Discussion:Raoultella/Admissibilité

L'admissibilité de la page « Raoultella » est débattue.

Consignes quant à cette procédure :

Qui peut participer ?

Le créateur de la page et les contributeurs ayant un compte ayant fait au moins cinquante contributions aux articles (espace principal) de fr.wikipedia.org au lancement de cette procédure peuvent exprimer leur avis.

Les avis des personnes n’ayant pas de compte ou un compte ayant moins de 50 contributions sont déplacés dans « Avis non comptabilisés » et ne sont en principe pas pris en considération. Lors de la clôture, les avis sans argumentaire sont également déplacés et ne sont pas pris en compte.

Durée de la consultation

Si un consensus clair s'est dégagé le 18 octobre 2021 à 14:36 (CEST), après l'expiration de sept jours pleins de débat (168 heures), un contributeur ayant réalisé au moins 500 modifications et ayant 3 mois d'ancienneté (utilisateur autopatrolled) qui n'aura pas pris part au débat peut clore la proposition et indiquer si la page est conservée ou supprimée (la suppression devant être demandée à un administrateur). Dans le cas contraire, la discussion se poursuit et peut être close à partir du 25 octobre 2021 à 14:36 (CEST).

Voir toutes les procédures en cours

Important

• Copiez le lien *{{L|Raoultella}} et collez-le dans la section du jour de la page principale « Débat d'admissibilité » . Attention, un décalage d'un jour est possible en fonction de la mise en page.
• Avertissez le créateur, les principaux contributeurs de l’article et, si possible, les projets associés en apposant le message {{subst:Avertissement débat d'admissibilité|Raoultella}} sur leur page de discussion.

Raoultella

Proposé par : Totodu74 (devesar…) 11 octobre 2021 à 14:36 (CEST)

En 2001, quelques chercheurs de la Timone séquencent 2 gènes (c'est le standard à l'époque), font un arbre et trouvent deux branches : hop, ils proposent de créer un nouveau genre de bactéries. Le genre Raoultella est né. Quelques années plus tard, on se rend compte que le genre en question est niché au beau milieu de Klebsiella, existant depuis 1885. Une publi en 2014 propose d'abandonner le nom de genre ; en 2021 la synonymie formelle est proposée. Bien sûr, quelques chercheurs sont passés à côté de l'info et continuent d'utiliser les anciens noms, comme « Raoultella ornithinolytica », mais cela n'a jamais été un argument pour décider de garder des pages sur des milliers de synonymes de taxons (on trouve encore Parus caeruleus au lieu de Cyanistes caeruleus — 650 000 hits !!! — ou bien Larus ridibundus au lieu de Chroicocephalus ridibundus — 2 220 000 hits !!! — dans de nombreux articles sans que cela justifie de traîner ad vitam æternam les anciens noms : c'est pour ça que dieu a créé les redirections). Bref, j'avais mis le topo sur Klebsiella et fait une redirection, mais ça a l'air d'en chagriner, alors passons par une PàS. C'est aussi l'occasion d'expliquer que le nommage des boîtes de classification suit certains cahiers des charges, et qu'il serait sympa d'écouter un minimum les projets chargés de la maintenance de ce type d'articles qui connaissent un peu le système... Quelques citations d'articles distincts :

• 2014 : « Robust genome-based phylogeny showed that a unified Klebsiella cluster contains Enterobacter aerogenes and Raoultella, suggesting the latter genus should be abandoned »
• 2021 : « Here, our phylogenomic analysis shows that the genus Raoultella is nested within the genus Klebsiella. Klebsiella and Raoultella together are monophyletic [et partagent tout plein de caractères]. Therefore, we propose to reunify Klebsiella and Raoultella to the single genus Klebsiella »
• 2021 : « Previous studies based on WGS data do not support the assignment of the Raoultella species as a separate genus, and this is further supported by our data. Hence in this work we have referred to these species as Klebsiella »
• 2021 : « Recent phylogenetic analysis based on WGS data has revealed that the Raoultella species are unequivocally nested within the genus Klebsiella, an observation further supported by the current data. We therefore […] refer to the ‘Raoultella’ species R. ornithinolytica and R. planticola as ‘Klebsiella’ ornithinolytica and K. planticola »

Conclusion

 Conservation traitée par Olivier Tanguy (discuter) 25 octobre 2021 à 22:25 (CEST)
Raison : Pas de consensus pour la suppression (malgré un long débat)

Discussions

Toutes les discussions vont ci-dessous.

Attention, le nominateur pertube Wikipédia et Wikidata. D'autres utilisateurs ont rétabli ses manoeuvres. Sur Wikipédia English (comme sur la WP français), il supprime unilatéralement le contenu justifié via ce lien : https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0923250821000656. Cliquez sur le lien, et vous lirez "Proposal". Rien d'officiel. Apparemment, l'utilisateur souhaite imposer son point de vue. La bactérie est citée dans de très nombreuses revues scientifiques, notamment le prestigieux journal Nature. Sur Google, 126'000 résultats pour Raoultella. -- Basile Morin (discuter) 11 octobre 2021 à 15:30 (CEST)

« D'autres utilisateurs » ?? Comme (CONTENU SUPPRIMÉ) sur WP:en ?? Le seul autre utilisateur avec qui j'aie eu à discuter de cela demande une fusion d'historique entre Raoultella et Klebsiella sur WP:es. Probablement quelqu'un qui sait ce que ça veut dire quand un scientifique écrit « Des phylogénies robustes basées sur des génomes suggèrent que Raoultella devrait être abandonné » (2014) ou que les suivants « proposent » de résoudre la paraphylie en synonymisant Raoultella avec Klebsiella. C'est la façon archi-ultra-classique de dire que l'affaire est pliée. Je comprends que ceux peu à même du sujet puissent croire que c'est une « proposition » en l'air, comme ça, juste pour le fun, mais que ça aurait pu être autre chose… mais ce n'est pas vraiment le cas ! De même, parler d'« officiel » est absurde : l'officialité est un concept étranger au domaine de la systématique. Les uns proposent, étaient, essaient de convaincre, les autres suivent, contestent, complètent. Il n'y a pas de vérité « officielle », il n'y a pas de moyen de coercition. Simplement, prendre deux gènes tous pourris pour justifier la création d'un genre, et refuser de se rendre à l'évidence quand cette justification vole en éclats suite aux séquençages complets, c'est un deux poids, deux mesures étonnant.

L'argument du chiffre est absurde : de nombreux noms scientifiques peuvent avoir des dizaines ou centaines de milliers de hits, sans que cela en fasse le nom accepté à un instant donné. De même, la reprise du nom par une équipe des consanguine de Marseille en 2018 ne signifie pas que la « suggestion » de 2014 était infondée : cela montre plus probablement que les auteurs ignorent (volontairement ou involontairement, l'ignorance ou l'incompétence pouvant probablement être suspectées de manière égale dans leur cas) les résultats des phylogénies. Totodu74 (devesar…) 11 octobre 2021 à 15:40 (CEST)

D'autres utilisateurs » ?? Comme (CONTENU SUPPRIMÉ). S'il vous plaît, contribuez de manière intelligente et respectueuse. Cet utilisateur (que je ne connais pas) s'appelle -sasha-. -- Basile Morin (discuter) 11 octobre 2021 à 15:58 (CEST)

La section discussion est là pour parler de la pertinence encyclopédique de l'article, en vue de décider de sa conservation, sa suppression ou sa transformation (en redirection par exemple). Elle n'est pas le lieu pour parler des contributeurs eux-mêmes. Si un problème de cet ordre existe, il y a les (autres) pages de discussion ou les WP:RA. Merci. Hexasoft (discuter) 11 octobre 2021 à 16:15 (CEST)

Tout à fait d'accord. Pas d'attaque personnelle. WP:PAP. Et l'insulte devrait être supprimée. -- Basile Morin (discuter) 11 octobre 2021 à 16:25 (CEST)

J'ai lu que d'autres contributeurs m'avaient reverté sur WP:en alors qu'il s'agissait de toi. Sur WP:es, -sasha- n'a pas réverté mais copié-collé le contenu de Klebsiella dans Raoultella et demandé la fusion d'historiques. Totodu74 (devesar…) 11 octobre 2021 à 16:31 (CEST)

Arf, tu parlais de Wikidata, d'accord. Alors je ne savais pas que l'on pouvait désormais avoir des redirections en inter-wiki, option intéressante. En tout cas c'est bien toi qui a retiré plusieurs fois là-bas les noms des co-descripteurs (Bollet, Carta et Rousselier), la synonymie et les sources y relatives : ici, puis là. Totodu74 (devesar…) 11 octobre 2021 à 16:33 (CEST)

Supprimer 4 liens Wikidata vers les pages wikipédia dédiées n'est pas conforme aux règles. Voilà pourquoi l'utilisateur -sacha- les a remises. Elles préexistaient toutes avant l'intervention de Totodu74. Mais comme c'était l'un de mes arguments (légitimes, je crois) pour conserver la page WP, la suppression s'apparente clairement à un moyen de cacher la réalité. -- Basile Morin (discuter) 11 octobre 2021 à 16:50 (CEST)

En plus d'être partiellement circulaire (puisque WP:fr compte parmi les 4), l'argument n'a jamais été valable, et je te l'ai fait savoir assez vite. La suppression des interwikis sur Wikidata découlait surtout du fait que je transformais les Raoultella en redirections, et que j'ignorais que les redirections pouvaient désormais être en interwiki sur WD. Totodu74 (devesar…) 11 octobre 2021 à 16:56 (CEST)

Bizarre, tout de même, toutes ces manips coordonnées, et sans aucune consultation des utilisateurs. Totodu74 ne contribue pas d'une miette sur l'article en anglais et hop, soudainement, raye l'article en entier, sans avertir personne. Idem sur la page français. Excusez que l'on soit pris au dépourvu. -- Basile Morin (discuter) 11 octobre 2021 à 17:16 (CEST)

J'ai eu vent de ce genre via une proposition de Le saviez-vous ? le 24 septembre. J'ai ajouté sur l'article en français l'information relevée par SenseiAC et Bertrouf que le genre était probablement en fin de vie. J'ai fini par y revenir en me disant que la page allait dès lors probablement pourrir sur pied, et qu'il serait plus judicieux de la rediriger vers le nom accepté et le concept associé, sans perdre les infos ajoutées entre temps. En ce qui concerne la page en anglais, et le fait de tout virer pour rediriger, c'est malheureusement assez banal dans ces cas, et cela m'arrive régulièrement quand je mets à jour des classifications. Certaines versions linguistiques sont en outre parfois créées par robot, ce qui fait que plusieurs synonymes (parfois même des synonymes que l'on dit « explicites », comme Raoultella terrigena et Klebsiella terrigena) disposent d'articles séparés. Je ne passe jamais par des jours de discussion pour des cas qui me paraissent aussi univoques. Je suis franchement assez chagriné de voir le foin et les justifications qu'il faut produire pour faire valoir quelque chose d'assez simple, mais la situation illustre parfaitement la loi de Brandolini : en une seule publi basée sur deux gènes on fait un genre, mais ensuite pour faire perdre les mauvaises habitudes prises, il faut des années et 10 publications qui demandent aux gens d'arrêter. Ce n'est jamais qu'un cas parmi des tas, malheureusement. Totodu74 (devesar…) 11 octobre 2021 à 17:30 (CEST)

« Cela m'arrive régulièrement quand je mets à jour des classifications ». Très mauvaise pratique, qui s'apparente à du vandalisme. Le contenu doit être lu, trié, déplacé, d'une part, et d'autre part, ce genre de cyclone ne devrait pas se produire sans discussion préalable. Aucune opinion ici n'est universelle. -- Basile Morin (discuter) 11 octobre 2021 à 17:54 (CEST)

Le contenu doit être lu en effet. Je t'invite à t'appliquer en premier chef les « bonnes pratiques » que tu professes et t'invite donc à me lire. J'ai expliqué sur tous les tons que le contenu pertinent avait été repris sur l'article de destination. Totodu74 (devesar…) 11 octobre 2021 à 18:07 (CEST)

C'est faux. Voir ci-dessous. -- Basile Morin (discuter) 12 octobre 2021 à 07:23 (CEST)

Des articles et des ouvrages récents continuent d'employer Raoultella. -- Basile Morin (discuter) 11 octobre 2021 à 16:28 (CEST)

Sur le fond la question n'est pas là. La question est : est-ce que la communauté scientifique considère majoritairement (consensus scientifique) Raoultella comme synonyme de Klebsiella ou bien considère-t-elle toujours ce genre comme distinct. Or il me semble qu'il convient de séparer les ouvrages qui traitent d'une espèce spécifique (ils ne se sont certainement pas lancés dans une étude génétique comparée des deux genres, juste ils étudient un espèce) des ouvrages qui traitent de la classification de ce genre. Par exemple comment ont été repris et cités les articles mettant en cause la distinction de ces deux genres.

Si la communauté scientifique à ignoré (ou critiqué) ces études, ou si au contraire ceux qui étudient ces questions ont repris ces publications. Hexasoft (discuter) 11 octobre 2021 à 16:35 (CEST)

Oui, je suis d'accord pour avancer selon ce raisonnement. Raoultella en Janvier 2021 sur LWW et de nombreuses autres sources récentes maintiennent le nom. -- Basile Morin (discuter) 11 octobre 2021 à 17:06 (CEST)

Je suis également d'accord avec Hexasoft, les publications qui traitent d'une espèce spécifique (par exemple celle que tu viens de citer, Basile, qui est un rapport de cas décrit par des pédiatres) n'ont de loin pas la même pertinence que celles à visée systématique, établies par des professionnels de la classification. Nous attendons toujours les publications de systématiciens critiquant la synonymie… Totodu74 (devesar…) 11 octobre 2021 à 17:18 (CEST)

Pour répondre sur Raoultella en Janvier 2021 sur LWW : tout d'abord c'est une analyse d'études sur les contaminations par l'une des espèces. Ils ne se préoccupent pas de classification ou d'analyses génétiques mais de taux d'infections, leurs conditions, soins, décès, etc. Et ils abordent rapidement le classement dans le genre Raoultella en citant les études de 2001 et 2003, sans faire mention de celles plus récentes (et, j'ai envie de dire, savoir qu'un virus est dans tel ou tel genre maintenant n'a sans doute pas grand intérêt lorsqu'on étudie les contaminations chez les nouveaux-nés). C'est plutôt dans les études qui citent ces articles que pourraient se trouver des critiques (de la méthode utilisée, du découpage effectué, etc. après tout la classification est avant tout une affaire de consensus et de choix un peu arbitraires). Hexasoft (discuter) 11 octobre 2021 à 17:31 (CEST)

Merci de cet avis, intéressant. J'ai du travail, donc je ne vais pas pouvoir prolonger la discussion dans l'immédiat. Je le ferai aussitôt que possible, sources à l'appui. Pour l'heure, je considère que la suppression de l'article est prématurée. -- Basile Morin (discuter) 11 octobre 2021 à 18:00 (CEST)

⌛️ Merci. Donc:

1. Contrairement à ce qu'affirme Totodu74 (et son avalanche d'articles), le nom Raoultella est, aujourd'hui (en octobre 2021),  OK. Taxonomic status: correct name sur la Liste des noms procaryotes ayant un statut dans la nomenclature (source).
2. Le fait que la bactérie soit aussi nommée Klebsiella n'est pas nouveau (1981 : « The type species of this genus has alternatively been placed in the genus Klebsiella Trevisan 1885 (Approved Lists 1980). Publication: Bagley ST, Seidler RJ, Brenner DJ. Klebsiella planticola sp. nov.: a new species of Enterobacteriaceae found primarily in nonclinical environments. Curr. Microbiol. 1981; 6:105-109. »), et n'invalide en aucun cas l'appellation la plus répandue.
3. Raoutella est régulièrement employé par les chercheurs du monde entier, bien au fait de ce dont ils parlent (et leurs éditeurs aussi). Exemple en 2019. De nombreux autres ouvrages sont dispo.
4. A noter aussi que l'article concernant Raoultella admis dans Nature date de 2018, et donc succède largement (4 ans après) l'article que cite Totodu74. Le fait que certains scientifiques choisissent d'employer tel ou tel terme est tout à fait légitime. Mais Nature est vigilant, surtout sur le titre d'un article. Dans le contenu : « Formerly known as Klebsiella ornithinolytica, Raoultella ornithinolytica is a Gram-negative [...] », ce qui signifie que pour ces auteurs le nom a changé de Klebsiella ornithinolytica à Raoultella ornithinolytica (et non l'inverse).
5. De très nombreuses sources conservent Raoultella dans leurs bases de données, la plupart sont en ligne et donc vérifiables. Par exemple le Centre américain pour les informations biotechnologiques offre une liste énorme d'articles valides. De même, Raoultella est le nom correct sur Système intégré de génomes microbiens (source, et l'Encyclopédie de la Vie (source).
6. L'Institut européen de bio-informatique précise que "L'organisme a été changé de 'Raoultella ornithinolytica B6' à 'Raoultella planticola' en juillet 2020". Preuve qu'à cette date encore très récente, Raoultella est conservé.
7. Une quantité d'articles sont mis à jour avec Raoultella nom exact, et disponibles sur le web, par exemple dans le Journal international de microbiologie systématique et évolutive par une équipe japonaise (qui n'a donc rien à voir avec le labo de Raoult à Marseille).
8. Important aussi à prendre en compte, le contexte de cette demande de suppression, par un utilisateur très actif sur la page de Didier Raoult (synthèse des 29 derniers changements par le même utilisateur) avec des paragraphes très critiques, et non sourcés. Notamment dans la section "bactérie nouvelle", Totodu74 écrit "Raoult est co-descripteur de nombreux noms publiés de façon non valide au regard du code de nomenclature en vigueur, et qui ne devraient donc pas être utilisés". Les revues en question ne partagent évidemment pas le point de vue de cet utilisateur Wikipédia. Et les autres utilisateurs ici ne souhaitent pas forcément vérifier. -- Basile Morin (discuter) 12 octobre 2021 à 07:23 (CEST)

1. En effet, la mise à jour taxonomique n'est pas encore répercutée sur la base LPSN, mais sans vouloir divulgâcher, ça ne saurait tarder
2. Qui a dit que c'était nouveau ? Rien compris à l'argument… àmha un début de non sequitur.
3. L'emploi de vieux noms, dont il a été montré qu'ils mériteraient d'être changés, est courant. Ce n'est (là encore) en aucun cas un argument valable, puisque n'importe qui en capacité de lire et de réfléchir sur ce qui a déjà été dit verra que l'on se propose de conserver une redirection et l'information historique de l'existence transitoire de Raoultella. On ne propose pas de le « canceler »
4. Encore une fois (la pédagogie est l'art de répéter, mais l'ad nauseuam n'est plus loin à ce stade !) ce n'est pas une publication de systématique, et jusqu'à preuve du contraire les arguments solides apportés par les publications de systématique démontrant la nécessité de synonymiser Raoultella et Klebsiella n'ont pas été démontés ni même contestés. Le fait que le dédicataire du nom fasse semblant d'ignorer le nécessaire changement, et que les reviewers d'une revue (aussi prestigieuse soit elle, non spécialiste de la systématique) ne demandent pas à ce que le nom soit changé ne suffit pas à défendre qu'utiliser un nom de genre ou un autre n'est qu'une question de point de vue. J'ajouterai en outre que les équipes marseillaises ont maintes fois montré leur incapacité crasse en matière de systématique (mais après les dernières années on pourrait ajouter en méthodologie, en analyse, en épidémiologie, en thérapeutique…), en publiant notamment des foultitudes de noms invalides selon les règles nomenclaturales. Par exemple, les descriptions de la revue New Microbes and New Infections, revue complaisante dont le tiers des publications sont signées par Raoult, ne respectent le code de nomenclature que pour 2 % des noms publiés !
5. Encore une fois, un argument qui n'en est pas un. Le fait que des milliers de sources utilisent un vieux nom ne dit pas grand chose de l'état de la recherche pour les systématiciens.
6. idem.
7. ad lib.
8. À ce stade « non sourcés » relève du foutage de gueule, quand on voit le niveau d'exigence intellectuelle de celui émettant cette critique. Dans la phrase que tu cites « notamment », tu oublies « juste » de mentionner la première proposition : « Selon la List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature, […] », liste que tu connais puisque tu la cites dès ton premier point. J'hésite entre la malhonnêteté ou un diagnostic bien plus grave, dans tous les cas j'ai fini de « jouer aux échecs avec les pigeons ». Je laisse les autres se faire un avis.

Totodu74 (devesar…) 12 octobre 2021 à 11:47 (CEST)

 Arrêtons, merci. -- Basile Morin (discuter) 12 octobre 2021 à 13:16 (CEST)

En accord complet avec tous les commentaires de @Basile Morin. Je rajouterai à cela, que l'article annoncé de 2014 dans PLoS One comporte plusieurs erreurs dans son arbre phylogénique et des biais très importants (le fait de n'utiliser qu'une seule souche de Raoultella et des tonnes de souches de Klebsiella) et aussi entre autres et c'est important le fait que le clade de Raoultella est monophylétique (Raoultella Ror B6 et Klebsiella oxytoca Kox 10-5246) zut ça montre que Raoultella est très proche d'une Klebsiella... Ah ben non Oh comme c'est dommage, la souche 10-5246 était mal identifiée à l'époque en 2014 et est désormais reclassifiée Raoultella ! (source article de Shibu en 2021). Donc le clade formé par Ror et Kox10-5246 sont bien distinct des autres Klebsiella et forme presque un outgroup.

Ensuite, on peut parler aussi du fait que les articles 3 et 4 cités par le proposant sont de la même équipe dont un article pas encore publié (en pré-print sur BioRxiv donc valeur proche de 0 actuellement) et ces articles ne traitent pas de systématique mais de plasmides porteurs de gènes de résistance.

Ensuite l'article n°2 n'est pas encore publié, non plus, il est toujours en cours d'impression depuis juin 2021 et effectivement les auteurs proposent de réunifier les genres Klebsiella et Raoultella mais sur la base de techniques non usuelles en taxonomie et dont les valeurs peuvent à la fois dire réunir en un seul genre ou séparer le genre Klebsiella en plusieurs genres. C'est d'ailleurs une des plus fortes possibilités tant le groupe Raoultella, le groupe Klebsiella pneumoniae et le groupe de Klebsiella oxytoca sont séparés génétiquement malgré de nombreuses similarité bien sûr. C'est d'ailleurs une des choses que montre aussi l'article de 2014 avec un groupe oxytoca séparé de pneumoniae et de Raoultella.

Bref, A l'heure actuelle, le consensus scientifique est toujours l'existence du genre Raoultella en tant que genre à part entière contrairement à ce que dit le proposant. Faudra d'ailleurs rectifier l'article des erreurs et non-neutralité de point de vue que j'assimile quasiment à du vandalisme... cordialement GF38storic (discuter) 13 octobre 2021 à 23:21 (CEST)

Outre que le fait que ce commentaire soit un pur TI (on aimerait des articles publiés suivant ce raisonnement), le raisonnement est débile puisque fût-ce la souche 10-5246 une Raoultella (affirmation stupide puisque le genre n'existe plus), elle formerait en effet un groupe monophylétique avec la branche Ror (« Raoultella ornithinolytica »), mais celui-ci serait niché au milieu des Klebsiella. Pour le dire autrement, le genre Klebsiella reste définitivement paraphylétique et cela exige un ajustement taxinomique. Pour le dire encore autrement, la monophylie de Raoultella n'a jamais été la question, c'est dommage que ce soit le cœur de ton argumentation. Je passe sur tes affirmations gratuites sur le « consensus scientifique ». Bref, merci d'être passé quand même. Totodu74 (devesar…) 14 octobre 2021 à 09:23 (CEST)

Je crois qu'il faudrait que tu mettes un peu ton anti-raoultisme et toutes tes attaques contre les les équipes de recherche marseillaises de côté et laisse place à de la neutralité de POV et que tu raisonnes sur des bases scientifiques que tu n'as peut-être pas en bactério. Quand on te dit que le genre Raoultella est toujours le genre actuellement reconnu (cf list of prokaryotic names), qu'il te suffit de regarder les publications valides (c'est-à-dire, publiées, qui plus est publiées dans peer review et pas dans predatory journals, et non pas des pré-print ou des in press car là c'est du pur TI non vérifié !), que la publication de 2014 n'est jamais citée pour cet aspect de taxonomie (on dit Taxonomie en batériologie et en microbiologie). Le nom de genre Raoultella est toujours le seul reconnu pour les espèces de ce genre que ce soit dans la liste mentionnée plus haut, ou l'IJSEM, ou dans les banque de souches bactériennes telles que l'ATCC, la DSMZ, la collection de l'institu Pasteur (où d'ailleurs tu verras que le basonyme est Klebsiella signifiant qu'il est l'ancien nom et pas l'actuel), ou encore la banque japonaise de cultures bactériennes NRBC. On peut ajouter à cela, que le dernier article (pas encore officiellement publié In Press) de Ma et al 2021 avoue que le consensus actuel est autre que le sien « the recent established Genome Taxonomy Database ([1]), the genus Klebsiella is split into three genera Klebsiella, “Klebsiella_A” and “Klebsiella_B” while the genus Raoultella is maintained [9]. publié dans Ma et al 2021 » et ils essaient de se démarquer de ce consensus par leur technique AAI (non validée en taxonomie). D'ailleurs, Ma et al sont déjà critiqués dans un article déjà publié officiellement lui de Saati-Santamaria et al 2021 où il est précisé « However, there is no consensus on AAI values for the delimitation of species or upper taxonomic levels ». De plus, on peut ajouter que Parks Parks et al 2018 et sa base de taxonomie GTDB qui confirme mes dires sur la séparation de Klebsiella en plusieurs genres tout en gardant Raoultella. entre les travaux de Parks publiés dans Nature Biotechnology (Impact factor 54.9) et ceux pas encore publiés de Ma dans Research in Microbiology (Impact factor 3.2), ya pas photos. D'ailleurs pour qu'une publication de comb nov. sur un genre aussi important que Klebsiella n'apparaissent que dans cette revue c'est qu'elle a dû y être refusée ailleurs.

On peut ajouter à cela qu'en 2021 le genre Raoultealla a donné lieu à 45 publications utilisant ce nom et seules 2 des publications du proposant sont mentionnées. Les autres utilisent Raoultella en tant que Raoultella comme par exemple la publi de Appel et al August 2021 qui parle justement de sutématique et ne remet pas en cause le genre Raoultella mais aide justement à le différencier de Klebsiella par des méthodes biochimiques avec notamment la production d'histamine caractéristique du genre R. et de plus la réaction Indole + qui permet de distinguer K.oxytoca du groupe K.pneumoniae(autre signe de la probable future explosion du genre Klebsiella).

Donc, jusqu'à présent, tout justifie le maintien de Raoultella dans l'état actuel des connaissances et surtout des standards et appelations officielles et tant qu'aucune comb nov n'est validée officiellement, cela ne doit pas changer et surtout avec des TI encore In Press ou pre-print.

cordialement GF38storic (discuter) 14 octobre 2021 à 13:27 (CEST)

@Hexasoft@Basile Morin@Totodu74 Pour répondre à la question d'Hexasoft sur le consensus scientifique. Voici un petit aperçu des publications officielles d'après la base de référence en littérature scientifique biologie-médecine Pubmed concernant toutes les espèces du genre Raoultella (j'ai précisé le nombre d'articles depuis 2015 pour voir si la publication de 2014 proposant le retour vers Klebsiella a eu un impact sur le nom utilisé ou non) :

• "Klebsiella ornithinolytica" 26 articles => 8 articles depuis 01/01/2015
• "Raoultella ornithinolytica" 180 => 159 depuis 01/01/2015
• "Klebsiella terrigena" 46 => 7 depuis 01/01/2015
• "Raoultella terrigena" 56 => 32 depuis 01/01/2015
• "Klebsiella planticola" 61 => 12 depuis 01/01/2015
• "Raoultella planticola" 138 => 98 depuis 01/01/2015
• "Klebsiella electrica" 0(1) => 0(1) depuis 01/01/2015 Pubmed ne tient pas compte dans ses résultats par année des publications pas encore publiées (j'ai mis entre parenthèses l'article de Ma et al. 2021 puisqu'elle n'est qu'en in press)

"Raoultella electrica" 7 => 6 depuis 01/01/2015

Comme vous pouvez le constater, le consensus montre une écrasante majorité maintenant ou utilisant le nom Raoultella. Donc, la publication de 2014 demandant le retour de ce genre vers Klebsiella n'a eu aucun impact voire même négatif puisque le nom de Raoultella a été et est de plus en plus utilisé contrairement à Klebsiella pour ces mêmes espèces. En cliquant sur les liens vous verrez les courbes d'utilisation sur Pubmed, c'est encore plus parlant...

Ajoutez à cela le fait que la publication de 2021 l'est dans Research in Microbiology (revue de l'Institut Pasteur) et quand on sait la guerre ouverte que ce livrent les parisiens vs les marseillais... S'il était besoin de préciser, je me fous royalement que ce soit le chercheur de Marseille, de Paris, chevelu ou crane rasé, rien à faire. Ici, en taxonomie, il y a les données officielles et officiellement reconnues (liste bacterial names et banque de souches bactériennes) que j'ai fourni plus haut, les propositions restants au stade de proposition ne sont que des propositions, et là en plus je fourni en plus le consensus scientifique. Si un jour, le consensus change et les dénominations officielles aussi, alors il sera temps de modifier l'article, ce n'est pas encore le cas au jour d'aujourdhui.

Maintenant je retourne au labo.

cordialement GF38storic (discuter) 14 octobre 2021 à 15:30 (CEST)

Parfait. Ça met les choses au clair. 💡 Merci. -- Basile Morin (discuter) 15 octobre 2021 à 01:10 (CEST)

Notre ami expert est au labo, mais je réponds tout de même à quelques erreurs et contre-vérités :

• « pour cet aspect de taxonomie (on dit Taxonomie en batériologie et en microbiologie) » : et on dit « clé de 12 » et jamais « clef de 12 » en mécanique moto ? L'une et l'autre orthographe est valide, ou sont valides. Et je suis dans la team « taxi ».
• « la publi de Appel et al August 2021 qui parle justement de sutématique ». Non, la publication intitulée « Microbiological and Clinical Aspects of Raoultella spp. » parle, comme son nom l'indique, de microbiologie (métabolisme des bactéries notamment) et d'aspects cliniques, et ne prétend pas parler de systématique.
• La publication de Saati-Santamaria et al. ne remet pas en cause la décision de Ma et al. sur Klebsiella. Ils travaillent sur les Pseudomonadaceae et indiquent qu'il n'y a pas une valeur cut-off unique pour déterminer ce qu'on appelle un genre ou autre.
• L'article de Ma et al. n'était certes pas intégré dans un numéro mais était un article in press. : il avait déjà passé avec succès la révision par les pairs et était déjà accepté pour publication. Ce n'était pas un preprint, ce n'était pas un TI. Depuis très récemment, il est désormais « officiellement » publié (associé à un volume + numéro).

J'aurais enfin deux séries de questions, si jamais GF38storic repassait :

1. Contestes-tu la paraphylie de Klebsiella en cas de reconnaissance de Raoultella comme genre distinct ? (et en l'absence, à cette date, de noms pour les lignées A et B mentionnées par Ma et al.) Si non, conviens-tu qu'un ajustement taxinomique est nécessaire ? Si oui, je suis intéressé d'avoir tes arguments.
2. Penses-tu sérieusement que le nombre d'occurrences est un indicateur fiable de quel nom doit être favorisé ? Si non, pouvons-nous le reconnaître explicitement, et en conséquence cesser d'employer ces arguments moisis ? Si oui, nous aurons du mal à échanger.

Cordialement, Totodu74 (devesar…) 19 octobre 2021 à 16:07 (CEST)

@Basile Morin@Hexasoft@Totodu74

• Taxonomie ou Taxinomie? Quand je te dit qu'en bactério, on utilise Taxonomie c'est qu'on enseigne et utilise taxonomie et rien d'autre (taxinomie est un synonyme ultra minoritaire surtout utilisé dans les autres domaines et désormais désuet). Une preuve?

Taxinomie utilisé à 10 reprises dans les articles scientifiques en français depuis 1966 dont 6 fois dans les années 60 et 70, et la dernière utilisation date de 2013

Taxonomie utilisé 175 fois depuis 1955 dont 8 fois dans les années 20 (euh 2020), 32 fois dans les années 2010, etc

Je te laisse regarder les courbes mais tu vas encore essayer de contredire ou travestir la réalité des faits.

Si tu veux on peut faire le test aussi sur Thèse.fr, le répertoire des thèses françaises (la mienne y est d'ailleurs).

Allez c'est parti, sans distinction bactérie ou plante ou eucaryotes, etc.

"Taxonomie" 3250 thèses

"Taxinomie" 1148 thèses, ça fait quand même 3 fois plus pour Taxo que Taxi et ce sans distinction. Tu veux une distinction allez, on rajoute bactérie, chiche?

Taxinomie + bactérie 18 thèses

Taxonomie + bactérie 182 thèses, hum ça fait 10 fois plus non? (je t'épargne le chiffre après la virgule).

Allez on change bactérie par Procaryote?

Taxonomie + procaryote 96 thèses

Taxinomie + procaryote 10 thèses, ça fait combien de fois moins? (presque 10 fois non?, allez on met la virgule, 9.6 fois, si je calcule bien de tête). Au fait, je t'ai dit que dans les résultats taxinomie et procaryote, le titre de la première thèse qui sort, c'est "TaxOnomie et inférence fonctionnelle des procaryotes"??? le titre du 4è résultat, c'est "Taxonomie des bactéries anaérobies ; De la reclassification à la découverte de nouveaux pathogènes" (zut 10-2=8 donc 96/8=12 12 fois moins...).

Un nouveau test

Taxonomie + Klebsiella =>138 thèses

Taxinomie + Klebsiella => 8 thèses

on peut continuer comme ça longtemps.

• Concernant la publication d'Appel et al, l'identification bactérienne est la base même de la systématique et de la taxonomie. Pour différencier des espèces entre elles ou des genres, il faut des tests (séquençages, hybridation ADN-ADN, tests phénotypiques, etc) et c'est justement ce qu'ils montrent dans leur article, la capacité de différencier les Klebsiella du groupe K. pneumoniae, des Raoultella spp. ou des Klebsiella du groupe K. oxytoca et d'ailleurs, ils citent Janda et al 2018 (qui parle de modern bacterial taxonomy).
• L'article de Saati-Santamaria et al. et son allusion au cut-off utilisé par Ma est une remise en cause directe puisqu'il affirme qu'il n'y a pas de valeurs reconnues, donc proposer une comb. nov sur des valeurs non reconnues est un peu incongru...
• Quand aux aspirations personnelles sur les paraphylie, on est sur Wikipedia et on se doit de donner des informations fiables pour un article. On est pas là pour écrire un article TI qui mériterait sa place dans IJSEM, JCM, Nature ou autres. Les sources les plus importantes fiables actuellement, c'est que le genre Raoultella est reconnu officiellement depuis 2001 et plus du tout l'ancien nom de ces espèces. Si ça change un jour officiellement après notification dans une "validation list" de l'IJSEM ou validation par l'ICSP alors il faudra changer l'article dans WP. Ce n'est pas le cas actuellement.
• Des propositions de nouveaux noms, de nouvelles combinaisons, de retour à d'anciennes dénominations, il en existe des centaines et des centaines qui n'ont jamais été validées. C'est pour cela qu'il faut attendre une éventuelle hypothétique validation sinon c'est du pur TI en dehors de toutes les règles de WP et qui plus est fausse scientifiquement si on publie cela dans WP sans validation scientifique !
• Klebsiella, un seul genre, 2 genres, 3 genres , plus... difficile à dire. Toutes les études phylogéniques (monogénique, digénique, genome entier, proteome, etc...) ainsi que les résultats d'hybridation ADN-ADN ou la DDH ou l'ANI ou les test phénotypiques montrent clairement 3 à 4 groupes distincts au sein du clade Klebsiella (exemple Bent et al. malgré le biais d'utilisation d'énormément de séquences de Kpn, idem pour la publi de Lin et al.... Se plaindre que Raoultella est monophylétique mais qu'il casse la monophylie des Klebsiella, c'est juste une preuve supplémentaire que le clade Klebsiella n'est pas monophylétique. Ah oui, j'oubliai une des grosses erreurs de Ma et al. 2021, dire qu'un groupe (Raoultella) est au milieu des Klebsiella alors qu'il suffit faire tourner l'axe du noeud pour que le groupe Raoultella soit placé à l'extérieur est juste de l'amateurisme. Ce serait valable exclusivement si le groupe "Raoultella" était positionné sur un noeud interne à l'arbre phylogénique or il l'est sur le noeud le plus externe et montre donc soit une certaine méconnaissance de la phylogénie, soit une volonté (classique dans les publications) d'essayer de faire paraître les données dans le sens des affirmations de l'article (tout le contraire de la science, ce n'est pas à l'idée de façonner l'ordre des données, ce sont les données qui doivent aider à la décision)...
• Pour rappel, le clade Klebsiella est débattu dans tous les sens depuis longtemps et notamment l'appartenance au même genre entre K. pneumoniae et K. oxytoca est très débattu et une première proposition de séparer scinder le genre Klebsiella en deux existait déjà en 1974 avec d'un côté K. pneumoniae et de l'autre K. oxytoca (Raoultella est très proche de K. oxytoca beaucoup moins de Kpn). Bref, la composition du clade Klebsiella est mouvante et loin d'être stabilisée. Mais pour en revenir à l'article, seuls les faits officiels (validation list, etc) comptent et pas les propositions qui ne sont que des propositions.

cordialement GF38storic (discuter) 20 octobre 2021 à 00:09 (CEST)

• Taxi/taxo : tu fais un usage vraiment excessif de l'aplaudimètre, par charité je voudrais même croire que tu ne penses pas ce que tu dis. On ne décide pas si l'on utilise « clef » ou « clé » par une recherche google ou autre. Dans mon cursus universitaire, largement influencé par l'anglais où seul « taxonomy » existe pour ainsi dire, je n'ai jamais vu « taxinomie » employé. C'est pourtant une orthographe valide, chantante, qu'il me plaît d'utiliser, et c'est mon droit. Repasser sur les articles à seule fin de remplacer une orthographe valide par un synonyme est malvenu, et c'est un WP:POINT.
• Je crois que tu reconnais entre les lignes que Klebsiella est paraphylétique, même si tes accusations d'amateurisme de Ma et al. me laissent de gros doutes quand à ta compréhension de la topologie des phylogénies. « Swaper » les nœuds de la façon que tu veux ne change absolument rien à la question de la paraphylie. Comme tu le dis, « Raoultella est très proche de K. oxytoca beaucoup moins de K. pneumoniae », donc Klebsiella défini comme contenant oxytoca et pneumoniae mais pas les espèces actuellement dans Raoultella est paraphylétique. Quelque soit la façon dont tu tournes les nœuds dans une figure, ce n'est juste pas la question. Je crois que nous convenons donc de nos réponses aux questions 1, ouf. Dommage que tu ne proposes pas de suivre de faits la constation « qu'un ajustement taxinomique est nécessaire ».
• Pour la question 2, même si tu n'y réponds pas je crois malheureusement que ta position sur la question est assez bien illustrée par ta fixette sur taxi/taxo-nomie. Totodu74 (devesar…) 20 octobre 2021 à 11:21 (CEST)

• Bonjour, je comprends tous les arguments de @GF38storic (qui me satisfont et m'intéressent), mais pas ceux de Totodu74. En particulier, je ne saisis pas cette phrase « par charité je voudrais même croire que tu ne penses pas ce que tu dis ». 🤔 -- Basile Morin (discuter) 20 octobre 2021 à 12:35 (CEST)

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Conserver

1.  Conserver Aucune preuve tangible faisant l'unanimité parmi les scientifiques. Seule la vision (subjective) du nominateur. -- Basile Morin (discuter) 11 octobre 2021 à 15:12 (CEST)
2.  Conserver Le nom de genre Raoultella est toujours le nom actuellement reconnu par la communauté scientifique. En outre plusieurs erreurs sont énoncées dans les articles cités par le proposant et il faut neutraliser les points de vues dans l'article (limite vandalisme) --GF38storic (discuter) 13 octobre 2021 à 23:35 (CEST)

   Serait-il possible de pointer précisément les erreurs ? Totodu74 (devesar…) 14 octobre 2021 à 09:29 (CEST)

Supprimer

1. Transformer en redirection vers Klebsiella. Totodu74 (devesar…) 11 octobre 2021 à 14:46 (CEST)

Neutre

1.  Neutre parce que je n'ai pas spécialement envie de lire en profondeur ces débats trop intenses. Néanmoins, je me permets de faire remarquer qu'il nous arrive parfois de conserver des articles sur des taxons débattus/abandonnés (voir par exemple Calamintha), ne serait-ce que pour se donner le temps de faire le ménage nécessaire. Ou alors parce que le nom est tellement utilisé qu'il est plus pédagogique d'expliquer sur un article séparé ce que sont devenues les différentes espèces. Mais dans le cas présent, j'ai l'impression que ce n'est pas la systématique qui est en jeu, mais le tumulte autour du personnage sulfureux en l'honneur de qui le genre a été nommé. Or cette information en soi n'a absolument aucun intérêt et pourrait tout aussi bien être signalée sur une ligne de l'article Klebsiella (comme c'est d'ailleurs déjà le cas). Cordialement, — Tricholome ^{et par saint Georges !} 12 octobre 2021 à 16:59 (CEST)

   Hello, en effet conserver un article sur un taxon pour des raisons historiques, ça se fait parfois, et c'est pour ça que le paramètre obsolète = oui existe. Un très bon exemple est l'article Reptile (Reptilia), un concept qui n'est plus utilisé comme boîte de classification de nos jours mais qui a suffisamment fait date (et resté dans le langage courant) pour disposer de son propre article. Je ne pense pas que l'on soit dans la même situation pour ce genre décrit sur du sable, dont l'essentiel des mentions émanent d'articles de microbiologie peu intéressés par les considérations classificatoires. Je suis aussi d'accord sur la seconde partie du diagnostic, si le genre n'avait pas été dédié à un pseudo-gourou, je n'aurais pas eu les mêmes ennuis… on s'accorde pour rediriger Raoultella vers Klebsiella et en échange je m'engage à rédiger consciencieusement Lentilactobacillus raoultii ? Totodu74 (devesar…) 12 octobre 2021 à 17:58 (CEST)

2.  Neutre à tendance prolonger et revoir de près - Je vois que l'article anglophone en:Enterobacteriaceae fait figurer les deux noms sous la rubrique Validly published genera Michel421 (discuter) 25 octobre 2021 à 20:01 (CEST)

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