L'île de Madagascar semble n’avoir été occupée par l’homme que très tardivement, autour du début de notre ère. Tout permet de penser que les premiers découvreurs étaient des navigateurs originaires de l’actuelle Indonésie.
Plus précisément, du sud de l’île de Bornéo ou Kalimantan où on trouve toujours pratiquées par les peuples dayaks de l’intérieur (comme notamment les Ma’anyan), des langues étroitement apparentées à celles parlées à Madagascar. Cette navigation des peuples malayo-polynésiens (ou nusantariens) dans l'océan Indien représente le pendant occidental d’un vaste mouvement de populations commencé depuis au moins le troisième millénaire avant notre ère dans l'océan Pacifique.
Elle fut rendue possible grâce une maîtrise précoce de l’art de la navigation, caractérisée notamment par l’utilisation des vaisseaux multicoques et des embarcations à balanciers.
D’après les sources chinoises remontant aux premiers siècles de notre ère, les plus grands de ces vaisseaux pouvaient transporter un millier de passagers et des centaines de tonnes de marchandises. Ces premiers occupants asiatiques de Madagascar maîtrisaient la métallurgie, y compris celle du fer, la riziculture et le tissage de la soie. Outre le riz, ils transportaient avec eux nombre de plantes cultigènes d’Asie du Sud-Est comme notamment la banane, le cocotier, l'igname, le taro, la canne à sucre.
Il semble également que ces navigateurs indonésiens aient possédé des établissements sur les côtes africaines où commençaient à pénétrer des populations bantoues, venues de l’intérieur du continent. On a pu alors émettre l’hypothèse que l’introduction des plantes asiatiques a joué un rôle important dans l’explosion démographique à l’origine de cette expansion bantoue.
L’histoire de Madagascar durant le premier millénaire de notre ère nous est encore très mal connue.
On peut seulement supposer que l’île joua un rôle important dans le commerce, notamment des épices, entre l’Asie du Sud-Est et le Moyen-Orient, directement ou via les côtes africaines. Le commerce des esclaves n’en fut pas non plus absent puisque d’une part, on trouve mention de la présence d’esclaves africains (zenj ou zandj) offerts par des Javanais à la cour de Chine au début du IXe siècle, et de l’autre, Madagascar même commença à connaître une africanisation de sa population.
Cette présence africaine dans l’île ne semble cependant devenir massive qu’à partir du IXe siècle, sous l’impulsion du commerce musulman. Avec en effet l’arrivée de l'islam, les Arabes supplantent rapidement les Indonésiens des côtes africaines et étendent par la suite leur contrôle sur les îles Comores et certaines parties des côtes de Madagascar. Parallèlement, sous la concurrence conjointe des nouvelles puissances maritimes chinoises (Song) et sud-indiennes (Chola), les thalassocraties indonésiennes connaissent un déclin rapide, même si les Portugais trouvent encore des marins javanais à Madagascar lorsqu'ils y abordent au XVIe siècle. Tout ceci entraîna l’isolement relatif de Madagascar qui ne fut plus fréquenté, de l’extérieur, que par les commerçants musulmans.
