Liste d'espèces archéeennes dont le génome est séquencé

Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.
Aller à : navigation, rechercher

Cet article présente une liste (qui peut ne pas être à jour) d'espèces d'Archées dont le génome a été séquencé.

Liste[modifier | modifier le code]

Espèces archéeenes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Nombre de paires de bases Nombre de gènes Base de donnée de dépôt Numéro d'entrée
Aeropyrum pernix[1] K1 1,669,695 2,694 EMBL/GenBank/DDBJ AP000058-AP000064
Archaeoglobus fulgidus[2] DSM4304 2,178,400 2,436 GenBank AE000782
Haloarcula marismortui[3] ATCC43049 (total) 4,274,642 (total) 4242 (total) GenBank AY596290–AY596298[4]
Chromosome I 3,131,724 AY596298
Chromosome II 288,050 AY5962907
réplicon pNG700 410,554 AY596296
réplicon pNG600 155,300 AY596295
réplicon pNG500 155,300 AY596294
réplicon pNG400 155,300 AY596293
réplicon pNG300 155,300 AY596292
réplicon pNG200 33,452 AY596291
réplicon pNG100 33,303 AY596290
Halobacterium species[5] NRC-1 (chromosome) 2,014,239 2,111 GenBank AE004437
NRC-1
(réplicon pNRC100)
191,346 197 AF016485
NRC-1
(réplicon pNRC200)
365,425 374 AE004438
Methanobacterium thermoautotrophicum[6] delta-H 1,751,377 1,855 GenBank AE000666
Methanocaldococcus jannaschii[7] DSM2661 (1 chromosome circulaire + 1 grand ECE circulaire + 1 petit ECE circulaire) 1,664,976+58,407+16,550 1,738=1682+44+12 Genome Sequence Database[réf. nécessaire] L77117, L77118, L77119
Methanococcoides burtonii[8] DSM 6242 2,575,032 2,273 GenBank (autres ?) CP000300
Methanococcus maripaludis[9] S2 1,661,137 1,722 EMBL/GenBank/DDBJ/ORNL[10] BX950229
Methanopyrus kandleri[11] AV19 1,694,969 1,692 GenBank AE009439
Methanosarcina acetivorans[12] C2A 5,751,492 4,524 GenBank AE010299
Methanosarcina barkeri[13] Fusaro
(Chromosome)
4,837,408 3,680 GenBank/JGI IMG[14] GenBank:NC_007355
JGI:623520000
Fusaro
(Plasmide)
36,358 18 GenBank:NC_007349
JGI: 623520000
Methanosarcina mazei[15] Goe1 4,096,345 3,371 ERGO[16]/GenBank/G2L[17] GenBank: AE008384
Methanosphaera stadtmanae[18] DSM3091 1,767,403 1,534 EMBL/GenBank/DDBJ CP000102
Methanospirillum hungatei[19]


(pas de publication)

JF-1 3,544,738 3,304 GenBank NC_007796
Nanoarchaeum equitans[20] Kin4M 490,885 552 EMBL/GenBank/DDBJ AACL01000000
Natronomonas pharaonis[21] DSM 2160
(chromosome)
2,595,221 2,675 EMBL CR936257
DSM 2160
(réplicon PL131)
130,989 132 CR936258
DSM 2160
(réplicon PL23)
23,486 36 CR936259
Picrophilus torridus[22] DSM9790 1,545,900 1,535 GenBank AE017261
Pyrobaculum aerophilum[23] IM2 2,222,430 2,587 GenBank AE009441
Pyrococcus abyssi[24]


(pas de publication)

GE5 1,765,118 1,788[25] EMBL AL096836
Pyrococcus furiosus[26] DSM3638 1,908,256[27] 2228[27] GenBank AE009950[27]
Pyrococcus horikoshii[28] OT3 1,738,505 2,061 EMBL/GenBank/DDBJ AP000001-AP000007
Sulfolobus acidocaldarius[29] DSM639 2,225,959 2,292 EMBL/GenBank/Sulfolobus database[30] GenBank/EMBL:CP000077
Sulfolobus solfataricus[31] P2 2,992,245 2,995 EMBL/GenBank AE006641
Sulfolobus tokodaii[32] 7 2,694,756 2,826 EMBL/GenBank/DDBJ AP000981–AP000990
Thermococcus kodakaraensis[33] KOD1 2,088,737 2,306 EMBL/GenBank/DDBJ AP006878
Thermoplasma acidophilum[34] DSM1728 1,564,905 1,509 EMBL AL139299
Thermoplasma volcanium[35] GSS1 1,584,799 5,321 (mais voir discussion dans l'article source) GenBank AP000991–AP000996

Notes et références[modifier | modifier le code]

(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « List of sequenced archaeal genomes » (voir la liste des auteurs)

  1. (en) Kawarabayasi Y, Hino Y, Horikawa H, et al., « Complete genome sequence of an aerobic hyper-thermophilic crenarchaeon, Aeropyrum pernix K1 », DNA Res., vol. 6, no 2,‎ avril 1999, p. 83–101, 145–52 (PMID 10382966, DOI 10.1093/dnares/6.2.83, lire en ligne)
  2. (en) Klenk HP, Clayton RA, Tomb JF, et al., « The complete genome sequence of the hyperthermophilic, sulphate-reducing archaeon Archaeoglobus fulgidus », Nature, vol. 390, no 6658,‎ novembre 1997, p. 364–70 (PMID 9389475, DOI 10.1038/37052)
  3. (en) Baliga NS, Bonneau R, Facciotti MT, et al., « Genome sequence of Haloarcula marismortui: a halophilic archaeon from the Dead Sea », Genome Res., vol. 14, no 11,‎ novembre 2004, p. 2221–34 (PMID 15520287, PMCID 525680, DOI 10.1101/gr.2700304, lire en ligne)
  4. (en) Genome Research, « Correction for Volume 14, p. 2221 », Genome Research, vol. 14, no 12,‎ décembre 2004, p. 2510 (ISSN 1088-9051/04, lire en ligne)
  5. (en) Ng WV, Kennedy SP, Mahairas GG, et al., « Genome sequence of Halobacterium species NRC-1 », Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., vol. 97, no 22,‎ octobre 2000, p. 12176–81 (PMID 11016950, PMCID 17314, DOI 10.1073/pnas.190337797, lire en ligne)
  6. (en) Smith DR, Doucette-Stamm LA, Deloughery C, et al., « Complete genome sequence of Methanobacterium thermoautotrophicum deltaH: functional analysis and comparative genomics », J. Bacteriol., vol. 179, no 22,‎ novembre 1997, p. 7135–55 (PMID 9371463, PMCID 179657, lire en ligne)
  7. (en) Bult CJ, White O, Olsen GJ, et al., « Complete genome sequence of the methanogenic archaeon, Methanococcus jannaschii », Science (journal), vol. 273, no 5278,‎ août 1996, p. 1058–73 (PMID 8688087, DOI 10.1126/science.273.5278.1058, résumé)
  8. (en) Michelle A; Allen, Federico M; Lauro, Timothy J; Williams, Dominic Burg, Khawar S; Siddiqui, Davide De Francisci, Kevin W. Y. Chong, Oliver Pilak, Hwee H. Chew et al., « The genome sequence of the psychrophilic archaeon, Methanococcoides burtonii: the role of genome evolution in cold adaptation », The ISME Journal, vol. 3, no 9,‎ septembre 2009, p. 1012-1035 (ISSN 1751-7362, DOI 10.1038/ismej.2009.45, résumé)
  9. (en) E. L. Hendrickson, R. Kaul, Y. Zhou, D. Bovee, P. Chapman, J. Chung, E. C. de Macario, J. A. Dodsworth, W. Gillett et al., « Complete genome sequence of the genetically tractable hydrogenotrophic methanogen Methanococcus maripaludis », Journal of bacteriology, vol. 186, no 20,‎ octobre 2004, p. 6956-6969 (ISSN 0021-9193, DOI 10.1128/JB.186.20.6956-6969.2004, lire en ligne)
  10. « Séquence et annotation du génome de Methanococcus maripaludis sur le site de l'Oak Ridge National Laboratory (ORNL) » (consulté le 25 septembre 2009)
  11. (en) Slesarev AI, Mezhevaya KV, Makarova KS, et al., « The complete genome of hyperthermophile Methanopyrus kandleri AV19 and monophyly of archaeal methanogens », Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., vol. 99, no 7,‎ avril 2002, p. 4644–9 (PMID 11930014, PMCID 123701, DOI 10.1073/pnas.032671499, lire en ligne)
  12. (en) Galagan JE, Nusbaum C, Roy A, et al., « The genome of M. acetivorans reveals extensive metabolic and physiological diversity », Genome Res., vol. 12, no 4,‎ avril 2002, p. 532–42 (PMID 11932238, PMCID 187521, DOI 10.1101/gr.223902, lire en ligne)
  13. (en) Dennis L. Maeder, Iain Anderson, Thomas S. Brettin, David C. Bruce, Paul Gilna, Cliff S. Han, Alla Lapidus, William W. Metcalf, Elizabeth Saunders et al., « The Methanosarcina barkeri genome: Comparative analysis with Methanosarcina acetivorans and Methanosarcina mazei reveals extensive rearrangement within methanosarcinal genomes », Journal of bacteriology, vol. 188, no 22,‎ novembre 2006, p. 7922-7931 (ISSN 0021-9193, DOI 10.1128/JB.00810-06, lire en ligne)
  14. « Site de l'Integrated Microbial Genome (IMG), du Joint Genome Institute (JGI) » (consulté le 25 septembre 2009)
  15. (en) Deppenmeier U, Johann A, Hartsch T, et al., « The genome of Methanosarcina mazei: evidence for lateral gene transfer between bacteria and archaea », J. Mol. Microbiol. Biotechnol., vol. 4, no 4,‎ juillet 2002, p. 453–61 (PMID 12125824, lire en ligne)
  16. Integrated Genomics, « Site internet de l'Integrated Genomics (IG), développeur de la plateforme d'analyse de génomes ERGO » (consulté le 25 septembre 2009)
  17. Université de Göttingen, « Base de donnée du Laboratoire de Génomique de Göttingen (G2L) » (consulté le 25 septembre 2009)
  18. (en) Fricke WF, Seedorf H, Henne A, et al., « The genome sequence of Methanosphaera stadtmanae reveals why this human intestinal archaeon is restricted to methanol and H2 for methane formation and ATP synthesis », J. Bacteriol., vol. 188, no 2,‎ janvier 2006, p. 642–58 (PMID 16385054, PMCID 1347301, DOI 10.1128/JB.188.2.642-658.2006, lire en ligne)
  19. « Génome complet de Methanospirillum hungatei sur le site du NCBI » (consulté le 25 septembre 2009)
  20. (en) Waters E, Hohn MJ, Ahel I, et al., « The genome of Nanoarchaeum equitans: insights into early archaeal evolution and derived parasitism », Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., vol. 100, no 22,‎ octobre 2003, p. 12984–8 (PMID 14566062, PMCID 240731, DOI 10.1073/pnas.1735403100, lire en ligne)
  21. (en) Falb M, Pfeiffer F, Palm P, et al., « Living with two extremes: conclusions from the genome sequence of Natronomonas pharaonis », Genome Res., vol. 15, no 10,‎ octobre 2005, p. 1336–43 (PMID 16169924, PMCID 1240075, DOI 10.1101/gr.3952905, lire en ligne)
  22. (en) O. Fütterer, A. Angelov, H. Liesegang, G. Gottschalk, C. Schleper, B. Schepers, C. Dock, G. Antranikian et W. Liebl, « Genome sequence of Picrophilus torridus and its implications for life around pH 0 », PNAS, vol. 101, no 24,‎ 15 juin 2004, p. 9091-9096 (ISSN 0027-8424, DOI 10.1073/pnas.0401356101, lire en ligne)
  23. (en) Fitz-Gibbon ST, Ladner H, Kim UJ, Stetter KO, Simon MI, Miller JH, « Genome sequence of the hyperthermophilic crenarchaeon Pyrobaculum aerophilum », Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., vol. 99, no 2,‎ janvier 2002, p. 984–9 (PMID 11792869, PMCID 117417, DOI 10.1073/pnas.241636498, lire en ligne)
  24. « Génome complet de Pyrococcus abyssi sur le site du Genoscope » (consulté le 25 septembre 2009)
  25. (en) Georges N. Cohen, Valérie Barbe, Didier Flament, Michael Galperin, Roland Heilig, Odile Lecompte, Olivier Poch, Daniel Prieur, Joël Quérellou et al., « An integrated analysis of the genome of the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus abyssi », Molecular Microbiology, vol. 47, no 6,‎ mars 2003, p. 1495-1512 (ISSN 0950-382X, DOI 10.1046/j.1365-2958.2003.03381.x, lire en ligne)
  26. (en) Maeder DL, Weiss RB, Dunn DM, et al., « Divergence of the hyperthermophilic archaea Pyrococcus furiosus and P. horikoshii inferred from complete genomic sequences », Genetics, vol. 152, no 4,‎ août 1999, p. 1299–305 (PMID 10430560, PMCID 1460691, lire en ligne)
  27. a, b et c « Séquence complète du génome de Pyrococcus furiosus sur le site du NCBI » (consulté le 25 septembre 2009)
  28. (en) Kawarabayasi Y, Sawada M, Horikawa H, et al., « Complete sequence and gene organization of the genome of a hyper-thermophilic archaebacterium, Pyrococcus horikoshii OT3 », DNA Res., vol. 5, no 2,‎ avril 1998, p. 55–76 (PMID 9679194, DOI 10.1093/dnares/5.2.55, lire en ligne)
  29. (en) Chen L, Brügger K, Skovgaard M, et al., « The genome of Sulfolobus acidocaldarius, a model organism of the Crenarchaeota », J. Bacteriol., vol. 187, no 14,‎ juillet 2005, p. 4992–9 (PMID 15995215, PMCID 1169522, DOI 10.1128/JB.187.14.4992-4999.2005, lire en ligne)
  30. « Base de donnée publique sur Sulfolobus » (consulté le 25 septembre 2009)
  31. (en) Qunxin Shea, Rama K. Singhb, Fabrice Confalonierib, Yvan Zivanovicb, Ghislaine Allarde, Mariana J. Awayeza, Christina C.-Y. Chan-Weihere, Groth Clausenf, Bruce A. Curtisc et al., « The complete genome of the crenarchaeon Sulfolobus solfataricus P2 », PNAS, vol. 98, no 14,‎ 3 juillet 2001, p. 7835-7840 (ISSN 0027-8424, DOI 10.1073/pnas.141222098, lire en ligne)
  32. (en) Kawarabayasi Y, Hino Y, Horikawa H, et al., « Complete genome sequence of an aerobic thermoacidophilic crenarchaeon, Sulfolobus tokodaii strain7 », DNA Res., vol. 8, no 4,‎ août 2001, p. 123–40 (PMID 11572479, DOI 10.1093/dnares/8.4.123, lire en ligne)
  33. (en) Toshiaki Fukui, Haruyuki Atomi, Tamotsu Kanai, Rie Matsumi, Shinsuke Fujiwara et Tadayuki Imanaka, « Complete genome sequence of the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakaraensis KOD1 and comparison with Pyrococcus genomes », Genome Research, vol. 15, no 3,‎ mars 2005, p. 352-363 (ISSN 1088-9051, DOI 10.1101/gr.3003105, lire en ligne)
  34. (en) Ruepp A, Graml W, Santos-Martinez ML, et al., « The genome sequence of the thermoacidophilic scavenger Thermoplasma acidophilum », Nature, vol. 407, no 6803,‎ septembre 2000, p. 508–13 (PMID 11029001, DOI 10.1038/35035069, lire en ligne)
  35. (en) Kawashima T, Amano N, Koike H, et al., « Archaeal adaptation to higher temperatures revealed by genomic sequence of Thermoplasma volcanium », Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., vol. 97, no 26,‎ décembre 2000, p. 14257–62 (PMID 11121031, PMCID 18905, DOI 10.1073/pnas.97.26.14257, lire en ligne)

Annexes[modifier | modifier le code]

Articles connexes[modifier | modifier le code]

Liens externes[modifier | modifier le code]

Bibliographie[modifier | modifier le code]