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Le rationalisme est la doctrine qui pose la raison comme source principale de toute connaissance vraie de la réalité. Certains croyants peuvent être rationalistes, à condition que leur croyance soit basé sur la Raison. Tandis que la plupart des athées sont rationalistes et considèrent qu'il n'y a pas d'argument rationnel en faveur de la croyance en un Dieu.
La science nous donne les moyens de parvenir, au moins jusqu'à un certain point, à la connaissance du monde naturel. Descartes prétendait que l'on pouvait atteindre avec certitude la vérité par les lumières naturelles, "sans les lumières de la foi". Cependant, la plupart des penseurs déistes (comme Kierkegaard) considèrent que la raison est limitée tandis que la foi nous amènerait à une connaissance suprême. La croyance en un principe divin n'est manifestement pas entièrement rationnelle.