Institut suisse de bioinformatique

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Le bâtiment du Génopode de l'Université de Lausanne (UNIL) abrite notamment l'administration centrale de l'Institut Suisse de Bioinformatique.
Prof. Ron Appel, actuel directeur de l'Institut suisse de bioinformatique.

L'Institut suisse de bioinformatique (SIB pour l'anglais : Swiss Institute of Bioinformatics) est une fondation académique sans but lucratif qui fédère la bioinformatique en Suisse. Le SIB a été créé le 30 mars 1998 avec pour mission de fournir des ressources fondamentales en bioinformatique à la communauté scientifique suisse et internationale dans des domaines tels que la génomique, la protéomique et la biologie des systèmes, ainsi que de coordonner le domaine de la bioinformatique en Suisse. En particulier, le SIB promeut la recherche, le développement de banques de données et de technologies informatiques, et est impliqué dans des activités d'enseignement et de service.

Historique[modifier | modifier le code]

À l'origine, l'institut a été créé pour fournir un cadre de financement stable à long terme à la fois pour la base de données Swiss-Prot et le nœud suisse EMBnet. Swiss-Prot en particulier a connu une crise majeure de financement en 1996[1] qui a conduit les dirigeants des cinq groupes de recherche actifs en bioinformatique à Genève et Lausanne, Ron Appel, Amos Bairoch, Philipp Bucher, Victor Jongeneel et Manuel Peitsch à proposer la création du SIB[2]. Après sa création, l'institut a pu alors demander un financement en vertu d'une loi suisse qui permet au gouvernement de financer jusqu'à 50 % des dépenses liées à la recherche et aux infrastructures d'enseignement vitales[3].

Le premier directeur de l'institut est Victor Jongeneel, suivi entre 2001 et septembre 2007 par Ernest Feytmans. Depuis le 1er octobre 2007, l'institut est dirigé par Ron Appel, l'un de ses membres fondateurs[4],[5].

Organisation[modifier | modifier le code]

Le SIB est une fédération de groupes de recherche de bioinformaticiens affiliés à des institutions partenaires du SIB: les Universités de Bâle, Berne, Fribourg, Genève, Lausanne, Lugano et Zurich, les Ecoles Polytechniques Fédérales de Lausanne et Zurich, l'Institut Friedrich Miescher pour la recherche biomédicale, ainsi que la Haute école de gestion de Genève (HEG). Les groupes de recherche du SIB se trouvent à Bâle, Berne, Fribourg, Genève, Lausanne, Lugano et Zurich.

Le SIB fédère 45 groupes de recherche, services et infrastructures, rassemblant 650 scientifiques, dans des domaines aussi variés que la protéomique, la transcriptomique, la génomique, la biologie des systèmes, la bioinformatique structurale, la bioinformatique de l'évolution, la modélisation, l'imagerie, la biophysique, la génétique des populations et la bioinformatique clinique.

Ressources bioinformatiques[modifier | modifier le code]

Le SIB offre un large éventail de ressources utiles à la communauté des chercheurs en sciences de la vie, la plupart étant accessibles via ExPASy, le portail des ressources du SIB . Elles comprennent :

Des bases de données[modifier | modifier le code]

Le SIB développe et maintient des bases de données de réputation internationale, incluant UniProtKB / Swiss-Prot (base de données de séquences de protéines qui ont été organisées et classées manuellement, offrant ainsi un haut niveau d'annotation), neXtProt (base de données des protéines humaines), le répertoire SWISS-MODEL (modèles de structures protéiques tridimensionnelles), STRING (réseaux d'interactions protéiques), SwissRegulon (réseaux de régulation de transcription à l'échelle du génome), EPD (une base de données des promoteurs eucaryotes), SWISS-2DPAGE (base de données de gels 2D), le répertoire WORLD-2DPAGE (répertoire de gels 2D), mirz (atlas d'expression des petits ARNs), CLIPZ (bases de données des sites de liaison des protéines liant l'ARN), PROSITE (familles de protéines et domaines), MyHits (séquences de protéines et motifs), CleanEx (données d'expression génique), Bgee (base de données pour extraire et comparer les profils d'expression des gènes entre espèces animales), OpenFlu (base de données pour le virus de la grippe humaine et animale), ViralZone (portail vers les protéines virales UniProtKB), GlycoSuiteDB (base de données de glycanes), SugarBindDB (liste des séquences de glucides connus auxquels les organismes pathogènes adhèrent spécifiquement), OrthoDB (catalogue hiérarchique des eucaryotes orthologues), miROrtho (catalogue des gènes des micro-ARNs animaux), et ImmunoDB (base de données de gènes et familles de gènes liés au système immunitaire des insectes).

Des logiciels[modifier | modifier le code]

Le SIB développe et fournit des logiciels pour la communauté des chercheurs en sciences de la vie, tels que SWISS-MODEL (modélisation par homologie des structures de protéines), SwissDock/EADock (service web pour l'ancrage d'une petite molécule à une protéine cible), ISA (outil de bi-clustering intégratif), PPA (modularisation couplée de plusieurs ensembles de données) , Melanie (plateforme d'analyse de gels 2D), MSight (logiciel d'imagerie et d'analyse pour la spectrométrie de masse), OMA (base de données des orthologues extraits de génomes complets disponibles), DeepView/Swiss-PdbViewer (visualisation de protéines, modélisation et analyse), et Newick (traitement d'arbre phylogénétique à haut débit).

Des infrastructures technologiques[modifier | modifier le code]

Le SIB gère plusieurs plateformes bioinformatiques qui fournissent un soutien informatique et statistique, ainsi que des services et des conseils aux chercheurs en sciences de la vie, leur permettant ainsi de mener leurs projets de recherche et d'analyser les données obtenues. Ces infrastructures ont été mises en place pour la génomique, la transcriptomique et la protéomique. Le SIB soutient également Vital-IT, le Centre de Calcul Haute Performance, qui fournit des ressources informatiques, du soutien et du conseil au développement, à la communauté scientifiques académique et industrielle. Vital-IT est distribuée sur trois sites: l'Université de Lausanne, l'École Polytechnique Fédérale de Lausanne et l'Université de Genève. Des ressources de calcul et l'expertise bioinformatique sont également présentes dans la région de Bâle avec [BC]2, le centre de biologie computationnelle de Bâle.

Éducation et formation[modifier | modifier le code]

L'une des priorités du SIB est de promouvoir et de coordonner l'enseignement en bioinformatique. Les membres SIB sont directement ou indirectement impliqués dans un certain nombre de cours de bioinformatique à tous les niveaux d'enseignement — de l'école secondaire à l'enseignement supérieur — ainsi que dans la formation continue spécialisée pour les scientifiques des sciences de la vie. Le SIB a également développé un réseau de doctorants SIB en bioinformatique, qui est ouvert aux étudiants diplômés des écoles suisses de l'enseignement supérieur. Les objectifs de ce réseau sont de deux ordres :

  1. offrir aux étudiants des cycles supérieurs en bioinformatique un éventail de cours de haute qualité, mêlant à la fois théorie et pratique, afin de leur permettre de mener avec succès un projet de recherche de doctorat ;
  2. favoriser le développement du réseau de doctorants, promouvoir les échanges d'idées, ainsi que la mobilité des étudiants entre les institutions participantes.

Vulgarisation scientifique[modifier | modifier le code]

Le SIB s'applique aussi à faire découvrir et à faire comprendre la bioinformatique à un public profane. Comprendre l'importance croissante que cette récente discipline a dans la société actuelle est un enjeu fondamental. En effet, dans un avenir proche, les patients feront référence à des résultats directement générés par des méthodes bioinformatiques. Depuis l'an 2000, dans le but de sensibiliser le grand public, le SIB participe à de nombreuses portes ouvertes scientifiques, a créé deux magazines en ligne[6],[7], une exposition en plein air et en 2012, une exposition virtuelle[8].

Notes et références[modifier | modifier le code]

  1. Crise de financement SWISS-PROT de 1996, sur le site web de la base de données Swiss-Prot.
  2. (en) Bairoch Amos, « Serendipity in bioinformatics, the tribulations of a Swiss bioinformatician through exciting times! », Bioinformatics, vol. 16, no 1,‎ 2000, p. 48–64 (PMID 10812477, DOI 10.1093/bioinformatics/16.1.48, lire en ligne) — un récit historique par Amos Bairoch.
  3. Loi fédérale sur la recherche du 7 octobre 1983, RS 420.1, art. 16 al. 3b,c.
  4. Management, sur le site web de l'institut.
  5. (en) « Announcement: Prof. Ron D. Appel is appointed as new Director of the Swiss Institute of Bioinformatics » Proteomics, 7, 2007. p. 4413.
  6. Protein Spotlight, sur le site du serveur ExPASy.
  7. Prolune, sur le site du serveur ExPASy.
  8. le Chromosome Walk, l'exposition virtuelle du SIB.

Voir aussi[modifier | modifier le code]

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Articles connexes[modifier | modifier le code]

Liens externes[modifier | modifier le code]