accès libre.
- ↑ Riegel P et al. « Taxonomy of Corynebacterium diphtheriae and related taxa, with recognition of Corynebacterium ulcerans sp. nov. nom. rev » FEMS Microbiol Lett. 1995;126(3):271-276. DOI 10.1111/j.1574-6968.1995.tb07429.x
- ↑ Prygiel M et al. « New Corynebacterium species with the potential to produce diphtheria toxin » Pathogens 2022;11(11):1264. DOI 10.3390/pathogens11111264
- ↑ Burkovski A et al. « Proteomics of toxigenic Corynebacteria » Proteomes 2024;12(1):2. DOI 10.3390/proteomes12010002
- ↑ Dazas M et al. « Taxonomic status of Corynebacterium diphtheriae biovar Belfanti and proposal of Corynebacterium belfantii sp. nov » Int J Syst Evol Microbiol. 2018;68(12):3826-3831. DOI 10.1099/ijsem.0.003069
- ↑ Badell E et al. « Corynebacterium rouxii sp. nov., a novel member of the diphtheriae species complex » Res Microbiol. 2020;171(3-4):122-127. DOI 10.1016/j.resmic.2020.02.003
- ↑ Dangel A et al. « Corynebacterium silvaticum sp. nov., a unique group of NTTB corynebacteria in wild boar and roe deer » Int J Syst Evol Microbiol. 2020;70(6):3614–3624 DOI 10.1099/ijsem.0.004195
- ↑ Crestani C et al. « Corynebacterium ramonii sp. nov., a novel toxigenic member of the Corynebacterium diphtheriae species complex » Res Microbiol. 2023;174(7):104113 DOI 10.1016/j.resmic.2023.104113
- ↑ Site officiel du CNR : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/corynebacteries-du-complexe-diphteriae (consulté le 25/04/2025).
- ↑ Riegel P « Actualités de l′épidémiologie et du rôle pathogène des corynébactéries » Antibiotiques 2006;8(3):153-161. DOI 10.1016/S1294-5501(06)70815-9
- ↑ Bernard K « The genus Corynebacterium and other medically relevant coryneform-like bacteria » J Clin Microbiol. 2012;50(10):3152–3158. DOI 10.1128/JCM.00796-12
- ↑ Bläckberg A et al. « Infective endocarditis due to Corynebacterium species: clinical features and antibiotic resistance » Open Forum Infect Dis. 2021;8(3):ofab055.DOI 10.1093/ofid/ofab055
- ↑ Rasmussen M et al. « From contamination to infective endocarditis—a population-based retrospective study of Corynebacterium isolated from blood cultures » Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2019;39(1):113–119. DOI 10.1007/s10096-019-03698-6
- List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 26 novembre 2022.
