Archaea (classification phylogénétique)

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Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Archaea (Archaebacteria, Archébactéries, Archées), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa), telles que les dernières analyses reconnues les proposent. Ce n'est qu'une possibilité, et les principaux débats qui subsistent au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés ci-dessous, avant la bibliographie.

Arbre phylogénétique[modifier | modifier le code]

Le cladogramme présenté ici se veut cohérent avec les dernières analyses publiées et accessibles. Il n'est pas forcément consensuel, et on peut toujours se référer à la bibliographie indiquée au bas de l'article.

Le symbole renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré. Tout nœud de l'arbre portant plus de deux branches montre une indétermination de la phylogénie interne du groupe considéré.

Les habitudes typographiques des botanistes et des zoologistes sont différentes. Ici, par commodité de lecture, et certains groupes actuels relevant des deux domaines traditionnels, les noms de taxons supérieurs au genre sont tous écrits en caractères droits, les noms de genres ou d'espèces en italiques.

À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien ; (Edi) : Édiacarien. Pour plus de précision si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.



└─o Archaebacteria ou Archaea
  ├─o Thaumarchaeota
  │ ├─o Cenarchaeales
  │ ├─o Nitrosopumilales
  │ └─? Nitrosocaldales
  └─o
    ├─o
    │ ├─o Korarchaeota
    │ └─o Crenarchaeota ou Eocyta
    │   ├─o Thermoproteales
    │   │ ├─o Thermoproteaceae
    │   │ └─o Thermofilaceae
    │   └─o
    │     ├─o Sulfolobales
    │     └─o
    │       ├─? Fervidicoccales
    │       ├─o Acidilobales
    │       │ ├─o Caldisphaeraceae
    │       │ └─o Acidilobaceae
    │       └─o Desulfurococcales ou Igneococcales
    │         ├─o Desulfurococcaceae
    │         └─o Pyrodictiaceae
    └─o Euryarchaeota
      ├─? groupes "ARMAN"
      ├─o Nanoarchaeota
      ├─? Nanohaloarchaea
      └─o
        ├─o Thermococcales
        └─o
          ├─o
          │ ├─o Methanopyrales
          │ └─o
          │   ├─o Methanobacteriales
          │   │ ├─o Methanobacteriaceae
          │   │ └─o Methanothermaceae
          │   └─o Methanococcales
          │     ├─o Methanococcaceae
          │     └─o Methanocaldococcaceae
          └─o
            ├─o Thermoplasmatales ou Picrophilales
            │ ├─o Thermoplasmataceae
            │ └─o
            │   ├─o Picrophilaceae
            │   └─o Ferroplasmataceae
            └─o
              ├─o Archaeoglobales
              └─o
                ├─o Halobacteriales
                └─o Methanomicrobia
                  ├─o Methanosarcinales
                  │ ├─o Methanosarcinaceae
                  │ ├─o Methanosaetaceae
                  │ └─o Methermicoccaceae
                  ├─o Methanocellales
                  └─o Methanomicrobiales
                    ├─o Methanospirillaceae
                    ├─o Methanocorpusculaceae
                    └─o Methanomicrobiaceae

Débat scientifique relatif à la phylogénie des Archaea[modifier | modifier le code]

Si, aujourd'hui, malgré la grande distance séparant les deux principales divisions archéennes, la monophylie du groupe semble acquise (contre l'enracinement des Eucaryotes au sein des Éocytes), la question controversée est celle de l'origine des bactéries méthanogènes : caractère apparu une seule fois tardivement (cf. Gao et Gupta), ou bien une seule fois à la base des Euryarchées (et perdu dans certains groupes ensuite), ou bien à plusieurs reprises. La découverte de nouvelles Archées qui ont vraisemblablement divergé à la base de l'arbre, ou des « nanoorganismes acidophiles archéens de la mine de Richmond » (dits ARMAN), permet de mieux entrevoir la diversité du groupe, en attendant une vue satisfaisante sur sa phylogénie.

Classification selon Cavalier-Smith[modifier | modifier le code]

Classification selon le Bergey's[modifier | modifier le code]

Classification selon Gao et Gupta[modifier | modifier le code]

Cet arbre a été établi en fonction de la présence de certaines protéines spécifiques dans les différents groupes.

En savoir plus[modifier | modifier le code]

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Sources bibliographiques de référence[modifier | modifier le code]

Autres sources bibliographiques[modifier | modifier le code]

Sources internet[modifier | modifier le code]

Articles connexes[modifier | modifier le code]