Soi (biologie)
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Le soi d'un individu est défini par des récepteurs du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH, nommé HLA chez l'Homme) présents sur la membrane de ses cellules, associés aux fragments peptidiques qu'ils présentent.
Chaque cellule est divisée en compartiments dont la position et la forme sont fixées par les molécules qui se fixent à son cytosquelette. La position des différentes protéines au sein de chaque compartiment ainsi que leur forme est programmée directement ou indirectement par le patrimoine génétique exprimé par chaque cellule. L'action, la position et les flux de toutes les molécules de chaque compartiment sont alors précisément gérés par l'activité enzymatique des protéines ainsi réparties.
Quand un compartiment ne remplit plus les tâches qui lui sont dévolues (résultant souvent en la mauvaise conformation de protéines qu'il aurait dû utiliser ou modifier) ; lorsque des protéines s'accumulent (infection par un virus qui détourne la machinerie de la cellule afin de produire ses propres protéines) et/ou sont non fonctionnelles ; et de manière générale une fraction de toutes les protéines produites ; ces protéines sont acheminées dans un complexe enzymatique qui les coupe en morceaux : le protéasome.
Puis les fragments peptidiques ainsi générés sont transportés jusqu'à la surface de la cellule, à travers sa membrane. Là, les récepteurs CD de surface des globules blancs ou de macrophages, ou les anticorps circulant dissous dans le milieu extracellulaire se fixent sur ce couple récepteur du CMH-fragment peptidique : c'est la « présentation des antigènes ».
En fonction de la molécule HLA exprimée par cette cellule, les globules blancs déterminent alors s'ils doivent ou non détruire cette cellule (cas du récepteur CMH I), ou s'ils doivent renforcer la réaction immunitaire (cas du récepteur CMH II, propre aux cellules présentatrices d'antigènes « professionnelles ». Dans le cas des lymphocytes NK (natural killer), c'est l'absence de molécule du soi (récepteurs CMH) qui déclenche la réponse immunitaire.