Appareil de PCR en temps réel

Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.
Sauter à la navigation Sauter à la recherche

Un appareil de PCR en temps réel est un thermocycleur couplé à un spectrofluorimètre (système optique de détection de la fluorescence générée lors des réactions de PCR en temps réel).

Fabricants[modifier | modifier le code]

Systèmes à tubes capillaires[modifier | modifier le code]

La société Roche commercialise le Light-CyclerTM. Un "carrousel" porte jusque 32 tubes capillaires en verre et d'une contenance de 20 µl, et tourne dans une chambre non-éclairée de forme circulaire. Les paliers de température sont effectués par le biais d'un courant d'air chaud. L'appareil est capable d'élever ou de baisser sa température de chambre de 20 °C par seconde.

Il y a une lampe d'excitation diffusant une lumière de 530 nm de longueur d'onde et un intégrateur capable de récupérer le signal correspondant à la lumière d'émission de la fluorescence générée à 5 longueurs d'onde différentes.

La suite logicielle permet de faire de la quantification de façon absolue ou de façon relative.

Les derniers appareils sont les versions Light-Cycler 2.0.

Systèmes à plaques 96 puits[modifier | modifier le code]

Les systèmes de PCR temps réel pour plaque de 96 puits sont les plus répandus au sein de la communauté d'utilisateur. Les consommables sont disponibles chez de nombreux fournisseurs, leur utilisation étant simple ainsi que la manipulation des plaques. Les plastiques et les films collants sont de qualité optique pour ne pas perturber la détection par des phénomènes parasites. Les récentes machines ont progressé dans les temps de montée et descente en température des thermocycles, utilisant ainsi de nouvelles Taq polymérases plus tolérantes envers ces changements de température rapides. De même, les dernières machines proposent plus de canaux de détection pour laisser la possibilité à l'utilisateur de réaliser des croisements de fluorochromes plus larges (entre 4 et 5 couleurs possibles différentes par machine).

Ci-dessous une liste non-exhaustive de différents fabricants et leur machine respective:

  • Agilent : le Stratagene MX-4000, Mx-3000 et 3005
  • Applied Biosystems : les ABI Prism 7700, 7900 et 7000
  • BIOTECON Diagnostics
  • Bio-Rad avec le iCycler IQ, le IQ5 (5 couleurs), les MyIQ et MyIQ2 (1 et 2 couleurs), Mini Opticon, Chromo4 (ex-MJ research), le CFX96 (5 couleurs)
  • Biomérieux
  • Cepheid: le SmartCycler (16x6 tubes)
  • Eppendorf : Realplex (2 ou 4 couleurs)
  • Roche : LightCycler 480
  • Abbott : Abbott m2000rt

Système à rotor[modifier | modifier le code]

Qiagen commercialise le RotorGene Q, thermocycleur avec un rotor qui tourne afin de lire les différents puits. Ils peuvent lire 36, 72 ou 100 tubes, selon le rotor. Comme le LightCycler, il fonctionne à air pulsé. C'est un appareil beaucoup plus simple (et donc plus fiable) que ceux à plaques 96 puits car :

  • il utilise un système de LED sans jeux de miroirs afin de lire la fluorescence.
  • il n'utilise pas de bloc à Effet Peltier

Le RotorGene Q est disponible avec deux à six canaux de lecture. Il propose également une technologie de courbe de fusion à haute résolution (HRM) disponible grâce aux technologies air pulsé et rotor, qui assure une plus grande homogénéité de température que la plupart des appareils utilisant des blocs 96 à effet peltier.

Le RotorGene a reçu le prix Frost & Sullivan 2006 (Technology Innovation Award, North America).

Système à disques[modifier | modifier le code]

Développé par la société GeneSystems (Bruz, France) qui commercialise un automate de qPCR (GeneDiscCycler) fonctionnant avec un disque jetable prêt à l'emploi (GeneDisc). Chaque GeneDisc contient 36 puits pré-remplis par l'industriel avec les réactifs nécessaires selon le type d'ADN amplifié. Ces 36 puits forment six secteurs identiques permettant une analyse par secteur. L'extrait d'ADN à analyser est directement chargé dans un secteur et il se répartit dans les six puits (deux témoins positifs, trois répétitions de l'analyse et un témoin négatif). Cet automate est couplé à un autre automate d'extraction d'ADN, le GeneExtract.