Folding@home

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Folding@home
Image illustrative de l'article Folding@home
Logo

Développeur Université Stanford
Première version 1er octobre 2000
Dernière version 7.3.6 (18 février 2013)
Langue Anglais
Licence Propriétaire
Site web http://folding.stanford.edu/French/HomePage

Folding@home est un projet de calcul réparti dont le but est d'étudier le repliement de protéine dans diverses configurations de température et de pression afin de mieux comprendre ce processus et d'en tirer des connaissances utiles qui pourraient, entre autres, permettre de fabriquer de nouveaux médicaments, notamment contre la maladie d'Alzheimer, la drépanocytose et certains types de cancers.

Le responsable du projet est Vijay S. Pande, de l'université américaine Stanford.

Organisation[modifier | modifier le code]

Ce projet était soutenu par Google, qui avait intégré dans la Google Toolbar, sous Windows, un bouton permettant de lancer ou stopper le processus et informe sur son état d'avancement.

Folding@home est organisé par une institution à but non lucratif (le Pande Group de la Stanford University's Chemistry Department), ce qui est une garantie que les résultats des calculs seront accessibles aux chercheurs et autres scientifiques du monde entier.

Fonctionnement[modifier | modifier le code]

L'étude est effectuée par un moteur ou client, que chacun peut installer sur son ordinateur (sous Windows, Linux, Mac OS ou PlayStation 3, en ligne de commande ou en mode graphique, sous forme d'un écran de veille). Ce client, va effectuer les calculs sur le CPU ou le GPU de l'ordinateur (selon la formule choisie). Le code source de ce logiciel n'est pas diffusé afin de complexifier la communication de fausses molécules aux serveurs, ce qui fausserait le projet.

Chaque calcul occupe le processeur ou le GPU client quand il n'est pas utilisé. Cela ne donne donc lieu à aucun ralentissement de la machine. Chaque calcul dure de 4 à 200 heures environ, selon la configuration matérielle de l'ordinateur.

Le client télécharge une nouvelle unité de travail (en anglais « WU » pour work unit) de manière automatique dès qu'il a fini de calculer la précédente.

Une unité de travail définit un ensemble de paramètres pour la simulation de repliement de protéines. Les calculs eux-mêmes sont effectués par un des « cores » suivants : Tinker, Gromacs, Amber, CPMD, Sharpen, ProtoMol et Desmond.

Types de client[modifier | modifier le code]

Console de Linux[modifier | modifier le code]

Voici ce qu'affiche le logiciel en mode console, sous Linux :

18:42:47:************************* Folding@home Client *************************
18:42:47:    Website: http://folding.stanford.edu/
18:42:47:  Copyright: (c) 2009-2012 Stanford University
18:42:47:     Author: Joseph Coffland <joseph@cauldrondevelopment.com>
18:42:47:       Args: --config /opt/fah-v7/config.xml --exec-directory=/opt/fah-v7
18:42:47:             --data-directory=/opt/fah-v7
18:42:47:     Config: /opt/fah-v7/config.xml
18:42:47:******************************** Build ********************************
18:42:47:    Version: 7.2.9
18:42:47:       Date: Oct 3 2012
18:42:47:       Time: 10:34:06
18:42:47:    SVN Rev: 3578
18:42:47:     Branch: fah/trunk/client
18:42:47:   Compiler: GNU 4.4.7
18:42:47:    Options: -std=gnu++98 -O3 -funroll-loops -mfpmath=sse -ffast-math
18:42:47:             -fno-unsafe-math-optimizations -msse2
18:42:47:   Platform: linux2 3.2.0-1-amd64
18:42:47:       Bits: 64
18:42:47:       Mode: Release
18:42:47:******************************* System ********************************
18:42:47:        CPU: Intel(R) Core(TM)2 Extreme CPU X9775 @ {{unité|3.20|GHz}}
18:42:47:     CPU ID: GenuineIntel Family 6 Model 23 Stepping 6
18:42:47:       CPUs: 8
18:42:47:     Memory: 11.74GiB
18:42:47:Free Memory: 9.26GiB
18:42:47:    Threads: POSIX_THREADS
18:42:47: On Battery: false
18:42:47: UTC offset: 1
18:42:47:        PID: 7869
18:42:47:        CWD: /opt/fah-v7
18:42:47:         OS: Linux 3.6.6-1-ARCH x86_64
18:42:47:    OS Arch: AMD64
18:42:47:       GPUs: 1
18:42:47:      GPU 0: NVIDIA:1 GT200 [GeForce GTX 280]
18:42:47:       CUDA: 1.3
18:42:47:CUDA Driver: 5000
18:42:47:***********************************************************************
18:42:47:<config>
18:42:47:  <!-- Folding Slot Configuration -->
18:42:47:  <gpu v='true'/>
18:42:47:
18:42:47:  <!-- Network -->
18:42:47:  <proxy v=':8080'/>
18:42:47:
18:42:47:  <!-- Remote Command Server -->
18:42:47:  <command-allow v='192.168.0.1/24'/>
18:42:47:  <command-allow-no-pass v='192.168.0.1/24'/>
18:42:47:
18:42:47:  <!-- User Information -->
18:42:47:  <passkey v='********************************'/>
18:42:47:  <team v='*****'/>
18:42:47:  <user v='*****'/>
18:42:47:
18:42:47:  <!-- Folding Slots -->
18:42:47:  <slot id='0' type='SMP'/>
18:42:47:  <slot id='1' type='GPU'/>
18:42:47:</config>
18:42:47:Trying to access database…
18:42:47:Successfully acquired database lock
18:42:47:Enabled folding slot 00: READY smp:8
18:42:47:Enabled folding slot 01: READY gpu:0:"GT200 [GeForce GTX 280]"
18:42:47:WU02:FS00:Starting
18:42:47:WU02:FS00:Running FahCore: /opt/fah-v7/FAHCoreWrapper /opt/fah-v7/cores/www.stanford.edu/~pande/Linux/AMD64/Core_a4.fah/FahCore_a4 -dir 02 -suffix 01 -version 702 -lifeline 7869 -checkpoint 15 -np 8
18:42:47:WU02:FS00:Started FahCore on PID 7879
18:42:47:WU02:FS00:Core PID:7883
18:42:47:WU02:FS00:FahCore 0xa4 started
18:42:47:WU02:FS00:0xa4:
18:42:47:WU02:FS00:0xa4:*------------------------------*
18:42:47:WU02:FS00:0xa4:Folding@Home Gromacs GB Core
18:42:47:WU02:FS00:0xa4:Version 2.27 (Dec. 15, 2010)
18:42:47:WU02:FS00:0xa4:
18:42:47:WU02:FS00:0xa4:Preparing to commence simulation
18:42:47:WU02:FS00:0xa4:- Looking at optimizations…
18:42:47:WU02:FS00:0xa4:- Files status OK
18:42:47:WU02:FS00:0xa4:- Expanded 548597 → 848100 (decompressed 154.5 percent)
18:42:47:WU02:FS00:0xa4:Called DecompressByteArray: compressed_data_size=548597 data_size=848100, decompressed_data_size=848100 diff=0
18:42:47:WU02:FS00:0xa4:- Digital signature verified
18:42:47:WU02:FS00:0xa4:
18:42:47:WU02:FS00:0xa4:Project: 7647 (Run 143, Clone 0, Gen 27)
18:42:47:WU02:FS00:0xa4:
18:42:47:WU02:FS00:0xa4:Assembly optimizations on if available.
18:42:47:WU02:FS00:0xa4:Entering M.D.
18:42:53:WU02:FS00:0xa4:Using Gromacs checkpoints
18:42:53:WU02:FS00:0xa4:Resuming from checkpoint
18:42:53:WU02:FS00:0xa4:Verified 02/wudata_01.log
18:42:53:WU02:FS00:0xa4:Verified 02/wudata_01.trr
18:42:53:WU02:FS00:0xa4:Verified 02/wudata_01.xtc
18:42:53:WU02:FS00:0xa4:Verified 02/wudata_01.edr
18:42:54:WU02:FS00:0xa4:Completed 1066430 out of 2500000 steps  (42%)
18:48:35:WU02:FS00:0xa4:Completed 1075000 out of 2500000 steps  (43%)
19:09:02:WU02:FS00:0xa4:Completed 1100000 out of 2500000 steps  (44%)
19:29:55:WU02:FS00:0xa4:Completed 1125000 out of 2500000 steps  (45%)
19:39:27:FS00:Paused
19:39:27:FS00:Shutting core down
19:39:28:WU02:FS00:0xa4:Client no longer detected. Shutting down core.
19:39:28:WU02:FS00:0xa4:
19:39:28:WU02:FS00:0xa4:Folding@home Core Shutdown: CLIENT_DIED
19:39:29:WU02:FS00:FahCore returned: INTERRUPTED (102 = 0x66)

Windows, mode graphique[modifier | modifier le code]

Sous Windows, en mode graphique, le client fonctionne sous forme d'écran de veille.

Client GPU[modifier | modifier le code]

Folding@home fonctionne aussi avec les GPU ATI (X18xx, X19xx, HD 2xxx, HD 3xxx, HD 4xxx et HD 5xxx) et les GPU Nvidia (GeForce 8xxx, 9xxx, GT 2xx et GTX 4xx), cela a permis de décupler de manière significative la puissance de calcul dédiée au projet, grâce à l'architecture massivement parallèle des puces 3D actuelles.

Windows, dans la Google Toolbar[modifier | modifier le code]

Sous Windows, dans Internet Explorer, une icône Folding@home pouvait être incluse dans la Google Toolbar. Un menu était accessible via cette icône. Il permettait de mettre en pause le calcul, le paramétrer ou encore accéder aux statistiques.

Google a maintenant cessé d'inclure cette fonctionnalité dans sa Google Toolbar.

PlayStation 3[modifier | modifier le code]

Total de la puissance de calcul des 500 meilleurs supercalculateurs mondiaux de 1993 à 2008. Source : TOP500.

La puissance de calcul et l'accès aux réseaux de la PlayStation 3 ont inspiré l'université Stanford qui coopère avec Sony pour que la PS3 participe à Folding@home sous le nom de cure@PS3.

Le projet a été lancé le 23 mars 2007 (jour du lancement européen de la console) sous forme d'une mise à jour. Le 25 mars, plus de 30 000 PS3 avaient déjà renvoyé des unités de calcul et la puissance totale de calcul de Folding@home atteignait les 952 TéraFLOPS, dont 697 pour les PS3. Folding@home a atteint le PétaFLOPS (1015 opérations par seconde) en septembre 2007[1].

Le 6 novembre 2012, Sony annonce[2] la fin du projet sur sa console de jeux vidéo. Cet arrêt serait dû à l'écart de puissance entre les cartes graphiques apparues en 2012 et la PS3, rendant sans intérêt le calcul sur cette dernière.

Storage@home[modifier | modifier le code]

Au milieu de l'année 2009, l'équipe de Stanford a lancé un projet de stockage partagé du nom de Storage@home[3].

Son principe est de stocker le résultat des calculs scientifiques sur les ordinateurs personnels des participants à Folding@home plutôt que sur un serveur central à Stanford. Le projet est donc complémentaire de Folding@home.

Ce système est en phase de tests depuis mi 2009[4],[5].

Notes et références[modifier | modifier le code]

Voir aussi[modifier | modifier le code]

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Articles connexes[modifier | modifier le code]

Liens externes[modifier | modifier le code]