Paraphylie
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En systématique, un groupe est dit paraphylétique quand il ne rassemble pas tous les descendants d'une espèce souche. Contrairement à la polyphylie, le groupe paraphylétique est fondé sur une similitude héritée d'un ancêtre commun (homologie). L'exclusion de certaines lignées nécessite de considérer les états ancestraux de certains caractères (encore appelé symplésiomorphie, voir cladistique) par opposition à leurs états dérivés (ou synapomorphie) dans les lignées exclues.
Le groupe des reptiles en est un exemple : les crocodiliens sont généalogiquement plus proches des oiseaux (Aves) que des autres sauropsides (chéloniens, squamates et sphénodontiens). Cependant les crocodiliens sont inclus dans les reptiles avec les autres sauropsides cités, alors que les « oiseaux » en sont exclus. L'ancêtre commun le plus proche à tous les reptiles est également l'ancêtre commun le plus proche des oiseaux et des reptiles. Les reptiles ainsi définis sont donc paraphylétiques.
Sauropsides ├─Chéloniens-------------------| │ | └─Diapsides--------------------| ├─Lépidosauriens-----------| │ ├─Squamates-----------| « Reptiles » │ └─Sphénodontiens------| │ | └─Archosauriens | ├─Crocodiliens--------| └─Oiseaux
Note : Les amphibiens, les poissons et les invertébrés sont d'autres exemples de groupes paraphylétiques.
Statut de la paraphylie
Pour les cladistes, les taxons paraphylétiques sont inacceptables dans la classification. Au contraire pour les évolutionnistes il n'y a aucun problème dans le fait d'accepter de tels taxons. Selon la définition qui en est donnée (voir l'article Monophylie), la paraphylie est parfois considérée comme une forme de monophylie.
