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La ville de Mahdia voit la création de son premier club de football en 1927 : il s'agit du Club sportif mahdois qui vit pendant deux saisons avant de disparaître. Le nationaliste Béchir Attia crée alors la Musulmane de Mahdia en 1930 avec pour joueurs Frej Ben Hmida, Hédi Bourguiba, Ali El May, ou Béchir Ben Khelifa. Mais, après trois années d'activité, l'équipe est dissoute par les autorités qui la soupçonnent d'alimenter le nationalisme tunisien. Béchir Attia contourne alors l'interdiction en créant El Makarem de Mahdia en 1937.
Ce n'est qu'en 1960 que l'équipe présidée par Mhammed Bettaieb et entraînée par Mustapha Haj Saïd accède en division nationale. Elle y passe deux saisons avant de rétrograder. Elle y accède de nouveau en 1970 avec une génération plus ambitieuse constituée de Hédi Ayed, Amor Amara, Amor Gara, Habib Sfar, Mokhtar Hasni et du gardien Mohamed Salah Baklouti. Depuis 1976, l'équipe est arrivée une seule fois à monter en Ligue I et continue à osciller entre la Ligue II et la troisième division.