Bactériothérapie fécale

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Escherichia coli, l'une des bactéries fécales les plus communes, ici vue grossie au microscope électronique.

La « bactériothérapie fécale » (également nommée « transplantation fécale », « greffe fécale » ou « transfusion fécale » ou pour les anglophones « human probiotic infusion » ou HPI ; expression qu'on pourrait traduire par « transplantation » ou « perfusion » probiotique humaine), est un traitement médical destiné à des patients souffrant de quelques maladies intestinales résistant aux traitements antibiotiques classiques :

  • colite pseudo-membraneuse (CPM) induite par une infection par la bactérie Clostridium difficile, cause importante de diarrhée nosocomiale microbienne. Cette Infection est souvent suivie de rechute chez les patients présentant des comorbidités importantes. Nombre d'entre eux deviendront dépendants de la vancomycine (par voie orale pendant de longues périodes avec une amélioration clinique souvent temporaire). Ces patients doivent supporter une morbidité importante, des diarrhées récurrentes et le coût financier d'une antibiothérapie chronique ;
  • colite ulcéreuse (CU).

Cette thérapie vise à restaurer l'écologie microbienne et l'homéostasie du côlon en y réintroduisant une flore bactérienne saine, prélevée dans les selles provenant d'un donneur sain. Elle fait partie des approches thérapeutiques non pharmacologiques.

Description de la procédure[modifier | modifier le code]

La procédure elle-même implique l'introduction dans l'intestin du malade d'un échantillon vivant de flore bactérienne humaine, provenant du lavage de l'intestin d'un donneur sain.
Le malade peut avoir été préparé par un traitement antibiotique préalable[1] (s'il n'y a pas d'antibiorésistance suspectée) et par un lavage oral au polyéthylène glycol[1]. Les lavements sont préparés et administrés en milieu hospitalier pour assurer toutes les précautions nécessaires.
Certains patients se rétablissent après un seul apport de « transplant fécal[2] », mais le processus est habituellement répété (durant 5[1] à 10 jours) pour garantir le meilleur ensemencement possible.

Pour limiter les risques, on utilise souvent un extrait de selles provenant d'un parent proche, jugé en bonne santé, et après qu'il a été testé pour un large éventail d'agents infectieux et parasitaires[3].

La perfusion probiotique peut également être administrée par un tube nasogastrique, afin de fournir un cortège sain de bactéries directement au petit intestin[4]. Les deux méthodes semblent pouvoir être combinées, ce qui pourrait peut-être encore améliorer ses résultats.

Des bilans réguliers restent nécessaires jusqu'à un an après la procédure.

Variante[modifier | modifier le code]

Une forme modifiée de bactériothérapie fécale est en cours d'élaboration pour certains patients à risque d'infection par C. difficile ; c'est la « restauration autologue de la flore gastro-intestinale », dite ARGF (pour l'anglais : Autologous Restoration of Gastrointestinal Flora)[5] qui est a priori plus sûre, plus efficace et plus facile à administrer.
Un échantillon fécal autologue est prélevé au patient avant le traitement médical, par exemple avant une opération ou situation à risque. L'échantillon est stocké en réfrigérateur et si le patient vient à développer une infection à C. difficile, alors l'échantillon est extrait dans une solution saline et filtré. Le filtrat est lyophilisé. Le solide en résultant est enfermé dans des gélules entérosolubles) pour restaurer la flore colique antérieure du patient en faisant concurrence à C. difficile. Cette procédure permet d'éviter les risques d'introduire un autre pathogène provenant d'un donneur qui n'est pas le patient. Elle permet aussi d'éviter la sonde nasale pour atteindre le duodénum.

Principes théoriques[modifier | modifier le code]

L'hypothèse qui sous-tend la bactériothérapie fécale est qu'il existe une écologie microbienne et qu'il est possible d'utiliser une flore bactérienne équilibrée et inoffensive pour repousser des organismes pathogènes.
Le microbiote est parfois considéré comme une entité biologique, voire un organe métabolique symbiote associé à l’organisme de son porteur ; un organe composé d’un nombre d’organismes pouvant chez l'Homme atteindre 1013 individus, pouvant inclure 500 à environ 1 000 espèces dont le génome collectif est estimé contenir 100 fois plus de gènes que le génome humain.

Remarque : Le rôle du microbiote est encore mal compris. On a observé que plusieurs espèces d'animaux herbivores réingèrent certains de leurs excréments pour une double digestion. Et des comportements de coprophagie, normaux ou anormaux existent chez certaines espèces. Ici, il ne s'agit pas de coprophagie, mais de réinsertion de souches bactériennes « normales » dans l'intestin.

Histoire[modifier | modifier le code]

Il a été développé ces dernières années par le Dr Thomas J. Borody (en) et son équipe à Sydney, en Australie, principalement comme un traitement alternatif pour la colite pseudo-membraneuse. Cette maladie est causée par la bactérie C. difficile et est habituellement traitée par antibiotiques.

Cette approche n'est pourtant pas tout à fait nouvelle[6]. Elle a longtemps été utilisée chez les animaux d'élevage, par exemple, pour prévenir la salmonellose chez les poulets[6],[7].

À la fin des années 1990, une étude randomisée a concerné 116 patients. 59 ont reçu un anti-inflammatoire (mésalazine, fréquemment utilisé pour traiter certaines maladies inflammatoires du colon et de l'intestin (MICI). 57 autres patients ont reçu une souche non pathogène d’Escherichia coli. Tous les patients ont été préparés par un traitement médical standard, avec une semaine de traitement oral à la gentamicine. Après rémission, les patients ont été observés, pour une période maximale de 12 mois. La durée moyenne de la rémission a été légèrement plus longue pour le groupe traité à la mésalazine, par rapport au groupe traité par E. coli (206 vs 185 jours). Le taux de patients n'ayant pas connu de rechute a été presque équivalent (73 % vs 67 %), à nouveau très légèrement en faveur du groupe traité à la mésalazine. Les auteurs en ont conclu que la souche non pathogène d’E. coli a une efficacité presque équivalente à celle de mésalamine pour prolonger la rémission de la colite ulcéreuse[8].

La notion de « transplant fécal » est par ailleurs utilisée pour produire des souris de laboratoire qui sont des modèles se voulant représentatifs de l'écosystème intestinal humain[9]. Ces souris sont produites par transplantation de communautés microbiennes humaines chez des souris C57BL/6J germ-free (sans flore bactérienne)[9]. Ces souris ainsi « humanisées » le sont de manière stable, et la population bactérienne intestinale reproduit une grande partie de la diversité bactérienne du microbiote du donneur, transmissible à la génération suivante[9].

Dans le cas de la colite pseudo-membraneuse, l'agent pathogène est connu (C. difficile).
Pour la colite ulcéreuse, aucun agent pathogène n'a été trouvé à ce jour. Mais l'efficacité de la bactériothérapie fécale dans ce cas suggère que la cause de la colite ulcéreuse pourrait être une infection antérieure par un agent pathogène encore inconnu.
Cette infection initiale peut sans doute parfois se résoudre naturellement. Mais dans certains cas, un déséquilibre de la flore intestinale du côlon pourrait conduire à un cycle inflammatoire (ce qui expliquerait la nature cyclique et récurrente de cette maladie). Ce cycle semble, au moins dans de nombreux cas, pouvoir être rompu par la recolonisation du côlon du malade par un complexe bactérien prélevé dans un intestin sain[10]. Certains médecins estiment que le traitement, effectués dans de bonnes conditions, est sûr et que de nombreux malades pourraient bénéficier de cette thérapie[11].

Cela peut être considéré comme une extension de la recherche sur les probiotiques et le cobiote.

Efficacité[modifier | modifier le code]

La procédure est utilisée depuis quelques années pour traiter certaines infections par C. difficile. La littérature relative à l'efficacité de la méthode ne comporte cependant en 2010 que des études d'observation, souvent spectaculaires du point de vue des résultats, mais reposant sur un faible nombre de patients traités (par exemple 100 % de succès, mais pour 7 malades traités[11], ou 81 % d'efficacité après une première cure, mais pour 16 patients traités[12]), et sans recul sur le long terme, et sans d'essai comparatif randomisé à grande échelle[13],[14],[15]. Une autre étude a obtenu 100 % de succès et une réponse immédiate chez 12 malades dont 9 avaient une diverticulose. Ces patients (9 femmes et 3 hommes) d'âge moyen de 66 ans (âgés de 30 à 86 ans) avaient été symptomatiques durant 79 à 1532 jours (en moyenne 351 j, médiane de 209 j) avant la transplantation fécale. Les 12 patients (100 %) ont connu une réponse immédiate et durable à la transplantation fécale, sans effets secondaires indésirables[16].

Le premier bénéfice apporté par la bactériothérapie fécale est de réduire le risque de favoriser l'antibiorésistance de bactéries hautement pathogènes. D'autres avantages sont un coût relativement faible, l'absence de besoin de médicaments et une efficacité (à confirmer par des études plus larges) pour le traitement de cas où l'antibiorésistance est déjà en place.
La méthode est néanmoins encore considérée comme un traitement « de dernier recours », en raison de son caractère plus invasif qu'un traitement classique par antibiotiques, et de risques de potentiel de transmission d'infection (bactéries, virus, prions, parasites intestinaux). De plus, dans la plupart des pays, on manque de moyens techniques ou de moyens de remboursement des analyses de dépistage à appliquer aux selles du donneur (non pris en charge par le Medicare aux États-Unis) ou de la procédure d'instillation. Enfin, outre certaines réticentes sociopsychologiques, l'absence de tout moyen efficace et certain de garantir que les selles du donneur soient exemptes de pathogène reste des freins au développement de cette pratique[17].

Les effets de cette nouvelles thérapie sur la colite ulcéreuse (ou rectocolite hémorragique, RCH) n'ont pas encore été très largement étudiées, mais de petites études de cas laissent penser qu'ils sont positifs. Par exemple, un article de 2003 de Borody et al.[1] détaille 6 cas de colite ulcéreuse chronique et sévère traités par bactériothérapie fécale. Ses conclusions suggèrent que la procédure peut être très efficace dans ces cas. Certains symptômes disparaissent dès la première semaine, et une disparition complète des symptômes a été obtenue chez tous les patients dans les 4 mois suivant l'opération (date à laquelle tous les autres médicaments avaient cessé d'être pris). Chez ces patients, 1 à 13 ans après l'opération, toujours sans aucun médicament, on n'a trouvé trace de nouvelle infection, ni par la clinique, ni par la coloscopie, ni par les analyses histologiques[1].

Le groupe de Sydney mentionne aussi le cas d'un patient présumé atteint de cholangite sclérosante primitive (maladie souvent associée à des maladies inflammatoires chroniques intestinales), qui a récupéré complètement après le traitement.

Les Infections à Clostridium difficile (ICD) sont une maladie infectieuse émergente en forte augmentation aux États-Unis, y compris chez les jeunes enfants (doublement du nombre de cas avec des rechutes en Amérique du Nord entre 2008 et 2010). Ce traitement a été testé sur un enfant de 2 ans atteints de diarrhées récurrentes causées par une ICD induite par une souche BI/NAP1/O27 réfractaire aux traitements probiotiques ou antibiotiques disponibles en dépit d'un phénotype apparemment sensible aux antibiotiques. Après exclusion des autres causes infectieuses de la diarrhée et des maladies inflammatoires de l'intestin, l'équipe médicale a conçu un protocole de bactériothérapie fécale consistant à l'administration des souches fécales jugées inoffensives via un tube naso-gastrique temporaire. Cette expérience a pour la première fois montré que la transplantation fécale était un moyen pratique et efficace de traiter une ICD récidivante chez un jeune enfant. L'équipe recommande néanmoins que cette stratégie soit réservé aux cas compliqués d'ICD résistantes à la thérapie conventionnelle, jusqu'à ce que des études randomisées puissent plus largement confirmer l'innocuité et l'efficacité de la bactériothérapie fécale chez l'enfant[18].

Des bactériothérapies fécales sont également actuellement testées pour la maladie de Parkinson, le diabète et l'obésité[19].

Précautions[modifier | modifier le code]

Après un atelier organisé à l'Université de Yale en 2005, puis en 2007, des recommandations générales et particulières ont été publiées et révisées en 2008 pour l'utilisation clinique des probiotiques. Plusieurs recommandations ont été faites pour le traitement des maladies inflammatoires de l'intestin et du syndrome du côlon irritable. Les auteurs ont recommandé la prudence en raison d'un nombre limité d'études[20].

Voir aussi[modifier | modifier le code]

Articles connexes[modifier | modifier le code]

Liens externes[modifier | modifier le code]

Bibliographie[modifier | modifier le code]

  • (en) Floch, Martin H. MD (Editorials) « Fecal Bacteriotherapy, Fecal Transplant, and the Microbiome » Journal of Clinical Gastroenterology septembre 2010;44(8):529-530. DOI:10.1097/MCG.0b013e3181e1d6e2

Notes et références[modifier | modifier le code]

  1. a, b, c, d et e (en) Borody T, Warren E, Leis S, Surace R, Ashman O, « Treatment of ulcerative colitis using fecal bacteriotherapy », J Clin Gastroenterol, vol. 37, no 1,‎ 2003, p. 42–7 (PMID 12811208, DOI 10.1097/00004836-200307000-00012) PDF
  2. (en) Bennet JD, Brinkman M. « Treatment of ulcerative colitis by implantation of normal colonic flora » Lancet 1989 Jan 21;1(8630):164. PMID:2563083
  3. (en) Taylor, Maureen « Don't poo-poo technique : Fecal transplant can cure superbug, doctors say » CBC News 13 novembre 2007.
  4. (en) Aas J, Gessert CE, Bakken JS, « Recurrent Clostridium difficile colitis: case series involving 18 patients treated with donor stool administered via a nasogastric tube », Clin. Infect. Dis., vol. 36, no 5,‎ 2003, p. 580–5 (PMID 12594638, DOI 10.1086/367657, lire en ligne)
  5. (en) Martin WJ, « Encapsulated Medicines for Iatrogenic Diseases. », British Patent Application.,‎ 2009, GB0916335.3
  6. a et b (en) Sanders WE, Sanders C, « Modification of normal flora by antibiotics: effects on individuals and the environment. », New Dimensions in Antimicrobial Chemotherapy.,‎ 1984, p. 217–241
  7. (en) Nurmi E, Rantala M, « New aspects of Salmonella infection in broiler production », Nature, vol. 241, no 5386,‎ 1973, p. 210–211 (PMID 4700893, DOI 10.1038/241210a0)
  8. (en) Dr BJ Rembacken, AM Snelling, Prof PM Hawkey, DM Chalmers et Prof ATR Axon « Non-pathogenic Escherichia coli versus mesalazine for the treatment of ulcerative colitis: a randomised trial » Lancet1999; 354(9179):635-639. DOI:10.1016/S0140-6736(98)06343-0 (Résumé) PMID 10466665
  9. a, b et c (en) Peter J. Turnbaugh, Vanessa K. Ridaura, Jeremiah J. Faith, Federico E. Rey, Rob Knight, and Jeffrey I. Gordon « The Effect of Diet on the Human Gut Microbiome: A Metagenomic Analysis in Humanized Gnotobiotic Mice » Sci Transl Med. Author manuscript; available in PMC 2010 June 30. Published in final edited form as: Sci Transl Med. 2009 November 11; 1(6): 6ra14. DOI:10.1126/scitranslmed.3000322.
  10. (en) Borody T, Warren E, Leis S, Surace R, Ashman O, Siarakas S, « Bacteriotherapy using fecal flora: toying with human motions », J Clin Gastroenterol, vol. 38, no 6,‎ 2004, p. 475–83 (PMID 15220681, DOI 10.1097/01.mcg.0000128988.13808.dc, lire en ligne [PDF])
  11. a et b (en) Michael S. Silverman, Ian Davis, Dylan R. Pillai « Success of Self-Administered Home Fecal Transplantation for Chronic Clostridium difficile Infection » Clin Gastroenterol Hepatol. 2010 May;8(5):471-3. DOI:10.1016/j.cgh.2010.01.007 PMID 20117243
  12. (en) Els van Nood, Anne Vrieze, Max Nieuwdorp, Susana Fuentes, Erwin G. Zoetendal, Willem M. de Vos, Caroline E. Visser, Ed J. Kuijper, Joep F.W.M. Bartelsman, Jan G.P. Tijssen, Peter Speelman, Marcel G.W. Dijkgraaf, Josbert J. Keller, « Duodenal Infusion of Donor Feces for Recurrent Clostridium difficile (ePub, online first) », New England Journal of Medicine,‎ 2013 (ISSN 0028-4793, DOI 10.1056/NEJMoa1205037, lire en ligne)
  13. (en) Schwan A, Sjölin S, Tr, « Relapsing clostridium difficile enterocolitis cured by rectal infusion of homologous faeces », Lancet, vol. 2, no 8354,‎ 1983, p. 845 (PMID 6137662, DOI 10.1016/S0140-6736(83)90753-5)
  14. (en) Paterson D, Iredell J, Whitby M, « Putting back the bugs: bacterial treatment relieves chronic diarrhoea », Med J Aust, vol. 160, no 4,‎ 1994, p. 232–3 (PMID 8309401)
  15. (en) Borody T, « "Flora Power"-- fecal bacteria cure chronic C. difficile diarrhea », Am J Gastroenterol, vol. 95, no 11,‎ 2000, p. 3028–9 (PMID 11095314, DOI 10.1111/j.1572-0241.2000.03277.x) PDF
  16. (en) Yoon, Sonia S. MD; Brandt, Lawrence J. MD ; « Treatment of Refractory / Recurrent C. difficile-associated Disease by Donated Stool Transplanted Via Colonoscopy : A Case Series of 12 Patients » Journal of Clinical Gastroenterology septembre 2010;44(8):562-566. DOI:10.1097/MCG.0b013e3181dac035 (résumé)
  17. (en) « Treatment Options for C. difficile » Volume 17 | Number 5 | October 2007 IDSA News heading image
  18. (en) George Russell, MD, Jess Kaplan, MaryJane Ferraro, PhD, Ian C. Michelow, Étude de cas « Fecal Bacteriotherapy for Relapsing Clostridium difficile Infection in a Child: A Proposed Treatment Protocol » Pediatrics, juillet 2010;126(1):e239-e242 DOI:10.1542/peds.2009-3363 Résumé
  19. (en)« Sign in to read: Faecal transplant eases symptoms of Parkinson's » - health - 19 janvier 2011, New Scientist. Elles se montrent efficaces sur le modèle animal, mais un transplant de flore intestinale de souris obèse peut conduire à l'obésité de la souris transplantée.
  20. (en) Floch, Martin H.; Walker, W. Allan; Guandalini, Stefano; Hibber, Patricia; Gorbach, Sherwood; Surawicz, Christina; Sanders, Mary Ellen; Garcia-Tsao, Guadalupe; Quigley, Eamonn M. M.; Isolauri, Erika MD,; Fedorak, Richard N. ; Dieleman, Levinus A. MD « Recommendations for Probiotic Use-2008 » Journal of Clinical Gastroenterology juillet 2008;42(suppl.2):S104-8. PMID 18542033 DOI:10.1097/MCG.0b013e31816b903f