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Dijon fait partie du réseau des villes santé de l'OMS. Elle compte un Centre communal d'action sociale, un SAMU, un CHU, plusieurs cliniques, dont les plus importantes sont Sainte-Marthe et Drevon, un Centre régional de lutte contre le cancer, un pôle de recherche médicale et de nombreux cabinets de professionnels de la santé.

Le centre hospitalier universitaire Dijon-Bourgogne est composé de 1 788 lits et places avec 7 319 collaborateurs, ce qui en fait le plus gros employeur de la région Bourgogne Franche comté. Il se compose de l'hôpital François Mitterrand, du centre gériatrique de Champmaillot et de La Mirandière (unité de soins palliatifs).