Distance de Bray-Curtis

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La distance de Bray-Curtis est un indice de dissimilarité utilisé en écologie et biologie. Il porte le nom de ses auteurs, J. Roger Bray et John T. Curtis. La distance de Bray-Curtis permet d'évaluer la dissimilarité entre deux échantillons donnés, en terme d'abondance d'espèces présentes dans chacun de ces échantillons. Cette distance est non-euclidienne[1].

La distance de Bray-Curtis est comprise entre 0 (les échantillons sont identiques) à 1 (les échantillons sont totalement dissemblables) [2].

Conditions d'application de l'indice[modifier | modifier le code]

Il est nécessaire pour pouvoir calculer la distance de Bray-Curtis de ne considérer que les échantillons ayant la même taille (aire ou volume), car la distance de Bray-Curtis se base sur les abondances brutes et non pas relatives des différentes espèces présentes dans l'échantillon[1].

Équation[modifier | modifier le code]

Voici l'équation permettant le calcul de la distance de Bray-Curtis : ici, deux échantillons j et k sont comparés

 BC_{jk} = \frac{2\sum_{i=1}^{p}min(N_{ij},N_{ik})}{\sum_{i=1}^{p}(N_{ij} + N_{ik})}  (Il y a une erreur dans cette formule car elle va calculer la similarité, non la dissimilarité. Il faut donc la soustraire à 1)

 N_{ij} est l'abondance d'une espèce i dans l'échantillon j et  N_{ik} l'abondance de la même espèce i dans l'échantillon k. Le terme min(.,.) correspond au minimum obtenu pour deux comptes sur les mêmes échantillons. Les sommes situés au numérateurs et dénominateur sont réalisées sur l'ensemble des espèces présentes dans les échantillons[1].


Notes et références[modifier | modifier le code]

  1. a, b et c Bray, J. R. and J. T. Curtis. 1957. An ordination of upland forest communities of southern Wisconsin. Ecological Monographs 27:325-349.
  2. Bloom, S.A. 1981. Similarity indices in community studies: Potential Pitfalls. Marine Ecology--Progress Series 5: 125-128

Lectures complémentaires[modifier | modifier le code]

  • Pierre Legendre & Louis Legendre. 1998. Numerical ecology, 2nd English edition. Elsevier Science BV, Amsterdam.
  • Yoshioka PM (2008) Misidentification of the Bray-Curtis similarity index. Mar Ecol Prog Ser 368:309–310
  • Somerfield, PJ (2008) Identification of Bray-Curtis similarity index: comment on Yoshioka (2008). Mar Ecol Prog Ser 372:303–306